但是等到节庆和礼仪为严肃的协商所取代，希腊人马上对他们的旅程、自己的行为以及教皇都感到不满。教皇的使者用一支妙笔把教皇描述成威望正隆的模样，位阶列在欧洲的君王和主教的前面，他们对他毕恭毕敬唯命是从。费拉拉的大公会议那层微薄的掩饰很快暴露出他的软弱，拉丁人在首次会期开始时，仅仅只有5位大主教、18位主教和10位修道院院长出席，绝大多数人员都是意大利籍教皇的臣民和老乡。西部的权贵除了勃艮第公爵，没有人亲身拨冗前往参加或派出代理的使节，而且这个会议既不能推翻巴西尔合法的决议，也不会反对尤金尼乌斯的身份和地位，这些都是上次会议新的选举最后获得的结论。处于这种状况之下，有人提出休会或延期的建议，立即付诸表决，得到一致同意。虽然如此，帕拉罗古斯还是得到拉丁人的认同，要从这次不受欢迎的教会联合中赢得世俗的报酬。因而在第一次的会期以后，公开的议程延后6个月。
皇帝带着挑选出的宠臣和一批担任警卫的“新军”，找到离费拉拉6英里的一处宽敞舒适的修道院作为夏季居所，在欢乐的狩猎中忘怀教会和国家的苦难；出猎时，为了获得丰硕的成果完全不遵守规定，根本不理会侯爵或当地农人的抱怨。[114]就在这个时候，不幸的希腊来客遭到远离家园和生活贫困的煎熬，给这些贵宾的生活费每月是三四个金弗罗林，虽说这笔款项的总额不到700，但是由于罗马教廷的窘困或政策，一再发生长期拖欠的状况。[115]他们渴望尽快脱离这个地方，却有三重障碍阻挡他们的逃亡之路：要出费拉拉的城门必须有当局发给的通行证；威尼斯政府要逮捕和遣返逃走的人员；君士坦丁堡有无法逃脱的惩罚在等待他们，像是逐出教会、加重罚锾和定罪宣判，不问圣职的高低一律剥光衣服当众鞭打。[116]希腊人只有在饥饿或争执的交互施压之下，才被说服召开第一次的研讨会，极为勉强从费拉拉赶到佛罗伦萨参加正在全面溃退的宗教会议。转移到新的地点确实有绝对的必要，费拉拉城已经受到瘟疫的传染，侯爵的忠诚令人怀疑，米兰公爵的佣兵队伍正在把守城门，而且他们已经占领罗马的郊区。教皇、皇帝和主教想要找到一条穿越亚平宁山不常使用的道路，不仅相当困难而且多少有一些危险。[117]
然而，教皇所面临的阻碍全部被时间和政策克服，巴西尔的神父带来的暴乱对于尤金尼乌斯推行的运动，不仅没有损害反而产生促进的作用。欧洲的民族都厌恶分裂，不承认他们选举出来的菲利克斯五世，他先后成为萨伏伊公爵、出家的隐士和拉丁教会的教皇。势力强大的国君逐渐都被他的对手矫正观念，变成有利的中立派或坚定的拥护者。背弃巴西尔而到罗马阵营的使节中不乏值得尊敬的人士，这边的人数和声望在无形中日益成长：巴西尔的宗教会议减少到39位主教和300名低阶教士参加；[118]同时佛罗伦萨的拉丁人可以拿出可观的签署名册，包括教皇本人、8位红衣主教、2位教长、8位大主教、52位主教、45位修道院院长或担任圣职的宗教领袖。经过9个月的努力工作和25次讨论会的争辩之后，他们终于达成给希腊人带来利益和荣誉的统一。
两个教会就4个重要的问题产生激烈的争议：(一)圣餐礼用未发酵饼代表基督肉体的问题；(二)炼狱的性质；(三)教皇至高无上的权力；(四)圣灵流出的单一性或双重性。两个民族各派出10名神学辩护士负责对所坚持的观点进行论辩，拉丁人这边由口若悬河的红衣主教朱利安主持，希腊阵营强有力的领导人物是以弗所的马可和尼斯的贝萨里翁。我们看到，他们将第一个问题视为无足挂齿的礼仪之争，因一时一地的风尚不同而产生无害的变异，我们真要大声赞许人类的理性确有很大的进步。第二个问题双方获得一致的认同，说炼狱是一个净化的中间过程，可以消除信徒轻微的罪孽。至于灵魂是否能被自然的烈火净化，成为可疑的论点，在几年之内经过双方的讨论可以解决。拥有至高无上的权力看来是更为重要而关键的问题。然而，东方人一直将罗马主教尊为5位教长之首，因而他们毫不犹豫地承认，他的司法裁量权可以与神圣的教规并行而不悖，这是含糊笼统的认可，出于方便起见，可以加以限制或规避。圣灵的流出究竟是单独来自圣父，还是来自圣父和圣子，这是更要深入沉思的信仰问题，在费拉拉和佛罗伦萨的讨论会中，拉丁人所增加的“暨”字又细分为两个问题，那就是合法与否以及合乎正统与否。
或许我不必在这里吹嘘对这个题目自己所保持的无所偏私、无动于衷的态度，但是我却不能不深入考量，卡尔西顿大公会议反对在尼斯信条，也可说是君士坦丁堡信条再增加任何条款，这一禁令使希腊人获得了极大的支持。[119]很难想象在尘世的事务中，一个立法机构的成员，能够管住有同样权力的继任者，使他们听命于前任的安排。但是神启的指示必然是不可改易的真理，主教个人或省级宗教会议不可以擅自变更正统教会的裁决。就教义的实质问题而论，争执双方势均力敌而且永不罢休；神的流出便可以混淆人的理性；放置在圣坛上的福音书也噤若寒蝉；先人留下版本不同的经文可能出于伪造篡改落于诡辩；希腊人对拉丁圣徒的为人和作品均一无所知。关于这方面我们至少可以肯定一点，那就是任何一方都不可能为对方的论点所折服。理性之光可以照亮偏见，运用我们的天赋才能获得全面的观察，即使表面的一瞥也能辨认清楚。然而那些主教和僧侣从小学习反复诵读成套的神秘语言，民族和个人的荣誉要依靠他们不断念念有词，狭隘的心灵受到公开辩论的恶言相向，变得更为冷酷无情和怒火中烧。
当他们在乌烟瘴气的纷争中迷失方向时，教皇和皇帝却要谋求表面上的联合，否则就不能达成彼此会晤的目标。公开辩驳时的顽固态度，会因为私下面对面的交谈和妥协而缓和紧张的对立情势。年迈和虚弱的教长约瑟看来已是不久于人世，临终的交代使会议平添仁慈与和谐的气氛，留下的空缺给充满野心的教士带来希望。俄罗斯的伊希多尔和尼斯的贝萨里翁大主教主动积极的服从态度获得荣升红衣主教的鼓励和报酬。贝萨里翁在最刚开始的辩论中，一直是希腊教会热诚而有才华的辩护士，如果他被自己的国家指责是背教者和私生子，那么他在宗教的传闻中，他似乎是少见而又典型的爱国志士。他之所以受到宫廷的重用，在于开始时的大声反对和后来的及时顺从。皇帝在两位宗教助理的帮助下，使自己的论点适合当时的全盘状况和主教的个人特质，他们也接二连三被他的权威和榜样所感动。他们的收入为土耳其人所掌握，而他们自身则落在拉丁人手里：仅有的教会钱财，不过是3件衣袍和40个达克特，很快花得干干净净。[120]返国的希望仍旧有赖于威尼斯的船舶和罗马的施舍，他们穷困到这样的地步，以致拖欠了很久应支付的债务，也许贿赂可以发挥作用，让他们当作恩惠接受。[121]君士坦丁堡的危机和获救，可以拿审慎和虔诚的伪装行为作为借口，当时已经对大家暗示，凡是阻碍东西方达成协议的极其顽强的异端分子，将被遗弃在一片敌对的土地，任凭罗马教皇进行报复或审判。[122]
希腊人在第一次私下召开的会议上，形式上的联合计划获得24位成员的赞同和12位成员的反对，但是那企图代表教长的圣索菲亚大教堂的5名十字架护卫者，却因不合古老的纪律而丧失了资格，他们的选举权转移到善于奉承的僧侣、语法学家和凡夫俗子手中。君王的意志产生了一种虚伪和奴性的无异议赞同，仅不过一两位爱国人士敢站出来表达自己和国人的意见。皇帝的弟弟德米特里乌斯不愿成为教会联合的见证人，躲到威尼斯。以弗所的马可误以为自负就是良知，要与拉丁的异端断绝一切来往，自称是正教信条的卫护者和在世的圣徒。[123]在两个民族的条约中提出双方认同的方式，既能满足拉丁人，同时希腊人又不致遭到贬损。他们对于遣词用字很审慎地进行斟酌和推敲，直到最后那天平的横杆微微偏向梵蒂冈一边。双方同意(我必须提醒读者要特别注意)圣灵的流出来自圣父“和”圣子，如同来自一个原则和一种本质；“由于”圣子有相同的特性和本质才有这种流出；圣父和圣子的一次激发和创造使得圣灵流出。要想理解最初草案的各种条款并不那么困难：教皇应该支付希腊人返国所需的经费；必须每年维持两艘战船和300名士兵用来保卫君士坦丁堡；所有运送朝圣者前往耶路撒冷的船只要停靠在该城的港口；只要希腊人提出请求，教皇应该提供10艘战船为期一年，或者是20艘战船为期半年；如果皇帝需要地面部队，教皇会对欧洲的君王提出强制要求给予支持。