六月二十四日，杨文幹兵变爆发。消息传到仁智宫，李渊勃然大怒，同时也感到极度的伤心和失望。因为杨文幹的行动等于自动承认了他与太子串通谋反的事实。联系此前尔朱焕等人的告发，整个事件已经真相大白，似乎没必要再寻找什么证据了，李渊很容易就能得出结论——所有这一切的幕后主使不是别人，正是太子李建成。
意识到这一点的时候，李渊的难过自不待言。废立太子看来是势在必行了，可眼下的当务之急却是如何把叛乱消灭在萌芽状态。次日，李渊立刻派遣左武卫将军钱九陇，会同灵州（今宁夏灵武市）都督杨师道出兵讨伐杨文幹。
二十六日，也就是杨文幹起兵的第三天，李渊召见了李世民。
李渊首先询问他对当前形势的看法。李世民不假思索地说：“杨文幹这个竖子，竟敢如此狂逆！儿臣以为，他很快就会被自己的部将所杀，即便不会，派遣一个普通将领也足以将他讨平。”
李渊摇了摇头，说：“不然。文幹事连建成，恐应之者众。你应该亲自出征，回来后就立你为太子。但是，我不能效法隋文帝害死自己的儿子，所以，应该给建成留条后路，封他为蜀王。蜀地狭小，蜀兵脆弱，将来建成若能服从你，你就要保全他的性命；若不服从，你要制伏他也易如反掌。”
至此，整个太子谋反事件最大的获益者就站在我们面前了。
他就是秦王李世民。
杨文幹兵变最终促使李渊下定决心——废黜太子，改立秦王。
那么，李世民在这次事件中到底扮演了什么角色？他在背后都做了些什么？
要弄清这一点，首先必须研究一个问题：李建成有没有可能谋反？
我们的答案是：可能性几乎不存在。原因大致有以下三点：
第一，虽然太子与秦王的矛盾由来已久，且有愈演愈烈之势，但是李建成的储君地位始终是稳固的。最主要的原因是：李渊出于立嫡以长的原则和政治稳定的考虑，不可能像当年的隋文帝杨坚那样随意废立太子。
事实上，当秦王势强、太子势弱的时候，李渊也始终站在抑制秦王、扶持太子的立场上，否则也不会在刘黑闼第一次起兵时迟迟不愿起用李世民，更不会在刘黑闼二次起兵时全力支持李建成挂帅出征，建立战功。而李建成讨平刘黑闼之后，声望显著提升，势力有所增强，储君地位也随之巩固，根本无须担心被李世民取而代之。武德中后期，李渊对世民“恩礼渐薄”，而建成和元吉则“转蒙恩宠”（《旧唐书?隐太子建成传》），只要李建成保持现状，等到李渊百年之后，天子宝座自然就是他的。既然如此，在总体形势对其绝对有利的情况下，作为既得利益者的李建成怎么可能会谋反？
第二，就算李建成为了防患于未然，打算彻底消除威胁他储君地位的危险因素，那么他要对付的人也应该是秦王李世民，而不是高祖李渊。因为直到武德七年，李渊仍然是李建成最大的政治靠山，而且即便是在李建成多次违规操作被揭发的情况下，李渊仍旧一如既往地对他寄予信任，否则也不会在前往仁智宫避暑的时候命太子监国，留守长安。
但令人匪夷所思的是，李建成串通杨文幹谋反的目的却是为了篡夺皇位。换句话说，他们矛头所指正是李渊本人。试问，在明知道李世民对其太子之位虎视眈眈的情况下，李建成怎么可能动手推翻自己的政治靠山呢？除非他有绝对的把握将李渊和李世民一举翦除，否则以李世民的军事才能和在军队中的势力来看，李建成这么做无异于自掘坟墓。
第三，退一步说，就算李建成真的铁了心要将李渊和李世民一网打尽，那么他的谋反计划也应该是首先在长安发动政变，彻底控制李渊，一举消灭李世民（在后来的“玄武门之变”中，李世民正是一边控制皇帝一边翦除对手的），掌握了中枢大权后，再命令杨文幹在外围起兵响应，这样才能确保万无一失。
可事实恰好相反，李建成偏偏是等到李渊去了仁智宫后，才让杨文幹在异地起兵，此时无论是李建成从长安发兵还是杨文幹从庆州发兵，一路上都必须经过高祖仍然有效控制的州县，最后才能打到宜君县的仁智宫。这不但是鞭长莫及，而且是打草惊蛇。暂且不说叛军有没有能力打到宜君县，就算其占了先机，一路畅通无阻地打到仁智宫，高祖和秦王肯定也早已扬长而去，并且极有可能调集了四方兵马，给他们布下了一个天罗地网。所以说，这样的谋反计划是十分愚蠢的。李建成纵然军功不及李世民，可他也是开创李唐的元勋之一，其政治智商断不至于如此低下。
就算我们换一个角度，假设李建成这么做是想趁李渊离开京师、朝廷空虚的时候夺取政权，那么这个谋反计划是否就变得可行了呢？
很遗憾，这样的设想同样不能成立。
道理很简单，在武德七年的李唐王朝，论政治号召力，高祖李渊依然是当之无愧的一号人物，他对政权的控制仍然是有力的；而论及在军队中的影响力和势力，可以说整个李唐王朝无出秦王之右者。在此情况下，李建成就算控制了朝廷、占领了京师，他所得到的只不过是一个政权的空架子和长安一座孤城而已。
而高祖和秦王就算身在宜君县的避暑行宫中，同样可以在政治上和军事上牢牢把握这个帝国，照样可以从仁智宫发出一道道对全国州县具有绝对权威的政令和军令。而这一切，当了多年太子、长期在李渊身边协理政务的李建成绝对不可能意识不到。
综上所述，李建成谋反的可能性微乎其微，而《资治通鉴》中关于这个事件的记载也是漏洞百出，存在太多违背逻辑和自相矛盾的地方。
所以，当代的一些学者在深入研究后也纷纷提出质疑，最后作出了否定的结论。
如李树桐在《唐史考辨》中说：“《通鉴》内，有关杨文幹反事连建成案的记载，必与事实不符。”
牛致功的《唐高祖传》称：“事实证明，杨文幹造反与李建成没有关系。”
黄永年在《唐史十二讲》中说：“李渊既然对李世民‘恩礼渐薄’，而‘建成、元吉转蒙恩宠’，建成又何必冒险用军事行动来夺取政权？如真有其事，何以第二年李渊还派建成前往幽州以备突厥，毫无恩宠衰薄的迹象？足见统统出于诬陷增饰，不是事实。”
事实上，就连《通鉴》的编纂者司马光本人也不敢肯定太子谋反之事的真实性，所以才会在《通鉴考异》中引用刘餗（《史通》作者刘知几之子）在相关著述中的话，说当时这个事件的起因是有人“妄告东宫”。
所谓“妄告东宫”，关键就在于这个“妄”字。也就是说，尔朱焕和桥公山对太子的指控很可能属于诬告。那么，此二人既然都是太子的手下，又为何会胳膊肘朝外拐呢？
很显然，他们如果不是被人收买，就是受人胁迫。
那么，又有谁会去收买或胁迫他们诬告太子呢？
答案只有一个——秦王府的人。
众所周知，在武德年间，当“两大集团正在进行激烈斗争的时候，与事无关者是不会陷害太子，为李世民出力卖命的”（牛致功《唐高祖传》）。因此，我们有理由认为——不管是尔朱焕和桥公山，还是杜凤举和宇文颖，其背后很可能都有秦王府的力量在驱使和操控。
换言之，李世民就是幕后那只看不见的手。
武德七年六月二十六日，当高祖对秦王郑重作出废立太子的承诺后，李世民一定以为自己已经在这场漫长的政治PK中胜出。那一刻，道士王远知三年前说的那句“方作太平天子，愿自惜也”的预言一定无比豪迈地回响在他的耳边。
然而，接下来事态的发展却完全出乎李世民的预料。
就在他距离太子之位仅有半步之遥的时候，忽然间梦想破灭，功亏一篑，一切都打回原形——太子依然是太子，秦王照旧是秦王。
李世民竹篮打水一场空。
这到底是为什么？
原因很简单：李渊反悔了。
正当李世民意气风发地率军前去征讨杨文幹时，李建成施展浑身解数，动用他的所有政治力量对皇帝施加影响，其中包括齐王李元吉、后宫的嫔妃群和当朝重臣、侍中封德彝，最后终于促使李渊回心转意，收回了废立太子的成命。
要说李渊是因为耳根子软，禁不住这些人的软磨硬泡，那就过于低估李渊的政治智慧了。就像我们前面分析的那样，整个太子谋反事件漏洞百出，李渊不可能对此毫无察觉。尤其是当太子已经被软禁，围剿杨文幹的军事行动也已展开的时候，李渊必定会冷静下来，仔细思考整个事件的来龙去脉，这时候他自然会看出此案的众多疑点；再加上身边各色人等的解释、劝说和提醒，李渊就会意识到自己废立太子的决定做得过于草率了。整个事件中唯一能够认定的太子过失，无非就是“私运盔甲”这一条，可要说杨文幹的起兵一定是太子的指使，那明显是证据不足的。当然，太子私运军用物资肯定也属于违法行为，但断不至于被废黜。
所以，李渊最后肯定也会意识到，这起事件很可能是有人抓住太子违法的把柄，然后精心制造了一个太子谋反的假象，目的就是颠覆太子的储君之位。
换句话说，这是一起阴谋。
至于说这起阴谋的制造者是谁，那就不言自明了。当今天下，还有谁比秦王更具有相应的动机和强大的策划能力呢？
当然，李渊没有证据。
他只能猜测。
但就算是这样的猜测也足以让他打消废黜太子的念头了。
他随后就把太子放了，命他仍回京师留守，然后各打五十大板，责备太子和秦王“兄弟不睦”。最后从东宫和秦王府找了几个替罪羊，把他们全部流放巂州，他们是太子中允王珪、太子左卫率韦挺以及天策府兵曹参军杜淹。
就在李渊做出上述决定的同时，李世民也轻而易举地平定了杨文幹叛乱。
在这场短命的叛乱中，杨文幹唯一的“战绩”就是出兵占领了宁州，可当李世民率领大军进抵宁州城下的时候，杨文幹的军队马上就不战自溃了。七月初五，杨文幹被自己的部将刺杀，首级立刻传送长安。
武德七年夏天的杨文幹事件就这样不了了之、草草收场了。
高祖李渊以各打五十大板的方式给这起震惊朝野的事件画上了一个并不算圆满的句号。之所以说它不算圆满，是因为这种和稀泥的处置方式即便能够勉强维系太子与秦王之间的平衡，那也是一种极其脆弱、危机四伏的平衡。
无论是太子还是秦王，对这个处置结果都不会感到满意。
对李建成来说，既然高祖收回了废立太子的成命，并且对太子和秦王各打五十大板，那就说明他已经意识到太子是被诬陷的，而且肯定也意识到秦王就是制造假案的那只幕后黑手。按照唐律，诬告别人谋反若不属实，诬告者本人是要处以谋反罪的，这就是“反坐法”。可现在倒好，仅仅流放一个秦王府的属官杜淹，秦王本人却安然无恙，丝毫不受惩处，这怎么说得过去？这不是在纵容秦王阴谋夺嫡吗？
而对李世民来说，既然高祖已经做出了立他为太子的承诺，而且没有过硬的证据表明太子谋反案确为秦王府一手炮制，那么高祖就不应该打秦王板子——流放他的属官，而应该兑现承诺，立他为储君。所谓天子口中无戏言，堂堂的一国之君怎么能信口开河、出尔反尔呢？再者说，就算太子谋反是假，可杨文幹兵变总是真的吧？杨文幹是东宫旧部也是真的吧？太子给杨文幹私运盔甲更是不争的事实吧？就冲这些证据确凿的事实，太子便负有不可推卸的责任，怎么能不痛不痒地流放两个东宫官吏就算完事了呢？更何况杨文幹兵变毕竟是秦王平定的，到头来平叛功臣反而遭到责罚，如何能让人心服？
所以，尽管让李渊深感不快的这一页貌似翻过去了，但是对于不共戴天的李氏兄弟而言，事情却远远没有了结。
换言之，杨文幹事件仅仅是一个悲剧的开端。
不把对方整垮甚至彻底消灭，太子和秦王谁也不会善罢干休。