当李鸿章与伊藤博文谈判的时候，日本要割走台湾的风声渐渐传到了台湾。台湾人民闻听此消息如晴天霹雳。台北，老百姓们鸣锣罢市，涌入台湾巡抚衙门，哭声震天，向巡抚唐景崧力陈民情，要求朝廷设法保住台湾——台湾虽然孤悬海外，但它是大清的领土，母亲不能抛弃孩子。
唐景崧上奏北京了。而朝廷的答复是：我们也有苦衷啊，是不得不弃台也。
受到百姓情绪感染的唐景崧这回也天不怕地不怕了，他再次上奏章，直接质问光绪皇帝：如果割走台湾，千百年后，人们会怎样评价您这个皇帝？您又有何面目去见祖宗于地下？臣为祖宗守土，唯有与台湾人民一道，与台湾共存亡，只怕到时不敢奉皇上之诏！
此时的唐景崧，是一条硬汉。可是，评价一个人不仅要听他是怎么说的，还要看他是怎么做的，并且要看他是持续怎么做的。唐景崧很快会告诉我们答案。
见到台湾人民的强硬态度，光绪不得不反复权衡，但在日本强势的野心面前，他很难保住台湾，御前会议上，大臣们的意见是：“台湾虽重，但也比不上北京啊（比之京师则台为轻），如果我们不答应日本人的条件，日本人乘胜直攻大沽，唯恐京师危在旦夕……”
光绪只好安抚唐景崧，要求他立即来北京做官。对于台湾百姓，朝廷欢迎他们回到祖国的怀抱，在两年内回大陆的（内渡者），朝廷一律接纳安排，两年后，“台民即为日民，改衣冠……”
《马关条约》正式签订了，台湾将正式割让给日本。当天，这个消息便传到了台湾。台湾的大街上挤满了愤怒和哭泣的人们，学校停课，工厂停工，商人停市，人们奔走相告，所有的民众、官吏、驻军一齐发表通电：发誓台湾永远属于清国，永远是清国领土不可分割的一部分，即使朝廷不要台湾，全体台湾人也决不屈服。如果日本人强攻，即使朝廷不出兵，台湾人也将独自与倭贼血战到底！通电还号召在外地的台湾人立即返台，拿刀战斗。
在台湾士绅的商议和要求下，“台湾民主国”成立，这是在朝廷弃台后，台湾成立的整合各方力量、抗日保台的领导机构。唐景崧被推举为“民主总统”，年号“永清”（表示永远归顺大清之意），“国旗”为蓝地黄虎旗，虎头低头朝向内地，表示永远臣服于内地。
“台湾民主国”并非为分裂的国家，相反，它表达的是一种决心。从巡抚衙门改为“民主国”，便表示台湾可以不听从朝廷割台的政令，全体台湾人民生为大清之人，死为大清之魂，与倭寇抗争到底，台湾永不属日本！
在“台湾民主国”统一领导下，抗日联军成立了，并制定了四条备战措施：一、停止向北京交税；二、停止卖盐，用以备战；三、台湾本土官库里的银钱，一律不准外流，全部留作抗日经费；四、各地加紧赶制武器。
台湾如此强硬的行动让朝廷深感不安，这是会激怒日本人的啊。李鸿章的儿子李经方成为了割台大使，要迅速办理向日本交割台湾的一切手续。而李鸿章也专门给伊藤博文拍了封电报，“善意”提醒他：“你们日本应自己派遣水陆各军，以资弹压，保持平安。”
朝廷对日本的惧怕如此之深，而对台湾的放弃又是如此之绝情！
而日本也终于明白，虽然在《马关条约》上得到了台湾，但在台湾人民的武装备战前，这还是一纸空文，日本必须付出血的代价。
此时，日本本土已经无军可派（他们都在清国的东北和山东）。“那就派近卫师团吧！”睦仁说。
近卫师团也就是睦仁的御林军，师团长名叫北白川宫能久，他是一位王爷，曾被睦仁的父亲收为养子。出征前，睦仁来为北白川宫能久送行，并告诉他一句话：“无论出现任何情况，日本的国旗必须遍插台湾土地！”
7000名日本御林军攻陷了台北。唐景崧从总统府后门溜走，两天后乘轮船逃到厦门，安全到达祖国怀抱，“台湾民主国”破灭，台湾抗日联军解散，台湾似乎已经失去抵抗力了。
但北白川宫能久高兴得有点太早，因为接下来的，是更加艰难的旅程。如果说“台湾民主国”是台湾士绅组织的抗日机构，也就是有钱人的抗日，那么接下来，日军将面对的是“野蛮人”的抗日！
当北白川宫能久率领大军从台北南下，企图迅速占领台中时，苗栗人吴汤兴夫妇率领着他们的队伍出现在了前面。日军见到了一支他们从没有见过的队伍，他们的武器大部分是鸟铳、弓箭，光着脚，身上插着羽毛，双手握着战刀！
“如果文明是要我们卑躬屈膝，那我就让你看见野蛮的骄傲！”——《赛德克・巴莱》。
这是一支包括台湾客家人、原住民在内的抗日军，一支真正属于台湾普通山民的抗日武装。他们虽然只有鸟铳等简单的武器，甚至连新式步枪都没有见过，然而，他们并不缺乏抵抗侵略军的热血和决心！
当北白川宫能久听说这些人连枪都没有的时候，认为对付他们只要半天时间就够了，不过是去开两枪吓唬一下这些蛮人而已。于是日军轻轻松松地上路了，吴汤兴的军队迅速散去，看来一切如北白川宫能久所料。
当日军来到山间时，悲惨的命运到了。
前方的道路上布满陷阱，掉进陷阱里的日军被锋利的竹签刺穿，手持鸟铳的原住民狙击手埋伏在道路两旁，弹无虚发，一颗子弹消灭一个敌人。而当日军发动进攻时，他们又迅速消失在茫茫大山之中。
可怜的日本人，整整走了10天才到达新竹。不过他们来不及高兴，因为这又是噩梦的开始。
在日军进城后，吴汤兴率军包围了新竹城，发起袭扰之战，当日军出城时，他们就退入山中，等待日军的又是无处不在的狙击手和满布陷阱的道路。战斗一天天进行着——原住民先后格杀了近4000名天皇御林军！
北白川宫能久终于崩溃了，他感到了莫大的恐惧，他想到了一个办法——放火烧了新竹，逃回台北。
可是，逃也不是那么容易的。当北白川宫能久率领残兵败将逃到新竹城外的牛埔山时，吴汤兴率人埋伏在这里。高山密林中，一支支利箭射向了北白川宫能久，北白川宫能久中箭身负重伤，血尽而死。
清日开战以来日军级别最高的指挥官——近卫师团师团长，就这样被没有先进武器的台湾原住民格杀了。而这也是日本皇室成员第一次在本土之外的地方死亡，睦仁感到了恐惧。
为了稳定军心，北白川宫能久死亡的消息被封锁，睦仁指示大本营：把在清国东北的日军撤回来，并且日本本土一个兵都不要留，调遣一切能调动的军队去台湾！
增援部队在台北集结，兵力很快达到了惊人的近八万人（正规军五万，预备役2.6万），这几乎是日本全国的兵力了。大军分成两路，一路从台北正面进攻新竹，另一路乘运兵船抵达台湾南部的高雄，在登陆后北上，南北夹击，同时，联合舰队全部出动，从海上向新竹发炮支援陆军！
日本以一国而敌一岛！
吴汤兴和原住民军三面被围，在形势万分危急的时刻，另一路抗日大军从台南赶来支援。
它就是刘永福的黑旗军。
1883年，法军进攻大清属国越南。法军在平定越南后，继续进犯广西，企图侵入清国的领土，广西人刘永福率领3000名黑旗军进入越南大败法军，差一点就击毙法军司令。然后，黑旗军一路乘胜收复越南失地，刘永福被越南国王封为一等男爵。
黑旗军原本是广西地方武装，而他们的任务是反清复明，以七星黑旗为战旗，被称作黑旗军。黑旗军战斗力之所以十分彪悍，除了刘永福治军严格外，还跟军中有一位著名的武术教练有关——他就是黄飞鸿。在刘永福平定越南后，对于这样一种有强大战斗力的军队，朝廷是不能不提防的，于是派出招安大使，刘永福被朝廷派到台南镇守，但在招安后他的黑旗军也从3000人被裁到300人。
当日军开始进攻台湾后，刘永福开始为抗日作准备。以300名黑旗军嫡系为班底，迅速招募和训练新兵。当吴汤兴告急的消息传来，刘永福派出部将带领一支部队进入台中，增援吴汤兴。
“哪怕台湾只留下一片瓦一块土，也要血战到底，不令倭儿得了！”援军出发之前，刘永福跟部将盟誓。
有了援军的吴汤兴实力大增，他们仍然利用熟悉的地形在日军前进道路上设伏，开展阻击战和游击战，日军每走一步都要遇到顽强的抵抗，伤亡惨重。而日军采取了杀光和烧光政策，每到一处，他们将村寨中的男女老少全部杀光，放火烧光房屋，用大炮开路，日军最终进入台中。
此时，吴汤兴已经率领部队顽强阻击日军三个月，虽然他们仍然士气高昂，但由于日军采取烧光和封锁政策，吴汤兴的部队面临最大一个困难——缺粮。很多士兵都已经疲惫不堪，又累又饿，只能以野草充饥，战斗力受到了很大的影响。在彰化之战中，日军终于将吴汤兴包围了，可是，他们不敢冲锋向前，只能用大炮来回轰炸，吴汤兴中炮身亡，吴汤兴的妻子跳下山谷而死。彰化失守，日军已经打通了进入台南的门户。
在台南攻防战中，刘永福率领黑旗军和原住民残部孤军奋战，日军又一次付出了重大伤亡。第二旅团长山根信成（少将军衔）被格杀，这是继北白川宫能久之后，日军阵亡的第二位高级军官。但是对于刘永福来说，他面临和吴汤兴同样的问题——缺粮。前线将领一次次发电告急，要求增粮。
刘永福没钱没粮，而台南已经退无可退，没有办法，他只好派出部将去内地求援。
刘永福的部将满怀希望地来到大陆，遍访福建、广东、浙江沿海各省督抚，却没有一个愿意给予支援。湖广总督张之洞原本是刘永福的朋友，他也曾答应为刘永福提供军饷，但了解到朝廷在台湾问题上的态度后，张之洞退缩了。十几天过去了，刘永福的部将竟然没有筹到一两白银，回来两手空空。
日军的劝降书不失时机地送到了刘永福手上：清国朝廷都已经放弃台湾了，刘将军你的孤军抵抗又有什么意义呢？只要你和士兵们放下武器，不再抵抗，我们欢迎你去日本，日本将给你将军的待遇，一生荣华。如果不愿前往日本，也可以送你回清国内地，日本同样能保证你的平安与荣华富贵。
两天后，刘永福复书：与台湾共存亡。
10月10日，四万日军集结在台南城外。在距离台南城20公里的郊外，有一条发源自阿里山流入大海的河流——曾文溪，这里将成为保卫台南的最后一站，刘永福抵抗日军的最后战场。
日军重重围住黑旗军阵地，他们在陆地开炮，而联合舰队军舰在海上开炮，黑旗军的装备是步枪和鸟铳，除了几个简单的炮台，军中没有一门可以还击的大炮，在炮火的压制下，黑旗军伤亡惨重。徐骧、林昆岗、王德标、简精华……刘永福的部将一个个壮烈牺牲了，可是，将士们仍然没有放弃，他们跃出战壕，英勇地和日军开展了肉搏战！
肉搏战是最消耗体力的，而缺少粮饷终于给刘永福的军队带来了致命性的打击。10月18日，曾文溪的士兵已经成功地阻截日军主力大军八天了，他们没有吃的，还要冲锋，已经饿得无法站起来！
日军一步步缩小包围圈，他们决定活捉刘永福。
“刘公请走吧！”所有的将士都跪下，跪请刘永福撤退，带领小儿子渡海到厦门，保存实力，抗日也许将需要两代人去完成！
“刘公请走！以图将来！”所有人都泪流满面，痛哭失声。
刘永福望着茫茫大海，望着海那边的陆地。半个多月前自己的部将竟然没有从内地要来一两白银！硬汉刘永福禁不住热泪长流，仰天长啸：“内地诸公误我，我误台民！”
10月19日深夜，刘永福带领少量随从离开台南，乘船回到内地。他是带着深深的愧疚离开的，他曾经与部将盟誓与台湾共存亡，但是他没有做到，刘永福在这种愧疚中度过了余生。
而留下来的黑旗军将士，依然在节节抵抗日军。日军攻入台南后，他们就继续往南撤，竟然又以游击战的方式整整坚持了一个月！
一个月后，恒春。大海边出现几个形容枯槁、已经饿得摇摇晃晃的黑旗军士兵。这是台湾岛的最南端，前面就是茫茫大海，再无退路，面对在慢慢地缩小包围圈的日军，士兵拒绝投降，全部跳海而死！
他们守到了最后一寸土地！
他们战斗到了最后一刻！
1590年（明万历年间），几艘葡萄牙的远航船绕过了马六甲海峡，进入开阔的洋面，他们在海上孤独地航行着，突然，眼前出现了一个郁郁葱葱的大岛，远远望去，阳光普照，草木丰盛，葡萄牙人嘴中迸出了赞美词：“Ilha Formosa”（音译“福尔摩沙”，意为“美丽岛”）。
当年的美丽岛，就是今天的台湾。
从打响反抗日军侵略者的第一枪开始，台湾人民坚持抵抗了五个多月，也就是说，在《马关条约》签订后，日军又花了与之前战争同样多的时间来最终得到台湾。台湾抗日义军经历大小百战，在每一处地方阻截日军的时间都超过了朝廷大军阻截日军的时间，清国朝廷在这里投入的正规军最少，而日本在这里投入的正规军却最多，几乎动用了日本全国所有的陆军和海军。
入侵台湾的日军被击毙4800多人。伤、亡、病三项总计高达3.2万人，占了出动兵力的近一半！而这个数字比日军在朝鲜和清国大陆加起来的伤亡总数多出了近一倍。
台湾抗日义军还成功地击毙了日军两位最高指挥，他们也是整个清日战争中被击毙的级别最高的将领。多年以后，日军为了掩饰他们的失利，将日军在台湾重大伤亡和北白川宫能久被毙都说成——“是感染了疟疾”，“中了瘴气之毒”。
“只有台湾，才是真正被打下来的。”——连日军在他们的史料中都这么承认。
毫无疑问，这里才是真正的战场！
而战斗远远没有结束。在平定台湾后，日本开始了对台湾50年的殖民统治。但是，日本人远远没有想到的是，在他们宣告“平定全台”后仅仅一个月，1895年的12月31日，台湾全岛就响起了嘹亮的“驱逐倭奴，恢复中华！”的战音。从这一天开始，八年的抗日游击战争展开了，抗日义军曾一度进攻到台北！义军的袭扰让日本人如坐针毡，他们不得不接连撤换总督（总共换过八位总督），连后来的一位总督——狂人乃木希典都无法忍受这些“刁民”，将台湾以几千万英镑卖给英国的主意就是他提出来的。
在抗日义军中，最骁勇善战的仍然是原住民。长矛、大刀、弓箭甚至木棍都成为他们取下侵略者首级的工具，为了保卫家园，他们的热血挥洒在了每一寸土地上。为此日军不得不采取了空前严酷的措施，台湾平均160人配备一个警察，并设立保甲制度，规定凡猎取一个原住民的首级，给予1500元奖励。
“美丽岛”，铭记住这群人吧，你曾因拥有着一群英勇的人而更加美丽！
在没有信仰和自由的肉体里，灵魂会因困乏而死去；
如果有人逼迫你忘记不该忘的东西，
你应该反抗、你应该战斗；
你不该让自己变成被豢养的野兽，
因为我们都是骄傲的赛德克・巴莱——真正的人！
（《赛德克・巴莱》原著剧本小说）