那还是山本在担任海军次官时，有一段时间，经常有些不伦不类的人跑到海军省，一进门就叫嚷着要见山本。这些人都穿着长及膝盖的和服，蹬着木屐。负责接待的海军省秘书官实松让察言观色，左看右看，都觉得这些人不像山本的粉丝，便把他们引进秘书室，想听听他们到底有些什么要求。
没什么特别要求，程序都是一样的，就是先宣读“劝辞书”，要求山本老老实实地请辞下台。如果不干呢，后面还有“锄奸书”，即“替天行道，诛讨山本”。有人甚至扬言，第二天就要给山本放放血。
在意识到山本有生命危险之后，实松一边设法打发走这些不速之客，一边通知山本赶快躲避。山本嘴还挺硬，说：“就算杀了我也没用，我相信，即使换上五个甚至十个新的次官，也丝毫不能改变海军的观点和立场。”
话虽这么说，可看到外面的人都排着队要你的脑袋，山本心里也是咚咚咚直打鼓。昭和时代，死于刺客之手的军人政客太多，连首相犬养毅都让人给杀了。偏偏海军省又没宪兵队，于是只好靠警察来进行巡逻保护。试想一下，连首相府的卫兵都救不了首相，几个警察又能顶什么用？
按日本人的习俗，临死前要换新的兜裆布。在被死亡威胁笼罩的那些黑色日子里，山本几乎每天都要换一块兜裆布。为此他还预先写了遗书，秘密地藏在海军次官的保险柜里。
如果不是执掌联合舰队，山本的兜裆布兴许还真派上了用场。之后他就不存在这种担心了——海军司令可以在海军舰艇上办公，刺客再牛再狠，也没法混到军舰上去。
山本长长地松了口气，笑着对副官说：“你看，‘长官’（联合舰队司令长官）这个称呼还不错嘛，也挺吃香的。海军‘次官’算个啥，不过是个高级勤杂工而已。”
山本自己的人身安全虽然有了保障，但关于日德结盟的争论并没有结束，而且还在朝着与他愿望完全相反的方向发展。
就在山本出任联合舰队司令官的当天，即1939年9月1日，德国突然出兵波兰。仅仅三周过后，波兰便整体沦陷了。
进入1940年，德军的闪电战更显彪悍，在极短的时间内便先后攻下荷兰、比利时、法国等一批国家，并迫使英法军队实行敦刻尔克大撤退。
在缺乏道义的世界里，大家讲究的通常都是一个原则，即“得势叠肩而来，失势掉臂而去”。现在德国如此得势，日本人看得目瞪口呆。
昭和时代的日本，政府不过是橡皮图章，左右这块图章的是陆军。既然有可能跟着德国捡便宜，陆军便抱着“日本不能落伍”的想法，来了个见风使舵，不停地推着政府与德国和意大利进行谈判，以便商议签署三国同盟条约。
此前，海陆军一直陷于分裂。山本、原海军大臣（海相）米内光政，加上海军省军务局长井上成美，被称为海军亲英美派的“三驾马车”。这三人公然与陆军唱反调，成为日本迟迟无法与德国结盟的一个重要原因。
到了1940年，“三驾马车”已经分崩离析。米内辞去了海相一职，井上也被调到中国战场，担任舰队参谋长。在海军高层，唯一能够说得上话的，就只剩下一个山本。
签约之前，现任海相及川古志郎在东京召开了海军首脑会议。与“三驾马车”不同，及川是一个信奉“和为贵，忍为高”的人。有人揶揄他说，就是有一只咬人的狗扑来，及川也会绕道躲避。
这样的人当然是多一事不如少一事，更不愿意继续与陆军闹别扭。说到底，大家都是给天皇打工的公务员，一天少不了你三顿饭，有什么必要去惹那些闲气？
及川主持的这次海军会议，名为征求意见，实际上是向陆军妥协，为签约扫清道路，所以还没展开充分讨论，他就提前定了调：“如果海军继续反对结盟，势必导致政府内阁总辞职，作为海军来说，是负不起这样重大责任的，希望诸位最好表示赞成。”
这话一抛出来，分明就是只准举手、不准说话的意思。众人你看看我，我看看你，都不敢言语了。山本见此情景，首先站起来说：“我任海军省次官时，就看过军用物资的进口计划，上面80%都来源于英美，如果与德意缔结了同盟条约，势必要失去这一来源，到时我们用什么办法来弥补这一损失呢？”
及川听了无动于衷，只是一个劲儿地重复他那车轱辘话，也就是意见可以保留，举手还是照旧。
山本的忧虑有没有道理？当然有道理，但与会官僚大多跟及川差不多，属于做一天和尚撞一天钟的类型。像山本这样，就算是丢下砖头瓦片，都要求依次着地的认真的主儿，又能有几个？于是在及川的主导下，会议很快呈现出一边倒的趋势，山本成了孤家寡人。
会议结束后，及川向山本表示抱歉：“事情也是迫不得已，在三国结盟这件事上，政府和天皇都已做出决定，我们只能执行命令，请多原谅吧。”
山本不听这话还好，一听更加气愤：“难道一句原谅就算了吗？”
1940年9月27日，德意日三国政府的代表在柏林正式签署了三国同盟条约。
日本选择与德国结盟，并不是真的想马上与美国翻脸。恰恰相反，它是要刺激美国，逼对方跟自己多亲近亲近——你看，我遇到了比你还英俊的，赶快抛个媚眼过来吧。
谁料美国不仅没抛媚眼，还把日本默默地恨上了。在美国人眼里，英国和欧洲国家才是关系最铁的哥们儿，平时或许瞧不出来，你经常会看到他们拌拌嘴、吵吵架什么的，只有到了危难关头，人家那种“你吃饭我喝粥，你喝粥我喝水”的真情才流露出来，这哪是日本能比得了的？
德国是英法不共戴天的敌人，现在日本又与德国成了盟国，美国自然就不会对日本有什么好感。当时的美国报纸宣称，“日本已用政策做出决定，要与我们为敌”了。
美国国民注视日本人的目光一天比一天冷，物资禁运的措施也越来越苛刻，山本的担心逐渐成为现实。
山本在给同学的信中愤然写道：“现在才感到美国的压力，未免为时太晚了吧！这不正像一个小学生只图一时痛快，而盲目行事吗？”
不过，在说出这番话的时候，山本的内心其实已迸发出了另外一个念头。