汉唐两代的学者都从当时的现实立场出发、基于现实需要对秦始皇作出了适合时势的评价。唐代以降，及至民国，对秦始皇的评议并没有消歇，而且基本评价都是负面的。但是唐代以后对秦始皇的评价与汉唐相比有了异样的声音，出现了赞扬秦始皇的观点。当然，赞扬者有之，批评者也历代不乏。总之，对秦始皇的评价成了一种独有的文化现象。有正统的官方评价，同时也出现了山寨版的民间的声音。自宋代到民国，在这一跨度颇长的时间里，有关秦始皇的评价集中在哪几个方面呢？他们作出了怎样的有别于汉唐的评价呢？
在所有有关秦始皇的评价中最具争议的问题是“焚诗书坑术士”，但是，唐代之后，“焚诗书”的“诗书”变成了所有的书籍，“坑术士”的“术士”演变成了儒者，“焚诗书坑术士”变成了“焚书坑儒”。所以，“焚书坑儒”成为后期评议的重点之一。
第一个涉足这一热点的是南宋初年的大学者郑樵（1104-1162）。郑樵是南宋兴化军莆田入（今福建莆田），是中国古代著名的历史学家、目录学家。郑樵一生不应科举，努方著述。《通志》是其最具特色的著作。在这部专门以研究中国古代典章制度为专题的史书里，在《校雠略》一略中，郑樵写下了《秦不绝儒学论》两篇文字。这两篇文章不长，但是，它提出了一个重大议题，秦始皇坑杀的儒生只是“一时议论不合者”，“秦时未尝废儒”，“秦时未尝不用儒生与经学”。郑樵的依据有六点：一是汉初大儒陆贾即是秦朝之人；二是刘邦手下另一重臣郦食其也是秦朝儒生；三是为刘邦议定朝仪的叔孙通是秦朝中央政府的“待诏博士”；四是秦二世在坑术士之后曾经召集博士三十余人商议朝政；五是叔孙通降汉王刘邦之时手下有儒家弟子百余人；六是项羽死后鲁地百姓为项羽守节，直至刘邦将项羽的人头示众，鲁地才降汉。可见，秦朝宫廷并没有废儒学，所以大秦帝国有儒生，有儒学，有儒学之风。
郑樵_之论，干系甚大。他首先说明秦始皇坑儒并不是有计划地废儒学，而是“一时”冲动。秦始皇对儒家学士、儒家学说，都未废止。这是对秦始皇“坑儒”的重要新释，也是自两汉以来对秦始皇“焚诗书坑术士”的一次重大翻案。
郑樵提出的另一个重大课题涉及“焚诗书”。
郑樵认为，刘邦进入咸阳，萧何人秦宫收秦律令图书，证明秦始皇并未焚书。世传的焚书事件，只是“一时间事耳”。所谓“一时间事耳”即是指一个短期之间发生的事，不是持续不断地焚书。而且，真正导致经书毁灭的不是秦始皇焚书，而是另外一大原因——学者穷经而经绝。“自汉以来，书籍至于今日，百不存一二，非秦人亡之也，学者自亡之耳。”
什么叫“学者穷经而经绝”？郑樵的意思是，学者繁琐的注经方式导致通一经必须皓首终生。这样的经书必然灭亡，因为它需要人一生为之献身而又缺乏实用，这才导致了经学的衰微。
与郑樵同时代的另一个著名学者范浚（1102-1150）也认为诗书之亡并不是秦始皇焚书导致的。在《对秦问》中，他承认秦始皇焚过书，但是秦始皇的焚书并没有导致诗书的消亡。范浚提出了两点证据：第一，现在仍然有六经传世，难道现在看的六经不是诗书吗？所以秦始皇焚书并没有导致诗书的消亡。第二，经之所以为经，并不仅仅依靠简牍的传播方式而存在，它可以有多种传播途径。被秦始皇烧成灰者不过是些枯竹罢了，汉代不是从房屋墙壁中发现了诗书吗？因此，诗书不会因为秦始皇的焚烧而消亡。
范浚的观点与郑樵不谋而合，秦始皇确有焚书之举，但是对书籍造成的影响并没有后人夸张得那么严重。范浚与郑樵二人的目的不尽相同，郑樵意欲为秦始皇焚书翻案，范浚则想说明秦始皇通过焚书的办法来控制天下言论，是不可行的，焚书最终导致了焚国（其焚诗书，非焚诗书也，焚其国也……吾今乃知天下之不可愚，又知诗书之不为秦焚亡矣——《香溪集》）。
范浚的观点在历史上并没有引起多大的反响，因为他想证明的“焚书亡国”论与以前对秦始皇的批判并没有多大分别，只不过借用了另外的一种论证方式而已。但是，郑樵石破天惊、标新立异的观点确实令人注目，但也引发了后人的激烈争论。
明人孙承恩率先发难，他专门撰写了《秦儒》一文，痛斥郑樵之言是“不深考而妄为议论”。孙承恩为什么这样说呢？
首先，陆贾、郦食其虽然是秦儒但没有被朝廷重用。叔孙通“待诏数年，兽畜而已”，根本没有受到秦帝国的重用。如果非要对天下儒生斩尽杀绝才算废儒，岂不是太苛刻了？
再者，秦帝国的博士相当庞杂，有占梦博士，有方士，即使留下来一些未杀的儒生，也未必是真正的儒生。
仔细比较一下郑樵与孙承恩的看法，应当说孙承恩的话更有说服力。郑樵过于倾向为秦始皇“焚诗书”辩护，反而显得有些苍白无力。但是，郑樵的声音反映了一个事实，当拉开一段时间距离之后再对秦始皇的作为重新审视时，人们对秦始皇功过的看法正在悄然发生变化。
距离产生美感。历史评价必须有待时空距离的检验。距离太近，往往太功利太现实；只有拉开距离，人们对历史评价的视野才更广阔，对历史的认识才更深刻，才更具有历史哲学的高度。
郑樵对“焚诗书”的阐释得到了晚清著名学者章太炎的大力支持。章太炎写了《秦献记》一文，他认为，“烧书者本秦旧制，不始李斯”。章太炎还引了《韩非子·和氏篇》“商君教秦孝公以连什伍设告坐之过，燔诗书而明法令”二句为证，说明秦国自商鞅之时就有焚书之议。章太炎此说明显是为秦始皇“焚诗书”进行开脱。只是章太炎的开脱比郑樵聪明，因为秦始皇“焚诗书”是秦国一以贯之的做法，并非只是秦始皇一个人的行为。这样，秦始皇“焚诗书”的暴行就有了新的承担者，不必由秦始皇一个人承担了。
郑樵之说的意义在于他对秦始皇的评价摆脱了传统评价中只骂不分析的倾向，明确指出即使是备受后人诟病的“焚诗书坑术士”也还有重新分析的必要。当然，郑樵纯粹是为秦始皇“焚诗书坑术士”进行辩解，不免有牵强之处。章太炎的言论意在说明秦国施行文化专制由来已久，并非自秦始皇开始。这些看法对我们认识秦始皇“焚诗书坑术士”有重要的参考价值。
鲁迅先生指出：“不错，秦始皇烧过书，烧书是为了统一思想，但他没有烧掉农书和医书。他收罗许多别国‘客卿’，并不专重‘秦的思想’，倒是博采各种的思想的。”（《华德焚书异同论》）
对秦始皇的“焚书坑儒”，清代的朱彝尊也提出了一个崭新的观点，他秦始皇陵跪射俑头像认为秦国的“焚书”，是处士横议者烧的。
为什么这么说呢？他认为有五个方面的理由。
第一，秦国是以法治国的。通过三件事情可以看出秦国一直以来执法非常严格。一是秦孝公时期对公子虔的处置。自从商鞅变法以来，秦国的法制建设就被不断强化。商鞅变法内容颁布执行之时，太子犯法，商鞅认为，法律之所以不能贯彻执行，是因为领导阶层率先违法。因此，对太子的师傅施行了黥刑。几年以后，公子虔又一次犯法，这次他的师傅被割掉了鼻子。二是秦孝公时期对国君之母弟的驱逐。范雎为相时，实行“固干削枝”的政策，坚决剥夺亲贵手中大权，于秦昭襄王四十一年（前266）收回穰侯的相印，令其回封地养老。接着又把华阳君、泾阳君、高陵君驱逐到关外，将宣太后安置于深宫，不准其再干预朝政。而当时的秦昭襄王认为依法理当如此（卫鞅日：法之不行自上始也，刑则加于太子之师傅，而范雎为相，弃逐君之母弟，秦之君以为法在焉——《曝书亭集》）。三是荆轲刺秦始皇时大臣的表现。当秦始皇在咸阳殿上被手持匕首的荆轲追得上蹿下跳时，左右之臣除了给秦始皇呐喊助威外，无所作为，因为法律规定大臣不得携带兵器上殿，左右之臣眼巴巴地看着主子被追杀的丑态却不敢操尺寸之兵上殿，在当时看来，“于法宜然，无足怪也”。由这三件事，可以看出秦国对法律的热衷与依靠。
第二，处士横议。士人对社会以及统治者指手画脚的风气由来已久。当周天子大权旁落之时，天下处士就开始议论滔滔了，孟子认为这些邪说歪理，是无父无君，不异禽兽。随着秦国势力的渐趋强大，这些处士开始以攻击秦国为快事，称秦国为“嫂秦”（“嫒”是轻视、侮辱之意）、“暴秦”、“虎狼秦”、“无道秦”，各种侮辱斥骂的词语无所不用其极，只恨语言不够丰富。这个时候，秦始皇刚刚统一六国，六国的贵族正处于国破家亡的痛苦之中。正因为如此，秦始皇对这些妄议者隐忍未发。
第三，机缘巧合。秦始皇三十四年（前213），博士淳于越在咸阳宫殿上那一番要求秦始皇分封子弟的话成了导火索。妄加议论，以古非今，祸机一动，李斯上言，烧毁百家之说，而诗书也随之俱焚。
第四，李斯是苟子的学生，也曾经学过仁义之说，怎么会以焚烧诗书为快呢？其实，他所深恶痛绝的是百家之邪说，而非圣人之言。与此相关的是，秦始皇坑杀的是乱道之儒，而非圣人之徒也。
第五，废除百家邪说时，为什么还要连带诗书呢？主要是因为担心不一块儿焚烧，百家邪说又会借诗书之体还魂。而诸生若议论不止，势必使法律不能整齐划一。秦始皇愤然焚书而不顾的原因就是惧怕议论法制措施，丧失权威，影响贯彻。
在条分缕析之后，朱彝尊得出结论说，当初秦始皇焚书，主要是因其重法，而百家邪说纷扰不止，从而使秦始皇下定决心，毫不犹豫地“焚书坑儒”。这是邪说造成的祸害，所以，不是秦始皇愿意焚书，而是处士横议者迫使他这样做。从这个意义上讲，是这些处士烧的书。
朱彝尊没有跟随前人对秦始皇诟骂不止，而是从秦国的统治政策、治国思想与处士横议之间的矛盾出发，具体分析秦始皇“焚书坑儒”的缘由，从而以更加客观的立场对“焚书坑儒”进行评价。到朱彝尊这里，对“焚书坑儒”的评价才渐趋摆脱了强烈的主观色彩或一味的标新立异。
对秦始皇焚书所造成的后果，前人过于夸大，从郑樵、范浚开始，对经书的消亡是否是秦始皇焚书造成的这一问题进行了重新探讨，这成为一个被不断议论的焦点。这与对秦始皇的评价密切相关，如果秦始皇焚书对典籍造成的损失没有后人想象得那么严重，将秦始皇斥责为暴君的一个重要证据就失去了说服力。
关于这个焦点，后来者一直在讨论。清代前期桐城派代表人物刘大魁作《焚书辨》也提出，“六经之亡，非秦亡之也，汉亡之也”，“书之焚，非李斯之罪，而项籍之罪也”。刘大魁认为，汉军进入咸阳的时候，萧何只知道取律令图籍之书，对秦博士所藏之书却摒弃不问，项羽的一把大火使之消亡殆尽。所以秦始皇的焚书没有使图书消亡，后来典籍损失殆尽的状况是萧何与楚霸王项羽的责任，和秦始皇没有关系。
此种观点到康有为那里得到了进一步的强化。康有为在，《新学伪经考·秦焚六经未尝亡缺考》一篇中鲜明地指出“秦焚书，六经未因此而亡；秦坑儒，儒生未因此而绝”；而造成“后世六经亡缺，归罪秦焚”，是因为大家“不知此刘歆之伪说也”。康有为又把责任加在西汉刘歆的头上，也与秦始皇没有关系。
上述不同时代的学者从不同角度对秦代的“焚书坑儒”进行了深刻剖析。他们的研究继往开来，从而使得这桩存在两千多年的历史公案渐渐褪去神秘面纱，从而逐渐揭去强加在秦始皇身上的对古代典籍消亡负有首要责任的重大罪名。而在这个历来导致对秦始皇进行负面评价的证据的力量渐趋缩小之时，对秦始皇的评价亦趋客观。
围绕秦始皇评价的第二个重要议题是郡县制与封建制的争论。当年，这场争论引发了震惊世人的“焚诗书”事件。
明末清初的大学者王夫之在《读通鉴论》一书中指出：“夫封建之不可复也，势也。”这说明秦始皇废封建行郡县是历史的大趋势，不是哪一个人可以决定的。
王夫之并没有进一步解释为什么郡县代替封建是历史的大趋势，但是，我们完全可以理解这一点。
周朝施行封土建国的封建制之始，周天子力量强大，完全有能力担当天下共主；各诸侯国之间因为血缘关系亲近也不会相互征伐。但是，随着时间的推移，后世各诸侯国的血缘关系越来越疏远，因此，相互之间以强凌弱的现象屡屡发生，不可禁绝。而且，一旦出现这种情况，周天子天下共主的地位一定会削弱，周天子无法行使自己的权力。诸侯国中最强者必然会出面收拾残局，打着维护周天子的旗号彰显自己的实力。这几个强者就是霸主。春秋五霸因此而出现。
但是，称强称霸者最终并不会满足于霸主的地位，一旦它们能够控制局面，有了机会，必然会兼并小国，扩大自己。诸侯国之间的这种相互兼并发展到极致，天下就只剩下最强的几个。这些诸侯国继续进行兼并，最终一国战胜他国，形成天下一统。
所以，天下一统的大趋势是无法逆转的。当最终兼并所有诸侯国统一天下的一国取得完全胜利之后，它仍然面临着施行封土建国的封建制还是郡县制两种选择。封土建国最终必然导致霸主争霸、诸侯兼并，兼并成功者如果想避免周朝的悲剧，只能选择一种新的可以避免重蹈历史覆辙的办法，这种办法就是在全国范围内施行郡县制。所以，施行郡县制是大势所趋，是历史的必然。
王夫之认为废除封建而实行郡县还有两大好处：一是可以减少百姓负担，二是可以实行选举。封建制下的官员是世袭制，贵以承贵，贱以承贱。
只有废除了世袭的封建制，才有可能施行科举制，才能使平民百姓有可能进入官员队伍。再者，封建制下官员是世袭的，子子孙孙都是官员的继承人。
所以，封建制下的继承人大大多于郡县制下任命的官员。官员数量多，百姓的负担自然加重。
清初学者顾炎武作有《郡县论》九篇，首篇就说：“封建之废，非一日之故也，虽圣人起亦将变而为郡县。”顾炎武提出了两点：一是封建制演变成郡县制是一个过程，二是封建制为郡县制所代替是历史的必然。可见，认为郡县制代替封建制是历史必然的是一批学者的共识。
顾炎武进一步研究封建制和郡县制各自的弊端，得出了“封建之失，其专在下；郡县之失，其专在上”的结论。
在中国两千多年有关封建制和郡县制的讨论中，以顾炎武的思考为最深。
顾炎武之所以能够看出封建制与郡县制二者各自的弊端，是因为他生活在明清两代极度专制的皇权制度下。因此，他更能看出作为皇权专制政治基础的郡县制的缺失。
清代另一学者袁枚也从一个崭新的角度评价了封建制和郡县制的优劣。
不过，袁枚的立论和其他学者大不相同。袁枚认为，封建制的社会环境宽松，所以才会有孔子、孟子等诸子百家学说的诞生。如果在郡县制下，思想高度统一，就不可能出现百家争鸣的局面。
赖有封建，然后栖栖皇皇，之卫、之齐、之陈蔡、之梁、之宋、之滕，几几乎有可行之势，而诸侯敬，子弟从，则声名愈大，千万年后，犹知遵奉为师，使圣人生于郡县之世，三试明经不第，则局促于一邦，姓氏湮列沉，亦遁世无闷已耳，安见其有以自立于天下耶？（《再书封建论后》）
袁枚还认为，实行封建制，如果天子无道，天下诸侯多着呢，百姓在“千八百国中，苟有一贤君，则民望未绝”。商汤就是以诸侯的身份取代了夏桀建立商朝，周武王也是以诸侯的身份取代商纣王建立周朝。袁枚认为，封建制是多元政治，郡县制是皇帝专权，行封建可以形成政治多元，行郡县则易造成君权至上。
封建制的缺点在于封国势力强大之后，各自争霸争强，不服从中央政府。
郡县制的优点在于不会出现封建制下“尾大不掉”的弊端，但是，郡县制之下郡守县官是由皇帝任命，一届到任之后不久就会迁转，由于迁转的次数过于频繁，因此很难洞察各地的民情（数岁而一迁，或半岁而一易，所到之处，卒难洞悉风土人情于旦夕）。等到这些官员熟悉了当地的情况，想有所作为之时，已经一届到任，所以，各地官员都把自己管辖的地方看做是中转的驿站，把属地的百姓看做是路人（以故视其地若邮舍，驭其民若路人）。
袁枚的看法有一定道理。袁枚提出这一说法主要是希望能够施行分权，以削弱皇帝的专权，但是他忽略了另一个问题，即封建制下的不法诸侯王。他们不是数年一迁转，如果他们专横残暴又不能及时调迁，该诸侯四十六千古一帝国的百姓不知要受多少磨难才能有出头之日。所以，郡县制的官员任期确实存在问题，但是，封建制下的终身制同样有诸多弊病。袁枚之说具有参考价值，但并非良策。
因为人类的任何社会制度都不可能尽善尽美，都会有自己与生俱来的弊端，都需要一个不断完善的过程。
民国时期著名思想家梁启超在1920年写的《战国载记》一文也指出：
天下之趋统一，势也。不统于秦，亦’统于他国。而统一之愈于分争，则明甚也。天将假手于秦，以开汉之后之局，夫谁能御之！而秦与他国，又何择焉？
秦并六国，实古代千余年大势所趋，至是而始成熟。非始皇一个所能为，亦非秦一国所能为，其功罪尤非一人一国所宜任受也。
这等于承认第一，天下统一是大势所趋，是千余年来大势的逻辑归宿；
第二，统一之利远胜于分裂之害。至于是谁统一都无所谓，关键是要统一；
第三，秦始皇统一天下不是他一人的功绩，他的罪过也不能由他一人承担。
这些学者之所以太唱封建之歌，关键原因是他们目睹了明清两代皇帝专权的各种危害。提倡封建只是一种政治策略，他们是想用封建制的分权解决郡县制的专权，这是在新时代新形势下学者们的新思考。
在中国古代后期评价秦始皇的诸家之中，明代的李贽是不得不提的一位。他说：
始皇帝，自是千古一帝也（《藏书》）。
始皇出世，李斯相之。天崩地坼，掀翻一个世界。是圣是魔，未可轻议。
祖龙是千古英雄。挣得一个天下，又以挟苏为子，子婴为孙，有子有孙，卒为胡亥、赵高二竖子所败，惜哉（《史纲评要·后秦记》）！
李贽的这些观点，包括四个方面的内容：
一是秦始皇在李斯的帮助下，掀翻了一个旧世界，这是天崩地裂的大事件；
二是对秦始皇的评价，不要信口雌黄，此公到底是圣是魔，不可妄下结论；
三是秦帝国毁在胡亥、赵高之手；
四是秦始皇是千古一帝、千古英雄。
这四条的关键是第一点，因为其他三条都是从第一条派生出来的。
李贽讲秦始皇“掀翻一个世界”，指的是秦始皇终结了实行封建制的周朝，建立了以皇帝为最高统治者的中央集权制的帝国。
这里讲的“封建”是指“封土建国”、“封爵建藩”。这是“封建”一词的原始之义，也是最符合“封建”本意的义项。
周秦之变是中国历史上最大的一次政治体制变革，是一次统治制度的大换班。秦始皇废分封而行郡县，成为中国历史上名副其实的封建制的终结者，同时也是帝国制度的开创者。
李贽正是从废封建行郡县的角度将秦始皇视为千古英雄。如果从秦始皇创立的郡县制对此后中国的影响来看，这种评价实不为过。
附带讲一下这个时期民间的声音。清人杨廷烈所著的《房县志》记载了一则异事。有人发现一种全身长毛的“毛人”，据说他们的祖先乃是逃避秦始皇筑长城劳役的百姓，由于躲入深山老林，年长日久，全身长出毛。传说当碰到“毛人”时，他先问你：“长城筑完乎？秦皇还在吗？”只要回答：
“长城未筑完，秦始皇还在！”他们就会逃之天天。
这个记载当然只能视为人民群众的一种传说，它代表的是民间对秦始皇的一种评价。如果历史上根本没有那样残酷的事实，绝不会出现这种奇异的传说。民间对秦始皇的评价主要集中在修长城一事上。孟姜女的传说与流传演变代表的也正是这种民间立场。这种评价就是对秦始皇无休止的劳役的恐惧与对秦始皇急政的诅咒，这种来自民间的立场，不可能上升到更高的角度与视野，也无法对秦始皇的功过是非进行全面评价。
古人对秦始皇的评价，最早可以追溯到秦汉之际的刘邦和项羽。他们认为做人就应当像秦始皇一样（嗟夫！大丈夫当如此也）。从汉代开始，贾谊基于刘汉政权合法性的现实政治目的对秦朝二世而亡所作的议论，把秦始皇塑造成了一个暴君的角色，对秦始皇在秦亡过程中所要承担的责任进行了鞭辟人里的分析，以此作为新朝代的前车之鉴。在唐人那里，秦始皇被视为一个警示的样板，不断从历史中翻出来作为恫吓当朝君主的有力武器，这种警示作用在不断强化着对秦始皇的负面评价。唐代的柳宗元则从反对藩镇割据的立场出发肯定秦始皇。随着历史的发展，对秦始皇进行评价的焦点亦渐趋集中，郡县制、“焚书坑儒”成为不断被拿来评价秦始皇功过的证据。在这个过程中，对“焚书坑儒”的评价逐渐剥去了主观色彩，人们开始多角度、多层次地对这一事件以及前人的夸张说法进行重新审视。明代的李贽给秦始皇以高度评价，说秦始皇横空出世，“掀翻一个世界”，把秦始皇视为千古一帝的言论亦出现在其《藏书》中。秦始皇作为中国历史上的第一个皇帝，是各种评价的综合体。只有整合正面的、负面的各种“片面的深刻的”评价，才能认识真实的秦始皇。一味地歌颂与一味地批判同样是偏颇的。