武德九年六月七日，亦即政变的三天后，李世民被李渊册立为皇太子。虽然李世民还没有登基继位，可朝野上下都很清楚，从这一天起，李渊已经成了一个有名无实的空头皇帝，而新太子李世民才是大唐帝国真正的掌舵者。
随着李世民成功入主东宫，原秦王府（天策府）的一批核心成员也摇身一变，于六月十二日一同被任命为东宫官吏：宇文士及为太子詹事，长孙无忌、杜如晦为左庶子，高士廉、房玄龄为右庶子，尉迟敬德为左卫率，程知节为右卫率，虞世南为中舍人，禇亮为太子舍人，姚思廉为太子洗马。同日，李世民将齐王府的所有财产全部赏赐给了尉迟敬德。一夜之间，尉迟敬德就成了长安城里最富有的人之一。
与此同时，李世民不断宣传他的宽大政策，顺利招抚了前东宫和齐王府将领薛万彻、冯立、谢叔方；随后又迅速起用了原太子集团中的骨干人物魏徵、王珪和韦挺，任魏徵为东宫詹事主簿，任王珪和韦挺为谏议大夫。
面对李世民刻意表现出的这种宽大为怀、既往不咎的政治和解姿态，原来的政敌们悬着的一颗心终于放了下来。
然而，长安的政局虽然是稳定了，但是由政变引发的派系斗争还是不可避免地在各个地方相继爆发，其中以益州和幽州发生的两起血案最为引人注目。
当时的益州（今四川成都市）还是行台编制，尚书令是李世民兼任的，左仆射是窦轨。窦轨是李渊元配夫人窦氏的族侄，算是比较显赫的外戚，在统一战争中又立了一些战功，而且由于李世民的尚书令一职只是挂名，所以窦轨就被委以“便宜从事”之权，成了益州实质上的一把手。当时益州行台的兵部尚书韦云起与弟弟庆俭、堂弟庆嗣及整个宗族都与前太子李建成私交甚笃，可韦云起却和他的顶头上司窦轨素来不睦，所以当玄武门事变与李建成之死的消息传到益州时，窦轨就动了杀心。
尽管朝廷下达了“大赦”诏书，可窦轨还是无视朝廷的赦令，决定趁此机会除掉韦云起。他在府上埋伏了卫兵，然后以朝廷下诏追拿建成党羽为由，将韦云起召到了仆射府。韦云起一到，问朝廷的诏书在哪里，窦轨把诏书藏在袖中，厉声说：“公，建成党也，今不奉诏，同反明矣！”（《旧唐书?韦云起传》）还没等韦云起开口申辩，窦轨一声令下，左右卫兵随即冲出，当场将韦云起砍杀。另一个也跟窦轨有仇的行台尚书郭行方闻讯，抱着脑袋没命地逃往长安。窦轨发兵追捕，没有追上；郭行方总算躲过一劫。
紧继益州的韦云起事件之后，幽州又爆发了一起性质更为严重的案件。
这就是庐江王李瑗谋反案。
庐江王李瑗是李渊的族侄，时任幽州大都督。由于李渊一贯不放心外姓将领，只敢把兵权交给宗室亲王，所以尽管明知道李瑗为人懦弱，“非边将才”，可还是把他放在了幽州这个重要的位置上。
当然，李渊同时还给李瑗配备了一个副手。
他就是猛将王君廓。
就跟早先把猛人李靖配给赵郡王李孝恭、把老将史万宝配给淮阳王李道玄一样，这是李渊驭下的惯用招式。可是，这一招是把双刃剑。用得好，亲王和副将双赢，如功成名就的李孝恭和李靖；用得不好，不懂军事的亲王就会被沙场老手玩得很惨，比如那个年纪轻轻的淮阳王李道玄，可以说是间接死在了老将史万宝的手上。
而眼下的李瑗呢？
他的运气更差，不但始终被王君廓玩得团团转，无端背了个大逆不道的谋反罪名，而且最后还死在了王君廓的刀下，用自己的皇族鲜血染红了副将头顶的乌纱。
李瑗固然很不幸，可他之所以走到这一步，不仅仅是因为他缺乏军事才能，还因为他站错了政治队列——他是前太子李建成的死党。
在李建成跟李世民死磕的那阵子，早就暗中把李瑗结为外援，就像李世民以洛阳的温大雅和张亮为外援一样。
然而，站错了队其实也不要紧，只要在李建成死后及时把屁股挪到李世民这边就没事了。因为李世民在政变之后也确实给他们这些建成死党提供了一个“弃暗投明”的机会，只要像薛万彻、魏徵他们那样“迷途知返”，李世民肯定都是既往不咎的。可问题在于，这个李瑗偏偏连这点最起码的政治头脑也没有。
就在李世民派出通事舍人崔敦礼前往幽州召他回朝的时候，李瑗做出了一个错误的判断——他以为李世民是要拿他回去问罪的，当即吓得面无人色，惶惶不可终日。
而这一切都被王君廓看在了眼里。
一个踩着李瑗往上爬的计划迅速在他脑中成形。
其实李瑗一直是待王君廓不薄的，他知道自己缺乏军事才干，所以一直非常倚重王君廓，将其视为心腹，并且还许诺要和他结为儿女亲家。
然而，李瑗做梦也不会想到，就是这个心腹兼准亲家，却在最关键的时刻给他布了一个只要掉进一次就身败名裂、家破人亡的死局。
正当李瑗面对朝廷使臣彷徨无措的时候，王君廓用一种股肱心腹特有的口吻跟李瑗说了一番体己话。他说：“京都有变，事未可知。大王一旦入朝，必定凶多吉少。如今您拥兵数万，岂能受制于区区一个使臣，甘愿自投罗网？”
王君廓说完，两行激动的热泪立刻夺眶而出，一副士为知己者死的悲壮表情。李瑗万分感动，与王君廓相对而泣。许久，李瑗昂起头颅，斩钉截铁地说：“我今以命托公，举事决矣！”（《资治通鉴》卷一九一）
李瑗的悲剧就此铸成。
王君廓的嘴角掠过一丝无人察觉的狞笑。
当天李瑗就派兵逮捕了朝廷使臣崔敦礼，逼迫他交代京师的情况，可崔敦礼宁死不屈。李瑗只好把他囚禁，随即向下辖的各州县发布了征兵令和集结令，同时命燕州（今河北怀来县）刺史王诜火速前来蓟城（幽州州府所在地，今北京），共商举兵大计。李瑗麾下的兵曹参军王利涉知道王君廓这个人靠不住，于是力劝李瑗说：“王君廓此人反复无常，切不可委以机柄，应该趁早除掉，让王诜取而代之。”
李瑗一听，顿时满腹狐疑，不知道到底该不该把身家性命托付给王君廓。
王诜到达蓟城后，李瑗仍然犹豫不决。而王君廓早就在李瑗身边安插了眼线，所以很快得知了王利涉与李瑗的谈话内容。他当即决定采取行动，立刻前去拜会王诜。此时王诜正在沐浴，一听二当家的大驾光临，连身上的水都来不及擦，赶紧套上衣服，握着湿漉漉的头发出来拜见。王君廓一见王诜出来，还没等他开口说话，猛然拔刀出鞘，一刀就砍下了王诜的脑袋。
随后，王君廓提着王诜的首级，进入军营对众将士说：“李瑗和王诜一同密谋造反，囚禁朝廷敕使，擅自征调军队。如今王诜已被我诛杀，只剩下一个李瑗，成不了什么事。你们是宁可跟着他一块被灭族，还是追随我一起建功立业、自取富贵？”
毫无疑问，这帮原本就和王君廓一条心的将士绝对不可能站在李瑗一边。他们异口同声地喊道：“愿从公讨贼！”王君廓立即率领麾下将士一千余人冲出军营，翻越西城而入，首先冲进监狱释放了敕使崔敦礼，然后杀向都督府。
等到李瑗得知兵变的消息，一切都已经来不及了。他慌慌张张地带着左右数百名亲兵披甲而出，恰好在府门口与王君廓的军队遭遇。王君廓向李瑗的亲兵们喊话：“李瑗阴谋叛逆，你们何苦跟着他往火坑里跳！”李瑗的左右面面相觑，随即抛下武器，哗然四散。
转瞬间，偌大的都督府门前只剩下一个孤零零的幽州大都督、庐江王李瑗。陪伴他的只有满腔的后悔、愤怒和恐惧以及那扔了一地的刀枪和长矛。
李瑗怒不可遏地指着王君廓破口大骂：“卑鄙小人出卖我，你很快就会遭报应！”
面对横眉怒目、气急败坏的庐江王李瑗，王君廓一直在冷笑，一言不发。但李瑗却仿佛听见他在说——不是我王君廓太过阴险和卑鄙，而是你庐江王李瑗太过无能和无知。
兵变当天，李瑗被王君廓生擒，随即缢杀，首级迅速传送长安。
六月二十六日，朝廷的一纸诏书飞抵幽州：以王君廓为左领军将军兼幽州都督，并把李瑗的家人眷属全部赏赐给王君廓，充当奴仆和婢女。
王君廓笑了。
一切如他所愿。
然而，此时的王君廓绝不会料到，李瑗临死前的那句话最终竟然会一语成谶。
一年多后他就遭了报应，而且下场几乎与李瑗如出一辙。
王君廓成了幽州的一把手后，自以为山高皇帝远，于是狂放骄纵，贪赃枉法。朝廷很快就有所耳闻，随即征召他还朝。王君廓顿时惊惶不安，李瑗曾经有过的恐惧如今也丝毫不差地降临到了他的头上，可他不敢违抗朝廷敕命，只好硬着头皮上路。临行前，他的长史李玄道（房玄龄的族甥）托他把一封书信转交给房玄龄，王君廓立刻起了疑心。行至渭南（今陕西渭南市）时，王君廓忍不住偷偷拆看。由于不认识草书，他误以为李玄道在信中告发了他的罪行，于是杀了驿站官吏，向北逃亡，准备投奔东突厥，可逃至半道便被流浪汉所杀。时在贞观元年九月，距离他陷害李瑗，时间刚刚过去了一年零三个月。
在玄武门之变后，人们或许无法确切知道，唐朝的各级地方官吏到底利用派系斗争的时机制造了多少损人利己的阴谋和多少公报私仇的惨剧，但是仅从益州和幽州的流血事件中，人们还是能强烈感觉到这场政变所造成的冲击波，同时应该也能闻到，在武德九年六月四日后，大唐帝国的每个角落似乎都飘荡着一缕人人自危的恐怖气息。史称：“太子建成、齐王元吉之党散亡在民间，虽更赦令，犹不自安，徼幸者争告捕以邀赏。”（《资治通鉴》卷一九一）
虽然李世民屡屡颁布大赦令，但是仍然遏制不了人们争相告密以邀赏的汹涌势头。谏议大夫王珪对此忧心如焚，一再请求太子李世民设法制止。七月十日，李世民不得不再次颁下一道措辞严厉的命令。此令重申：与玄武门事件和李瑗谋反案有所牵连者一律赦免，除非有人在此之后依旧图谋不轨，否则一概禁止相互告发，违令者将处以“反坐”之罪，也就是谁再告发别人参与谋反，自己将被视同谋反罪论处。
发布命令的次日，李世民随即派遣魏徵前往山东（崤山以东）地区进行宣慰，并委以便宜从事之权，实际上就是希望魏徵能以前东宫旧臣的身份，安抚散亡各地的建成余党，制止告密和滥捕滥杀之风。
魏徵到达磁州（今河北磁县）时，当地州县政府正用囚车押着两个人，准备送往京师问罪。他们是前太子千牛李志安和齐王府护军李思行。魏徵当即将囚车拦下，对当地官吏说：“我受命之日，前东宫和齐王府的左右已经全部赦免了，如果再把他们捕送京师，必将人人自疑。就算派遣使者到处宣慰，又有谁肯相信。我今天不可以为了避嫌而不为国家着想，况且我既已受到‘国士’的礼遇，又岂能不以‘国士’的行为相报。”于是下令将李志安和李思行当场释放。
李世民在长安接到报告后，甚感欣慰。
他意识到，魏徵绝对是一个可以寄予信任和厚望的人。
在六月四日以后的这些日子里，随着新太子李世民的闪亮登场，有一个人正在悄然淡出人们的视野。
这个人曾经是帝国的最高主宰者，而眼下，所有大唐帝国的臣民却在用最快的速度将他遗忘，甚至是将他抛弃。
这个人就是李渊。
没有人知道他在这些日子里都干了些什么以及他的心境如何。但是有一点可以肯定——他正在尝试着接受属于他的命运。
我们甚至可以说，他正在主动地接受被天下人遗忘和抛弃的命运。无论这份命运如何不堪承受，主动接受总比被动接受要明智得多，同时也要好受得多。
所以，早在李瑗谋反案之前，也就是六月十六日，李渊就已经给了心腹裴寂一道手诏，内容是：“朕当加尊号为太上皇。”
李渊通过这个方式向太子李世民主动表露了退位的意思。
这个意思当然是李世民最希望看到的。
六月二十九日，李唐朝廷正式撤销了天策府。这是一个重要的政治信号，它意味着太子李世民的登基大典已经进入了倒计时。