4月12日至13日，也就是岛上日军实施夜袭的同一时期，丰田发动了“菊水二号”。
在“菊水一号”中，由于损失的飞机来不及补充，参与“菊水二号”的飞机数量明显减少，总共是392架飞机，其中特攻机202架。为了弥补飞机数量不足的缺陷，日军在攻击战术上做了一些改进，以前都是特攻机直挺挺地僵尸一样往上冲，现在改成先用战斗机吸引美军战斗机，等美军战斗机燃料耗尽，返回航母加油时，特攻机再飞至舰队上空进行攻击。
此外，日军还大量准备了“樱花弹”等新的自杀式武器。之前美军曾注意到，在几架双引擎日机的机身下装有两个很小的襟翼。一开始他们没搞清楚这是做什么用的，后来经过研究才发现，这两个小襟翼居然就是“樱花弹”的旋翼。“樱花弹”其实是一种由双引擎轰炸机运载的单人驾驶滑翔机，远远看去，就像装了小翅膀的鱼雷一样。当接近攻击目标时，“樱花弹”即脱离母机的挂弹装置，由飞行员操纵着，依靠惯性和滑翔能力撞向攻击目标。
“樱花弹”装有800千克高爆炸药，如果真的撞到舰船上，杀伤力不可低估，不过能撞到舰船的机会其实并不多，整个冲绳战役中，只有四艘驱逐舰被“樱花弹”击中，而据日本东京电台透露，日方总共使用了300发“樱花弹”。由此可知，大部分“樱花弹”没有击中目标，中途就掉海里去了，这使美国海军对“樱花弹”有了新的认识，称之为“八格弹”，意即“蠢弹”。
尽管“蠢弹”的实际作战效能并不突出，但在初期却让美国海军着实感到恐怖。在4月12日的“菊水二号”作战中，“艾贝尔”号驱逐舰就被“樱花弹”拦腰炸成两截，当即沉没。另一艘驱逐舰也被“樱花弹”击中爆炸。
经过“菊水二号”，日军以损失飞机205架的代价，共击沉美军驱逐舰、登陆艇各一艘，击伤包括战列舰、驱逐舰在内的各式舰船13艘，许多海军官兵在空袭中被打死打伤。
舰船倒也罢了，沉了可以再造，关键是官兵们为此而流的鲜血。尼米兹对部属的伤亡痛彻心肺，在每天给夫人的家信中，他都提到了这种痛苦的心情。
美军在读谷机场缴获的一架“樱花弹”。它的舱门从里面不能打开，也没有起落架，无法驶回基地降落在跑道上，这就决定了驾驶“樱花弹”的飞行员从开始飞行的那一刻起，就只有死路一条
如果巴克纳可以及早结束岛上作战，美军舰队就不用白白地在海上挨炸，到底岛上发生了什么情况，为什么会毫无进展呢？尼米兹很想就此问一问巴克纳，但他非常清楚“将在外军令有所不受”的道理，向来也很少干涉前线将领的指挥，这使得他内心十分矛盾和纠结。
在击溃日军的夜袭后，岛上的美日两军主要进行的是炮战，以炮对炮，你轰我，我轰你，似乎不见巴克纳有什么积极的措施。唯一能使人得到一些安慰的是北部战况稍算顺利，海军陆战队克服重重困难，占领了除本部半岛以外的大部分地区。4月16日，经过三天激战，陆战队又攻下了怪石嶙峋的八重岳。站在八重岳的山上，整个本部半岛一览无余，至此，北半部的战斗实际已经结束了。
美军并不了解牛岛的具体部署，不知道日军主力全在南部，北部只有两个大队，而且南部防御体系之复杂也非北部可比。指挥层所掌握的情况仅仅是，北部都快要“结账”了，南部还没有一点儿眉目，连究竟鹿死谁手都还说不清楚，这怎么能行？
企盼中的速战速决变成了海陆两方面的消耗战，而且眼看着有演变成另一个瓜岛战役的趋势。4月16日，海军陆战队司令范德格里夫特带着两名幕僚来到关岛指挥部，请求尼米兹能派他去视察冲绳，以便亲自解决那里出现的问题。
尼米兹没有同意，他让范德格里夫特先视察关岛和硫黄岛的部队，表面的解释是冲绳岛战斗激烈，危险性太大，任何高级官员都不能随便冒险前往。范德格里夫特是如此，其他人也一样不能破例——要是可以去，他尼米兹早就去了。
内心深处，尼米兹一方面仍不想打破自己不轻易干预前线作战的惯例，另一方面，他也必须顾虑到，范德格里夫特代表着陆战队，而现在岛上的陆战队又归巴克纳指挥，派范德格里夫特登岛，明眼人都能看出是对巴克纳指挥上的某种不放心。尼米兹希望能够一碗水端平，以免引起海陆两军之间不必要的纠纷。
可是形势的发展却不容许尼米兹如此气定神闲。就在4月16日当天，丰田实施了“菊水三号”作战，共出动飞机498架，其中特攻机196架。出发前，特攻队员举行了祝酒和祷告仪式，随后他们便从九州岛和台湾岛的机场起飞，在“零”式和其他轰炸机的护航下，朝冲绳海面的美军舰队袭来。