与陆战队连战连捷不同，这段时间，海军已经多次受挫。
第二次所罗门海战结束后，“萨拉托加”号便撤至澳大利亚一带，进行防御性巡逻。为保证有限的航母不再受到攻击，南太平洋舰队司令戈姆利专门发出指示，要求除非万不得已，所有航母一律不得越过南纬10°线。
真是“卖油的娘子水梳头”，明明有航母，却不能用、不敢用，这就已经够憋屈了，可就这样小心到不能再小心，祸事来了还是照样挡不住：一艘日军潜艇悄悄地盯上了“萨拉托加”号，并在上浮后一口气向它发射了六枚鱼雷。
关门家里坐，祸从天上来。在其他驱逐舰的掩护下，受到重创的“萨拉托加”号在将大部分舰载机转移给“企业”号后，自己慢慢开回珍珠港进行修理，太平洋舰队的宝贝又少了一个。
“萨拉托加”号和它所载的“野猫”式战斗机，航母上的地勤人员正在用升降机对飞机进行移动
“萨拉托加”号是旗舰，遇袭时弗莱彻就在上面，他也因此受了轻伤，被尼米兹安排休假养伤，从而离开了前线。
在弗莱彻指挥航母编队期间，共损失了两艘航母（“列克星敦”号和“约克城”号），另外两艘航母（“企业”号和“萨拉托加”号）遭到严重破坏。有人说他只是运气不好，还有人说他不适合担任海上指挥官。不过有一点是毫无疑问的，那就是弗莱彻任何时候都可以骄傲地站出来说：“在中途岛海战中，我是一名指挥官！”对于一名海军军人来说，有此战绩和荣誉足矣。
按照戈姆利的规定，航母不能越线，别的军舰可以。不料几天后，两艘美军驱逐舰也在“狭道”被击沉，而击沉它们的，正是从事“东京快车”的日军驱逐舰。
出门遭暗算，不出门也遭暗算。海军本来是要保护航线安全的，结果他们自身的安全反而没了保障。
尼米兹对此忧心忡忡，但他知道海军绝不能因为危险而固守不动，相反，还必须加速向瓜岛运输兵员和物资，否则陆战队随时可能陷入困境。
运输舰队不能没有航母编队的护航。原先的两艘航母，“企业”号的战斗力尚未恢复，“萨拉托加”号最早也要到12月才能重返南太平洋，尼米兹于是紧急将“大黄蜂”号召回。
加上已从大西洋调来的“黄蜂”号航母，太平洋战区能用于作战的航母重新恢复到了两艘。在尼米兹的督责下，戈姆利组织了六艘运输舰，并以“黄蜂”号和“大黄蜂”号为主组成护航编队，着手向瓜岛增援。
戈姆利小心翼翼地挑选了一条避开日军舰队的航线，尽管如此，9月15日上午，日军侦察机还是发现了运输舰，两艘日军潜艇闻讯火速赶往指定海域。
日军潜艇的隐蔽性和攻击力都很强。以出击潜艇中的“伊-19”号潜艇为例，它使用的武器是“长矛”鱼雷中的一种——95式鱼雷。这种鱼雷使用百分之百的氧气作为推进动力，不仅航迹不明显，而且威力极大，通常一枚鱼雷就可以击沉一艘驱逐舰。此前，包括“萨拉托加”号航母在内的美舰，已经吃过许多苦头。
两艘日潜艇本为袭击运输舰而来，但是无意中撞见护航舰队，这让他们有了捡到金子般的欣喜：“我们撞到大运啦！”
日潜艇立即分兵两路，“伊-19”号盯住“黄蜂”号航母，另一艘潜艇“伊-15”号直奔五海里外的“大黄蜂”号。
当“伊-19”号与“黄蜂”号的距离缩小到1200米时，潜艇鱼雷手向航母连续发射了四枚鱼雷。“黄蜂”号发现敌情后急忙转舵，但只躲过一枚鱼雷，船舷被另外三枚鱼雷同时击中，随即舰面燃起大火。
第二次所罗门海战时，“企业”号也着过火，不过消防人员很快就替它解决了致命危险。与“企业”号情况不同的是，“黄蜂”号的消防水泵也被炸坏了，因而妨碍了救火。
滚滚黑烟在银光闪耀的海面上来回翻腾，危机不断加剧。“黄蜂”号紧接着又发生了一连串爆炸，其中弹药舱的爆炸掀掉了其关键部位，200多人当场殒命。眼见航母已大量进水，舰长只得下令弃舰：“全体舰员离舰！”
“黄蜂”号举行穿越赤道的祭祀仪式。在航母穿过赤道的前一天晚上，先由船长等老舰员化装成“海神”（图中戴王冠者）及其助手，接着“海神”会将面粉涂抹在新舰员的脸上，并用高压水龙头把他们喷成落汤鸡。航母过完赤道后，参与活动的人还会领到一张纪念证书
一艘美军驱逐舰奉命用鱼雷将“黄蜂”号击沉。这艘倒霉的航母加入太平洋战场后，尚未来得及建功，就遭遇了永沉海底的命运。至此，“大黄蜂”号成了美军在太平洋上唯一能战斗的航母。
本来“大黄蜂”号也在劫难逃，“伊-15”号已瞄准了它，千钧一发之际，一艘护卫驱逐舰舍身堵枪眼，以自身被击沉为代价，才使它得以幸存。
此次遭遇战，除损失一艘航母、一艘驱逐舰外，南太平洋舰队还有一艘战列舰受到重创。
美国海军专门成立南太平洋舰队，是为了更有效地组织该海域作战，可是自这个相当于军区的舰队成立后，海上战事一直都不顺。尼米兹协调全局，自然是心急如焚。他本身患有神经性紧张的毛病，专家建议通过打靶来缓解紧张，在战事紧张的那些天里，目击者看到，尼米兹每天早晨都要在手枪射击场待上很久。
“9·15”遭遇战打完，尼米兹再也坐不住了，不把那句话说出来实在是憋得慌啊：你们这仗究竟是怎么打的？
戈姆利作为南太平洋舰队司令，应负首责，但当尼米兹要他做出解释时，他把责任推到了另一位指挥官的身上。那位指挥官也非善茬儿，立即反唇相讥。
两人你一言我一语，各不相让。打仗不行，吵嘴功夫倒都是一流。尼米兹最烦这种相互推诿，只是战事紧急，为避免进一步影响士气，他才没有继续深究下去。