皇祐六年（1054年），年仅三十一岁的张贵妃突然暴病身亡。张贵妃是赵祯除了母亲之外最爱的女人，本来，张氏是有机会做皇后的，由于刘太后的干预并自作主张，立了郭氏为皇后，以张氏为才人。
郭皇后被废后，赵祯让宋绶草拟选后诏书，其中有“当求德门，以正内治”的话，意思是从有教养的家庭中选取皇后。刘太后虽然已经不在世，赵祯也已经亲政，但在选后问题上还是未能如愿。当时，左右领来一个陈姓女子进宫，颇得赵祯欢心。陈氏是寿州一个茶商之女，父亲靠捐纳谋得一个小官，不具高贵门第的条件，在大臣们的极力反对下，赵祯不得不另选皇后，勉强将宋初名将曹彬的孙女立选为皇后。
由于在选后上的不满意，赵祯心中一直装着张美人，尽管张美人的贵妃之位是靠宫变时所谓的护驾有功而升上去的，但张美人在赵祯心目中的地位，比郭氏、曹氏这两任皇后都重要。
张贵妃死了，赵祯痛不欲生，在左右宦官的支持下，他决定以皇后之礼为张贵妃发丧，这个一生做梦都想当皇后的女人，终于在她死后穿上皇后的殓服，享受到宗室、大臣们的参拜告奠。由于担心朝野反对，赵祯干脆在治丧的第四天宣布追张贵妃为皇后，赐谥温成。这就是旷古未闻的一生一死两皇后的逾礼之事。虽然言官们上表极力反对，但赵祯置若罔闻，根本不予理睬。赵祯总算是做了一回真男人，不过，不是为了国事，而是为了他心爱的女人。为了这个心爱的女人，赵祯下令停朝七天，京城禁止娱乐活动一个月。
知制诰王洙见赵祯对温成皇后的丧事如此重视，便动起了脑子，想借这个机会向赵祯献殷勤，以谋加官晋爵。他与内使石全斌相配合，怂恿赵祯命宰相护丧、孙沔读册。
赵祯正想为温成皇后办一个风风光光的丧礼，王洙、石全斌的建议正中下怀，当即传谕，命宰相护丧、孙沔读册。
这时庞籍已经罢相，继任首相是陈执中，这个人只要有高官厚禄，并不讲什么气节不气节，合礼不合礼，奉旨后唯命是从，哪敢说半个不字。孙沔却不同，奉旨后立即入朝抗奏，说陛下命他读册，自然不敢不遵，但他现在的职务是枢密副使，并不是读册的官，依礼是不能读册的。他装做很为难地说：“臣要是不读册，违了圣旨；要是读册，又越了职权。请求陛下将臣罢免，臣才可告无罪。”
赵祯两眼盯着这个倔强的孙沔，一言未发。
次日，赵祯降诏，罢孙沔枢密副使，到杭州去做了知州。
孙沔奉诏，高兴地说：“好了！脱离了这个是非圈了！”即日出京到杭州上任去了。
赵祯又降诏，命参知政事刘沆为温成皇后园陵监护使。
丧事完后，赵祯论治丧功臣，提拔刘沆为同平章事，加王洙翰林学士，其余有功人员有的升了官，有的得了个大红包，忙碌一场，总算是有所斩获。
赵祯更欣赏温成皇后亲族，加赠她父亲张尧封为郡王、伯父张尧佐为太师。
陈执中在温成皇后的丧礼中不顾名节，与孙沔的请辞而去形成了鲜明的对比，遭到了士人及谏官的非难。知谏院范镇、殿中侍御史赵抃先后上表弹劾他，说他并非宰相之才，只是一个酒囊饭袋。
赵祯向来用人无定见，看了范镇等人的奏章，也就对陈执中不满意了，即行罢免了他的相位。
赵祯罢免了陈执中，当然要另择新相，这时忠正老臣莫过如范仲淹、文彦博、富弼三人，这三个人为人忠正耿直，不喜阿谀奉承，因此，在朝的时间不长，都被外放出京了。范仲淹已在皇祐四年(1052年)死了，追赠兵部尚书，赐谥做文正。唯富弼、文彦博二人还健在，一个在并州任所，一个在许州任所。赵祯想召用二人，但又犹豫不决。恰逢枢密直学士王素因事入奏，事情说完之后，赵祯特地将他留下来，对他说：“你是故相王旦之子，与朕是世旧，朕信任你，朕现在要择相，你认为何人合适？”
王素回答说：“陛下明察，但教宦官宫妾不知姓名的，便可充任。”他的态度很明确，就是宰相不能与宦官、内廷勾结在一起。
赵祯说：“依你所奏，那么只有富弼了。”
王素顿首称贺说：“陛下果然得人了！”
赵祯又问道：“文彦博这个人怎么样呢？”
王素回答说：“文彦博也是个宰相才。”
王素的举荐，坚定了赵祯起用富弼、文彦博的想法。次日即下诏，召二人还朝，并授同平章事。
次年，又改元做嘉祐元年（1056年），这时，朝里朝外没什么大变故发生，正是太平岁月。不料赵祯忽然生了一场大病，数日不能上朝理事，众臣忧惧不安，文彦博、富弼二位宰相为了稳定大局，晚上就睡在殿庐主理朝政，才使朝政没有出现混乱。
文彦博在赵祯生病期间，曾建议册封太子，建立储君。赵祯怕他麻烦，含糊其辞地答应了，但当他病好了以后，便又将这件事搁下了。
知谏院范镇见皇上在立储这件事上没有一点动静，觉得天下的事，还有哪一件比立储这件事还要大吗？于是上疏，力请赵祯立储君。
赵祯几乎是带着哭声对他说：“你奏请立储不错，朕也知道你的忠心，但你知道朕为何一直迟迟不立太子吗？”
范镇摇摇头，表示不知道。
“朕是想有一个亲生的儿子啊！”赵祯断然说道，“建储一事，再等几年吧！”
原来，赵祯虽然贵为天子，后宫除皇后外，还有嫔妃、美女达数百人之多，但这些女人的肚皮都不争气，没有一个能替他生下儿子。曹皇后为了以防万一，早就从宗室中收养了一个嗣子，就是后面要讲的赵宗实。但这只是一个备用，不到万不得已，赵祯实在是不想起用这个备用太子。
范镇是个倔人，似乎有点不撞南墙不回头的劲头，他见赵祯不采纳自己的奏请，百日内，连续上了十九道奏疏，胡子都急白了。
赵祯觉得范镇很可怜，也很忠心，劝自己早日立储，确实没有错，这也是言官的职责。他知道，如果自己不采纳他的奏请，他会一直纠缠下去。无奈之下，下了一道诏令，将范镇调离知谏院，改任刑狱纠察使。
范镇调离了知谏院，群臣奏请立储的呼声并没有停止，许州通判司马光，翰林学士欧阳修，殿中侍御史包拯、吕景初、赵抃，知制诰吴奎、刘敞，宰辅富弼、文彦博、王尧臣等又相继奏请。
无论这些人怎么讲，赵祯就是不听，由于在这些人当中，包拯的态度最坚决，为了减少麻烦，赵祯又采用同样的办法，把包拯调外任，到开封府做了知府。
包拯，字希仁，庐州合肥人。最初考中进士，被授为大理评事，出任建昌县的知县。因为父母亲年纪都大了，包拯辞官不去赴任。得到监和州税的官职，父母又不想让他离开，包拯就辞去官职，回家赡养老人。几年之后，父母亲相继去世，包拯在双亲的墓旁筑起草庐，直到守丧期满，还是徘徊犹豫、不忍离去，同乡父老多次前来劝慰勉励。
过了很长时间，包拯才去接受调遣，担任天长县的知县。有盗贼将人家牛的舌头割掉了，牛的主人前来告状。包拯说：“牛没有舌头，已经没有什么用了，你赶快回家把牛杀掉，还能卖几个钱。”
牛主人觉得这个县太爷也太没道理了，他是来告状的，他不但不主持正义，拘拿割掉牛舌的盗贼，反而叫他回去把牛杀掉卖几个钱。有些不服地说：“小民来报案的呀！县太爷不替小民主持公道，却叫小民回家把牛杀了，是何道理？”
包拯佯装发怒地说：“一个牛舌值几个钱，这样的小事还要来麻烦本官吗？”接着命衙役将告状的牛主人轰了出去。
牛主人忍气吞声地回家，把没有舌头的牛杀了，将牛肉送到集市上卖了。
时过不久，又有人来告状，说有人私自杀掉耕牛。牛是用来耕地的，历朝历代都有规定，不得乱杀耕牛，杀牛是违法的。
包拯见有人告状，直接升堂，衙役将告状之人带上来后，包拯劈头盖脸地就问：“你为何割了人家的牛舌，从实招来。”
告状之人听罢大惊失色，没有用刑便招供了。原来牛舌头真的是他割掉的，他见县太爷没有理会牛主人的控告，欲对牛主人施以更大的打击，便来告发牛主人擅杀耕牛。正好就落入了包拯的圈套。
包拯因断案如神而闻名于当时。后移任端州知州，升为殿中丞。端州出产砚台，他的前任知州假借上贡的名义，随意多征几十倍的砚台送给权贵们。包拯命令工匠只按照上贡朝廷的数目制造。一年过去，他没有拿一块砚台回家。
不久，包拯又被授为监察御史，加按察使，历任三司户部判官，出任京东转运使，改授尚书工部员外郎、直集贤院，移任陕西，又移任河北，进京担任三司户部副使。天章阁待制、知谏院，龙图阁直学士，兼殿中侍御史。
包拯在朝为人刚毅，贵戚宦官都很怕他，做人做事也为之收敛。人们把包拯笑比黄河水清了，老幼妇孺都知道他的大名，喊他为“包待制”或包龙图，因他曾任龙图阁学士。京城人称他说：“关节不到，有阎王爷包老。”
俗小说包公案一书，里面包公断案的故事，有一半是真的，其余皆为小说家之杜撰。至于说他日断阳、夜断阴则是随口附会之辞，不能当真。
嘉祐三年（1058年），包拯奉旨为御史中丞，其直言敢谏的作风仍然不改。上奏赵祯说：“太子空缺的时间已经很久了，天下人都很担忧，陛下长时间犹豫不决，这是为什么？”
赵祯问道：“你又说到这件事了，那么朕问你，谁可立为太子？”
包拯说：“臣没什么才能，叨蒙皇恩而担任朝廷官职，之所以请求皇上预立太子，是为国家长远着想。陛下问我想让谁做太子，这是怀疑我啊。我已年届七十，又没有儿子，并不是谋求好处的人。”
赵祯高兴地说：“朕会慢慢考虑这件事的。”
原来，包拯有一子名叫包篯，娶妻崔氏，由于壮年去世，崔氏无出，守节不再嫁，故包拯面奏赵祯，自称无子。包拯有一个媵妾宋氏，怀有身孕时离开了包家，在母家产生一男，崔氏秘密收养，母子俱全，包拯并不知情。嘉祐六年（1061年），包拯晋升为枢密副使，次年病终，临终前，崔氏才向公爹说明他还有一个儿子，并将这个儿子带进包府。包拯命取名綖。他在遗嘱中说：“后嗣倘得为官，当谨守清白家风。如若犯赃，生不得放归本家，死不得葬大茔中，不从吾志，非我子孙。”
包拯去世后，赵祯下诏追赠礼部尚书，谥孝肃。包拯之事，在这里随笔说完。
赵祯表面上不急，其实心里比谁都急，为了使自己有个儿子，他制定了一个造子计划，重新召回被逐出宫的杨美人。杨美人是刘太后的姻亲，色艺双全，重新入宫之后，晋封为婕妤，后又加修媛、修仪，无奈秀而不实，肚子仍然不争气，生不下儿子，曹皇后及以下诸嫔妃，也没有一个能为赵祯完成生儿子的任务。
赵祯见宫中的女人不能为他生儿子，便实行了第二步计划，命人从民间挑选十名良家少女进宫，号称宫中十阁，每天晚上，轮流召幸这十名少女。被召进宫的十个女子脸蛋虽然长得很漂亮，但素质并不怎样，她们见皇上如此宠爱，便有些飘飘然，不知道自己姓什么了，在宫中颐指气使，骄横无比，把皇宫闹得鸡犬不宁，而她们的肚子照样不争气，没有一个能怀上龙种。御史中丞韩绛将宫中十阁闹得不成名堂的事密奏给赵祯，赵祯一怒之下，将十名女子全都赶出宫去，同时还放出了一二百宫女。
嘉祐四年(1059年)时，文彦博因老病辞职，富弼也丁母忧守制在家，刘沆与枢密使王德用也都先后免职，韩琦为同平章事，宋庠、田况为枢密使，张升为枢密副使。
韩琦继欧阳修、包拯之后，再次向赵祯提出立储的事情。他说皇嗣的建立，关系到天下安危，劝说赵祯以江山社稷为重，尽快册立储君。
赵祯说后宫已经有人怀孕了，等分娩后再说，结果生下来的又是个女儿。
韩琦将《汉书孔光传》送呈赵祯看，说：“汉成帝没有儿子，立皇弟的儿子做皇子，他只是一个平庸的皇帝，尚且如此，何况陛下这样的明君呢？太祖皇帝手定天下，却传给皇弟，不传给皇子，陛下何不效法先祖，选择宗室为太子？”
赵祯仍然是犹豫不决。
嘉祐六年（1061年），曾公亮和韩琦共为同平章事、欧阳修为参知政事、司马光为知谏院，这几个人一再力请立储，赵祯这才同意册立皇太子。
七年八月，赵祯命翰林学士王珪草诏，立赵宗实为皇太子。
赵宗实就是前面说过，由曹皇后奏请赵祯取入宫中抚养长大的。他一向住在宫里，喜祐四年（1059年）十一月，生父汝南王赵允让病逝，追封为濮王，赐谥安懿，他才出宫去居守父丧。守丧期满，奉诏立为太子，改名曙。
其实，赵宗实对太子之位并不怎么感冒，刚接到宗政寺的任命以后，一再推辞，不肯接受。在中国古代，这是一件很有意思的事情，为了取得皇位继承权，许多宗室子弟相互争斗，甚至骨肉相残。而赵宗实真心实意地力辞不就，两者形成了一个鲜明的对比。
赵宗实不愿当太子，与他老成持重、恪守孝道有关，一方面，他当时正在守父丧，他不愿因皇子之位而使孝道有亏，另一方面，一夜之间忽然得到尊位，前途未卜，不知是祸是福。王府记室周孟阳曾问他为何不奉诏。他说：“我并非要想求福，实在是要避祸！”
周孟阳开导说：“现在天下都知道你是皇位的继承人，你一再推辞不受，假如别人登上皇位，你就能平安吗？”
周孟阳的话正中要害，也是赵宗实面临的一个很现实的问题，一旦他人成为太子，赵宗实不但永无宁日，而且还有性命之忧。
赵宗实听罢才恍然大悟，受命入宫。进宫之前，他还对家人说：“一定要照看好房舍，皇上如果有更合适的人选，我会立即回来的。”看来，他把进宫当太子，看成是出门做生意一样，生意不成，他还会回来的。
半年之后，也就是嘉祐八年（1063年）三月，赵祯驾崩于福宁殿，遗诏皇太子赵曙即皇帝位。总计赵祯在位四十二年，改元九次，享寿五十四岁。
赵祯是两宋在位时间最长的皇帝，死后庙号仁宗。