在联合舰队接到“大海令”的同一天，“日向”号战列舰在训练时发生意外事故，炮塔爆炸，造成70余人死伤。
仅隔两天，日本海军再遭当头棒喝，小航母“祥凤”被美军击沉。接下来的珊瑚海海战，表面上日本人占了上风，但在战略上损失很大，不仅没有达到攻占莫尔斯比港的预期目的，就连备战中途岛都因此受到了连累。
高木舰队的两艘航母，“翔鹤”负重伤，在返回日本途中就差一点翻掉，最后一瘸一拐好不容易才得以开入军港。该航母是太平洋舰队战争开始以来，日本海军损伤最重的大型舰船，一检查，至少需要一个月才能修复，这也就是说，它将不能参加中途岛作战。
几天后，高木舰队的旗舰“瑞鹤”入港。“瑞鹤”虽然船身没有受伤，可飞行人员损失了近一半，阵亡人员中排在第一位的是海军少佐高桥赫一。
在空袭珍珠港时，高桥担任俯冲轰炸机队的队长，此人作战风格冷静犀利，被封为“舰爆豪杰”，他与渊田、村田等人同属日本海军航空兵中的佼佼者。
日本海军并没有中断过对飞行员的培养，新飞行员可以不断补充，但新飞行员无论多么求战心切，多么悍不畏死，都不能完全替代这些技术娴熟、富有作战经验的沙场老兵，他们才真正称得上是日本海军的力量之本，因此，高桥及一批老飞行员的死，对日本海军造成了沉重打击。
另外，舰载机与航母之间还有一个配合问题。“瑞鹤”到港时，离机动部队出发只有一个星期，即便马上补充飞行员和飞机，也来不及对补充人员进行舰上训练，显然，“瑞鹤”也无法参战。
高木舰队原来就属机动部队编制，番号为第五航空母舰战队。它们的意外缺席，令机动部队陡然少了三分之一的空中攻击力，而在重大战役中，这一变故极可能决定最后的胜负。
“翔鹤”进港的当天，曾因未能追上“翔鹤”而抱憾的美军“海神”号潜艇给山本来了个下马威。这艘潜艇在日本九州外的海底潜行时，发现日军潜艇“伊-164”正在水面行驶，“海神”当即瞄准对方驾驶指挥塔开火，仅用一发鱼雷，便把毫无戒备的“伊-164”送上了天。
“伊-164”在联合舰队中属第五潜艇战队，根据“MI行动计划”，第五潜艇战队是组成日军潜艇警戒线的重要部分。“伊-164”恐怕自己都想不到，会在无意中成为中途岛战役的第一个倒霉蛋，并使他们的上司山本实实在在尝到了“开门黑”是什么滋味。
凡此种种，都给山本的心理蒙上了一层阴影。不过既然“大海令”已经颁布，就没有无功而返的道理，何况从高木舰队的报告来看，太平洋舰队也被击沉两艘航母，实力应该被抵消得更多才是。
日本的舆论也很给军人们壮胆，一家报纸甚至吹嘘说，美国海军的主力舰队此刻正躺在太平洋底，美国有无能力再派舰队到太平洋来，都是大可怀疑的一件事。
1942年5月21日，日军中途岛参战部队在公海举行了为期两天的舰队演习，这是自太平洋战争以来日本海军规模最大的一次演习，也是他们在公海上举行的最后一次演习。
5月25日，上述部队返回柱岛锚地后，联合舰队又在“大和”上进行了最后一次沙盘演习，这标志着中途岛的战前准备已经全部就绪。
午餐时，趁着高兴劲儿，山本命令打开天皇御赐的米酒，举杯痛饮，然而当厨师端上菜肴时，他脸色忽然变了。
不是菜不好吃，是菜名太晦气。这道菜叫“加酱烧鲫鱼”，“加酱烧”在日语中的发音跟“失败”相同。
就算不烧“庆功鲫鱼”，来道“鼓劲鲫鱼”也好啊，偏偏是“失败鲫鱼”！可这又怪不得厨师，毕竟人家也不是故意的，谁知道你们这帮打仗的如今这么讲究？
说到底，是山本并未能真正摆脱心底的那道阴影，否则他又何至于如此迷信？
酒在肚里，事在心头，既然撞上了晦气，不冲下喜是不行了。山本将机动部队的起锚日定于5月27日，这是日本的海军节，也是对马海战的周年纪念日。
对马海战是山本从军后参与的第一仗。在那一仗中，他的左手被炸掉了两根手指，如果他当时被炸掉三根手指，按照有关规定，他就将作为伤残人士退出海军。
保留一根手指，就让山本在三十多年后接了前辈东乡的班，在日本人看来，这岂非天命？山本自己也做如此之想，他之所以选择这一天起锚，就是希望中途岛之战能成为第二场对马海战。
1942年5月27日，南云率机动部队第一个起锚出发。5月29日，近藤部队、高须部队、山本舰队也先后启程。
然而不祥之兆似乎仍在继续。就在联合舰队出发前的一个晚上，山本的好朋友、一名海军战队司令官做了个梦，梦见他在为竣工的船舶举行下水仪式，结果滑轨上的船突然就翻了。不用说，这梦做得简直比“失败鲫鱼”还要让人难受。
这名司令官没敢把自己的梦讲给山本听，但山本的心其实已经在摇晃个不停。出发前，他给情人写了封信：“说心里话，对这次出征作战，我并没有寄予多大的期望。道路崎岖坎坷，已到顶点。”
山本的私生活应了一句中国俗语，叫妻不如妾，妾不如偷，不过也正是在情人面前，这位“日本战神”才肯摘下面具，说出自己的真实感受。
当然，这些大多是事后才翻出来的零碎。战前如果让看客们下注，没有几个人会预测日本输，事情明摆着，山本在中途岛战役中投入了总计200余艘舰艇，几乎包括了联合舰队的所有船只，其中仅航母就有8艘，战列舰17艘，其舰艇数量之多，弹药之充足，火力之凶猛，都是前所未有的。
如此神话一般的舰队，别说偷袭珍珠港时不能相比，就算放在世界海战史上，也堪称奇观。
一名日军军官说他在前往中途岛途中，满脑子都是珍珠港和印度洋作战中的胜利，至于中途岛，他的看法始终是：“战争很简单，我们能打赢，攻下中途岛易如反掌。”