日本现在有两个最有名的职业棒球联盟，分别是中央联盟和太平洋联盟，每个联盟都有6支球队，除了同自己联盟的球队进行比赛外，他们还有跨联盟的比赛。比赛也分为常规赛和季后赛，常规赛是各个联盟的球队根据胜负场次排名，而季后赛是各个联盟先在内部厮杀，决出各自的优胜者之后，各个联盟的冠军再进行总决赛，决出日本冠军。
除此之外，还有各种各样的其他联盟。水平稍低的次级联赛职棒二军，也是职业棒球团，分为东方联盟和西方联盟；在学校层面，有初中联赛、高中联赛（著名的甲子园棒球）和大学联赛；还有社会人的棒球联赛，叫“社会人野球日本选手权大会”；有城市之间的棒球比赛，叫作“都市对抗野球大会”；还有女子棒球联盟、退役职业选手棒球联盟……各种各样、名目繁多的棒球联盟，正说明了棒球在日本的流行和普及程度。
而作为一项人气爆棚的运动，棒球也同日本的历史紧密地联系在一起。
日本最早的职业棒球队叫芝浦协会，早在1921年就成立了。不过当时以“早庆战”为代表的校园棒球的影响力远在职业棒球之上，几乎没有人愿意花钱去看比赛，结果这支球队没经营多长时间就倒闭了。1930年，日本三大报系之一的读卖新闻社（另外两家是朝日新闻社和每日新闻社，三家几乎垄断了日本的纸质媒体）社长正立松太郎看中了职业棒球的巨大发展空间，开始利用手中的媒体宣传能力，大力推广职业棒球赛事。1931年，正立邀请美国职业棒球大联盟的著名球员组成美国明星队访问日本，同日本的棒球队进行比赛。1934年，正立第二次邀请美国明星队来访，接连不断的企划和美国队来访的冲击波，成功地激起了日本民众的兴趣，职业棒球终于在日本诞生了。就在美国队来访的一个月之后，也就是1934年12月，东京集结本地的优秀球员成立了“大日本东京棒球俱乐部”；两个月后，以关西重镇大阪为基地的阪神虎棒球队成立。这之后又增加了名古屋等地的几支职业棒球队，1936年日本职业棒球联盟正式成立。此后不久，日本就全面参与了“二战”，而战时的职棒联盟也发生了让人哭笑不得的转变。
以1937年日本制造卢沟桥事变为标志，中华全民族抗日战争开始。当时的中华民国政府同美国关系很好，因为日本侵略中国，所以日美关系也出现了恶化，两个国家对对方的敌对情绪都很强烈。于是在1940年，日本为了对棒球这项敌对国家的国球进行彻底改造，全面禁止了棒球中的英语用语，非要把这项原来由美国人发明的运动中的美国元素全部排除。比如，当局下令把原来的“league game”改成“联盟战”；把strike（投手投出的有效球）改成了“よし1本”，就是“一个好球”；最夸张的是把教练改称为“教官”，把选手改称为“战士”，一股浓浓的战争气息扑面而来。当时还强迫所有的职业棒球队都要改名，彻底消除英语的印记：比如，东京原来的职业棒球队叫作“读卖新闻Giants”，被强制改名为“东京巨人军”；另一支东京球队叫作“东京Senators”，被改名为“翼军”；大阪的“大阪Tigers”被改成了“阪神军”；大阪的另一支球队“后乐园Eagles”被改成“大和军”……总之，所有的英文被全部清洗干净，都换成“××军”，纵观整个联盟，俨然就是一个“八国联军”。1940年，日本为了强化伪满洲国的日本化进程，当年的职棒夏季联赛就是直接在中国进行的。
战争对棒球的影响也越来越明显：1943年，日本强迫所有职业棒球队使用军服色的制服、戴着军帽进行比赛；为了适应战时的气氛，所有的消遣娱乐活动均被压缩，职业棒球的比赛也只能在周末进行。1944年，随着太平洋战争的局势恶化，日本军国主义达到了顶点：为了强调战时“集体高于一切”的主张，甚至连选手背后代表个人存在的背号都被禁用了；“日本职业棒球联盟”这个名字，干脆改成了“日本棒球报国会”；当年的秋季联赛，被改名为“总进军胜利大会”。直到日本战败，于1945年无条件投降，这疯狂的一切才终于结束。战败当年，“日本棒球报国会”就因为军国主义色彩浓厚而被取缔，联盟的比赛也全部取消，在1946年才恢复正常。联盟的名字改回原来的“日本职业棒球联盟”，那些疯狂的球队名字和比赛规定也都成了历史，日本棒球又变回了战前的正常模样。