君士坦丁堡的光复像是庆祝帝国新时代的开始，皇帝靠着刀剑获得权力，再度在圣索菲亚大教堂举行加冕典礼。他的受监护人与合法的统治者约翰四世拉斯卡里斯，无论是姓名还是位阶都在不知不觉中消失。但是他与生俱来的权利仍旧存在于人民的内心，皇家青年很快到达成人和施展抱负的年龄。帕拉罗古斯出于畏惧人言或良知良能，克制自己的行为，不愿手上沾污皇家的无辜鲜血。但一个篡夺者和身为父母的焦急心态，促使他要确保宝座的安全，就运用现代希腊人熟悉的犯罪行为，虽然这种手法还不够完美。视觉的丧失会使年轻人没有能力处理帝国的政事，于是就用红热的火盆发出剧烈的强光毁损他的视神经，代替过去用暴力剜去眼珠。[299]约翰·拉斯卡里斯被送到一个遥远的城堡(1261年12月25日)，余生在独居和被人遗忘的状况下又活了很多年。
犯下如此冷酷无情和计划周详罪行的人，要是会产生悔恨之心，看来似乎相互矛盾。就算米凯尔七世能够相信天国的慈悲，他还是没有办法避开人类的谴责和报复，这些都是被他的残酷和叛逆所激起的。充满奴性的宫廷被暴虐的行为所压制，唯一的职责是大声颂扬或保持沉默。僧侣依仗不可见主子的名义，有直言的权力。一位高级神职人员领导神圣的军团，他的地位已经超越希望或畏惧的诱惑。阿尔塞尼乌斯辞去教长的职位很短一段时间以后，同意出任君士坦丁堡位阶最高的神职，主持恢复教会的机能和各项工作。他有虔诚的信仰和单纯的个性，长期为帕拉罗古斯的奸诈手法所欺骗。他之所以愿意忍耐和顺从，是要安抚篡夺者不要产生冲动的行为，保护年轻君主不会受到伤害。教长听到这种惨无人道的消息，只有运用宗教的武器，在这种状况下，迷信使人性和公正的理由更为有力。教长在宗教会议中宣布将米凯尔七世革出教门的判决，与会的主教为他那炽热的情绪所鼓舞，虽然他基于审慎的考量，在公开祈祷时还会一再提到米凯尔七世的名字。东部的高级神职人员并不采用古老罗马极其危险的行为准则，也不敢运用实力将对他的谴责落实执行，像是罢黜或驱逐君王，或是解除臣民对他的效忠宣誓。但是基督徒要是与上帝和教会分离，就会成为令人恐惧的对象，在骚动四起和宗教狂热的首都，恐惧可以成为凶手的武器，或是煽动人民揭竿起义的火焰。
帕拉罗古斯明了他所遭遇的危险，承认他所犯下的罪行，但是抗议对他的判决。行为已经无法弥补，所望的奖品已经到手，他恳求进行严苛的忏悔，让他能获得从罪人擢升到圣徒的名声。固执的教长拒绝宣布任何赎罪的方式或任何赦免的希望，他亲自宣布重大的罪行，一定要让正义确实得到伸张。米凯尔说道：“难道你要我放弃整个帝国？”他声称自己愿意交出国家的权力。阿尔塞尼乌斯急着要他履行放弃统治权的誓言，最后知道皇帝根本不愿用如此高昂的代价来解决问题，教长非常气愤，躲进修道院的小室，任凭皇家的罪人跪在门前痛哭流涕。[300]
革出教门的危险和羞辱延续了3年之久，事件的影响渐渐平息，米凯尔七世的忏悔行为缓和了民众的喧嚣。阿尔塞尼乌斯的兄弟出面指责教长不近情理的个性，如此刚愎已经背离《福音书》的宽恕之心。皇帝充满技巧地暗示，要是他仍旧在国内遭到拒绝，他会向罗马教皇寻求赦免的判决。事实上这种判决很容易在拜占庭教会获得解决，所收到的效果也会更大。
民间传播的谣言说阿尔塞尼乌斯涉及谋逆和不忠，在他的圣职任命和教会管理方面，有一些不合规定的措施很容易受到谴责。宗教会议免除他的主教职位，在一队士兵的警卫下将他运送到普罗蓬提斯海的一座小岛上。他在放逐之前带着闷闷不乐的神情，要求对教会的钱财做一份详尽的账目，对于自己的财产只有3枚金币感到骄傲，那是他抄写《旧约圣经·诗篇》赚来的收入。他要继续维护心灵的自由权利，只要一息尚存就还是拒绝赦免皇家的罪人。[301]拖延一段时日以后，哈德良堡主教格列高利被调升为君士坦丁堡教长，但是他的权威不足以排除反对意见让皇帝获得赎罪。约瑟是一位备受尊敬的僧侣，取代前者接任这个重要的职位。发人深省的场面出现在元老院议员和民众的面前，谦卑的悔罪者被逐出教会已有6年(1262—1268 A.D.)，这天终于恢复了信徒的领圣体仪式。被囚禁的拉斯卡里斯得到温和的照应，更能证明他的悔悟，仁慈的行为给民众带来莫大的喜悦。然而阿尔塞尼乌斯的勇气和人格仍旧活在僧侣和教士的身上，他们结成势力强大的派系，保持顽固不屈的分裂状况长达48年之久(1266—1314 A.D.)。
米凯尔七世和他的儿子用善意和尊敬对待他们所顾忌的人物，教会和政府的重要工作是要与阿尔塞尼乌斯教派的信徒修好。他们抱着宗教狂热的信心，提议用神迹的出现来证明案件判决的对错。他们将两份上面记载着他们和对方资料的文件，全部丢进炽热的火盆里，期望正统教会的真理会受到火焰的尊重而丝毫无损。啊!上帝!这两份文件都被烧成灰烬，这个无法预知的意外事件让两派人马仅仅维持了一天的和谐，就又恢复一个世代的争执。[302]最后的协定显示出阿尔塞尼乌斯教派的胜利：教士戒绝40天的教会职责，俗家子弟要进行轻微的悔改或告解。阿尔塞尼乌斯的遗体被保存在圣所，君王和人民尊以过世圣徒的名义，使他们的罪孽获得赦免。[303]