到此为止，除突进市内的快速部队，美军三个师的大部队已从外部将马尼拉紧紧包围，其中骑一师、第37师像一把抡起来的铁锤，从北面狠砸下来，第11空降师固守南面，仿佛是坚固的铁砧，使得日军无法寻机退入南面山区。
快速突进的打法，是遇饭吃饭、遇粥喝粥，只要能够快速插过去，其他均退到其次。城市攻坚战就不同了，这里的日军全都据守在一幢幢大厦里，很难把他们赶出来。同时出于保护菲律宾平民的考虑，麦克阿瑟禁止使用飞机轰炸日军的据点或进行空中支援，甚至重炮也被要求尽量少用，这无疑又加大了攻坚的难度。
美军不得不一幢楼一幢楼地进行攻击和搜索，每前进一步都要付出惨重代价。2月7日，第37师终于在坚硬的外壳上敲开缺口，突入马尼拉市区，得以与前几天营救战俘的先头部队会合。麦克阿瑟不顾幕僚们的劝阻，搭乘第37师的一辆坦克跟了进来，并发表公报，宣布：“美军已突入马尼拉的城区，马尼拉的秩序将会很快得到恢复！”
然而，战斗并没有像麦克阿瑟说的那样在短时间内结束，非但如此，还越来越难打了。2月12日，马尼拉的两万日军收缩至南部滨海地区。这里有古老的旧城墙，城墙用厚厚的石头垒起，非常坚固。美军冲不进去，只得用重炮和迫击炮连续轰击，城区被炸成一片火海。
当肃清马尼拉残敌的扫尾战斗还在继续时，麦克阿瑟已经把注意力集中在了巴丹半岛和科雷希多岛上。
科雷希多岛扼守着马尼拉湾，不夺回该岛，美军就无法安全地使用马尼拉湾以及港口设施。除此之外，对麦克阿瑟来说，巴丹和科雷希多还具有深刻的象征意义，哪怕迟一天收回，心里都会堵得难受。
第37师的两名士兵在马尼拉街头。照片上的铁丝网和士兵凝重的神情，都显示着市内作战的艰险
吕宋岛上的日军与外界的通信联系早已中断，这使得美军在情报收集方面变得较为困难。当时认为日军在巴丹建立了坚固阵地，并有6000～8000人驻守，就像当初美军守巴丹一样，所以麦克阿瑟判断那里将有一场恶战。实际上，巴丹半岛上只有少数日军，抵抗力也微乎其微。
眼见收复巴丹胜利在望，麦克阿瑟抑制不住喜悦之情。2月16日，在几名参谋的陪同下，他决定亲自到前线视察。
一行人乘两辆吉普车，沿海岸公路行进。麦克阿瑟不断地催促驾驶员：“向南，向南！”
驾驶员一直开一直开，结果开到了超出战线8000米的地方，到了日军的范围内。如果不是一座桥挡住去路，车可能还会开得更远。
一批美军的P-38“闪电”式战斗机打这里经过，还以为他们是日本人，便准备进行扫射。幸亏飞行员还不算鲁莽，扫射前用无线电与地面人员核对了一下。地面人员知道麦克阿瑟可能在这条路上的某个地方，马上通知飞机不要随便攻击，这才把麦克阿瑟从自家飞行员的枪口下给救了出来。
麦克阿瑟到前线，不光是为了亲眼见证巴丹的最后收复，他还有意观看正在科雷希多岛实施的空降行动。
就在这一天，第503空降团的约1000名士兵在科雷希多最高处的阅兵场和高尔夫球场实施了空降。
根据掌握的情报，科雷希多只有约900名日军，加上又经过了反复轰炸，麦克阿瑟判断夺取科雷希多相对会比较容易，用一个空降团“黑虎掏心”，便可一举奠定胜局。等到空降团落到地面上，他们才发现岛上的日军超过了5000人，跟巴丹的情况正好相反。
日军对空降行动措手不及，这让空降团讨了一个便宜。不过，日本人接着就清醒过来，并展开反扑。空降团寡不敌众，伤亡达到了四分之一。
情况变得复杂了。同一天，美军通过两栖登陆和持续空降，使科雷希多岛上的美军增加到3000人，然而仍无法一锤定音。
2月21日，美军拿下了整个巴丹半岛，而科雷希多岛上的战斗似乎才刚刚开始。5000名日军，如果阵地对阵地，面对面地打，并不难解决，但他们并不是协调有序的部队，组织相当混乱和分散，而这种状态的日军往往最难对付，有许多人甚至不惜炸毁坑道和山头，和美军同归于尽。
2月26日，科雷希多岛上枪声渐息。这场战斗充分显示出东西方两支军队的不同。在极端的武士道精神教育和宣传下，日本士兵通常都会认为，在战场上即便自杀也不应投降成为战俘，当了战俘不仅同样可能会被对方处死，而且意味着失去尊严。当听说一些被俘的美国兵要求通过国际红十字会通知其家人时，他们对此感到非常纳闷和诧异：这些卑劣的美国人怎么会厚着脸皮举起双手投降，还要让他们的父母也为他们感到羞愧呢？
三年前，驻岛的美军只抵抗了12个小时，指挥官温赖特在发现抵抗变得毫无意义后便决定投降。三年后，明知必亡的日军硬是与占绝对优势的美军打了整整11天，除21人逃跑外，其余全部被打死。实际上从结果来说，11天跟11个小时相比，并没有什么本质不同。
第503空降团空降科雷希多。伞兵部队以空降到战场为主要作战方式，特点是装备轻型、机动性高、兵员精锐
麦克阿瑟乘坐鱼雷艇象征性地回到了科雷希多。这是一个非常具有戏剧性和传奇性的时刻。当初他在一个阴沉的夜晚离开，现在则在明媚的阳光中实现了王者归来。
路还是离开时的原路，麦克阿瑟对部属们说：“诸位，回来的路程真是漫长。”登岛后，他下令前敌指挥官在日军阵地的废墟上升起美国国旗：“让你的部队把军旗升到顶，再也不要让敌人把它拉下来！”
2月27日，经过长达三个多星期的鏖战，马尼拉之战终于宣告结束。后来打扫战场时发现，有近17000名日军被击毙，约3000人得以逃脱。美军的损失也不小，仅在市内的战斗中就伤亡了6575人，其中战死1010人。当然损失最惨重的还是市内的菲律宾平民，在日军实施的疯狂大屠杀中，被屠杀的平民超过了10万人。
当麦克阿瑟踏上刚刚被美军收复的马尼拉大街时，市内已经满目疮痍，连空气中都充满着尸体的恶臭。曾经高大而庄严的树木只剩下断枝残叶，昔日闻名的大厦更是仅留下躯壳，那些熟悉的界标和城市标志全都无影无踪。
三年前，美军从马尼拉撤出时，为保护这座美丽的远东都市，麦克阿瑟按照战争惯例，宣布马尼拉不设防。此次日军虽然也表面宣布不设防，事实上蛮横无理地进行了破坏和屠杀，这被认为是日本最大的战时罪行之一。麦克阿瑟对此义愤填膺，他说：“这一片灰烬，已经决定了肆无忌惮的敌人将遭到同样的下场。”