武丁在位长达五十九年，随后驾崩了。作为一代雄才大略之主，武丁的特点是武力最强，猛攻上工下口方、鬼方、土方、周方和羌方，等等。其中对鬼方战争进行了三年之久，最终克之，功业赫赫，标志着商王朝的国力达到颠峰状态。这时候的中国分成三个环，中间王畿千里，是王朝直接控制的核心(这类似于集团公司总部)，往外一环是诸侯，武丁把自己的儿子和一些著名将领封在这一环里为诸侯，为商王朝镇守国土(这算是商王投资控股的公司)。打仗时候他们跟随商王出征，平时向商王朝进贡赋税，干些修城挖河之类的杂役，他们的领导人称侯，这也是诸侯一词的来历(意思是很多侯)。商王朝的最外一环，是与商王朝或友好或敌对的方国(算是商王参股的公司，弄不好的则是竞争对手)，见诸甲骨文的方国有五十多个，商王给他们起了难听的名字，土方、虎方、危方、犬方、邢方、人方、基方、淮夷、龙方、羌方、鬼方，他们的领导人称伯。鬼方、周方这些方国被武丁打败后，臣服于商，其领导人受封改叫鬼侯、周侯。周侯需要特别提及一下，他向武丁敬献了龟骨、牛和来自甘肃天水地区的一位美女，以示臣服。一旦周方发生二心，不勤劳王事时，武丁就会命令犬侯、仓侯这些与周方为邻的诸侯出兵去警告他，迫其服商。
所以商朝的结构，还不能跟秦汉王朝去比。真正的商朝，只是中间那一小块(王畿千里)，古文中所说的商人、殷人，也只是这一小块土地上生活的人。其它地方，都是商王朝控股、参股的而已。而在秦汉王朝，中国的每一个郡县，都是中央的独资子公司。在全国大一统的程度，商与秦汉还是有差别的，不能相提并论啊。
武丁驱民以战，与方国动武，是历代商王中最多的，有人说这是穷兵黩武。其实武丁的远征是防御性的进攻，用他的话来讲叫“以保我后生”——我去打你们这些方国，打怕了你们，以免未来你们欺负我的后嗣。这就是以攻为守。每次进攻都能使国内获得一段安宁。一旦好久不出去打，方国就会复来骚扰侵掠。武丁并不是为了掠夺财富、掳取人口而发动战争，而是出于保疆守土。这就像汉武帝北征匈奴，难道是看中了匈奴的财富吗？当然不是。于是，商王武丁的对外战争，是具备积极意义的国家防御，而且为大中国的最后一族，做着细致持久的兼并工作，也算是深入险阻、不辞劳苦了。后来的西周王朝就因为只重文事，不加意对外用兵，结果亡于西边的犬戎。犬戎对华夏文明备加蹂躏，导致生民涂炭。所以，不要一见到打仗，就认为是坏事，对外用兵也是有积极意义的。
武丁的对外战争给他的继任者们打下一个巩固的统治基础，开创了一个强盛的局面，武丁的继任者得以安常处顺，方国们迫于从前武丁的势力，亦不来骚扰。商王朝保持着它的兴盛。
武丁的孙子武乙很值得一提，他是个很有个性的商王，一名无神论者——天不怕地不怕，多次嘲弄上帝。他对于神职人员们借助占卜以上帝代言人的角色来干涉他的权威非常不满。为了加强王权，打破神权，武乙命令工匠雕了一个木偶，称做天神。把木偶安置在王廷中，设下赌局，召集朝臣前来观局，他要亲自与天神赌博。神职人员告诉他，木偶不会赌博，他便命这个史官代替天神来和他赌，史官只得应付，步步退让。武乙连赢三局，便问道，“你既是能替天神言事，为何还输，可见天神无灵”。便命侍卫们将木偶的衣冠剥去，痛打一顿。在场的神职人员吓得面色苍白，背后骂他无道。武乙知道以后，也不以为意。他又把一袋子牛羊血挂在高杆上，仰而射之，血呼拉拉地洒下来，名曰“射天”，表示给上帝放放血。这标志着神权的跌落，人类开始摆脱对虚无神力的恐惧和桎梏，走向成熟。自此以后，神职人员们不敢再干预武乙的行动。王权与与神权二元分离，互相进行较量和斗争，是商朝的特点，比如盘庚迁都就遭到神职人员占卜的阻挠。但是商王不断尝试兼并神职人员的祭祀、占卜特权，政教分离向王权一元专制转化。由于武乙射天的努力，王权的地位空前提升，人间造神运动蓬勃发展，竟把从前子契、商汤这些早期先王捧上了天，称之为“下帝”，下帝当上帝的副官(宾于上帝)，后来干脆平起平坐，合为一体，商王的祖先就是上帝。从此以后，神权开始跌落，王权统治着上界和尘世。上帝的代言人神职人员也没了大树可以依靠，商王甚至经常烧了神职人员以求雨。神职人员从此大跌面子，权力衰微。甚至到了春秋时代，鲁国的僖公还要焚烧一个巫师和一个残废人来祈求下雨呢。
同一时代的埃及帝国，也存在政教二元的斗争。法老“埃赫那吞”也与对阿蒙神庙的祭司集团进行了坚决打击，把阿蒙神庙列为虚妄而封闭之，财产没收，祭司驱逐，凡公共场所刻着的“阿蒙”(太阳)字样悉被剥除磨灭。然而，阿蒙神庙祭司集团盘根错节的势力并不是那么容易清除的，法老埃赫那吞虽然也实行迁都另辟蹊径，给帝国带来了一番生机勃勃的气象，最终还是以失败告终。祭司集团消耗着大量的财富，它的陈腐气氛和僵化管理笼罩在埃及上空，最终拖累了埃及，使埃及走上衰落。(看来，宗教权与王权并立不是好事情，欧洲中世纪的黑暗和停滞，也归咎于政教分离，基督教势力压倒了王权。)
武乙，这个敢于跟上帝叫板的中国商王，最后跑到陕西渭河流域打猎，结果一去不返，据说是被上帝的暴雷劈死了。这当然给那些迷信很深的神职人员提供了因果报应的证明。其实武乙在历代商王中，敢于藐视天神，打破神权，加强王权，是个有所作为的人。至于被雷击死，那完全是不懂得科学，在山顶上不知避雷雨的结果。当然，渭河流域是周人的活动区，武乙打猎死在那里，不排除是周人行凶。有人考证，武乙的“打猎”就是征伐周人的代名词，在与周人的战斗中他不幸死掉了，为了避讳自己的失败，史官把武乙之死说为打猎中途出了意外。
武乙的武功其实不错，他在位的时候是祖爷爷武丁死后第五六十年。由于长期缺少大的对外战事，西北地区的方国——旨方、羊方、觑方、周方在武乙时代开始陆续反叛——这是国家忽略兵事的恶果。并且一直很乖的东夷人也不知撒了什么臆症，突然侵入王畿。武乙为了集中力量对付离自己近的东夷人，被迫结盟于西北的周人，委任周人帮助自己安定西疆，并腾出手来压服了东夷人。然而周人则趁机开始在西北抢地盘，自我壮大。他们在周侯“季历”的领导下，以陕西岐山为根据地，灭了附近的程国，活捉了义渠首领，自此声威大振。季历为了表示他的军事行为是奉商王旨意行事的，就带了贡物来到商朝见武乙。据《诗经》说他是骑了马去的。武乙看见周侯势力虽然强大，但还肯臣服于商，非常高兴，出于安抚，便赏赐给季历三十里土地、美玉十双、良马十匹。
我们知道，当时商王朝的疆域已经庞大到了其物质能力所允许的极限，超过这个限度，就没有实力去管控了。所以武乙要借助周国力量帮他管控西方。凭借着周侯季历的协助，武乙又亲自派出将领，终于平叛了西方闹了好多年的反叛方国们，商王朝恢复了稳定。不过，周国也从此成了商人无法拆除的一颗定时炸弹，尾大不掉，令商朝无可奈何。
武乙的儿子文丁继位以后，为了解除周人的威胁，采取怀柔政策。周侯季历毫不客气，看看中央没动静，就征伐山西长治地区的余吾戎，余吾戎败而降周。周侯季历向文丁报捷(献上俘虏和战利品)。文丁嘉封季历为“牧师”，牧师有地方伯长的意思，专征伐权。文丁希望季牧师帮他安定边陲。季牧师于是又征始呼戎，始呼戎败而降周。过了几年，季历再次打败翳徒戎，把三个翳徒戎大头目送给文丁献捷。文丁看看季牧师越来越厉害，感觉不是好事，干脆突然下命囚禁季历，季历本来没有叛商的想法，一气之下就死在商都朝歌。古书说“文丁杀季历”，就是这回事。而季历的儿子就是大名鼎鼎的西伯姬昌，接班之后，昼夜磨牙，作磨着抱负商王朝，最终成为未来商朝的掘墓人。附带一句，周侯季历本来是老四，不该当周族掌门人，但是他的儿子姬昌是个神童，为了能让姬昌接班，老周侯就把位子给了季历。季历的大哥和二哥看看自己没戏了，就奔跑去了遥远的地方——江南的无锡，在那里开拓了后来的吴国。这是后话不提。
文丁杀季历的作法没能阻止周人力量的发展，相反，周人与商朝的矛盾加深了。不过文丁铸了一个商朝最大的鼎也是世界最大的青铜器“司母戊大方鼎”献给他死去的母亲。文丁的继任者“帝乙”时代，东夷地区的“人方”发生叛乱，为了不至于东西受敌，就把文丁的一个幼女，生得美丽端庄，嫁给了西边的姬昌，向姬昌所代表的周人致歉，说我们一时没照顾好你老爹季牧师，使他死在我们那儿了，抱歉抱歉。《诗经》描述了这场隆重盛大的婚礼，还在渭水上用舟搭了一个浮桥迎接新人(绳索连起好多船横贯河上)，诗中还创造了“天作之合”这个词。