职即星夜渡河西巡，一目沙漠，另一世界。百里断烟，山不产材，地不生禾。沿途止有番人，前后围绕。
1650年张中元自甘肃走廊所上揭贴。
《明清史料》丙编第八册，见谢国桢编
《清初农民起义资料辑录》，第282页
1647—1648年冬季，平定叛乱的官员们发来的辉煌战报助长了清廷中的宽慰感，然而这种感觉并未持续多久。1648年春，满人的时运突然逆转：朝廷认为已经控制住的中国北方的许多地区再度爆发叛乱。这一逆转与金声桓、李成栋倒戈扶明后中国南方复明活动的复苏恰好相合，甚至可能就是它的直接后果。
天津一带是北方首先爆发叛乱的地区之一。雷兴曾试图平定这一带的混乱，但在1644—1645年起义之后，混乱状况却一直存在。事实上，1647年夏天，山东的前明刑部尚书张忻屡被“土寇”所败。他因掩饰败绩，被降为直隶巡抚。他的继任者李犹龙很快就意识到反清力量是多么根深蒂固，多么危险。特别是那些声称他们代表着明皇室者，尤其如此。1648年3月，在天津以南靠近山东边境的庆云，一个贼首宣布自己是熹宗皇帝（1621年在位）的嗣子。此人真名叫杨思海。三河地方一个姓张的妇人也参与进来，自称是熹宗之妻。反清分子又联合了另一个名叫张天保的贼首，刻制明朝印信，打起明朝旗帜，招兵买马，把李犹龙打得惨败。三个月后，即在6月份，李犹龙和总兵苏屏翰又派兵出击，但只是使复明武装略受损失而已。此年8月，反清分子又一次合力攻打天津之南大运河边上重要的县城静海。这一次，李犹龙抓住了几个叛乱首领，不过他已经开始认识到，零敲碎打的镇压措施只会把天津地区的事情搞得更糟。李犹龙依靠户部侍郎王公弼的支持，提出对反贼应兼行招抚，并收编了一些反清分子。这一着并没有能够遏制叛乱。1648年9月18日，李犹龙和苏屏翰声称根除了天津以东的许多反清分子，但李犹龙不久就因与其前任同样的原因而被撤职了。反叛分子继续扰乱这一地区。直到1649年，朝廷才派出“大军”，增强天津戍军的兵力。
尽管天津起义引起了朝廷相当大的恐慌，但比起不久后出现的令人胆战心惊的榆园军来，它们就是小巫见大巫了。榆园军是好几支复明武装的合称，他们活动在山东西南部沿河北、河南边境的曹州森林地区。多年来，武装匪帮一直穿越鲁冀豫边界，进攻河北（北直隶）大名府的城镇或河南开封周围的地区。只要这些袭击是零星的偶发事件，清政府就仍对它们采取容忍的态度。然而，一直存在这样一种可能性，即来自曹州的一支大规模武装力量真正占领某个县城，并且与河北、河南这些邻近省份的叛贼或复明武装联合，也与当地匪盗结盟。在这种情况下，沿着大运河并经过河北大名府的国家交通主干线就会受到威胁，政府对冀南、鲁南和豫北地区的控制就会由此陷入危境。
这种威胁在1648年阴历四月（4月23日至5月21日）成为事实了。当时一个名叫李化鲸的榆园军首领从曹州出军，围攻了跨越河北边境的东明城。由于当地反清分子起来响应，李化鲸夺取了东明，然后回军鲁南。到夏末，他又在鲁南起兵，攻占了曹州城及周围的曹县、定陶与城武县城。当山东乱党西进越过河北边境时，当地群盗也合伙攻击清丰、南乐等城。这些县城靠近军事重镇大名，当地的武将士绅虽然能够击退义军，但清军的伤亡惨重。在另一个方向，反军打到山东中部，袭击巨野城，从8月30日到9月5日围攻巨野，直到被清朝的援军赶跑。在南面，李化鲸的人马越过河南边境，渡过黄河，袭击归德。在开封附近，9月20日河北叛将刘之炳包围兰阳城。不久整个靠近开封的黄河北岸落入叛乱者手中，封邱城成了范慎行所率曹县军队的据点。此人据清政府塘报称，初系十足的“土寇”，后“起为盗”。
榆园军据说总共有2万人，实际上是由20多个独立营盘组成的联合团体，每营约有1000人，散布在三个省份。据塘报的描述，他们的营地安在设有内堡的大型设防寨楼里，有大炮守卫，甚至包括佛郎机炮。堡垒顶上常常装饰有大幅白色旗帜，叛乱者携带女人和家畜一起住在营地里。当满蒙部队进攻叛乱者的防御工事时，有时干脆就将城堡烧成平地，把所有人都一把火烧死。有时他们也讲区别对待，只杀死男人，而把家畜和女人分给自己的士兵。他们很少容纳俘虏，绝大多数人都在当场受审后斩首示众。
榆园军各营在对满蒙汉官军的共同斗争中联结起来，这种联合也凭借于这个营与那个营之间的一种松散的联盟。例如，通向曹县的要道被两个重要叛军营盘所占领，它们之间约相隔10华里，是两个完全独立的团体，一个由姓范的指挥，另一个则由姓肖的统率，但他们互相视为同盟，如果受到攻击都会得到另一方的支援。总的说来，他们的战略几乎不像是互相协调的，在报告他们活动的清朝官员看来，他们能够在总体上统一起来，靠的是采用了明朝的称号、爵位与官名。李化鲸本人甚至在东明的据点里供养了一名明室远裔，称“天正皇帝”，发号施令。
在多尔衮及其谋臣看来，榆园军的有组织的协作还在于这样一种可能性，即存在一个把叛乱首领与前山东军阀刘泽清连结起来的阴谋集团。刘泽清此刻正住在京城。在清军渡过黄河进攻扬州的时候，像阎尔梅这样的江北忠君复明分子曾希望刘泽清会支持南明事业。然而，刘泽清看出满清取胜的可能性更大，当多铎派佟佳氏名将准塔去淮安邀请刘泽清合作时，这个山东军阀就将他本人率领的有50名将领和2万人马的军队交给了那个满洲将领。作为交换条件，他受抚后被封精奇尼哈番。
或许正是因为刘泽清所得爵位不高，惹得他蓄意谋反。刘泽清以素有大志著称，常自夸：“二十一投笔，三十一登坛，四十一裂土。竟不知二十年中所作何事？”而且他出名的鲁莽。当他还是个参加乡试的举子时，就在一次口角中挥拳打死了一名衙役。这种鲁莽可能也会促使他谋反。9月5日后，起义活动开始出现，当时一个名叫程万占的人率兵千员攻击了位于曹县以东的单县县城。
在单县进攻受挫后，知县报告说程万占不是别人，正是刘泽清的庄头，刘氏族人都是曹县有名的豪强。多尔衮对这一消息的反应是小心谨慎的。他告诉兵部，“或人诬陷，亦未可知”。没有必要去激怒一个像刘泽清这样重要的归顺者，因为这是毫无意义的。刘泽清毕竟是来自多尔衮政权绝大多数高级文官所产生的那个省份，此刻归顺清人的其他山东士大夫，可能会把指责刘泽清谋反视为诽谤，认为是刘泽清的政敌乘其家奴参与榆园军之机，存心诬陷，以至于这些人自己也许就会因此而反对清朝。如果刘泽清确实卷入了这次地方叛乱，那么要有确实证据予以证实才行。
著他早晚照常伺候，不可私自遣人往曹县等处去。如曹县等处有人到，即时送出，亦不可使家人往别家去，如别家人来，亦不可放入。
兵部打算对刘泽清做特殊考虑，不予逮捕。多尔衮命令：“待曹县事平，自见明白”。
从军事上平定“曹县危机”，与此年秋天平息三边起义余部一样，由河道总督杨方兴全面负责。不过，河南巡抚吴景道也曾予以大力协作，他委任前明将领高第来全面负责镇压反贼的任务。当时高第已开始了在黄河南岸河南地区的清剿，把榆园军赶回了兰阳。与此同时，总兵孔希贵也切断了他们的东逃之路。在这次战役中，一个名叫佟文焕的清兵游击将军战功卓著。此人原来驻守内蒙，后率其所部铁骑被调到吴景道麾下，9月20日，佟文焕在兰阳击败刘之炳的榆园义军，并协助将敌人赶过黄河回到封邱，范慎行就在封邱被杀了。到10月28日，高第部攻焚黄河北岸的贼寇城堡。两天后，总兵孔希贵派遣两支清军东进曹县。这两支部队沿途抓捕战俘，予以审讯，结果发现曹县城外“张家楼”附近有一支1万多人的反清武装，由一个名叫张光素的“国公”指挥。于是清军派精锐步骑千人向县城附近的这个义军营地发起了进攻。在随后的两军激战中，成千榆园军战士被杀，12名重要将领被俘，幸存者则被包围在四周围有土墙的张家楼老寨。清军又攻占并摧毁了这些围墙，叛军只得退进楼里。清军在楼四周放起火来，叛军不是死于火中，就是在奔逃时被杀。曹县于是完全暴露在清军面前。曹县至东明路上的义军骑兵，也在11月4日到6日间被游击佟文焕的蒙古兵肃清。
曹县县城自9月13日以来就被一支满汉联军所包围。义军最初在城外设防，不情愿地与清军在田野上激战。到9月17日，他们放弃第一道防线，退到了城里。四天以后，一支义军步骑自东北而来，试图援救曹县，被清军击退。10月11日，围攻的清军提出与曹县义军首领李化鲸谈判。开始，清军将领提出，如果义军交出被立为天正皇帝的那个明朝宗室，就赦免李化鲸和其他榆园军首领。但无论是在这次或在10月30日举行的另一次谈判中，李化鲸都拒绝交出伪王。11月16日，满洲重型炮队最终抵达了曹县，带来了足以轰破厚重城墙的大炮。17日一整天，直到次日清晨，清军大炮不停地轰击曹县。18日，城墙西北角倒塌，清军突破了榆园军的防守。在随之而来的大屠杀中，许多人丧了命，不过李化鲸和李洪基被活捉以供审讯。“曹县危机”暂时结束了，俘虏现在掌握在清人手中，他们能够被用来证明刘泽清是否卷入了这场阴谋。
甚至在东明和曹县陷落之前，就有新的证据暴露出刘泽清与起义的牵连。1648年11月4日，当游击佟文焕的骑兵在清剿东明与曹县之间的道路时，一个名叫陈桂的年轻女仆在翻越刘泽清在北京的府第后墙时被巡卒抓住。在刑部审讯下，她说她看到过一封刘泽清给他在曹县的母亲的信，预先通知她即将爆发起义。而且，她在家里听到传闻说刘泽清还给榆园军送去过一封信，约定10月1日在京城领导起义。
根据这一新证据，加之已抓住大多数起义领袖，清廷感到围捕刘家成员的时候已经到了。12月3日，多尔衮颁布敕令，指责刘泽清谋反，下令对此案进行彻底调查。接着，刑部尚书吴达海遣官审问李洪基和李化鲸，他们很快就垮了下来，招供了清廷想要知道的事情。根据他们的招供，刘泽清的侄子刘之干曾扮作僧人秘密去过南方。在他返回时，带来了两个人，即郑隆芳及姚文昌，这两人以前是刘泽清手下的参将，现在南明政权中做将领。这两人受命在曹县策划一次复明起义。如果李化鲸和李洪基有意参加——对此刘之干已经应诺——他们就会分别被任命为都统，晋封亲王。这一在曹县发动起义的计划，时间安排在与刘泽清领导的北京起义同时。所以，在告诉了他们这一密谋之后，刘之干动身去京城与他叔叔协调计划。八天之后，即1648年7月17日，刘之干从北京返回，与李洪基联系，命他于8月24日进攻曹县。结果，李洪基实际直到9月5日才发起进攻，不过他们进攻曹县，则显然是由上述密谋引起的。
仅仅根据李化鲸和李洪基的供词，此案并不直接牵连刘泽清。因为，这两个反叛者只是听到刘之干说他叔叔参与了密谋，他们本人并不能直接向审讯官证实刘泽清是他们的同谋。但刑部官员很快就提出了确实涉及刘泽清的新证据。经审问，刘泽清的继子刘继先供认，当刘泽清的侄子刘之干没有被清政府选为显赫的皇帝侍卫时，刘泽清便被激怒了。于是他派了一名家人给在曹县的刘氏宗亲带去了如下几句话：“我见虾子们烧肉役使，清国不会用人，国运不久了。”这个家人还给刘之干带去了一封密信，这封信刘继光和别人都不许看的。
刑部审讯官记起了女仆说过的那封刘泽清自己决定10月1日在京城起义的信，便再次提审刘之干，问他那时是否收到过他叔叔来的一封信。刘之干回答：“有一书信，装在合包内，失落了。书上言语，忘记了。”刘家其他人也证实刘之干收到过一封信，问题最后归到刘泽清本人身上。刘泽清的回答是：“原发家书二封，一封单与刘之干看。”审讯者追问信里写的是什么。“一封记得”，刘泽清坚持说。最后，审讯官向刘泽清出示了他被软禁时一名卫兵的口供。这位卫兵的口供说，他看到将军在一天深夜烧了一捆文件。这些文件如果不是某种犯罪证据又是什么呢？在反复审问下，刘泽清终于供认，他所焚烧的文件包括他担任明四镇之一的东平侯诰命。
这样，刑部审讯官颇有把握地得出了几点结论：第一，刘泽清确曾违敕派一名家人去曹县；第二，他送去了两封信，其中一封是保密的；第三，刘之干关于密信丢失以及忘记了信中内容的说法，审讯官认为难以相信。
又所烧书文，泽清供为明朝诰命，［然］我朝受命今已五载，早宜缴上，乃收匿至今，竟何意也？
第四是起因问题。其侄刘之干确实没有被选为侍卫，而从这两人之间互相联系的情况看，此事似乎就是导致密谋的关键；第五是来自榆园军本身的证据，即刘之干曾扮作僧人与复明分子接触；最后，从某些方面看来，所有定论中最令人痛恨的，是刘泽清傲慢而讽刺地评论清人为“虾子烧肉”，清廷审讯官严厉地以刘泽清自身的污点来抨击他的忘恩负义：
出猎之日，鼓勇争胜，获兽则燔炙共食，泽清随猎，此言是实。此言实，而刘继先所供之言皆真矣。
不过，不管多尔衮对刘泽清的谋反多么恼火，他还是充分意识到让刘泽清这样的汉族归顺者成为好像是满人无端猜忌的受害者而带来的政治风险。因此摄政王坚持由六部的满汉尚书、九卿侍郎以上官员来共议此案。刘泽清被正式宣判为曹县起义主谋。12月19日，他、他的侄子刘之干、李洪基和李化鲸，都被处决了。刘家剩余成员被逐出山东流放。
与山东这些事件同时，远在西部沿中亚边境一带，爆发了另一种叛乱：回民部族在甘肃和陕西西部反抗清朝统治。这场发生在1648年5月的回民起义的原因还不清楚。如前所述，一些历史学家认为中亚贸易的衰退引起了一场经济萧条，而这在明朝末期导致了回民反抗活动的不断高涨，许多回民参加了以李自成为首的大规模起义。经济利益与贸易特权是16世纪明廷与吐鲁番商人和统治者之间发生摩擦的一个主要原因。实际上，在明朝边地戍军与回民士卒之间为摆脱贸易法规的束缚而屡次发生冲突之后，16世纪20年代，吐鲁番军队曾袭击了甘肃走廊。在这些混乱过程中，尤其是在1513年吐鲁番征服哈密之后，上万的哈密回民逃入汉族居住区，在甘肃走廊的肃州、甘州和凉州这些地方居住。这些难民后来提供了一种与哈密的直接联系，这对1648—1649年的起义至关重要。在资源问题上，他们与旧居此地的汉人和回民之间争夺也加剧了。特别是当茶马贸易的衰退影响了回民生计的时候，到处都有盗匪活动。回民最普遍的姓氏“马”，这特别显示了他们在饲养马匹和商品运输方面的杰出作用。在李自成危在旦夕之时帮助过他的那个起义头领老回回，不过是边境诸多亡命之徒中最著名的一个。他们中的一些人，无疑由于明代后期驿站系统的缩减而不得已从事了盗匪活动（在1629年的经济措施中，1/3的驿卒被遣散，而这些人中许多就是回民）。反叛活动旷日持久，回民起义不断发生，直到明朝覆亡——平均每六、七年一次。
倘若西北的回回商人期待在清朝统治下贸易条件会有所改善的话，那么他们一定会大失所望。当时，与纳贡诸国的交往——以及此后与吐鲁番和其他中亚王国的贸易关系——由翰林院四译馆负责。清初四译馆主事为孙承泽（1631年北京进士），此人是明朝的都御史，他在多尔衮进京之后同意重任该职，兼太常寺少卿。孙承泽本人是否提出过贸易法规并不清楚，但礼部颁布的贸易法规肯定经过他的同意。这些法规仍然反映了早先明朝所贯彻过的类似的全面限制性贸易政策。清政府告知渴望贸易的喀尔喀蒙古人，商队不许通过北京以北长城一线的张家口和古北口。对吐鲁番使节，也再度实施早先在西部引起过战争的明朝旧规，并警告说违令者将受严惩。清政府还告知说，虽然允许吐鲁番商队在兰州从事贸易，但要置于最严密的戒备之下。而且，旧有的茶马贸易只许在汉族居住区界线外的原先明朝置立的马市里进行。
这些严格的贸易法规一方面体现了像孙承泽这样的前明官员的决心，他们决心重建曾作为明朝外交基石的限制性特权和控制通道的制度。另一方面，它们不仅反映了清人自己特别清楚的贸易特权对于野心勃勃的部落首领的战略意义，同时，它们还表现了多尔衮要担当在他父亲努尔哈赤兴起之前明朝在亚洲世界秩序里所曾具有的相同角色的决心。1646年7月，通过延请贡使，清政府既重建了明朝贸易体制以维持外盟秩序，又宣布了新天子对异邦附庸的至高权力。然而，不幸的是，这一决心的直接后果，却是不容置疑地引起了吐鲁番及其属地对清朝统治的反抗，也许还恶化了过去曾导致社会混乱和反叛的经济环境。
然而，明代后期回民叛乱愈演愈烈，并最终导致了1648—1649年起义，经济因素并不是它唯一的起因。部分地由于19世纪中叶在甘肃回民中发生的所谓“新教”叛乱，一些历史学家就认为回民与非回民之间的地方性冲突在明代已经加剧，到清代更加恶化了。还有更让人感兴趣的一种意见，认为宗教冲动导致了反叛，并可能是由好战的苏非派激起的。
甘肃西部起义回民中最著名的领袖是一个名叫米喇印的人。《甘州府志》说他“素桀黠”。他拉起队伍帮助地方官追杀李自成起义军残部。1648年5月，米喇印和另一位回民首领丁国栋发动了反清起义。这两个回民首领说服了前明延长王朱识