重建犹太神殿与破坏基督教在暗中发生连带的关系。尤里安仍然公开维护信仰自由的权利，但是容忍态度究竟出于正义还是仁慈，却完全难以分辨。他对选择人生最重要的目标时误入歧途的可怜基督徒，装出一副同情的样子，但是他的同情透出蔑视，他的蔑视充满仇恨。尤里安经常用卖弄聪明的讥讽口气表达他的感情，这种话出自君王之口，便会造成极重要甚至致命的伤害。他非常清楚，基督徒永远以救世主的名字为荣，他却有意纵容让人使用另一个带侮辱性的称呼——“加利利人”[85]。他把加利利派描述成为人所厌恶和为神所唾弃的狂热教派，声称由于他们的愚蠢行为，整个帝国曾一度濒临毁灭的边缘。他还在一份公开的诏书中暗示，对得了疯病的患者，适度的暴力有时可达成治疗的效果。在尤里安的观念和构想之中显然产生了不公正的分界线，那就是根据不同宗教情绪，一部分臣民应该得到他的恩宠和友情，另外那些人只配得到他的正义感使他对顺从的人民不得不给予一般照顾。根据一条充满恶意和压迫精神的原则，皇帝把原由君士坦丁和其子授予基督教教会管理、由国家税收拨出大笔慈善事业津贴的权力，转交给他自己教派的大祭司。花费大量心血和代价建立起的充满荣誉并享受种种豁免权的教会体系，全部被摔得粉碎。接受遗赠的愿望有严格的法律规定加以阻挠，基督教各派的教士已落到人民中最下等和最卑贱的地位。当然，有些规章制度对于遏制教士的野心和贪婪确有必要，有位属于正统教会的君王很快起而效法。政策规定给予的特殊优惠，以及花在迷信行为上的费用，都仅限于那些自承信奉国教的祭司。立法者的意志难免掺杂偏见和意气用事。尤里安极为恶毒的政策，目的是要剥夺基督徒世俗的荣誉和特权，让他们在世人眼中不再因此受到尊敬。
有人对禁止基督徒教授文法和修辞学的法令给予公正和严厉的指责。皇帝申说自己的动机，为这项不公正的高压政策提出辩护，在他统治期间只有满身奴气的人才会保持沉默，也只有献媚拍马的人才会鼓掌叫好。尤里安随便将一个语义暧昧的词不加区分使用于希腊人的语言和宗教。他十分轻蔑地提到，凡是公开颂扬绝对信仰的人，都不配得到或享受科学带来的好处。他还自以为是地争论，如果这些人拒绝崇拜荷马和德谟斯提尼所提到的神明，那他就只配在加利利派的教堂里解说《路加福音》和《马太福音》。[86]罗马世界所有城市里，教育年轻人的工作完全交托给文法和修辞学家，他们由行政官员选出，一切费用由国家负担，额外享有金钱和荣誉方面的特权；尤里安这份诏书似乎把医生和其他一些自由业者包括在内。皇帝对候选人有最后批准权，实际是依据法律掌握有学识的基督徒未来的就业状况，可以用收买或惩罚的方式来摧毁他们坚定的信仰。等到最顽固的教师辞职以后，异教的诡辩家在没有竞争对手的状况下，获得在教学方面的大权。尤里安号召新成长起来的一代，可以自由到公立学校去学习，这样一来，他相信幼小的心灵必会对文学和偶像崇拜留下深刻的印象。如果大部分基督教青年出于自身或其家长的疑虑，不肯接受这种危险的教育方式，那他们也同时必须放弃接受自由教育的机会。这样一来，尤里安相信在短短的几年之后，基督教会将会退化回到过去的简陋状态。目前具备当代最高水平的学识和辩才的神学家，将被新一代盲目而无知的狂热分子所代替，再也没有能力为自己信奉的原则进行辩护，更没有能力揭露多神教的愚蠢行为。[87]
尤里安的意愿和计划，毫无疑问是要剥夺基督徒在财产、知识和权力方面的优越地位，运用各种不公正的手段，将他们从所有肩负重责和有利可图的职位上排斥出去。这种结果是他所推行的所有政策合力达成的结果，而绝非仅靠某一项法令直接获得的成效。优越的才能实际上应得到非常的待遇，但是绝大多数的基督徒官员，都逐渐被解除在政府、军队和行省所担任的职务。皇帝公开表明他的偏见，更完全断绝了他们将来再次任职的希望，因为他曾经不怀好意地提醒大家，不论是为了正义还是为了战争，让一个基督徒从军服役都算违法。他还坚持己见，要用各种偶像崇拜的标记守护军营和法庭。政府的权力交托给公开宣称虔诚崇拜古老宗教的异教徒，皇帝选贤与能常常为占卜所支配，他挑出的合于神明意愿的亲信，往往得不到人民的认同。处于敌对教派统治下的基督教徒已吃尽苦头，时刻担心有更大的灾难来临。尤里安的天性不赞成残暴，世人看到他对名声的重视。公正和宽容的尺度刚刚建立不久，这位有哲学家头脑的君王绝不愿轻易破坏。然而，他所指派的行省官员就不那么引人注目了，他们为了讨好皇帝就会毫无顾忌，在执行专制权力时，往往考虑君主的意愿而不是他颁发的命令。他们试着对不得随意加以殉教者荣誉的敌对教派的成员暗中实施骚扰性的暴政。皇帝对用他的名义进行的不公正做法，本人却尽量佯装不知，最后他对这些官员施以象征性的责备和实质性的奖励，表达出真正的情绪和意图。
用来压迫基督教的一个最有效工具，是规定基督徒必须为他们在前代皇帝统治期间毁坏的神庙支付巨额赔偿。获胜的基督教会在那时完全凭着敌对的情感，往往很少考虑要获得官方的批准。主教认定自己不会受到惩罚，经常带领会众前往捣毁黑色魔鬼的堡垒。划定的圣地原都有明确的界限，后来被君王和教士夺走，用来增加自己的财产，这种地方倒是很容易恢复原状。但是在这些圣地以及异教庙宇的废墟上，基督徒已经修建自己的宗教建筑，必须先拆除基督教堂才能建筑神庙。皇帝的公正和虔诚只受到一方的欢呼，另外一部分人不禁痛哭叹息，斥责亵渎神明的暴行。等到将地面清理完毕，重新整修雄伟的结构，把转用在基督教建筑的贵重装饰品恢复原样，显然是一笔数额巨大的赔款和债务。原来进行破坏的人员，现在既无能力也无意愿来处理越来越大的要求。在这种情况下，公正而明智的立法者要用平等对待和温和的态度来调停，以求得敌对双方之间的平衡。但是，这时整个帝国特别是东部地区，已被尤里安不顾后果的诏书搞得天下大乱。异教行政官员为狂热信仰和复仇心理所激怒，滥用罗马法律赋予他们的严厉特权，使得基督徒在财力不足的情况下，成为永远无法清债的债务人。
在君士坦提乌斯统治期间，阿雷苏萨[88]的马可主教竭尽全力要让教区的人民改变信仰，但显然他觉得采用强制的办法比说服更为有效。[89]现在地方官员要他按原价赔偿出于任性而为的狂热所捣毁的神庙。他们看到他的确十分贫穷，于是转而为了制服他那虔诚的信仰和刚毅的精神，只要他付出少许的代价。他们把这位年迈的高级教士抓来，残酷地鞭打他的脊背，撕扯他的胡须，还给他涂上满身蜂蜜，赤身裸体着用大网兜住，吊在上不着天下不着地的高处，任凭各种蚊虫叮咬他，让叙利亚的烈日曝晒他。尽管身在半空，马可仍然坚持以自己的罪过为荣，对那些无计可施的迫害者百般嘲笑。他最终被救走，享受神圣胜利的光荣。阿里乌斯派教徒为这位虔诚的神父隆重庆功，正统基督教会也非常热衷于将他视为同道，那些异教徒不免感到羞愧或悔恨，再也不愿采用这种无用的残暴行为。尤里安饶恕主教的性命，但是，如果马可确实救过年轻时的尤里安，后人只会谴责皇帝忘恩负义，不会赞扬他的仁慈宽厚。