大禹治水，当然也遇到阻力，就是一些部族头子跟他唱对台戏，带着人众给大禹捣乱，把大禹刚刚疏通过的河谷，堵上生活垃圾和瓦砾。大禹于是就像孙悟空，抡起金箍棒制狠狠教训了这些盲目自大、不服调度的妖精。于是，大禹的追随者越来越多，很多妖精纷纷扔下棍子，昄依“佛门”。那些前来投奔大禹的人，前后相连于道路。大禹把他们都推荐到朝廷。这些人成为大禹一党的嫡系。
在当时的落后条件下，治水必须依照严明的纪律，组织大规模的协作，动用整个国家力量，一个遍及全国的资源和关系网组建起来了。控制这一网的人，就顺理成章地掌握了国内实权。大禹就是这样的人。全国人事上的生杀予夺、升迁进退，都与治水的业绩相关联，财物资源的调动使用，也一切服务于治水，大禹作为治水的总负责人，全面拥有了这些资源和权力。而这些资源和权力的拥有，又使大禹无形中控制了整个国家机器。
并且，这个一心为公、以身作则、吃苦耐劳又握有实权的大禹，又富于伟大的人格魅力，他与各地民众并肩战斗、身体力行、制服洪水，与部族首领分享着成功与挫折的喜乐，在治水中结成了战友般的友谊。大禹拯救了无数部族的家园。部族首领们歌颂大禹说：“要是没有禹，我们就变成了鱼。”大禹声誉雀起，威严与光芒都过了舜帝。
舜帝意识到了这种危险，嘴角咧出一丝苦笑，再加上年老精力匮乏，这个矮个子的皮肤黝黑的老人就萌生了退位的想法。他沿袭了从前被他挤跑的尧帝老路，也去郊外找自己的好朋友“石户之友”(意思是住在石窟里的好朋友)。舜帝说：“朕自从娶了尧的两个女儿，又接替尧继位以后，已经在帝的宝座上待烦了，岁月不饶人，精力也天天萎缩，承受不住每日千篇一律的政务啦。您是位出世的高人，我想把帝位让给你。你高兴吧！”
石户之友大怒道：“你累不累啊，怎么这么没智商。让位给我顶什么鸟用啊！现在人心都敬重大禹，已经是大禹的天下了。”说完背起行李，携着孩子，拉着老婆，老婆头顶着家什，去了海边隐居。舜帝愣了半晌，不死心，又要让位给“北人无择”，北人无择也不敢接这个热山芋，说：“您这人真是各色，当初您放着好好的农夫不当，跑去抢什么帝位，挤跑了尧帝。现在您受不了了，又要逃跑，还耍什么沽名钓誉，说禅让给我，我真是以你为耻辱。”说完就跑到一处悬崖，跳进了深渊，自己把自己淹死了。舜帝不能平安下庄，只好跑回宫里硬着头皮等待。
正这时候，大禹跑来向他请示工作。大禹说：“虽说治水大功告成，但是天下并没有完全太平。长江流域的‘三苗’一直不听号令，阴谋阻挠治水。我一直打算征讨他们，直到今天才有时间。特意请示让我带兵出征。”
舜帝满脸忧虑，心想坏了，这家伙又来抢我的军权了：“大禹啊，三苗不肯遵循教令，朕就亲自出征一趟。你先多在家里，把关节炎养养好吧。”
大禹不傻，坚持道：“您身处帝位，您的职责就是冷静思考，发展臣属们的价值。用您完美的德行执行神的意志，上天将不断降福给您。打仗这样凶险的事，是对您的侮辱，对您人身安全也不利啊。”
舜帝不敢强求，喃喃批准道：“啊！好啊，好啊，好臣子啊，你是我的大腿、胳膊、耳朵、眼睛啊。朕只有依靠你啦，外面的事情就托付你吧。”
大禹拜了一拜，出去就把天地祖先祭祀一遍，号令大军备战，举行誓师大会。大禹发表讲话说：“三苗，是东夷人蚩尤的后代，流窜去到西南。不是小子我穷极好战，实在是这伙人犯有两大流氓罪。一是不敬天地，不敬鬼神；二是妄作虐刑，给人凿脑门，抽皮筋，残杀弱小。现在我就率领你们众位部族首长，联合出征，去给他们一些德育教育。”
三十天后，大禹的远征军抵达湖北省江汉地区，得知三苗已经集结重兵，准备决一死战，士气高涨，大禹变得愁眉不展。这时他的老助手伯益进言说：“只有靠美德才能获得上天的庇护，这是放之四海而皆准的道理。我看三苗心里仍然对我们不服气，即便战胜了敌人也带不来和平。”大禹赞成伯益的话，带领军队回了中原，比以前更加勤奋地广施德治，又执干戚而舞，举行军事演习：士兵们一手执防身用的盾牌，一手拿石斧，上面插上装饰的羽毛，整齐挥舞。七十天后，三苗人害怕了，派来和谈的使者，双方就这样避免了流血冲突，大禹平定了三苗的骚动。
当然，上述记载是被讲求德治的、连杀羊的厨房都要躲开的儒家学者们修正后的版本，实际上大禹征三苗的战争相当惨烈，延续时间很长。三苗作为东夷蚩尤族人的后代，总被华夏族人视为“亡我之心不死”的异类——总想给死去的蚩尤翻本儿。于是屠杀三苗就成了黄帝及尧舜禹时代各位帝王的主要事业。尧帝也曾派舜征讨过他们，到了大禹之时，三苗已被压击出了中原，流落到湖北省的荒蛮之地，再没退路可走，遂掀起了保家卫种的殊死抗击。战斗打得相当血腥，死尸盈满原野。天空下起了血雨，大地阴风四合。大禹军队的石制兵器并不十分锐利，石器时代的伤者要遭受极大的痛苦，被砍击十数下，直到血水流光才会满意地死去，实在难熬。战场上到处肉迹模糊。
大禹，最终用一簇乱箭射死了三苗首领，三苗之师溃败，宗庙被烧夷，男女老幼倒捆着双手被驱赶着离开家乡。他们想小便的时候就提出说要解手，这也是“解手”一词的来历。侥幸逃脱的三苗族人也郁郁不得善终，东躲西藏不能恢复元气，到了春秋战国时期，该地区的楚国人又与三苗发生冲突，在楚人打击下，三苗最后退至我国大西南，与现今苗族有千丝万缕的血缘联系。很多苗人至今头饰上还有牛角形，是对祖先蚩尤战士“身披牛皮，头顶牛角”的纪念吧，并且保存着关于蚩尤的大量歌谣。
大禹通过对三苗用兵，彻底把握了华夏族的军政大权，成为万人瞩目的焦点，向着帝位跃跃欲试。