前面提到，忍者是为战而生的人。他们穿梭于林野之间，各自为不同的大名服务，充当大名相互攻伐的工具。然而在和平年代，全国已经统一，刀枪一律入库，当权者依旧当权，可风光一时的忍者却被新时代赶下了舞台。也许仍有技巧高超、受任于各国大名的忍者，负责进行一些监视的工作，但大部分人已经失去了用武之地，只能被迫转行，成为最一般的平民。
在继续从事忍者行当的人中，有一个名叫中川小隼人综贞的甲贺流忍者比较有名。据说他能够使用非常高超的遁身术，受命于奥州弘前藩第四代藩主津轻信政，专门负责在其领地内监视藩士。除小隼人之外，还有其他的甲贺流忍者，他们组成了一个20人左右的小组，起初命名为“小隼人组”，后来改称“早道之者”，专门负责收集情报与联络工作，在幕末时期还担任北方地区的守备。据说直到明治三年（1870年）6月，这个组织还在接受来自上层的任务，可以说是忍者团体中最长寿的一个了。
自战国乱世终结、天下太平之后，忍者的数量开始锐减，1613年时（德川幕府于1603年建立）忍者总人数仅有61人，到了1805年便只剩下10人了。现在除了《火影忍者》在日本国内外比较流行之外，有关忍者的一切都只留存在博物馆里了。