君士坦丁及其子统治期间，神学争端使基督教教会的和平受到干扰，上文已简略说明争端产生和发展的经过及变革。但皇帝总试图将宗教信仰甚至臣民的生命和财产置于自己的专制控制下，他做出的决定对宗教产生举足轻重的作用；神王的特权也得由人君的内阁来制定、变更或修正。
蔓延到东部各行省的宗教争端，造成的不良风气妨碍了君士坦丁的常胜局面。皇帝有一段时间抱着冷静的从容态度，旁观双方的争执。他给各不相让的亚历山大和阿里乌斯双方写了一封语气温和的书信(324 A.D.)。这完全可归之于军人政治家的天真意识，并非任何一位宗教顾问的出谋划策。他认为整个争端的起因是主教很愚蠢地提出一个非常难以理解而又微妙到无关紧要的法律问题，而那些长老又自不量力地草率做出解释。他为此事感到叹息，共有同一个上帝、宗教和礼拜仪式的基督徒，没理由为一点意见的不同看法而分裂。他用非常严肃的态度劝导亚历山大里亚的教士，要效法希腊哲学家的精神，争论绝不丧失理性，就是各持己见也不致损害彼此友情。若民众的情绪不是那么猛烈急躁，君士坦丁处于宗教斗争的狂热之中，能保持平静和清醒的心灵，那么君主的冷漠和厌恶，可能就是将争吵压制下去最有效的办法。
但负责教会事务的大臣极力要行政官员保持公正，反而激起了长老的宗教热情。君士坦丁为自己的雕像受到侮辱而怒火冲天，对日益扩大的暴乱行为，无论规模大小或真假，都感到惊愕。从他把300名主教召到皇宫集会起，就等于是已丧失和平解决的希望(325 A.D.)。君主的在场使辩论变得更为重要，注意聆听只会使争论更复杂。君王面对问题表现得很有耐性，这更加激发了争论各方的勇气。尽管君士坦丁的口才和智慧被普遍赞扬，但一位罗马将领自己的宗教信仰尚属可疑，对这方面的问题也未经过研究，更谈不上心得和成果。用希腊语讨论形而上学问题或宗教信仰问题，他恐怕不具有此资格。但主持过尼西亚大公会议的奥修斯是皇帝的亲信，他尽力使皇帝倾向正统教派。他只要适时地暗示，不久前拥护尼科米底亚暴君的欧西比乌斯，[375]此刻却在包庇异端分子，可能会使皇帝马上对反对派怒不可遏。尼西亚信条已得到君士坦丁批准，他明确地宣称，凡是反对这次宗教大会神圣决定的人，都会受到放逐处分，立即消除反对派微弱的怨言。原来持反对意见的主教，转瞬间从17人减到2人。恺撒里亚的欧西比乌斯对“本体同一”的论点，用含糊的语气勉强表示同意。[376]尼科米底亚的欧西比乌斯抱着迟疑的态度，只不过使遭受贬斥和流放的时间推迟约三个月。亵渎神圣的阿里乌斯被放逐到伊利里亚最遥远的行省，他本人和门徒全按照法律被扣上波菲利派的恶名，著作被明令焚毁，凡是私自收藏的人员，一经发现定处以极刑。至此，皇帝受到宗派纷争的精神感染，他的诏书表示出恼怒和讥讽的语气，目的是要在臣民的心中激起对基督教敌人的痛恨。
皇帝的行为看来像是一时冲动，他的决定并无任何指导原则。尼西亚大公会议过后不到三年，他又开始对被打压的教派表示同情，甚至于表现出包庇的样子，主要是那个教派在暗中受到他喜爱的妹妹的保护。撤销放逐令以后，欧西比乌斯重新获得君士坦丁的赏识，官复原职，仍旧登上原来被屈辱赶下台的主教宝座。阿里乌斯像个在宫廷中遭受迫害的清白无辜的人，获得应有的尊敬，他的宗教信念得到耶路撒冷宗教会议的承认。皇帝急着要规正处理不公的过失，竟发布了一道旨意非常清楚的命令，要把他隆重迎回君士坦丁堡的正统基督教会。然而就在确定了阿里乌斯胜利归来的日子后，他却离开人世。人们不免想到这一离奇而可怕的暴毙，是正统派的圣徒使得他们的教会能够摆脱势力强大敌人的控制，而且圣徒在这方面的贡献，已经超过信徒祷告所提出的要求。[377]
教会的三位主要领导人：亚历山大里亚的阿塔纳修斯、安条克的优斯塔修斯以及君士坦丁堡的保罗，都因各种不同的指控经几次会议的判决而被免职。后来，第一位基督教皇帝在临终前不久，由阿里乌斯派主教护持，在尼科米底亚接受洗礼，因此被放逐到遥远的行省。君士坦丁的基督教政府，无法规避轻率或软弱的指责。但是，这位轻易听信于人的君主，并不熟悉宗教战争方面的策略，可能只是听到持异端邪说的派别讲得头头是道，被他们谦恭的言辞和忏悔的行为所欺骗，事实上他对这些人的思想从来没有真正理解。而且在他尽力保护阿里乌斯，迫害阿塔纳修斯时，仍然认为尼西亚大公会议是基督教信仰的城堡和君士坦丁王朝的殊荣。