战国乱世是忍者的舞台，诸大名相互攻伐、征讨，总少不了忍者的出现。“合久必分，分久必合”，乱世在历史中仅仅是一个阶段，总要有人来为此画上一个句号。这个句号就是由德川家康在庆长五年（1600年）的关原之战画下的，最终决定了天下的归属。关原之战，是德川家（东军）与丰臣家（西军）争夺天下归属的最终一战，自此，丰臣家覆灭，德川家康就任征夷大将军，组建德川幕府，开创了日本的江户时代，带来了200多年的和平。而在此决定性的一役中，甲贺、伊贺忍者扮演了关键的角色。
开战在即，两方的兵力都在8万至10万之间，但西军内部暗藏着不安定因素：身处西军阵营的小早川秀秋军下，有胁坂安治、小川祐忠、朽木元纲三名将领。本来这三名将领是想要追随东军的，无奈他们势单力薄，只能跟随小早川从属西军。当得知德川家康到达关原时，他们非常高兴，便与德川约定，开战时必将与其同力攻打西军。德川自然大喜，许以重金厚禄，另一方面也保持着戒心，并未完全相信他们。
德川家康看到了机会，他找来身边的重臣井伊直政，问道：“之前向敌军派遣的忍者都已经到了吧？”井伊直政点头说，已经有三名忍者打入西军将领石田三成军内。
于是德川家康下令，派遣忍者到对方城内散布谣言，说西军内部有人想要反叛，还具体指明是宇喜多秀家、长束正家、大谷吉继等与石田三成联盟的大将。这下子，西军内部可着了慌，军心大乱，将领之间开始互相猜疑，再加上西军本身就是联合军，和三国时期那讨董卓的“十八路诸侯”颇为相似，人人都有自己的小算盘，不愿多损一兵一卒。最后在战争的关键时刻，小早川秀秋内部果然出现反叛，西军军势全面崩溃。
有趣的是，在明治时代，来自德国的麦基尔少校来到日本，看到关原之战中东军、西军的布阵图后，立即做出判断，认为西军必将胜出，可见当时西军占据了一定的优势。然而德川家康前期与西军处于对峙状态，但一心致力于从内部瓦解西军，并最终取得了胜利。而瓦解敌军的利器，不用说，便是德川手下的甲贺、伊贺忍者。可以说，这是忍者有史以来最光辉的一页，德川也借助他们的力量开辟了新的天下。但在之后德川家执掌天下的200年间，忍者却没能共享荣华富贵。