前面提到的甲贺和伊贺，是日本忍者的两大发源地。《伊乱记》一书中讲道，伊贺流忍者的起源可以追溯到一个叫御色多由也的人。御色多由也据说是当初被秦始皇派来日本寻找不老仙丹的徐福的日文名字。徐福到了日本后，遍寻仙丹而不得，于是便教当地人捕鲸、种植作物，顺便也教授忍术，这就是忍术的起源。虽然忍者被分为两个不同流派，但在古代，甲贺与伊贺同属一国，到了奈良时代，伊贺叫“本国”，甲贺叫“分国”，它们的一部分被分给了一个叫望月三郎的人。望月三郎后来改名叫“甲贺三郎”，并成为甲贺、伊贺两国的偶像式人物，在伊贺国的宫敢国神社里受到祭拜。
到了战国时代，各地战乱纷起，伊贺、甲贺两地也不例外。天正六年（1578年），织田信长的次子织田信雄已经掌控了南伊势，背后又有父亲强大的军事力量支撑，于是便想靠自己的力量打下一块地盘，到时向父亲邀功。
就在这时，伊贺的比奈知城主下山甲斐来拜见信雄，并进言称，现在伊阳（伊贺上野）奢侈之风遍行，士气疲敝，是进攻的好时机。当时年仅21岁的信雄听闻此言，未向父亲请示，便命令泷川雄利建设攻打伊阳的据点——丸山城。可是，当时伊阳的情况并不像下山甲斐描述的那样，除了当时的领主不在之外，守备、武装都非常齐整。同年10月25日，伊贺众（忍者众）在白天向丸山城发起攻击，其凌厉的攻势使得泷川雄利大败而归。按理说，忍者擅长的并非白昼正面作战，而是夜袭、偷袭，可他们仍旧取得了胜利，不仅说明伊贺众很强大，同时也显示了信雄有勇无谋。
可是信雄并没有意识到这一点，为了挽回面子，他发誓要凭借一己之力将此地拿下。他认为只要最后打了胜仗，父亲织田信长就会原谅他之前的失败。于是经过了一年的准备，他再次兵分三路，企图占领伊贺全境。可是在情报收集方面，信雄远远不是伊贺众的对手。伊贺军探明了信雄三路兵马的动向后，于战略要地布置铁炮、弓矢，在夜间施展了自己的看家本领，将信雄军打得落花流水，与信雄同军的柘植三郎左卫门战死，信雄侥幸逃脱。
信雄战败的消息终于传到了织田信长的耳中。信长勃然大怒，并在写给信雄的书信当中骂他“与你这样的儿子断绝父子关系也好”，并命令信雄在自己的本城中蛰居（相当于一种监禁刑），可见信长对此次战役结果之愤怒。之后，经过两年的周全准备，加上伊贺众中有背叛者愿意加入帮助信长，织田信长决定亲自出征伊贺，总兵力据《多闻院日记》记载有1万多人，在《伊乱记》中则记载为4万余人。
伊贺众无论多么擅长夜袭，在织田信长的大军面前也势单力薄。尽管如此，信长的军队还是遭到了殊死的抵抗。信长的大军进入伊贺后，进行了无差别的屠杀，唯独在柏原城的最后一战接受了两千伊贺众的投降。这次信长军与伊贺忍者的对抗，史称“天正伊贺之乱”，此后伊贺众的人数急剧减少，织田信长也在伊贺人眼中成了极其恐怖的存在。