按照刘秀的战区规划，凡函谷关以西，包括司隶、并州、朔方、凉州、益州在内，都被划归关中战区，几乎可以说占据了帝国的半壁江山。而关中战区的作战对手，包括赤眉军、更始残部、汉中王刘嘉、天水隗嚣、郡县割据势力等，个个都不是什么省油的灯。
因此，对关中战区的主帅而言，虽然位高权重，但同时压力也大，担子也沉。刘秀将如此重任交给邓禹，正体现出他对邓禹的绝对信任。
而刘秀的这份信任，又包括两方面的内容：一是对邓禹忠诚的信任，一是对邓禹才能的信任。邓禹和刘秀有三同之谊——南阳同乡，太学同窗，河北同床。两人感情之深，早已超越普通的君臣关系，其忠诚不容怀疑。至于才能，邓禹自幼便有神童之誉，十三岁即入太学，名动天下，如果对刘秀所有的部下测一次智商，邓禹绝对高居榜首无疑。
刘秀登基称帝之后，第一时间便派使者持节，前往汾阴，拜邓禹为大司徒，赐诏曰：
制诏前将军禹：深执忠孝，与朕谋谟帷幄，决胜千里。孔子曰：“自吾有回，门人日亲。”斩将破军，平定山西，功效尤著。今遣奉车都尉授印绶，拜大司徒，封为酂侯，食邑万户。敬之哉！
自诏书之行文，不难看出刘秀对邓禹的一片爱护之心。刘秀以自己比孔子，而将邓禹比作孔子最爱的弟子颜回，更是亲热得近乎肉麻。用今天的话来说，这份诏书可谓相当之腐。
刘秀封邓禹为大司徒（即丞相），位列三公，极尽恩宠之能事，而封邓禹为酂侯，更是大有讲究。西汉开国第一功臣萧何，其爵位便是酂侯，由此可见，邓禹人还没有进入关中战区，刘秀便已经将东汉开国第一功臣的位子提前预留给了邓禹。
这一年，邓禹年仅二十四岁，即将用兵关中，征服帝国之半壁。前有韩信，未及而立便荡平齐鲁，与项羽、刘邦三分天下；后有周瑜，年二十四而经略中原，力抗强魏。江山如画，多少年少英杰！今吾年齿虚长诸君，百无一用，唯多睡善饭，贤愚相远，可为怅然。
刘秀知遇如此，期望如此，邓禹敢不尽死！受封次日，邓禹便率师渡过黄河，先入夏阳，正式涉足关中。自夏阳一路西行，再至衙县。更始中郎将左辅都尉公乘歙，引兵十万来战，邓禹大破走之。
一战之后，邓禹忽然发现他已经无仗可打。此时赤眉军与刘玄交战正酣，双方皆无暇旁顾，自然把邓禹晾在了一边。
本年八月，赤眉军攻破长安，残破三辅。百姓仓皇而逃，不知所归，听闻邓禹兵强马壮，军纪谨严，于是望风相携，前来投奔。
前来投奔的百姓，每日多达千数。邓禹皆赐以酒食，善加安抚。邓禹有着高超的语言天赋，在太学四年，学会一口地道的长安官话，言谈之间，更是让百姓们有归家之感，备觉心安。
当初刘秀在洛阳任司隶校尉，关中的士绅长老们前往洛阳，恭请刘玄迁都长安，遍观更始诸将，唯独刘秀部属衣冠堂正，军容齐整，有大汉之威仪。从那时候起，刘秀就已经在关中留下了良好口碑。如今，关中的士绅长老们又亲眼见过了刘秀的大司徒邓禹，越发感激涕零，真心以为王师来降，关中有望。
这些士绅长老，都是当时的意见领袖，经过他们的有力鼓吹，邓禹的声望很快传遍关中，慕名而来的百姓越来越多，父老童稚，重发戴白，满其车下，莫不感悦。
本年十月，投奔者已号称百万之数。百姓皆劝邓禹，王师既兴，理应尽快光复旧都，不可坐视长安陷于赤眉军之手。邓禹麾下诸将也都劝邓禹速攻长安。
众议嚣嚣，邓禹却执意不从，道：“如今我兵众虽多，能战者少，前无可仰之积，后无转馈之资。赤眉新拔长安，财富充实，锋锐不可当也。夫盗贼群居，无终日之计，财谷虽多，变故万端，非能坚守长安也。上郡、北地、安定三郡，土广人稀，饶谷多畜，我且休兵北道，就粮养士，以观其弊，然后可图也。”
于是舍长安而不顾，引军北至栒邑，所到之处，郡县皆开门归降。
刘秀见邓禹对长安弃而不攻，下诏催促道：“司徒，尧也；亡贼，桀也。长安吏人，遑遑无所依归。宜以时进讨，镇慰西京，系百姓之心。”
在刘秀的部下当中，也只有邓禹敢于抗诏不从。邓禹打定主意，要坐等赤眉军自败，因此并不理会刘秀的诏书，你叫我往南，我偏往北，分遣将军攻上郡诸县，又命积弩将军冯愔、车骑将军宗歆守栒邑，自己则征兵引谷，归至大要。
邓禹不攻长安，就是竭力想避免和赤眉军正面决战，等着赤眉军自己内讧。然而不承想，赤眉军这边尚未内讧，邓禹这边却先内讧了起来。
邓禹留守栒邑的冯愔、宗歆二将，彼此不服，争权相攻。冯愔一怒之下，杀了宗歆，又怕邓禹报复，一不做，二不休，索性率部反攻邓禹，为邓禹所败。
冯愔率众西奔天水，闯入隗嚣的地盘，隗嚣逆击，破之于高平，尽获其辎重。冯愔率残部辗转于关中、凉州之间。邓禹承制遣使持节，拜隗嚣为西州大将军，得专制凉州、朔方事。
冯愔是冯异的亲弟弟，究竟该如何处置，邓禹也颇感棘手，不敢自专，遣使至洛阳，向刘秀当面请示。刘秀问使者：“冯愔最亲信谁？”使者答道：“护军黄防。”
刘秀笑道：“不必加兵，黄防必缚冯愔来降。冯愔、黄防二人穷途末路，若以兵击之，必并力迎敌，急不可下；按兵不动，则二人必不能久和，势必相图，其势然也。”遣尚书宗广持节，前往关中受降。
使者将信将疑，回报邓禹。一个多月之后，黄防果然捆绑冯愔来降，引咎谢罪，尽如刘秀所言。更始诸将王匡、胡殷等为赤眉军所迫，也先后来降邓禹。尚书宗广携诸降将东归洛阳，至河东安邑，王匡、胡殷等意图逃亡，宗广悉数斩之。冯愔至洛阳，刘秀以其兄冯异之故，赦而不诛，贬为庶民。
邓禹自从进入关中，外战不曾击败赤眉军，内讧又导致元气大伤，威望颇为受损。邓禹上书请罪，刘秀力挺，再赐诏书，重申对邓禹的无限信任。
人类之所以发明钟表，就在乎渴望捕获时间，从而能更有计划地使用时间，而此举建立在这样一个基础之上，那就是——人们理所当然地相信自己还有明天。
然而赤眉军却是这样一支队伍：他们根本就不相信也不在乎是否还有明天，从他们成军之日起，基本就是脚踩西瓜皮，滑到哪里算哪里，没有任何长远的打算，也根本不考虑明天该怎么办。
同为农民起义军，赤眉军和绿林军有着很大的不同。在绿林军里面，混入了许多小地主和地方豪杰，相对而言，目光较为长远，懂得要为未来打算。绿林军在占领长安之后，多少还进行了一点政治建设。反观赤眉军，其阶级成分则纯粹得多，几乎全是由清一色的淳朴农民构成，上到皇帝刘盆子，下到百官公卿，识字的竟只有丞相徐宣一人。
赤眉军在占领长安之后，依然保持着原有的淳朴本色。而这种淳朴就表现在，他们依然把自己定位成流浪汉，定位成弱势群体，必须继续靠暴力和抗争才能在这世间活下去。他们从来都没有意识到，他们其实已经是长安乃至整个关中地区的主人。
赤眉军自成军以来，前后流浪了六年，从东到西，行程穿越了大半个中国，他们早已习惯了流浪，习惯了没有家乡、没有希望。
这是一个已经丧失了敬畏之心的集体。他们漠视着自己的生命，很自然地，也便漠视着别人的生命。他们不再敬畏任何生者，也不再敬畏任何逝者。所有的规则、所有的秩序，在他们眼中都已经不值一提。
他们曾经是苦难的受害者，如今他们成为苦难的制造者。
他们曾经是受虐者，如今他们是施虐者。
暴力是他们仅存的信仰。而唯一能够让他们臣服的，只有更大的暴力。
明白了这样的心理动机，我们也便不难理解，赤眉军在长安所演出的一幕幕人间闹剧。
公元二十五年腊日，即冬至后第三个戌日（后世改期为十二月初八，即腊八节），腊祭百神，是传统的盛大节日。长安长乐宫内，皇帝刘盆子和赤眉军各大首领设乐大会，共庆佳节。
时光如果倒退回十年，乃至倒退回更久之前，这里将是另外一派节日景象：皇帝高高在上，百官列坐其下，气氛肃穆而森严，乐师奏响庄重的雅乐，博士宣读华丽的文章。皇帝向群臣赐酒，群臣在中黄门的号令之下，一饮，二饮，三饮；皇帝再赏赐群臣，玉帛金钱不等，群臣则匍匐谢恩，高呼吾皇圣明。一切细节，无不表现出神圣的仪式感，宣告着庙堂的尊荣和帝国的强盛。
然而今天的长乐宫内，却并无丝毫恢弘的庙堂之气，反倒更像是草莽喧嚣的江湖。赤眉军众首领散乱坐于殿下，衣冠不整，呼五吆六。十五岁的皇帝刘盆子坐于正殿，畏惧地望着眼前这些跋扈的臣民，有如傀儡木鸡，没半点脾气。
在一片吵闹之中，有一位投降过来的秀才献媚心切，长身而起，从袖中掏出简书，念出早已写好的祝文，向刘盆子大声道贺。赤眉军众首领见此风雅之事，不免大为艳羡，将秀才团团围住，都要秀才在他书中添上自己的名字。
秀才谁也不敢得罪，赶紧提笔，赔笑问道：“敢问各位大首领，排名谁先谁后？”
事后看来，这秀才多少有点蔫儿坏，丫纯粹是故意的。中国有着号称世界上最为成熟发达的官场，这点规矩怎会没有！排名先后，自然是按照官爵大小来排，公平，公正而且公开。
然而，赤眉军首领们哪里懂得这些，他们只知道名字排得越靠前，自己就越有面子，于是彼此挤作一团，口中辱骂，手上推搡，都要为自己的名字在秀才的书上争一个靠前的位置。
大殿之内，局面瞬间混乱不堪。大司农杨音大吼道：“严肃点，这上朝呢。”然而，众首领争得兴起，谁肯听他！
杨音大怒，仗剑就往殿上闯。刘盆子大惊，以为杨音要来取他人头，吓得蜷缩在床，浑身颤抖。杨音根本不理刘盆子，占据高处，俯视殿下，按剑骂道：“诸公都已一大把年纪，竟还如此不成体统，儿戏尚不如此，皆可格杀！”
杨音出头挑事，其余首领岂肯干休，马上还嘴，和杨音隔空对骂。在殿外乃至宫外站岗的赤眉军兵士，听到殿内大乱，有如鲨鱼闻到血腥，大感兴奋，各提兵器，一窝蜂便往殿内闯，抢掠酒肉，互相杀伤。
拥入的兵士越来越多，大殿之内，形势越发失控，人人都红着眼，陷入无政府状态的癫狂之中，你砍我一刀，我捅你一剑，杀得其乐融融，不亦快哉！
卫尉诸葛穉听闻殿内哗变，急忙率卫队前来镇压，当场格杀百余人，血流盈阶，断肢遍地，这才稳住局面，首领们各自散去。
亲眼目睹了这一场血腥的杀戮之后，刘盆子脆弱的心理彻底崩溃，日夜啼泣，再也不肯上朝。刘盆子的大哥刘恭见赤眉军荒乱至此，心知赤眉军不久必将败亡，暗劝刘盆子尽快辞职，归还皇帝玺绶，并准备了一套退位说辞，命刘盆子背得滚瓜烂熟。
转眼冬尽，时间进入公元二十六年。在刘盆子这边，是为建世二年；在刘秀这边，则为建武二年。
这一年的大年初一，无奇不奇，突然有日食发生。
古人不明白日食的原理，每每将日食附会为上天发怒，将降人间以大不祥，于是人心惶惶，唯恐遭殃。刘恭正好借日食说事，召集赤眉军众首领，替刘盆子辞职道：“诸君共立盆子为帝，德诚深厚。盆子为帝，且将一年，肴乱日甚，诚不足以相成。恐死而无所益，愿得退为庶人，更求贤知，唯诸君省察。”
樊崇等人虽然胆大，但面对日食这样的异常天相，也难免惊惧不安，以为真是因为自己得罪了上天。听说刘恭要代刘盆子辞职，皆真心挽留道：“此皆崇等罪也。皇帝还请为皇帝！”
刘恭固请，坚持要让刘盆子退位。樊崇大怒道：“皇帝都没开口，哪里轮得到你来说话！”说完便要拔刀来杀刘恭。刘恭见势不妙，仓皇逃去。
刘恭这一逃，刘盆子马上失了主心骨，好在刘恭教给他的那套台词已经背熟，于是解去玺绶，朝樊崇等人连连叩头，道：“今设天子，而诸公为贼如故。吏人贡献，辄见剽劫，流闻四方，莫不怨恨，不复信向。此皆立非其人所致，愿乞骸骨，避贤圣。必欲杀盆子以塞责者，无所离死。诚冀诸君肯哀怜之耳！”说完，伏地恸哭流涕。
皇帝反过来向臣子们叩头，这事即使放在五千年的历史长河之中，也堪称稀奇罕有。樊崇等人经刘盆子这一跪一哭，无不动容，钢铁般的心肠也忽然柔软起来，尽皆避席，不敢承受刘盆子之跪，顿首道：“臣等无状，有负陛下。自今而后，不敢再放纵。”
樊崇等人辞出殿外，果然收敛了许多，各自约束士兵，闭营而守，再不外出骚扰掠夺。一时之间，长安秩序肃然，依稀又回到了往日的太平安定。
那些从长安出逃的百姓们，听到消息之后，天真地以为赤眉军真的改性从良，于是携带家眷财物，成群结队地重返长安，各操旧业。不几日，长安便再度繁华起来，人丁兴旺，商贾云集，重现旧日盛况。
看见长安重新恢复元气，赤眉军贪念又起，其自律仅仅维持了二十来天，便又现出原形，兵卒如饿虎出笼，大掠长安，恣行杀掠，抢钱抢粮抢女人。可怜的百姓们，刚过了几天安生日子，便不得不再次背井离乡，四散逃亡。
此一番抢劫，赤眉军固然收获颇丰，捞了个痛快，但后果却相当致命，直接导致其最后的灭亡——赤眉军仅存的一点信用，至此彻底破产。从此之后，再也不会有任何人对赤眉军心存幻想。赤眉军所到之处，遇到的再无合作，只有反抗。
要说，赤眉军这事干得确实不地道。同为抢劫，这次的性质尤为卑鄙。在老百姓的理解，赤眉军根本就是引蛇出洞，下套让人钻。以前是明抢，老百姓也认了，惹不起咱还躲不起吗，逃就是了。可你们赤眉军倒好，眼看没东西可抢了，于是又改扮君子，假装痛改前非，说再也不抢了，欢迎大家回长安，好好过太平日子。结果呢，把大家忽悠回长安之后，又接着开抢，而且照例抢得精光。
随着百姓的纷纷逃亡，长安迅即沦为一座空城，大白天也见不到一个人影。赤眉军抢无可抢，加以粮食渐渐耗尽，到了正月月末，赤眉军不得不放弃长安，收载珍宝，众号百万，继续朝西流浪，向安定郡、北地郡进军。
赤眉军临行泄愤，大纵火，焚长安。可怜这座地球上最为宏伟壮丽的都城，呜呼西汉、新朝二百余年之经营，就此付诸一炬，化为青烟几许，火光若干。
公元二十六年正月，赤眉军前脚离开长安，邓禹后脚跟进，不费一兵一卒，顺利收复长安。然而此时的长安，已是断垣残壁，满目疮痍，邓禹见城中已不可留居，只得驻军于城外昆明池。
长安收复，旧都光复，邓禹的声望随之也到达了一生的巅峰。然而日中则移，月满则亏。邓禹巅峰之后，便开始霉运连连，只剩下坡路可走。
要说邓禹倒霉的源头，还得先从汉中王刘嘉说起。
汉中原是本土豪杰延岑的地盘，刘嘉被刘玄封为汉中王之后，就国汉中，收降延岑，以南郑为都城，众达数十万。公元二十六年二月，延岑率众而叛，反攻刘嘉，围南郑，刘嘉败走。
延岑乘胜进兵武都，意欲一举平定汉中。盘踞于武都的，乃是更始皇帝刘玄的一支残余武装——柱功侯李宝。李宝大败延岑，延岑败走，引兵北入散关，进入关中，屯兵陈仓。
刘嘉败逃之后，收拾散卒，凑得数万人，又与李宝合兵，以李宝为相。刘嘉置汉中安危于不顾，一心要寻延岑复仇，尽起兵众，追击延岑，一路追入关中，至陈仓，大败延岑。
刘嘉和延岑皆入关中，汉中空虚无主，蜀帝公孙述趁机遣大将侯丹攻克南郑，吞并汉中全境。
刘嘉见汉中根据地失守，火速回军，与侯丹大战，大败。刘嘉既失汉中，无奈之下，只得重返关中。
至此，战乱频仍的关中，又挤进来了两支强大的流浪武装——刘嘉、延岑。
延岑自从被刘嘉击败之后，率众向东转移，屯于蓝田，离长安仅有百里。邓禹大喜，以为是送上门来的软柿子，不捏白不捏，遣大军前往蓝田，大战延岑。
然而，邓禹远远低估了延岑的战斗力。两军交战，邓禹大败，退保长安。延岑并不穷追猛打，而是进兵杜陵，休养士卒不提。
邓禹的噩梦这才刚刚开始。接着又有赤眉军的卷土重来。
赤眉军离开长安之后，一路横行，望风披靡。然而，一旦西入天水，便遭遇到割据西北的军阀隗嚣。隗嚣经营西北已久，兵强马壮，正愁没仗打，面对号称百战百胜的赤眉军，丝毫不惧，亲率大军迎击。赤眉军大败，落荒而逃。隗嚣不依不饶，一路狂追，连战连胜，一直追至乌氏、泾阳，这才收兵而返。
和隗嚣一战，乃是赤眉军在关中的首次败仗，又连遭隗嚣追杀，心态已成惊弓之鸟。即使隗嚣已经收兵，赤眉军依然恐慌不止，继续狂逃。逃至阳城，天降大雪，深坑巨谷，皆为大雪填满。赤眉军士卒平时只知道抢金银珠宝，却忘了多抢些衣服，近半数士卒活活冻死，然而也顾不上掩埋，弃尸原地，余众继续往长安玩命地奔逃。
长安之西及之北，乃西汉历代皇帝陵寝，计有汉高祖刘邦与吕后合葬之长陵、汉惠帝之安陵、汉景帝之阳陵、汉武帝之茂陵、汉昭帝之平陵，等等。
赤眉军回军长安，途经以上陵寝，刚刚死里逃生，马上贪念再起，开始大肆挖掘皇陵，盗取宝货。
邓禹自从被延岑击败之后，士卒厌战，加以粮食匮乏，士气越发低落。邓禹在长安休兵养卒，再也不敢主动发起进攻，只想守住长安即可。然而，赤眉军挖掘西汉皇陵，邓禹却又不得不救。皇陵中埋葬的都是刘秀的祖宗，邓禹如果坐视赤眉军挖开这些皇陵，日后根本无法向刘秀交代，不得已，邓禹只得率领疲惫不堪的士卒，硬着头皮向赤眉军开战。
赤眉军虽然已是元气大伤，无奈邓禹同样也是士卒饥疲，军粮断绝，每人每天只能吃到一小把枣菜。两军交战，邓禹再度大败，长安已是空城，逃回长安已无意义，邓禹无奈率败军向西退入云阳，休养兵马，寻找食物。
邓禹一去，赤眉军发掘皇陵再无阻挠，想咋挖就咋挖。
西汉盛行厚葬，皇帝陵寝的财宝之多，更是骇人听闻。以汉武帝的茂陵为例，汉武帝每年抽出天下贡赋的三分之一用来修陵，前后修建时间长达五十三年，其奢侈富丽可想而知，等汉武帝正式下葬时，高十四丈、方一百四十丈的巨大陵寝，早已填满奇珍异宝，无复容物。
赤眉军挖陵盗宝，已是大罪恶，随后更有一兽行，尤其令人发指。
按照西汉葬仪，凡帝王皇后下葬，皆身着金缕玉衣。按照古人的迷信观念，认为金缕玉衣有一种神奇的法力，可保肉体长存不朽。赤眉军挖开诸陵之后，竟亲眼见证了这种神奇，但凡裹有金缕玉衣的尸体，无不栩栩如生，除了眼睛闭着之外，几乎就是活人。
皇帝们是男人，派不上用场，点一把火，烧成灰拉倒。至于随葬的皇后贵妃，包括著名的吕后在内，则依然残存着生前的美丽，撩拨得赤眉军兵士们大发兽欲，轮番上前奸尸，凌辱发泄。
这些坟墓中的皇帝皇后和贵妃们，生前何等尊贵，凌驾于众生之上，要风得风，要雨得雨，死后却沦落到如此下场，任人摆布蹂躏，男的被挫骨扬灰，女的供奸淫泄欲。读史至此，可为长叹。
吾族礼仪之邦，素以孝道标榜，慎终追远，崇敬祖宗，所谓事死如事生是也。但问题也就出在这孝道上，所有的孝，只是针对自家祖宗而言。自家的祖宗，当然得神位高供，四时祭拜，至于别人的祖宗嘛，那跟咱就没任何关系了，想挖就挖，想烧就烧。
呜呼赤眉军，与其说他们丧心病狂，不如说他们再无敬畏之心。他们连自己的生命都不在意，又怎能奢望他们对生者保持起码的怜悯，对逝者保持起码的尊敬？
公元二十六年九月，赤眉军挖完诸陵，重返长安。而随着赤眉军的重返，长安周边的局势越发错综复杂，各阵营之间，立即又展开了一通眼花缭乱的混战！
延岑屯兵杜陵，并没招谁惹谁，然而赤眉军就是看他不顺眼，遣大将逄安领大军十余万人前往攻打。
刘嘉屯兵谷口，同样也乖得很，赤眉军却同样看他不顺眼，遣廖湛领兵十八万，前往讨剿。
赤眉军精兵尽出，长安城中只剩下皇帝刘盆子和少量羸兵弱卒留守。邓禹大喜，捡漏儿的时机到了，不仅可以趁机收复长安，更能一举俘获刘盆子，于是发兵来攻长安。谢禄率师回救，与邓禹夜战于长安城中。邓禹偷鸡未遂，再度败走。
更让邓禹羞愧难当的是，赤眉军同时三线作战，只有在他身上尝到了胜利的快感，而在其余两条战线，赤眉军则被延岑和刘嘉揍得极为凄惨。
逄安攻延岑，先胜后败，死者十余万，逄安率数千残众逃归长安。
廖湛讨刘嘉，刘嘉大发神威，阵前亲手斩杀廖湛，余众溃散。
赤眉军连遭惨败，再也不敢招惹军阀，只得重操旧业，鱼肉孤苦百姓，继续以抢掠为生。然而，托他们自己的福，三辅早已被他们糟蹋得千疮百孔，白骨蔽野，城郭皆空，幸存者则聚为营保，坚守不下。赤眉军连日搜刮，一无所获，只得开始谋划东归。
刘嘉大胜廖湛，但自己也损失惨重，军中粮荒又日紧一日，彷徨在关中大地，不知该何去何从。刘秀听闻，遣使命邓禹招降刘嘉。
邓禹修书劝降刘嘉。刘嘉接书，聚众商议。李宝力主拥兵自守，且观成败。来歙怒斥李宝道：“文叔羽翼已成，必得天下，何观望之有！”
来歙，既是刘秀的表哥，也是刘嘉的大舅佬。刘嘉为汉中王，来歙随行至汉中，常在刘嘉左右，最见信用。
刘嘉闻来歙之言，叹道：“汉中已失，退无归处。今客居关中，士卒疲惫，终非长久之计。文叔与我，亲如骨肉。骨肉相残，我心何忍！不如降。”
刘嘉率众入云阳，归降邓禹。李宝虽随刘嘉而降，自恃手握雄兵，心犹不甘，倨慢无礼，浑不将邓禹放在眼里。邓禹近来诸事不顺，心中正烦躁不堪，见李宝狂妄嚣张，大怒，收而斩之。
李宝之弟李艮见长兄被杀，岂肯甘休，收李宝之军，趁夜突袭邓禹。邓禹猝不及防，仓促应战，战至天明，这才勉强击退李艮，清点部众，死伤逾万，大将耿也不幸阵亡。耿，耿纯之弟也。
此战过后，邓禹的威望一落千丈。邓禹刚到关中之时，关中百姓无不将他视为救星，都指望着他可以保土安民，还关中以太平。结果，邓禹先后被延岑、赤眉军暴揍，几无还手之力，内部又接连内讧，军纪已无从谈起。关中百姓从此对邓禹彻底死了心，靠邓禹不如靠自己，各郡县大姓于是皆各拥兵众，以武力自保，谁的号令也不听从。
必须承认，关中局势已经被邓禹完全搞砸。就连一贯力挺邓禹的刘秀，至此也终于对邓禹失去了耐心，诏令邓禹尽快回洛阳复命，同时任命冯异为关中主帅，拜征西大将军，接替邓禹。
在刘秀的嫡系之中，冯异的地位仅次于邓禹，邓禹失职，冯异顶上，可谓是众望所归。刘秀亲送冯异至河南，赐以天子乘舆及七尺玉具剑，面授方略道：“三辅先遭王莽、更始之乱，后又罹赤眉军、延岑之酷，百姓涂炭，无所依诉。今之征伐，不必强求略地屠城，重在平定安集。诸将非不健斗，然好掳掠。卿本能御吏士，念自修敕，无为郡县所苦。”冯异顿首受命，引兵进发关中。
邓禹入关中，是从黄河北岸过汾阴而入，然后避开长安，在长安以北一路扫荡。冯异入关中，则是从洛阳出发，过函谷关，一路直逼长安，正堵在赤眉军向东方逃窜的必经之路上。
冯异先抵弘农郡，所至皆布威信，弘农群盗称将军者十余辈，皆率众来降。冯异进至华阴，遭遇赤眉军先头部队阻击，冯异大胜，降其将刘始、王宣等五千余人。赤眉军首领樊崇等人大怒，尽起主力，前来华阴邀战冯异。
见赤眉大军前来，不下二十万人，部下皆劝冯异道：“兵法曰，归师莫遏。不如闪开一条道，让赤眉军顺利东归。赤眉军一走，取关中易如反掌。”
冯异摇头道：“赤眉军一出函谷关，马上就将威胁帝都洛阳。我等兵力虽少，也当死守华阴，将赤眉军堵在关中，绝不可使其东归。赤眉军无粮，不能持久，我等只须耗其粮食，挫其锐气，赤眉军不久必然自溃。”
冯异扼守华阴，如同一盏红灯，阻住了赤眉军东归之路。眼看此路不通，赤眉军其实完全可以改道，走守备空虚的武关，从南阳进入中原。然而赤眉军却偏偏死心眼，非要在华阴和冯异死磕不可，一定要把冯异这盏红灯变成绿灯，然后扬长而过。
再说邓禹接到刘秀诏书，起程返归洛阳，从云阳出发，过频阳，渡汾阴，入河东郡，进至安邑，再抵大阳，已到黄河岸边。只须过河向东，再有两日路程，便可抵达洛阳。
滔滔河水在前，天宽地阔，风急浪高，邓禹停马而观，忽然恸哭。
邓禹生性骄傲，甚至是过于骄傲。当初刘秀遣他入关中，拨给精兵两万，手下大将，也任由他随便挑选。邓禹心高气傲，早已成名的大将，如吴汉、耿弇等人，一个也不选。邓禹选了谁？以韩歆为军师，李文、李春、程虑为祭酒，冯愔为积弩将军，樊崇（非赤眉军首领，同名而已）为骁骑将军，宗歆为车骑将军，邓寻为建威将军，耿为赤眉将军，左于为军师将军，皆是寂寂无名之辈。邓禹的潜台词就是：别看手下一群虾兵蟹将，但只要有我邓禹在，一切皆可搞定。而且，也只有选这些无名之辈，才能更显出我邓某人的能耐。
然而，邓禹终于在关中失败，而且是惨败。可想而知，一旦回到洛阳，他将再也没有机会执掌大军，从而为自己雪耻正名。他的人生形象，也将永远定格为一名耻辱的败将，被史官载入史册，供后人讥笑检讨。
这就是他邓禹的终局吗？不！他还没有回到洛阳！
此时，他手上仍有万余精兵，他还有最后一次翻本的机会，他还可以为命运作最后一搏！一胜遮百丑，他此刻最需要的，便是一场胜仗。
刘秀的诏书，已经严令他即刻返回洛阳。诏书固然不容违抗，但他的个人荣誉更须要捍卫。不管如何，他必须再挑战一次赤眉军，赢得一次胜利，为自己挽回荣誉。只要能挽回荣誉，哪怕刘秀日后治他欺君抗命之罪，他也将死而无悔。
邓禹临河涕零，部下也无不感奋，皆愿随邓禹作最后一战。邓禹于是渡过黄河，反折向西，屯兵湖县，遣使者邀冯异共击赤眉军。
邓禹和冯异的关系非同一般，刘秀落难河北之时，两人左膀右臂，共保刘秀，你生火来我做饭，你牵马来我挑担，称得上是过命的交情。冯异的弟弟冯愔谋反，邓禹顾念与冯异之私交，特意法外容情，保全冯愔之性命。邓禹就觉得，他帮过冯异这么大的忙，如今兄弟我有难，你冯异无论如何，也得帮兄弟我一把。
此时冯异已经在华阴坚守六十多天，与赤眉军前后数十战，降赤眉军将卒五千余人。所谓小刀割肉，一切都在按预定计划进行。邓禹遣使前来邀战，冯异持重谨慎，感觉邓禹之计太过贪功冒进，实非良策，回书婉拒道：
异与贼相拒且数十日，虽屡获雄将，余众尚多，可稍以恩信倾诱，难卒用兵破也。上今使诸将屯黾池邀其东，而异击其西，一举取之，此万成计也。
邓禹接冯异之回书，悒然不乐，与邓弘商议。邓弘好战，愤然道：“冯异不肯出战，是怕你抢了他的头功。咱们不管，先打了再说。”邓禹大喜道：“我也正是此意。没有冯异，咱们照样能赢。”
刘秀见邓禹不回洛阳，反而又折回关中，早知其意，大怒，命使者急携诏书，宣敕邓禹，严禁出战。诏书措辞极其严厉，曰：
慎毋与穷寇争锋！赤眉无谷，自当来东。吾以饱待饥，以逸待劳，折棰笞之，非诸将忧也。无得复妄进兵！
刘秀发完诏书，遣破奸将军侯进等屯新安，建威大将军耿弇等屯宜阳，一方面接应冯异、邓禹，一方面力求一次性解决赤眉军，敕诸将曰：“贼若东走，可引宜阳兵会新安；贼若南走，可引新安兵会宜阳。”
邓禹铁了心要与赤眉军一战，刘秀的诏书也不可阻拦。邓禹以邓弘为先锋，挑战赤眉军。赤眉军也会用计，在辎重车中装满黄土，面上则薄薄地铺上一层豆，与邓弘战而佯败，弃辎重车而走。邓弘兵士饿了多日，见了满车黄豆，更喜过见了满车黄金，一番哄抢，阵形大乱。赤眉军引兵杀回，邓弘军大溃。邓禹急忙领兵来救，冯异闻报，也迅即赶来驰援，赤眉军兵锋稍挫。
冯异虽获小胜，心中却知士卒又饿又累，实在不堪再战，于是提议休整数日。邓禹有如输红了眼的赌徒，一心想乘胜追击，笑冯异道：“冯将军何怯矣！”言罢，领兵再战赤眉军。冯异唯恐邓禹有失，无奈之下，只得率众同战。
赤眉军奋勇，邓禹与冯异大败，死伤三千余人，兵势溃散。
邓禹突出重围，随身仅剩二十四骑，无颜再见冯异，逃归宜阳。邓禹自知罪大，上书请辞大司徒，上梁侯（邓禹原封酂侯，建武二年春，改封梁侯，食四县）印绶。刘秀网开一面，免去邓禹大司徒之职，仍封梁侯依旧（古人虽然官爵并称，但从处罚上讲，剥夺爵位却远比罢官严厉。罢官还好，仍有机会东山再起，一旦剥夺爵位，类似于今日之开除党籍，几乎意味着在政治上已判死刑）。数月之后，改拜邓禹为右将军。
此后，邓禹在军事上再无建树，改以任文职为主，日后虽仍排名东汉开国第一功臣，终有名难符实之感。帝国其余战区，将星璀璨，而占据帝国半壁江山的关中战区，除了邓禹本人之外，最终竟然无一人入选云台二十八将，主帅邓禹实也难辞其咎。
再说被邓禹活生生拖下水的冯异，跟着邓禹惨败，与军众失散，弃马步行，走回谿阪，侥幸逃得性命，与麾下数人归营，收集散卒，招募营保，又拼凑起数万人，与赤眉军约期再战。
冯异精选壮士三千，换上赤眉军的衣服，预先埋伏于道路两侧。天明，赤眉军驱先锋万人来战，冯异遣数千人相迎。赤眉军见冯异势弱，以为其兵力不过如此，于是尽出主力，试图一口吞掉冯异。冯异这才悉出大军迎战。
直战至太阳西斜，赤眉军气衰，冯异伏兵尽起，衣服相乱，赤眉军不能识别，众遂惊溃。冯异一路追击，大破赤眉军于崤底，降其男女八万人。
捷报传来，刘秀大喜，特赐诏书，慰劳冯异曰：“赤眉破平，士吏劳苦，始虽垂翅回谿，终能奋翼黾池，可谓失之东隅，收之桑榆。方论功赏，以答大勋。”
公元二十七年正月，刘秀亲临宜阳坐镇，静待赤眉军自投罗网。
赤眉军崤底一败，余众尚剩十余万人，然而已精锐尽丧，加上粮食匮乏，东归之心越发急切，慌不择路，只能硬着头皮往前闯。赤眉军行至宜阳，正遇刘秀亲勒六军，严阵以待。
赤眉军早已不是当初的赤眉军，饥寒交迫，心丧胆裂，忽遇大军，惊震不知所为，只得遣刘恭谈判投降，问刘秀道：“盆子将百万众降，陛下何以待之？”
刘秀答道：“待汝以不死耳。”
赤眉军已是走投无路，不投降只有两个后果，要么战死，要么饿死；投降的话，至少还能保命。首领樊崇于是领皇帝刘盆子及丞相徐宣以下三十余人肉袒归降，献传国玉玺及从刘玄处缴获的落星剑。刘秀将传国玉玺自留，而以落星剑为长兄刘殉葬。
刘秀命赤眉军将士尽解兵器甲胄，堆于宜阳城西，高与熊耳山齐。又命县厨赐食，赤眉军将士皆得饱餐。
次日清晨，刘秀大陈兵马于洛水之滨，命赤眉军列而观之。刘秀挑衅地看着一众赤眉军首领，说道：“有没有后悔投降？我现在可以放你们回去，归营勒兵，和我一决胜负，免得你们口服心不服。”
赤眉军首领中，唯徐宣能识字，善应对，乃公推徐宣作答。徐宣叩头道：“臣等出长安东都门，君臣计议，归命圣德。百姓可与乐成，难与图始，故不告众耳。今日得降，犹去虎口归慈母，诚欢诚喜，无所恨也。”
刘秀见徐宣所答，倒也文辞可观，大笑道：“卿所谓铁中铮铮，庸中佼佼者也。”又指赤眉军诸首领，晓谕道，“诸卿大为无道，所过皆夷灭老弱，溺社稷，污井灶。然犹有三善：攻破城邑，走遍天下，本故妻妇无所改易，是一善也；立君能用宗室，是二善也；余贼立君，迫急皆持其首降，自以为功，诸卿独完全以付朕，是三善也。”于是尽收赤眉军之兵，置赤眉军各首领与妻子于洛阳，每人赐宅院一处、田地二顷。
本年夏，樊崇、逄安谋反，诛死。杨音在长安时，曾对刘秀叔父刘良有恩，因此得以赐爵关内侯，与徐宣俱归乡里，善终于家。谢禄则被刘恭刺死，为刘玄复仇。刘秀怜刘恭之义，赦而不诛。
至于赤眉军拥立的皇帝刘盆子，刘秀见其年少无知，心甚怜之，赏赐颇厚，封为赵王郎中。刘盆子日后双目失明，刘秀又特地在荥阳划出一块地皮，建为市集，以市集之税供养刘盆子终身。
纵横一时的赤眉军，就此灰飞烟灭，其规模之巨、为祸之烈，前此未曾有之，后来也罕有其匹。而赤眉军从西汉皇陵盗取的那些惊人宝藏，随着赤眉军的消失，也神秘地不知所终，成为中国历史上的一大疑案。
赤眉军既灭，刘秀大军撤回洛阳，开始全力经营中原。整个关中地区，则全权交托在了冯异手上。
赤眉军虽去，关中仍是一锅乱粥：延岑据蓝田，王歆据下邽，芳丹据新丰，蒋震据霸陵，张邯据长安，公孙守据长陵，杨周据谷口，吕鲔据陈仓，角闳据汧，任良据鄠，汝章据槐里，各称将军，拥兵多者万余，少者数千人，转相攻击。其中以延岑最具实力和野心，自称武安王，拜置牧守，意图霸关中为己有。
冯异且战且行，屯军上林苑中。延岑引张邯、任良来攻冯异，冯异击破之，斩首千余级。延岑败走攻析，冯异追击，大破之，降八千余人。延岑就此一蹶不振，自武关走南阳，遁出关中。冯异从此威震关中，四方豪杰先后归降。
冯异在关中根基渐固，兵食日盛，于是诛豪杰不从令者，褒赏降附有功劳者，悉遣其渠帅诣洛阳，散其众归本业，务农桑，关中悉平。蜀帝公孙述素有图谋关中之心，数度遣兵来犯，皆为冯异击溃。
冯异主掌关中，怀抚郡县，申理枉结，出入三岁，上林成都，百姓归心，私下尊号冯异为“咸阳王”。