江潭愁鼓迻，沧海忆乘桴。
此处同携手，何人可惜躯。
乱离忘岁月，飘泊憎妻孥。
莫作穷途恸，乾坤定有无。
陈子龙：《陈忠裕全集》
第十四卷，“避地示胜时”
虽然，1645—1646年冬天清军已牢牢占领了江南主要的中心城市，却没有几个清朝官员相信这一地带已经完全掌握在他们手中。首先，崇明岛就依旧有海盗船入港停泊，清朝水军不止一次地在那里与复明分子的部队遭遇。再者，正如南京提督毛九华向北京朝廷所指出的那样，长江下游地区的复明残余力量可能与上游地区的其他抵抗武装，尤其是安庆一带的反清分子联合起来，也将是一个严重的威胁。安庆一带的各支反叛武装，是湖广腹地著名的“四十八寨”潜在的同盟军。这样，勤王运动就有可能蔓延整个长江流域，阻碍清朝在南京的统治。在这个前明陪都的周围地区，民众与新政权有着明显的对立。因此，不放弃和平招抚政策，不对1645年起义进行报复，避免激怒这么多人民大众，是有着重要意义的。所以，毛九华认为：
得民得心，毋徒曰：以此众战，谁能御之；以此攻城，何城不克。
于是，部分是出于力不从心，清政府在1646年继续实行与江南地方名流合作的政策。特别受到优待的是这一政策的制定者钱谦益，他在三月份应邀来到北京，以礼部侍郎管秘书院事，充明史馆副总裁。
钱谦益卖身投靠清廷，此刻已是臭名昭著。在北上就任新职之前，钱谦益到苏州城外的虎丘一游。一天，他身穿一件小领大袖的样式特别的外套，一位江南学者从他前面走来，注意到这件外套，就追根刨底地问他这件衣服代表哪朝风格。钱谦益故作戏语道：“小领示我尊重当朝之制，大袖则是不忘前朝之意。”那学者便讽刺地品评说：“大人确为两朝‘领袖’！”这样，虽然多尔衮一时也许还没充分认识到这一点，带这样一个变节者北上京城，却又重新引起了晚明政治中堕落与腐化的问题。
甚至在南京陷落、钱谦益投降满人的时候，清廷中对于欢迎多铎的南京政权大臣们暖昧的品节就颇有一些议论。吏部主事熊文举反对起用这些新投靠者，他把这些人称为“市井冒滥”，反而赞赏匿身山林的那些忠义之士。但熊文举本人也不乏投机之嫌：他在明朝和李自成手下都任过职，现在又在多尔衮麾下。其实，他甚至都可以被弘光朝中的钱谦益之流公开嘲笑了。不过，他的反复告诫提醒了多尔衮。多尔衮可以宽恕单纯的官僚投机，而不能容忍理想的政治朋党。熊文举的告诫使他想到，弘光朝臣僚比之北方的投靠者更多地沾有旧日晚明党争的恶习。
自钱谦益来到北京之后，多尔衮再次警觉到使用前明官员的危险，他们有可能使天启、崇祯朝的派系活动复活。整个夏天，清廷都因张存仁的报告而喜气洋洋。张存仁是辽东老臣，1631年投靠满人。1645年12月，张存仁出任闽浙总督，与唐王及鲁王的部队作战，均获大胜。他的报告指出，数十名、甚至数百名为这些政权服务的官员向他的部队投降了。到1646年9月，这些南明士大夫有许多来到北京等待新朝的任命。事实上，他们人数太多，以致出现严重的人多阙少的情况。部分是由于这一原因，有人提出所有这些投靠者都必须经过仔细审查，以便确定他们的政治历史是否合格。礼部正试图给这些文人委以新职，礼科给事中袁懋功向朝廷指出了一个问题。他特别谈到阮大铖这个人。阮大铖现在既是南方文人的遗弃者，又是满人的依附者。
阮大铖像马士英一样，也是在南京向多铎的清军投降前逃走的。他先到芜湖，在提督黄得功处暂避一阵之后，又去了杭州。后来杭州也向多铎投降了，他又逃到浙江中部的金华避难。但金华城的士绅们拒不接纳他，于是阮大铖不得不转道扬州，在提督方国安处避难。阮大铖显然与当时也在扬州的马士英为争宠于方国安进行了激烈竞争。阮大铖争不过马士英，遂于1646年秋投降了张存仁。马士英被处死后，阮大铖受命在曾捕获马士英的那位贝勒手下供职。正是仗着这一职位，他对金华良民施行报复，带领一支清兵来洗劫了这个曾把他拒之门外的城市。
袁懋功此刻想要向朝廷指出的是，像阮大铖这类声名狼藉的人会腐蚀新朝。袁懋功告诉皇帝：阮大铖“坏事明朝”，以致“士林不齿”。因为他“误江南数万之生灵”，公开用他，势必招致南方文人的不满。而且此人“在前朝则坏前朝，在今日必坏今日”。
结果，阮大铖很快就销声匿迹了。有人说他在浙江当了和尚。但是关于他的晚年，更加可靠的说法看来是，他全心全意地为清军出谋划策、效力尽忠，也许是以此重温他早年想成为一名军事英雄的梦想吧。事实上阮大铖看来是在闽浙边境一带干劲十足地从事这些军务活动，以致到了撩起书生长袍加入行伍的地步。最后他在福建北部山区的一次艰苦的徒步行军中摔死了。
不过，阮大铖的死并没使袁懋功的议论失去意义。同是在这个告诫勿用阮大铖的奏章中，袁懋功还提出其他原明朝官员也要受到审查。这些投降的文人既然不能马上被录用，就应该遣返回乡，在那儿他们可以帮助恢复秩序，以防政权落入土豪手中：
伏乞敕下该部，详查南官在京者，悉令各回原籍，静听量材酌用。
在多尔衮实际收到这份奏章的几个星期之前，钱谦益已经以疾病为由婉言推托了在京城的职务，请求回乡。虽然多尔衮依旧宠待他，委派两名王朝官员照料他，准许他利用政府的驿站去南方旅行，但是钱谦益的引退与袁懋功关于许多归附者的恶劣政治作风的警告，是不无关系的。他的离去标志着像陈之遴这样的年轻人开始出人头地，他们既没有受到以往之党争的那么严重的腐蚀，在公众心目中也没有与投机性的卖身投靠那样紧密地联系起来。
1646年以后钱谦益的政治引退，并未立即影响清朝与江南地方名流合作的总政策。在最初的松江起义被清军镇压之后，该地区巡抚土国宝开始着手吸引农夫重返家园、粮商重返店铺。甚至在和平时期，苏、松、太一带的粮食都无法自给，而不得不依赖粮商从外省输入稻谷。1645年发生骚乱，杨文驄部队劫掠这一地区，太湖“白头军”闯入苏州货栈，粮商们四散逃命。
这些货栈在8月份被重新夺回，巡抚土国宝设法查明了其中屯积的一部分谷物“系行商之物，来之不易”，遂将2.3万石稻谷交付原主，以劝诱苏州粮商重操旧业。这些措施最初在一定程度上恢复了该地区的经济稳定，是颇见成效的。
但是，太湖地区吴易复明势力的继续存在，阻碍了土国宝力争江南民众合作以重建经济的计划。吴易曾率部攻打苏州，失败后逃入沼泽地带，重组力量。其他复明分子残部也加入进来，吴易遂与由周瑞指挥的一支小部队实行联合，在长白荡建立了一个新的复明联盟中心。据记载，他们于1646年3月2日打了第一次胜仗。那天他们从湖边突然冒了出来，重占吴江，杀死县官，掠夺地方。虽然他们很快就放弃了吴江城，但周瑞和吴易的人马从此就屡屡出击，更为大胆，终于渐渐地控制了整个太湖东岸。清军缺乏熟练的水手，无力控制以渔民和走私分子为主体的吴易水军。1646年5月11日，1000多艘复明分子的战船再次袭击吴江城，土国宝得到巡抚吴圣兆指挥的松江军队的支援，击退了他们的进攻，但伤亡惨重。
吴易的事迹传遍了整个江南，他和周瑞发动军事攻势的消息也传到了浙江鲁王的耳中。通过周瑞的僚员戴之俊（他是杨廷枢的学生），太湖的战士与松江起义中幸存的缙绅复明分子，尤其是当时住在嘉善的陈子龙取得了联系。部分是通过他们，吴易直接与鲁王政权接上了头。鲁王承认他与日俱增的地位，并在同年春天晋封他为长兴伯。同时，吴易和周瑞按正规编制组建部队，刻印任官，建立起一个专门的参议机构，并马上邀请陈子龙前来参加。
陈子龙接受邀请参加了吴易的幕府，与他自己的两个弟子王云和钱漱广一起，动身前往太湖复明分子的营地。他们在沼泽中一个岛上的一所荒废的书院里建立了府署，但不久就对他们的使命以及吴易领导的反清战斗的胜利前景不抱幻想了。王云对他们为何马上离开书院躲避到钱家庄园的理由做了一些暗示，他写道：“先生私语予曰：长兴一世人豪也，阚其意颇轻敌，又幕客皆轻薄之士，诸将惟事剽掠而已，师众而不整，其又为长荡乎？”
另一方面，巡抚土国宝依旧把吴易及其部众看作是对整个江南安全的一个十分现实的威胁，特别是他们有可能突破清朝的东南防线，而与在浙江作战的南明军队取得联系。事实上，吴易正是决定通过袭击据说防御薄弱的嘉善城，来努力突破清朝环绕太湖的封锁线的。而且，吴易得到消息说，嘉善知县暗中同情复明事业。吴易便与那位官员联系，那人建议在嘉善城中双方秘密会见，专门讨论日后联合起义事宜。以敏捷骁勇出名的吴易显然没有怀疑这是一个圈套，冒失地应邀前往。结果他中了埋伏，被清兵捉住。嘉善县官将他交给杭州府，知府即刻于1646年7月15日在草桥门外处死了这个复明分子。
吴易的死既没有终止太湖部众的军事活动，也没有扑灭江南绅士中顽固不移的复明分子的希望。首先，太湖本身继续吸引着亡命徒和冒险家。太湖及沼泽地带以南的地区，即浙江北部，是太湖里的党徒征募新成员的一个不断的源泉。因为这条水路是极为重要的商业枢纽（将商品货物从广东或福建往北运送到长江与淮河流域的商人，除了走这条夹在群山与大海之间的狭长通道外，别无他路），因为这一地区受三个经常互不合作的不同地方当局的管辖（即湖州、嘉兴和南直隶），这里成了各种反抗分子的避难所。清朝官员想直接控制这片禁地，尚需时日。其次，吴易的死也许使得太湖北部的部众一时群龙无首，但他们很快就从各个部将分别掌管，转而接受了周瑞的统一指挥。最后，纵然巡抚土国宝于那年7月处死吴易后，在夏末向北京报告时说苏州一带景象优雅宁静，但尤其在年轻的江南文人中间，还是存在着大量几乎不加掩饰的敌意与怨恨。当时曾发现一些投考的生员将长发藏在帽子下面，还有一个人则公开痛骂土国宝当了卖国贼。预定在1646年9月举行的乡试事实上不得不延迟到11月。那年12月，一个来自无锡的名叫王谋的狂生还领导了一次毫无希望的对江阴的进攻，结果被杀。
只要这些事变看起来还是孤立的和偶然的，像土国宝这样的降清者就依旧满怀信心。但一当有迹象表明这些事件不过是更广泛更普遍的不满情绪的公开流露，他和洪承畴就感到忧虑起来了。特别是当地处南京以南皖浙边境的溧阳发生了骚乱，复明运动风起云涌，从淮阳一带的滨海地区越过大运河向皖北广大地区迅速发展时，动乱就逐渐走向了高潮。
溧阳起义开始是一场缙绅阶级反抗清朝统治的运动，但很快就变成贫民、奴仆和佃户进行的一场起义，由名叫潘茂和潘珍的两个奴仆领导。叛乱在清人到达南京之前就已开始，到清人试图控制这一地区十六都的时候，他们发现二潘吸引了苏南的大批穷人和被压迫者，并将这些人组织成两支武装大军，称为“削鼻”党和“珐琅”党，占领了县城。溧阳本身受到战火的破坏，不是遭清军抢劫就是被农民掠夺，“徒余四壁”。虽然南京当局在附近的高淳县建立了一个“安全”区，但在1645年秋冬之际，他们还是几乎完全不敢进入溧阳县，只有让两潘控制当地政权。次年夏天，距南京更近的汤山发生动乱，一个“妖生”带领当地盗贼进行掳掠，并纵火烧毁了部分地区。与此同时，关于复明分子的水军在江北淮阳的如皋袭击清军的报告也到达了南京，报告又从那里传送到北京多尔衮处。
南京的清朝官员了解到，淮阳地区复明党的活动直接受到一个明朝亲王的唆使，清政府公文中说他是兴昌王。这个人以江苏东北部的云台山为基地，许多官员都把他与远在江北的海州、赣榆和邳州的复明分子联系起来。因此，显然是他下令进攻两淮盐城的，而像盐工缪鼎吉或当地民兵首领高进忠和王翘林这样的地痞却也听从了这一指挥，于1645年10月袭击了盐城。不过，清军击退了他们的进攻，并一直追到海州，最终将兴昌王俘获，带回淮安斩首。
兴昌王的死并没有结束江北地区的抵抗运动。另一明室贵族瑞安王朱谊泐，设法在南京附近的一些地区以及整个淮阳一带任命了许多复明分子军事首领和低级官员。当他的军事顾问朱君召在南京组织了一批策应人员时，瑞安王也与瑞昌王朱谊漇取得了联系，朱谊漇保证他的部众合作进攻南方旧都。
1646年9月初，南京清政府听到了这一复明武装即将前来进攻的风声。朱君召的一个秘密接头人泄露了在城中策应的密谋，而在30公里外的龙潭的另一个告密者也说，那个地区的复明党人在朱谊漇集合下，正与瑞安王暗中交往。当清军骑哨报告敌军密布于南京东翼朝阳门外的孝陵卫时，城中的要员们召开了一次军事会议。清军的力量有限，尤其是如果这次进攻成为江南、特别是松江地区进一步起义的始发点的话。洪承畴确实统帅着若干“南兵”，但如上所述，这些兵卒与其说是一支兵力，倒不如说是一种负担更为恰当。“南兵脆弱，全无马匹，即盔甲、弓箭，俱称缺乏，尚在设法置备。”他们无法与巴山的满洲兵（“巴山满洲官兵，先声足以夺气，临敌足以摧锋。”）或张大猷的汉军八旗兵相比，洪承畴轻蔑地将他们搁置于一边。可是巴山的满洲兵为数不多，张大猷的汉军八旗兵又只有4000人，但军事会议还是决定将这些数量有限的精锐部队分成两支。一支在巴山和总兵陈锦的指挥下，东进龙潭，将反叛消灭于萌芽之中；另一支留在后面，由洪承畴和总兵张大猷统率，保卫南京，抵御聚集在城外的约有1万人的敌军。
巴山率部于9月18日离开南京，次日到达龙潭附近。满洲兵军纪严明，不得任意杀戮，与一年前江南的一些汉族军阀士兵放肆与野蛮的行为，形成了鲜明对照。巴山先是将这个地区团团围住，然后遣兵逐村晓喻村民缚献真“贼”。这一出路或许也是特别军事法庭给指出的。此后十天里，村民献出或告发的共有400余人。洪承畴后来声称所有这些人都在正式审问下“供认”了他们的罪行。然后，巴山返回南京。
此时，南京城已遭到了复明军的攻击。他们进袭了神策门，而城内的策应者则试图放火，以分散张大猷和其他守军的注意力。这一牵制并未奏效。洪承畴利用告密者提供的情报，已经开始兜捕瑞安王的支持者了。洪承畴既然得到巴山部的援助，遂于10月2日黎明关闭城门，“擒获甚多”，据官方说，这些人携带着南明公文。巴山也俘虏了一批在朝阳、太平门外作战的南明诸王士卒，将他们处决了。复明军大部逃回乡村，有一些到太湖边避难，瑞安王则携亲随逃到了远在安徽西南的宿松上游。可是他未能幸免。巴山率部穷追不舍，于1647年初将其斩首，带回了南京。北京兵部还命令他们把这一吓人的战利品沿长江一路示众，以惩戒那些起兵反清的人。
安徽、江苏复明军进攻南京的失败，与1646年秋复明分子在中国南部总体上的土崩瓦解，是相一致的。浙江是复明势力衰落的第一个中心。浙江省最初归总督张存仁管辖，清军占领浙江，当地的归附者曾出过大力。他们之中有许多人是罗马天主教徒，视佟国器为政治领袖。佟国器是降清的辽东佟氏家庭的一员。他本人在满清进入中原以前即已南下迁居浙江。他在杭州与信奉基督教的一些人有所交往，这些人则与缙绅领袖朱宗元有联系。当清人入侵之时，朱宗元的著作流传甚广。他认为过去的中国过于以自我为中心，中国人有关“夷”的概念造成了文化上的自负，它无视不同的国度具有不同的价值观这一事实。朱宗元还为文化的普遍性辩护，强调外国人，无论是像艾儒略这样的基督教神父，或是像多尔衮这样的满族统治者，都可能带来一种新的发现天道的“指南”。他声称欧洲本身是一个理想的社会，在那儿，偷盗近乎匿迹，知识得到尊重，社会各阶层彼此和谐相处。浙江现在需要这种社会指引，因为“东西同道同心”。满人也给中国带来了共同的“道”。朱宗元指出，大舜毕竟也曾被视作“东夷”。所以朱宗元拥护满族统治。朱宗元的所作所为，得到了许多已经深受其著作影响的天主教徒的赞同。这些归附者反过来也依靠佟国器的支持，而被任命为闽浙提督的佟国器则在他们的帮助下统治浙江。
对福建的统治就困难得多了，不过那里的复明运动在1646年秋也被镇压下去。唐王的隆武政权在福州海军将领郑芝龙的庇护下，于1645年8月在福州建立。虽然发动了好几次北征（包括1645年9月由名士黄道周率领的一次对江西的倒霉的袭击），隆武政权的主要希望还是在于与湖广长沙的何腾蛟部队会合。然而，郑芝龙不乐意让唐王脱离他的“保护”，最后这个海盗头子背叛了复明事业，秘密与洪承畴联系，表示愿意投降。博洛指挥清军从浙江进逼福建，郑芝龙希望得到博洛的报答，自动撤回了守卫福建北部的一些军队。这就给李成栋和佟养甲率兵进攻让开了道路。唐王及其夫人被迫逃离了行宫，10月6日在汀州被俘，即刻处死。此后不久，郑芝龙正式投降，虽然被留一条活命，却作为满人的俘虏被送到北京。同时，杨廷麟领导的南明军队曾试图抵抗降清将领金声桓的围攻，坚守战略要塞赣州。1646年11月当隆武皇帝的死讯传到赣州时，那儿的抵抗就崩溃了，整个江西成了金声桓的天下。到1646年12月，在南方抵抗清军的将领已经不多了：湖南的何腾蛟和褚胤锡，东南海岸的郑成功（郑芝龙的儿子）和黄斌卿，以及两广的瞿式耜和丁魁楚。
诚然，在广东有两个新建的南明政权。苏观生曾是隆武皇帝的一个重要支持者，他从福建逃到广州，于1646年12月11日拥立第二个唐王（他是从海上逃来的）为绍武皇帝。不久，永明王于12月24日在上游的肇庆被拥立为永历皇帝。但是前一个朝廷主要由广东籍拥护者组成，后一个朝廷主要由来自中国其他地区的复明分子构成，双方很快就开始了火并。1647年1月，当绍武政权和永历政权正打得不亦乐乎之时，李成栋（他受辽东“旧臣”佟养甲的严密监视）正从福建移兵占领潮州和惠州。李成栋给广州的苏观生递送了一份伪造的南明战报，以此在1647年1月20日出其不意地抓住了复明分子。一支由不到1000清兵组成的先头部队被误认为绍武政权的友军，得以开进广州城，几天之内他们占领了全城，苏观生被迫自杀，绍武皇帝则被处死，吓得永历皇帝乘夜悄悄放弃肇庆，逃往广西南部。1647年2月2日，李成栋兵不血刃，占领肇庆，到4月，他包围了在桂林的瞿式耜。
当复明势力在遥远的南方遭受严重挫折之时，南京周围的党徒发现，瑞安王的进攻使大批人马暴露在洪承畴部队的攻击和破坏之下。此外，起义本身使洪承畴得以向兵部力争，允许他把巴山留在身边。在瑞安王进攻前夕，巴山部曾受命到湖广地区接管安抚工作，但现在受命留守南京。而且，南京守军对复明分子进攻的有力反击，看来完全是清朝统治巩固的一个象征，这样可以大大地帮助苏州巡抚土国宝，他正努力扑灭太湖一带的抵抗力量。
土国宝训练了一批专门的水军，以进攻太湖反清武装。此外，他还向太湖沿岸各县派遣县尉，征募士兵。对周围乡村严格的行政控制，使得土国宝有可能阻止抵抗分子取得必要的食物供给。虽然太湖反清分子可依靠鱼虾维持生计，但仍需要一定的谷物。这意味着他们得不时地上岸来，到农村购买或者偷窃稻米。在这种抢掠过程中，他们极易受到正规步兵和炮兵的攻击。1647年2、3月，封锁线开始收紧，一支支反清武装被清军捕获的战报送到了南京。这些投降的复明军有许多被作为士卒编入了吴圣兆统帅的松江守军各部。事实上，被置于这位将领指挥下的降军是如此之多，以致北京朝廷对吴圣兆是否可靠都担心起来了。
吴圣兆是辽东人氏，据说他从前做过吴三桂的副官。但到1645年初夏，他已归属于李成栋麾下。在李成栋残忍地平定江南地区期间，他任参将。故此，他最主要的战绩就是招降了两支规模较大的太湖叛军：一支是戴之俊领导的队伍，他率兵到松江，受吴圣兆的直接指挥；另一支是由吴易的前副将周谦指挥的队伍。部分是由于吴圣兆的这些战绩，当1646年李成栋进军福建时，就让这位以前的副将继承了自己的指挥权，并接用自己的帅府，李成栋的帅府是不久前被征用的徐府。吴圣兆很快就与在他幕府中做事的好些地方士绅建立了密切的关系。通过这些人的努力，他不仅受到了复明思想的影响，而且经过劝说，他还开始考虑与在厦门的鲁王的支持者缔结军事同盟，尤其是与舟山岛的海霸黄斌卿结盟。
黄斌卿最初支持唐王，但后来他被说服邀请鲁王和他的主要军事支持者张名振（他占据了福建至广东沿岸的几个岛屿）到舟山避难。唐王被俘后，几乎所有东南海岸的海军将领都转而支持鲁王。1646年12月30日，鲁王受郑采之邀在厦门建立行宫。戴之俊和太湖其他复明分子领袖认为，如果他们能够说服某个像黄斌卿那样有势力的人来请他们做中间人，那么他们也许能反过来诱使巡抚吴圣兆在南明海军从海上进攻时于陆上举行起义。但至少在1659年以前，这一战略只是南明人士的一厢情愿而已。
关于江南复明力量与南方海军结盟的建议被采纳了。1646年复明党人在浙东地区陆战的失败，把几乎整个复明事业推向闽浙沿海的港湾与岛屿。浙东的失败也使得鲁王的那些顾问得理三分，他们认为尽管前一年出现过清朝官员背信弃义的现象，但扭转战局的唯一出路仍在于与满清朝廷重要的地方命官结盟。这一期望也是根据这么一种现实的估计而萌生的；新朝为了在中国的中心地区迅速扩展自己的势力，不得不依靠未经考验的归附者。然而，由于前一年发生的清朝官员的欺诈行为，也由于像郑采这样的海军将领对于过分依赖陆军的可以理解的迟疑，要使鲁王朝廷相信江南地区确乎存在可靠的同盟者，尚需一番周折。为了搞清楚这个问题，为直接与缙绅复明分子通气，鲁王朝廷很合适地聘用了一个名叫夏宝谟的嘉善“诸生”。夏宝谟已经把来自吴易的情报送到了鲁王朝廷，现在返回松江地区与那儿的接头人联系。
正如浙江复明分子在军事上的地位使他们倾向于与松江抵抗分子联盟一样，吴圣兆的政治动摇性也使他对起义发生了兴趣。他改编了这么多的太湖叛贼，已经引起巡抚土国宝和总督洪承畴的怀疑。吴将军知道了他们的疑惧，于是便考虑接受夏宝谟的邀请，去舟山与复明分子商讨机事。因此吴圣兆早在1647年就采取了两个重要步骤：一是秘密与黄斌卿交换礼品和物资，用江南稻谷换取舟山珍珠；二是通过戴之俊，与松江士绅中的主要复明分子陈子龙取得联系。
到1647年5月初，在参加了杀身取义的夏允彝的葬礼之后，陈子龙作为一名复明分子的意志，似乎有所恢复。起码，他感到自己在公众心目中的复明分子的形象已使得他别无选择，他所能做的只有保持对明朝事业忠心耿耿了。总而言之，他只能取“危时”之“拙计”，正如他当时写的一首诗所披露的：
计拙存谋野，时危适遯荒。
友人怜豫让，女子识韩康。
周鼎无消息，秦灰正渺茫。
冥鸿天路隘，何处共翱翔。
这是由一个正赶上改朝换代时期的人所写的诗。在这首心曲迂绕的诗中，最能表露真情之处是它提及了韩康。众所周知，韩康是东汉人，在长安卖药，因从不讨价还价而声名远扬。陪伴他外出采购与销售药材的女儿，在他又一次清高地拒绝与顾客讲价钱而损失了钱财的时候，对他愤愤然起来。他回答女儿说，他韩康即使想要讨价还价，也不能那么做，因为他的名誉约束着他。那么，像韩康一样，陈子龙依旧做一名复明分子，也是因为他别无出路了。因此，在关系到他的名誉之时，或者说由于惟恐辜负了这名誉，陈子龙一直不得不尽其所能。由忠义所认定的自我完善的人生义务，驱使他最后一次到松江去加入吴圣兆阴谋集团。
也许，陈子龙在两件重要事情上帮助了吴将军：他把缙绅阶层中的复明分子引入了阴谋集团，他们是第一次松江抵抗活动的幸存者；他还使得鲁王政权确信，可以信赖吴将军按计划起义。黄斌卿本人的疑惧大概也消除了，因为他后来同意支持张名振率一支舰队北伐，以策应吴圣兆领导的松江起义。两军于1647年5月20日会合，从水陆两路去进攻南京的清军。
随着起义计划的制订，起义消息在吴圣兆衙门的吏员僚属中已是人所共知了。5月12日，即两军预计会合的八天前，陈子龙到松江郊区，戏剧性地向他的门徒宣布直到那时他还认为是一个秘密的计划。他的学生着实吃了一惊，告诉老师说，城里人人都知道了这个秘密，他恳求陈子龙绝不要参与进去。毫不奇怪，阴谋传到了南京的清朝当局耳中。在预定发动起义的两天前，洪承畴接到松江同知杨之易的一封密信。杨之易是著名的东林义士杨涟的儿子，他在信中写道，吴圣兆正计划兵变。洪承畴意识到，要赶到松江去制止叛乱，为时已迟，不过他立即提醒土国宝注意迫在眉睫的入侵，动员起长江沿岸的军队做好决战准备。为以防万一，洪承畴还下令迅速处死在南京被扣作人质的吴圣兆家人。
这时，吴圣兆已听说了杨之易的出卖。他认为城内其他一些官员可能也与南京方面有秘密交往，遂将他的2000士卒集合于城下，在他们宣誓加入南明舰队、推翻清王朝的口号声中，处死了杨之易及松江的知府与其他文官。
吴圣兆仍然自信他的事业会成功。就他所知，张名振的舰队已绕过江南海岸的突出部，甚至正准备在长江与他会合。他怎么会知道自然的力量已经注定了这场叛乱的失败呢！在松江官员被处死的两天前，南明舰队停下来抢劫崇明岛上游大约50公里处的鹿苑。那天夜里天气闷热异常。5月18日清晨，一场小台风扫过长江口，冲击了系泊的舰队。由于来不及起锚到外洋避风，张名振的几乎所有兵舰和黄斌卿的大约一半船只都沉没了。许多水手、士卒挣扎着游到鹿苑岸边，但是迎接他们的却是附近福山的部队，土国宝事先已将这场迫在眉睫的进攻通知了他们。清兵轻而易举地用刀剑弓弩杀死了散布在岸边的1000名南明士兵，此外又俘虏了500人，包括张名振的兄弟张名斌。张名振本人则与黄斌卿和张煌言一起，设法从海上逃走了。
这时，吴圣兆对这一惨败全然不知，遂遣副将张世勋率兵从松江北进，去迎接浙江的复明军到他的驻地来会合。张世勋等待着盟友的到来，但一直不见踪影。时间一长，他慢慢意识到南方的舰队再也不会来了。在这一紧要关头，他为自己的命运着想，突然回师松江，迅速制服了吴圣兆的卫兵，逮捕巡抚，占领了衙门。然后张世勋以吴圣兆的名义，召集其他主要起义领袖到州府议事。最重要的对手是戴之俊，此人不容轻视，不过张世勋很快设计杀了他，于是太湖匪贼群龙无首，翻山退回到湖面上去了。张世勋接着向南京正式报告这次起义，将吴圣兆押送总督洪承畴处监禁。
虽然鹿苑溃散与松江兵变被扼杀是清政府的重大胜利，但朝廷并未因此欣然自信，反而充满了疑虑与猜测。仅在几个星期之前，即1647年4月，清廷恢复了其招抚政策，但随之而来的却是帝国经济的心脏地带新的复明叛乱的爆发，现在看来那是一个软弱的姿态。所以，鲁王舰队沉没之后，土国宝以张名斌未作抵抗而投降为理由，要求予以赦免，就遭到了巴山的弹劾。巴山指出，恰恰是这种宽大怂恿了像吴圣兆这样的人率先作乱。这位兵部尚书接着颇不情愿地承认，把在鹿苑囚禁的人全部处死，也许确实太多了些，但他宁愿把他们作为战俘用于徭役，也不肯作为正规水兵编入清朝水军。他还提出，土国宝的行为应受吏部审查。皇帝批准了他的奏章。
洪承畴也受到了怀疑，因为清廷将他与缙绅阶层中的复明分子联系了起来。在起义平息后从事调查的官员们，全都过高地估计了那些人在阴谋集团中的作用。这在一定程度上是这些文人自己造成的，他们故意夸大自己的重要性。江南缙绅沈廷扬，风暴来临时正在泊于鹿苑的鲁王舰队的一艘船上。他发现了沿岸的清军，便说：
风浪似此，天意竟何在也！吾应报国而死，然若此就死，无名也。
于是，沈廷扬为了扬名，大声向清军将领叫喊，自称是鲁王朝廷中的一名监察官。后来，他在苏州受审期间，又自称是他告诉黄斌卿许多江南文人还没有剃发、保持着对明朝事业的忠心，并说服他参加了舰队。沈廷扬不屑于被赦免，尽忠而死，赢得了烈士的名声，而且，这样做有助于让他的刽子手相信，怀有贰心的文人组织仍遍布江南。
清廷相信，这场起义的主要煽动者是与南明串通的江南文人，因此要派那些受文人阶层影响最小的官员去消灭叛贼。于是，洪承畴和土国宝暂时将松江兵变之后安抚地方的责任移交给陈锦和巴山。陈锦是辽东“旧臣”，1633年宁完我曾把他推荐给皇太极。他忠心耿耿，在吴圣兆起义之后，受命治理苏州，“谋乘此尽除三吴知名之士”。在他的主持下，江南按察使司开始调查策划起义的关键人物，不久就断定一个名叫陈子龙的人是主谋。虽然陈子龙也许当过吴圣兆与鲁王政权之间的联络人，但实际上他对松江兵变仅略有介入而已。他住在城外，对吴圣兆平日的策划也基本上一无所知。
然而，对陈锦和清政府来说，陈子龙很快就以起义的象征性领袖而出名，环绕着他的罗网不久便收紧了。起初他逃避逮捕，躲到了夏允彝兄弟夏之旭处。于是夏家受到追查。夏允彝的儿子夏完淳被捉住押送南京，他是在夏允彝自杀后投靠太湖匪党的。到了南京，洪承畴被这个年轻犯人所感动，试图劝他以自己出众的文才为新朝服务。夏完淳大骂洪承畴变节降清，遂被处死。之后，其叔父夏之旭意识到自己也只有死路一条，于是就在当地孔庙里上吊自尽了。同时其他一些人也被清朝捕快俘获，拘禁入狱，除杨廷枢因当过戴之俊的老师而被抓获外，还有40多名江南名士在南京被处死。另有许多人被守卫松江西郊的陈锦缇骑当场杀死。最后被判决的大约有1000名士人，包括一名代理县官。用土国宝的话来概括说：“兜捕之后，凡能咀嚼者一人不留。”
夏之旭自杀后，陈子龙到密友侯岐曾家里躲避。但由于清廷一直在追捕，他又不得不东躲西藏，先去了旧仆人处，再去另一个朋友家。在那里他终于被巡捕发现。他们包围了住宅，直到他束手就擒。巡捕立即把他带到陈锦面前，陈子龙只是对陈锦说自己是崇祯旧臣。尽管陈锦竭力恐吓，陈子龙在整个受审过程中一直十分镇静。当问及他的长发时，他直率地说：保留头发可以见先皇帝于地下。无庸置疑，陈锦准备将陈子龙公开示众，开刀问斩。他命令将这个复明分子押到南京进一步审讯。但是陈子龙设法逃脱了这种折磨。1647年6月15日夜间，警船在从苏州去南京的途中穿过跨塘桥时，陈子龙挣断镣铐，纵身投河。虽然有会水的巡捕下水打捞，但陈子龙已经自溺身死。巡捕对犯人的自杀大为恼怒，他们割下陈子龙的首级，将他抛尸河中。几天后，陈子龙的几个学生捞回了他的遗体，将其安葬于陈氏坟地。他论“危时拙计”那首诗中的最后一节，可以作为他的一篇合适的墓志铭：
故物经时尽，殊方逐态新。
恨无千日酒，真负百年身。
芝草终荣汉，桃花解避秦。
寥寥湖海外，天地一遗民。
1647年对文人复明分子的清洗，既不意味着抵抗活动在江南完全终止，也不表示缙绅对地方的控制被打破。缙绅阶层拥有巨大的经济势力和社会影响，而且在此后10年里，这种势力和影响一直为他们所独占。然而，尽管残存着这种地方自主的力量，长江下游地区政治反抗的支柱却在1647年被摧毁了。这一地区的州县政府不久就委派了可靠的旗人来任职，而且直到19世纪，才有人向清朝对江南人民的统治提出根本性的挑战。新朝已根基坚固，难以动摇，以致它得以彻底改变先前留用明朝旧臣的政策，甚至敢于对最初制定这项政策的人，包括洪承畴本人在内，表示怀疑，并肆意指斥。
当陈锦在松江和苏州大肆清洗时，巴山留在南京处理一些高级俘虏的审讯事宜。吴圣兆自然被押还南京。在审问过程中他披露出有好几名重要缙绅卷入了这场阴谋。就在这种充满猜疑的气氛之中，1647年10月1日，一名清军参将俘获了一个信使，此人带有鲁王政权的文件和信函。经检查，发现信件中有南明封授洪承畴为公、土国宝为侯的敕书，还发现了黄斌卿给这两人的信件，内容是建议他们先与他这个舟山军阀通信。虽然这些信件轻易地落入清人手中，可能是为了让洪承畴与土国宝蒙受猜忌，但清廷仍命令巴山进行全面的调查。不过清廷也还是给了洪承畴足够的撇清自己的机会，并与巴山一起参与审讯。
尽管身遭嫌疑，洪承畴依旧担负着继续平定南京总督辖区中其他各地的全部责任。松江此刻已经再度处于牢固控制之下，但洪承畴对反清武装出没无常的江宁以南地区，以及江宁以北运河区的安全，仍未予释怀。在扬州以北的淮安，漕船满载谷物，准备向北运送，以供京城之需。但这些漕船以及运河航道本身都极易受东部复明分子的不断袭击。在淮安以东，即苏北产盐区，许多居民都是职业走私者。1647年10月9日，一支大约2000“土寇”组成的队伍袭击了庙湾城。袭击发生在清晨时分，最初被守城的清朝游击将军击退。但叛军在大白天再次进攻，打伤了游击，把知府和知县官赶出城外。在一个名叫张华山的反清分子和自封为明朝义王的人的率领下，复明军打起隆武皇帝的旗帜，招徕党徒，威胁淮安。
负责运河谷物运输的清漕运总督是杨声远。他从淮安的总督衙门向洪承畴报告说，庙湾“今为贼据，盐场一带居民，胥化为贼，势甚披猖”。杨声远还告诉洪承畴，他已采取紧急措施，防守淮安城，因为叛军宣布他们要在10月10日进攻淮安。他在向庙湾派遣正规军的同时，还沿运河派驻了专门的漕运守军，以保护满载的船只，其中许多已经起航北上。但杨声远不相信凭他自己指挥的这点兵力就能遏制叛贼。为防“滋蔓难图”，他要求立即增援。形势十分紧迫，他等不及北方部队的到来，所以请求从洪承畴支配的兵力中立即调来至少二三千满汉军兵。
洪承畴一接到杨声远的求援信，就在南京召集他的主要将领陈锦、陈泰和张大猷开会。虽然杨总督可能夸大了淮安所受到的军事威胁，但是，必须保卫帝国最重要的运输干线是毫无疑问的，特别是这条运输干线当时正在向京城运粮。所以洪承畴从南京守军中抽调了2500人出援，命提督张大猷率领之。洪承畴后来在给多尔衮的奏折中说明如下：
凡进剿机宜，听汉兵提督与总漕督臣同心计议，必求万全，尤要严束满汉将兵，恪守纪律，秋毫无犯，期于剿贼保民，奠安重地。
这支部队计划10月14日从江宁出发。那时复明军已经向淮安发动了进攻。
首次进攻淮安的队伍由一个名叫周文山的人指挥，他的800人马据说来自城东80公里处的盐城。10月10日清晨，周文山部队突破了东门边的淮安城墙，但经八小时激战，又被击退了。周文山在混战中丧生。虽然留守淮安的清军仅100余人，他们仍坚持打退了义王所率领的复明武装潮水般的第二次进攻。在复明军乘船从运河开往淮安城时，淮安清军又伏击了义王的人马。复明军主力遂退回到庙湾。
几天之后赶来的援军因此感到形势远不像他们所担心的那样险恶。清军在杨声远统帅下开向庙湾，接着去摧毁复明军，夺回了该城，杀死了许多落到他们手中的抵抗者。虽然张华山成了他们的刀下鬼，义王却削发扮成和尚，设法逃出了庙湾城。杨声远于是下令大规模搜捕下落不明的义王，悬赏招贴布满整个苏北地区。在衙吏俘获并审讯了一个认识义王的和尚后，官府搞清楚了义王的长相，画图招贴四方。经过逮捕审讯其他几名和尚，盯住了一个名叫孙胜宇的匪首，此人是道士，所谓义王可能就躲在他的家里。孙胜宇住在淮安以南如皋城附近一个叫“双店”的村子里。从扬州派出的捕快和一队士卒在1月18日深夜，包围了双店，突然搜查孙胜宇宅邸。孙胜宇被捕，在他的家当中搜出南明小帖一个。次日捕快彻底搜查村庄，逮捕了另外三名也藏有明朝公文的当地复明分子。这三人中有一人在审讯中招架不住，供认说那个他们称作义王的人早先是躲在村里，但就在捕快到来之前逃到附近的村庄去了。捕快迫使犯人供出了义王逃去藏匿的那家住户的姓名，然后包围那个小村子，袭击了这位反叛者最后的避难所。与义王一起被捕的还有他儿子。杨声远在如皋建立了一个临时督府监督审讯，俘虏押到后，经审讯发现，他们是前明低级贵族，原属河南周王世系。杨声远认定他们无足轻重，遂下令处死，义王父子于是立即被处决了。
这一地区的其他复明分子也在对义王的追捕中被发现了。其中某些人完全是单枪匹马、毫无危害的。但是，此刻清廷神经过敏，认为在漕粮船只聚集地这样敏感的地区，任何复明分子活动的迹象都需要加以最为审慎的对待。清朝当局这时对关于单枪匹马者——尤其是文人——情况的报告，特别感到烦扰不堪。这些人本来已经剃发，归顺新朝，后来却又恢复明朝发式，或主张复明。
例如，当奉命前去逮捕义王的清兵返回双店村时，一个军官注意到当地关帝庙墙上写着几个字，向一名“可疑的客人”发出警告。此人是在一个名叫吴心田的人家中被发现的。这些字引起了这位军官的好奇心，他便来到吴宅。吴宅的塾师十分无礼，使他颇感意外，就将这位塾师拘留起来。此人名叫许元博。经再三审问，原来他的父亲许之卿在明朝曾出仕为官。不过，1645年8月第一支清军进入双店地区时，他父亲告诉儿子必须剃发服从清人统治。许元博顺从地照做了。此后不久，这个年轻的士子应聘为吴家塾师，得以读到吴家的藏书，了解到中国战乱时期一些英雄的事迹。许元博为这些英雄的气概和儒家的忠义气节所激励，悄悄地在自己身上刺了三条复明口号：胸前是“无愧我朝”，右臂上有“生为明人”，左臂上为“死为明鬼”。为了向雇主隐瞒对复明事业的赞许态度，他身上的纹字，从来都秘不示人。可是，就在淮安被攻之前，他在脱衣洗澡时，被吴家几个在暗地窥探的孩子看见了。塾师身上刺有复明口号的消息在这个家院中从孩子传到大人耳中。于是就有人——也许是一个妒忌的仆人——在关帝庙写了那些引起清朝军官警觉的短语。
负责办理此案的清朝按察使特别关心许元博与其他复明分子的联系。他是否暗中与这一地区的其他复明分子有过接触？许元博坚持说没有，于是审讯人员向扬州做了报告。但按察使十分关心，便赶到如皋来亲自审问这个嫌疑犯。他有一肚子疑惑，比如他身上刺的这些文字，许元博怎么能自己纹身呢？难道他确实没请别人帮助吗？只是在看到纹字刺得极其笨拙之后，按察使才相信许元博确实是独自干的。不过担忧一消除，按察使仍然感到许元博的罪行必须予以严惩。他这样上奏北京：
自本朝立国，尽除暴虐，万民感德归心。逆贼许元博妄为，自绝于治世，背弃皇恩。初剃发以匿其心，后复以此等文字纹身，尽露叛逆之意。欲赦其罪，得否？其妻朱氏当赐功臣之家为婢，没入家产。其父虽居别所，不谙此事，然逆谋不当以地异赦之，国法无贷。
所以，由于许元博的罪行实属十恶不赦，就是他那与此毫无牵连的父亲，也应受到惩罚。
于是，在1647—1648年间的冬季，清朝的一些大臣疑心越来越重。他们怀疑原来的一些归附者也暗中怀有叛逆之心。这种猜疑甚至扩及到负责镇压复明活动的高级官员身上，例如杨声远（他不久就因“疏于防务”而被撤职）和洪承畴（他已经由于那封截取的黄斌卿的信件而引起嫌疑）。不久，洪承畴受到的连累就更为严重了。1647年10月，大约就在叛军进攻淮安的同时，南京城门卫兵拦住了一个想离城的和尚，要看他的文牌。这和尚出示了一份由洪承畴签印的文牌，其条文约束甚严。也许是由于文牌有许多约束性条文，卫兵命令和尚打开行李。行李打开后，卫兵发现几份看上去十分可疑的文件。经检查，原来是弘光皇帝给阮大铖的一封信，以及表明远在南方的复明分子与南京洪承畴总督接触的通信。
这和尚法名函可。第一个“函”字表明他是由南康（江西）归宗寺著名的住持道独剃度的。道独也是广州和尚函是的老师。函是的许多弟子都是广东复明分子。函是与函可在小时候是密友。函可俗名韩宗騋，他一家为反清事业牺牲了许多人，函可的一个叔叔和三个兄弟为反清复明而死。
将洪承畴与南方复明分子联系起来的信件本身，并不说明总督是南明事业的秘密代理人。然而，南京首要的降清大员与广东复明分子之间有来往，是十分可能的。这一点，尤其在这一时刻，不禁使清廷不寒而栗。1647年8月初，广东两个重要的复明军领袖陈自壮和陈邦彦，合谋在珠江三角洲同时发动了几起暴动，旨在把清军主帅李成栋引出广州。李成栋果然离开广州去守卫新安，陈自壮随后就向防卫虚弱的广州发动了进攻。这时，陈邦彦将自己的部队和战船精心布置在新安与广州之间一个叫鱼珠州的地方，李成栋的兵船一到，战斗就打响了。遭遇战的第一阶段是复明军占上风，陈邦彦的火船开入李成栋舰队，使许多战船燃烧起来，李军伤亡惨重。接着，一阵暴风雨袭击了双方的船队。尽管陈邦彦自称船术高明，但是李成栋的水手们却扭转了战局，他们将战船重新编队，顺风扑向已在他们面前转身逃跑的明军。这是一场决定性的战斗。尽管陈邦彦一直逃到清远（广州西北大约60公里处），李成栋却穷追不舍，一路消灭小股部队，攻城夺寨。1647年11月25日，陈自壮在高明被俘，押回广州，于12月1日被处决。此时，李成栋已包围清远，用火药炸开城墙，率2万兵马攻入城中。陈邦彦到死都是一个英雄，他三次负伤，在一个朋友的幽静的花园里写下了他的墓志铭：
无拳无勇，何饷何兵。
联络山海，喋血会城。
天命不祐，祸患是撄。
千秋而下，鉴此孤贞。
然后他试图在一个池塘里投水自尽，但是水太浅了。他昏倒在那儿，被清军抓到，五天之后被凌迟处死。1647年起义就此终结了。
然而，当函可两个多月之前在南京城门被俘之时，上述这些事件尚全无预兆。函可携带的文件又向巴山和多尔衮暗示：洪承畴一直与广州复明分子有联系，也许江南文人与南方抵抗分子之间正在形成一个新的联盟。当然，这种信件也极有可能是为引起猜疑而伪造的。尽管如此，函可的父亲为前明礼部尚书韩日缵，这一点很快就真相大白了。而韩日缵，众所周知，曾是洪承畴的主考官。所以，在审问了函可的四个弟子后（结果他们都是相当清白的），总督洪承畴上奏皇帝，承认了他与这个和尚之间的私人关系，供认为他签发过文牌：
犯僧函可，系故明礼部尚书韩日缵之子。日缵乃臣会试房师。函可出家多年，于顺治二年正月内，函可自广东来江宁，刷印藏经，值大兵平定江南，粤路阻，未回，久住省城。臣在江南，从不一见。今以广东路通四里，向臣请牌。臣给印牌，约束甚严。因出城门盘验，经笥中有福王答阮大铖书稿，字失避忌。又有《变纪》一书，干预时事，函可不行焚毁，自取愆尤。臣与函可有世谊，理应避嫌，情罪轻重，不敢拟议。
洪承畴最后说，他将把发给函可的文牌送到北京内院，并将函可案件移交有关部门。
北京有司毫不怀疑问题的严重性。函可在巴山人马护送下一到北京，他的案件就受到仔细复查。虽然没有证据表明函可是密谋分子，但他的日记里有好些反清文字，为此他被判处终身流放，发配辽东。同时，皇帝下诏：“洪承畴偏袒其师，擅用职权，授予文牌。极为失当，有司皆应记取。”于是各部讨论此案，一致认为洪承畴应受严惩，提议褫夺其一切功名爵位，削职为民。
任何其他官员都会为此立刻受到惩罚，但洪承畴却不同于其他人，他象征着南方归附者对现政权始终不渝的效忠。这样明显地罢免他，就意味着公开怀疑朝廷最高级汉族大臣中有人怀有贰心。所以多尔衮决定暂时不理睬吏部的提议，饶恕洪承畴。几乎同时，洪承畴母亲患病，他马上申请休假去照顾母亲，得到恩准后，勒克德浑接任了他的南京总督职位，洪承畴暂时退出了清朝政府。
1647年秋季和初冬，清政府继续平定江南。像中国北方一样，长江下游地区也暂时安定了一段时间。1648年初，当清政府所依仗统治南方的两个前明官员先后于2月和5月举兵造反时，形势急转直下了。首先起义的是替清朝征服了江西的前明将领金声桓。金声桓希望能封官晋爵，总揽一省权柄，所以当他只被授予江西提督一职，并被置于一个满人总督的监管之下时，就心猿意马起来。在一名道士以及一个原是李自成部下、绰号叫“王杂毛”（实际就是王得仁）的怂恿下，金声桓于1648年2月22日反叛，杀死清朝大臣，宣布自己效忠永历皇帝。他很快就得到了几个最主要的南明人士的支持，例如姜曰广、邱祖德，控制了江西北部，同时围攻该省南部的赣州。
广东征服者李成栋被任命为提督，处于两广总督佟养甲的监视之下，他也被惹恼了。与金声桓一样，李成栋不满于清廷将满人或汉军旗人安置在可以控制这些新依附者的职位上这种方法。佟养甲也未采取任何措施，以稍稍缓和清廷的这种人事安排。因为作为一个“旧臣”，以及作为像博洛这样的满族主要亲王的知己，佟养甲认为自己有资格轻慢李成栋。李成栋则因暗中受到他的一个宠妾的煽动，傲慢的自尊心更加强烈。这个女人原是陈自壮之妾，为李成栋所获，强迫与之成亲，但她对明朝的忠心却始终不渝。所以，1648年5月，当佟养甲命李成栋率军北进为赣州解围时，李成栋遂举兵造反。佟养甲开始被强迫穿上明装，接着，五个月之后，他企图暗中与清政府联系，就被处死了。在南宁避难的永历皇帝应邀回到肇庆，1648年9月20日在那里建立了一个朝廷，封李成栋为国公。这时，湖广南部的其他永历将领受到鼓舞，在何腾蛟率领下，夺回了许多重要城镇。到1648年10月，南明政权控制了南方的绝大部分地区，清政府仅在广东和赣南，主要是赣州，还占有几块土地。
然而，南明的复兴只是昙花一现。赣州并没有落到复明军手中。清廷却在中原迅速聚集了兵力，遣大军分两路南下。一支由蒙、满、汉人组成，共3万人，在孔有德、济尔哈朗和勒克德浑的率领下，逼向湖广。另一支由谭泰、何洛会、尚可喜和耿仲明率领，从江西扑向南昌的金声桓和广东南部的李成栋。1649年3月1日，南昌陷落。金声桓身负重伤，自溺而死。次日，不断损兵折将的李成栋在徒步涉过新丰附近的一条河时意外淹死。同时，在湖广，孔有德率部逼近何腾蛟，俘获了他，并将其处死在湘潭。到1649年11月，湖广再度牢牢地处于清朝控制之下。在1650年的头几个月里，广东南部大部分地区都被占领了，永历皇帝和他的小朝廷向西逃到梧州，最终经由南宁到了贵州。最后，1650年11月24日，经过10个月残酷的围攻，包括筑垒相逼，以楼车攻城，及动用荷兰炮手，尚可喜占领了广州。此后10天里，广州城惨遭洗劫，7万多人被杀。尸体在东门外焚烧了好几天。直至19世纪，仍可看见一堆积结成块的骨灰。这个焚尸的火堆，在许多复明分子的心目中，标志着明朝复辟希望的真正破灭。
然而，东南沿海鲁王的军事支持者，继续努力与参加过悲惨的1647年起义的江南复明党残部建立联系。这一活动主要是由海上豪强张名振领导的。1647年北伐失败后，张名振重建了他的海军，在闽浙边境的沙城建立基地。它成了监国鲁王政权的总部，从此出发袭击沿海一带，远至江南。1649年7月，张名振决定从他的活动中心进一步向北发展。到8月，他和鲁王已安坐在浙江海门与宁波之间的健跳所了。在那里，张名振又开始计划与岸上的起义相配合，从海路进攻江南。
在1647年，许多缙绅复明分子曾期望发动一场与之类似的联合进攻，现在他们不是死了，就是被流放了。所以，鲁王政权人士不得不求助于那些下层社会中的人物：低级士绅、冒险家、僧人，甚至盗匪。鲁王政权把印信官告授予江南复明分子。将这些使者作为秘密代理人遣回清人占领区，联络其他同情者，准备起义。如果被联络的人证明是经得起检验的，就由使者本人颁给官告，授予军衔。对复明分子来说，不幸的是，这并非一种可靠的组织武装起义的方法。当一个名叫罗光耀的人在苏北海州联络到许多地方权贵和匪首，准备在1649年夏天联合发起对天津的海陆进攻时，阴谋被发现了，罗光耀被捕。他的被捕以及此后兵部官员对他的审讯，暴露了长江南北地区其他阴谋分子。关于这个阴谋的消息一定使北京的清廷感到惊恐，但它也大大延迟了鲁王政权从海上北伐的计划。
南明从海上进攻的希望还因张名振和黄斌卿这两个对手之间的内讧而暂时受挫。黄斌卿控制着舟山岛，1649年10月，最终被一个将领出卖给张名振，因而自杀了。不过这一斗争刚结束，张名振就再度计划在北方煽动起义。11月23日，张名振把他的帅府以及鲁王都迁到舟山岛，再次怂恿江南的反清分子计划起义。这次的联系主要是由嘉兴一个名叫毛远斋的和尚负责的。1650年3月13日，在一个名叫韩功树的明朝遗臣的庄园空楼里，毛远斋和其他六名复明分子聚会。会上他们举行宗教仪式，然后一起宣誓造反。10天以后，其中两人，毛远斋和吴庸之，动身到舟山，受到鲁王的召见，被任命为南明官员。吴庸之留了下来，毛远斋则携带特别官告文书返回大陆，进一步与他最初的那伙复明分子联系，并与其他人讨论起义计划。
与此同时，张名振向苏南发动了一场海上远征，并携鲁王同往。十分凑巧，陈锦这时正率领一支清军扫荡四明山，清除浙东的复明武装。1651年10月15日，有几个黄斌卿旧部叛变，陈锦兵马遂占领了舟山岛的主要防御工事。张名振家人大多遇害。丢失了据点的张名振不得不与鲁王到了厦门，去寻求郑成功的保护。同时在北面的江南，一个曾被毛远斋授予鲁王政权文书的人叛变，并向苏州官府出卖了所有密谋者名单。此人交给清朝官员的那封文书包括有进攻南京并发动一场对北京的北伐的计划，上面盖有张名振的官印。到1652年4月，所有密谋分子都遭围捕，复明分子被彻底挫败了。
随着江南江北恢复了和平，当地居民慢慢开始重建他们的生活。1648年，画家万寿祺决定迁出他的“陋巷”，把家搬到距洪泽湖附近的淮安大约35里的浦西。在那里他为自己盖了一个画室，称“隰西草堂”，四周环水。迁到浦西后不到一年，万寿祺暂返江南，谒拜明太祖的陵墓。他还访问了密友、归附清朝的黄家瑞的后嗣。黄家瑞是在1645年松江起义期间被杀的。万寿祺乘船从徐州返回淮安，又在浦西安居下来。虽然他的身体每况愈下，身价却在不断提高。向他索字求画者络绎不绝。像著名的16世纪苏州画家唐寅（字子畏）一样，他乐意靠他的艺术作品生活，“闲来写幅丹青卖，不使人间造孽钱”。他现在有钱买下“隰西草堂”以南的一些地产了，并在那里建了一座花园，称为南村，以纪念隐居诗人陶渊明。
在浦西的画室与花园，万寿祺在自己周围聚集起了从江南17世纪40年代后期的战乱中逃生的那些友人。著名的浙江书法家胡彦元加入了这个团体，他们经常举办诗会，和不上诗者为众人买酒食。万寿祺后期诗文的内容就以旧友为中心：拜访以前的老师的叙述，祭扫已故复明分子陵墓的故事，以及在水边吟诗作画的描写等。
万寿祺的画人人欲得，但颇不易得。19世纪书法家何绍基在他一幅画的题记（1852年）中写道：
寿道人画不恒见，大抵皆焦墨减笔，若有意若无意。其隰西草堂屡屡为友人画之，不知风景何似，想萧澹如其画境也。余昔在京师，见道人所画《秋江送别图》，乃亭林载米泛舟来草堂话别，道人作图送之。
万寿祺为顾炎武画的这幅著名的卷轴，如题记所述，作于1651年顾炎武访万寿祺期间。
1651年顾炎武39岁，那年夏天他去金陵（南京）拜谒孝陵。明朝遗民拜谒明陵乃司空见惯，但对顾炎武来说，这只是他六次拜谒明朝开国皇帝陵墓中的一次，此外他还曾四次拜谒在北方的崇祯皇帝的思陵。他之着迷于明朝的开国与末代皇帝的陵墓与亡魂，大概与他母亲为明朝尽忠自缢有点关系。她给他的信这样断然责成：“无仕二姓”。这当然会让顾炎武对自己轻易躲过许多密友与亲戚都未能幸免的大屠杀而感到内疚。1647年他写道：
念二年以来，诸父昆弟之死焉者，姻戚朋友之死焉者，长于我而死焉者，少于我而死焉者，不可胜数也。
自然，在这些年里他的内心是异常痛苦的。1650年，顾炎武又写道：
稍稍去鬓毛，改容作商贾。
却念五年来，守此良辛苦。
畏途穷水陆，仇仇在门户。
于是，到1651年，他可能已急于寻找一个和他一样的幸存者，能将自己的经历与记忆向其一吐为快。9月28日，顾炎武去淮安拜访万寿祺，两人很快就成了莫逆之交。
当时，人们常常用一幅画来换取一首诗。因此，顾炎武报答万寿祺为他画的宝贵卷轴的礼物，就是一首长诗，诗的主题是赞美松江抵抗结束后万寿祺的生活。它以中国文人常用的半隐半明的语言写成。顾炎武在诗中仅仅作为一个相似的背井离乡的旅行伴侣出现。这首诗是顾炎武对万寿祺曾积极参预松江起义做出的明证。顾炎武对此极表欣赏。而万寿祺此人，在顾炎武看来，正是明朝复辟的现实希望所在。
赠万举人寿祺
白龙化为鱼，一入豫且网，
愕眙不敢杀，纵之遂长往。
万子当代才，深情特高爽，
时危见系维，忠义性无枉。
翻然一辞去，割发变容像，
卜筑清江西，赋诗有遐想。
楚州南北中，日夜驰轮鞅。
何人诇北方，处士才无两。
回首见彭城，古是霸王壤，
更有云气无，山川但块莽。
一来登金陵，九州大如掌。
还车息淮东，浩歌闭书幌。
尚念吴市卒，空中吊魍魉。
南方不可讬，吾亦久飘荡。
崎岖千里间，旷然得心赏。
会待淮水平，清秋发吴榜。
顾炎武的诗蓄意影射。白龙是神话中天帝的爱畜，变作一条鱼下凡而去。在那个神话中，捕鱼人豫且用箭刺中了龙的眼睛，因为他不知道它是神物。龙于是恢复它原先高贵的形体飞回到天帝那儿，哭着要求惩罚豫且。但天帝不答应，说白龙本来就不该变成那种如此低下的形象。
但在顾炎武对这则神话的引用中，豫且就好比满族征服者。他们俘获了白龙——高贵的万寿祺，认出了他的身份，“愕眙不敢杀”这样一个神圣的生灵。而万寿祺本人就像神龙一般，恢复了其神圣的形象，逍遥邀游。
万寿祺以其化身“何人诇北方”，这一句说的是唐代英雄权皋。晚唐“中兴”期间，权皋到北方为宣宗皇帝（847—859年在位）执行一项重要的使命，又从北方返回来照料他患病的母亲。顾炎武也许正是以此（他本人便为此理由而未积极从事复明活动）来看待万寿祺对家室的恋眷。不过，虽然这首诗明确承认了万寿祺因此就从其积极参预的复明事业中引退了，但在后面两行里，顾炎武也暗示说，他可能是在等待时机。因为，“回首见彭城”，彭城是古时徐州一带的地名，是公元前209年起兵反秦的楚霸王项羽的活动中心。顾炎武似乎是说，克敌制胜须待时日，不过淮水最终是会平静的，“更有云气无，山川但块莽”。
从顾炎武赠万寿祺诗的观点看来，清朝的占领不合正统，是毫无疑问的。万寿祺本人据说落下书房的帘子作诗以纪念“吴市卒”，这与后汉梅福拒事篡位者王莽的故事有关。据说梅福上天成仙了，万寿祺“南方不可讬”，像一个精灵哀悼中国被玷污的山峦，也应该成仙。像顾炎武一样，万寿祺也会在他极无定形的倏忽即逝的生活中，发现他们最终向往的自由。
顾炎武诗的最后两行含糊其辞地谈到，一旦淮水平静就为万寿祺送来一只船。顾炎武是在邀请万寿祺参加他的旅行，还是在暗示吴市抵抗者将东山再起，当这时刻到来时要请万寿祺共事？
清人对中国的征服远未完成。还有一个尚需10余年时间才能最终平定的南明政权，其后，不管是否可信，还会有其他反清复明分子。不过清人对江南的占领是巩固的。然而，顾炎武为何又认真地暗示说吴市会东山再起？令人疑惑。当然，顾炎武和万寿祺也许认为满清王朝必定昙花一现。它与元朝以及秦朝的相似之处，比比皆是。顾炎武早先曾以尖锐的对比手法，写到据说是于1638年在苏州承天寺一口井里发现的那本著名的《心史》。这本重见天日的南宋史书为画家郑思肖所著，它预言元朝的统治只能持续100年，或者还不到100年，后来果真如此。顾炎武强调这个预言，因此不言而喻，清人也会有同样下场。而且，纵使清朝确能统治一时，中国的文化也会继续繁荣，也会同样在这种蛮族统治的间歇期中生存下来。
但是证明清朝必然昙花一现，与继续号召复明全然不是一码事。在这种意义上说，纯粹的引喻，隐约其辞，以吴人的抱负为背景所做的关于精神发展的暧昧不明的陈述，顾炎武赠给万寿祺的诗中所有这些晦涩之处，可能都反映了顾炎武本人心中的一个信念，即尽管对清人的抵抗可能时有发生，真正恢复明朝的希望已几乎不复存在了。实际上，在这段旅行期间的某一天中，他曾对那些对明朝的灭亡追思不已的士人这样写道：“计士悲疵国，遗民想霸图。登临多感慨，莫笑一穷儒。”对于一个在1670年因写反清短文而锒铛入狱的人，人们不会加以嘲笑。但人们至少可以想到，顾炎武本人的不恒其居，四处游历，反映出他渴望逃避一个令人窒息的认识：明朝实际已不复存在了。
尤其在第二次广东起义于1651年失败后，其他人似乎也得出了同样的结论。著名抒情诗人阎尔梅停止漫游生涯而定居下来，并接受了巡抚赵福星的保护。赵福星派人来到阎尔梅暂住的大河卫，恭恭敬敬地邀请他做自己的客人。阎尔梅把头发打成一个结，放在大红顶带下面，带上所有行李乘车去了巡抚的客馆。他为找到一个定居之所而宽慰地流下了热泪，并总结了自己的今昔：
下榻授餐，犹昔日也。嗟乎！士大夫居恒得志，人人以不朽自命，一旦霜飞水脱，为疾风劲草者几人乎！
对顾炎武“久飘荡”的呼唤，万寿祺也未加留意。万寿祺在1652年的确去过昆山，但他的目的，是邀请顾炎武的密友归庄与他一起到淮阴，当他儿子的塾师。或许他已隐约感到了自己的羸弱，于是想把儿子的教育一事落实下来，因为当他与归庄返回“隰西草堂”后没几天，就得了脾痛症。病情发展极快，几周之后画家已奄奄一息了。到农历五月初三，他便离开了人间，时年50岁。他最后的一幅画没来得及完成，但仍挣扎着写下了最后几行词句，并又一次勾起了那些渐已消失的动乱辛酸年月的回忆。《病中风雨》一词绝大部分失传，不过还留下了几行：
梦千重，家万里，流落天涯，日月秋光起，今是何年浑不记，墙角多情，犹挂崇祯历。
“乾”（天）、“坤”（地）是《易经》中两个卦名。
1647年4—5月奏章。《明清史料》丁编第一册。引自谢国桢：《南明史略》，第91—92页。
1645年12月奏章。《明清史料》丙编第六册。引自谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第128—129页。
傅路德：《乾隆时的文字狱》，第100页。钱谦益官至礼部左侍郎。
葛万里编：《钱牧斋先生遗事及年谱》，第18页。
《贰臣传》第十二卷，第34—35页。
恒慕义：《清代名人传略》，第57页。
不过，阮大铖从前的伙伴冯铨大胆地给了他一个清朝官职。李清：《三垣笔记》补遗卷下，第4页。
方国安既是马士英的同乡，又是他以前的副将，后被清军所捕杀。《明史》（国防研究院），第3498页。
“浙闽总督张存仁疏报：‘伪阁臣谢三宾、阁部宋之普、兵部尚书阮大铖、刑部尚书苏壮等四十八人投诚’。”《世祖实录》第二十七卷，第327页，1646年9月22日条。
罗伯特·B·克劳福德：《阮大铖传》，第48、73页。
1647年9月7日奏章，《明清史料》丁编第一册，第1页。见《南明史料》，第36页。
谢国桢：《明清之际党社运动考》，第108页；克劳福德：《阮大铖传》，第48、75页。
1646年9月7日奏章，《明清史料》丁编第一册，第1页。见《南明史料》，第36页。
傅路德：《乾隆时的文字狱》，第100—101页。准许钱谦益回乡治病的敕令签署于1646年8月10日。《世祖实录》第二十六卷，第317页；郭松义：《江南地主阶级与清初中央集权的矛盾及其发展和变化》，第132—133页。
清政府还采取措施，重新实行食盐的国家专卖。1645年李发元接任督转盐运使，发现扬州“芜城再虚”，两淮地区盐商大多资本蚀空，四散逃匿。尽管清政府指望李发元增加收入，以支撑军费开支，李发元却屡次上奏，主张免征浮课，以便吸引商人回到此地。渐渐地，商人返回了这一地区，恢复了食盐的生产与销售。王思治、金成基：《清朝前期两淮盐商的盛衰》，第1—2页。
1646年10月奏章，《南明史料》，第4—6页。到1646—1647年，苏松地区的棉织业也开始恢复。彭泽益：《清代前期手工业的发展》，第9页。关于清政府对地区间谷物贸易的支持，见石锦：《太湖小农经济》第六章，第8页。中央政府还同意减免赋税，以利于这一地区的平定。永行蠲免河南、江南两地的加派辽饷、练饷、召买等项，1645年6月24日以前正额钱粮之拖欠在民者，亦尽行蠲免。1647年3月17日，敕免闽浙两地加派与逋欠的钱粮，赐耆旧衣食。沈翼机编：《浙江通志》第七十六卷，第1—2页；《世祖实录》第三十卷，第356—357页。据1646年嘉定的一通碑文说，清政府竭力鼓励农民开垦自万历以来即已荒废的那些土地，还采取了专门的措施，来抑制官府税收胥吏的贪污习气。上海博物馆图书资料室编：《上海碑刻资料选集》，第139—143页。
一些记载表明，吴易受邀重新指挥周瑞的复明军。陈子龙：《陈忠裕全集》“年谱”下，第3—4页。温睿临也认为周瑞的地位较高。温睿临：《南疆绎史》，第398—401页。此说为正史的编纂者所采纳。《明史》，第3115页。看来这时太湖是各派叛军匪寇的巢穴，例如有与明高安王有联系的复明分子，以及沈天叙手下由明乐安王委派的一支武装。高安王后来被清朝捕获杀害，沈天叙袭击清朝运送军需品的车辆，被一队清政府的巡探逮捕，受刑而死。同上书，第4114页；查继佐：《国寿录》，第75页。
《吴江县志》，引自吴伟业《吴诗集览》第四卷上，第2页；《大清一统志》第八十三卷，第15页。洪承畴责令一位官员调查吴江城轻易失陷之缘故。土国宝发现吴江巡检只关心治安，而将当地的守备事务交给了士绅与儒学学官。此人遂以疏于守卫城壕被劾。1646年10月20日奏章，《明清史料》已编第一册，第18页，见《南明史料》，第39—42页。
1646年5月16日土国宝奏章，《明清史料》已编第一册，第14—15页，见《南明史料》，第30—32页。巡抚土国宝请求移用地方经费并征收特别税，用以训练2000名水军士卒。
吴易的僚属包括陈继、朱斌和沈泮。陈子龙：《陈忠裕全集》“年谱”下，第3页。
同上书，第4页；谢国桢：《南明史略》，第90页；谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第133—134页。
陈子龙：《陈忠裕全集》“年谱”下，第4页。王云为陈子龙“年谱”1645—1647年条写有补遗。钱漱广在此后不久去世。
1646年5月16日土国宝奏章，《明清史料》已编第一册，第14—15页，见《南明史料》，第30—32页。虽然到1646年7月，清军已占领绍兴，但绍兴与宁波之间的地区尚未完全平定。“大岚洞主”王珝领导的武装在两城之间的四明山区有力地抵抗着清军。王珝战败之后，这些绿林好汉在首领胡双奇等人率领下，在整个17世纪70年代仍继续反抗清朝统治。谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第19页。
顾沅等编：《吴郡五百名贤图传赞》第十五卷，第8页；谢国桢：《南明史略》，第91页；谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第134页。130年之后，乾隆皇帝下诏在吴易的墓地修建祠庙。陈子龙：《陈忠裕全集》的记载略有不同，见“年谱”下，第4—5页。
傅衣凌：《明代江南市民经济试探》，第88页。居住在临湖（归安）的徽商害怕抵抗会破坏商业贸易，所以早早募集了捐款，等清军一到就付给他们。临湖因此免遭兵焚，商业经营一如既往。石锦：《太湖小农经济》第三章，第27—28页。
温睿临：《南疆绎史》，第399—400页。
土国宝于1646年9月7日呈递北京的奏章，《明清史料》乙编第一册，第16页。见《南明史料》，第33—34页。
此人系武进人氏，人称许生。他指责巡抚背叛明朝，并说“今生员含笑而去，不望含泪而归”。许生和另外一些人被逮捕处死。计六奇：《明季南略》，第282页。
其部众都是菜贩子，故遇兵即溃。计六奇：《明季南略》，第272页。
《明清史料》已编第一册，第14页，见《南明史料》，第29—30页；谢国桢编；《清初农民起义资料辑录》，第142—145页。
清军渡过长江进攻南京六天之后，溧阳的绅士们和南明知县李思模就转而求助于率众抵抗的潘茂。潘茂也是彭家的奴仆。6月23日，知县李思模逃跑，潘茂一伙却将溧阳簿籍献给了清人，转而打击乡绅，洗劫他们的家园，对他们严加刑讯，以逼取珠宝。奴仆们对溧阳城一带的地主竭尽羞辱、恐吓之能事，在他们脸上涂抹污泥（这也许就是他们称作“削鼻党”的原因），迫使缙绅地主们也着手组织了一支武装，进行抵抗。他们俘获并残杀了许多二潘的部众，于是“削鼻”党分子（他们被赶回了溧阳城）向清军求援。全副武装的八旗兵打败了地主武装，但清军也失去控制，在这一带抢劫了许多村庄。潘茂和潘珍向几个不知其名的清朝高级官员行贿，从而得到了溧阳县官的职位，从1645年8月15日到11月11日多少是正式地统治了这个地区。周廷英：《濑江纪事本末》，第139—150页；谢国桢：《南明史略》，第92页。
1645年12月毛九华奏章，《明清史料》丙编第六册。见谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第128—129页。
《溧阳县志》第八卷。见谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第129页。1645年11月，几位著名的溧阳乡绅秘密与南京清政府接触，列举潘茂和潘珍的罪行，清军于是逮捕了他们。12月24日，处死二潘。周廷英：《濑江纪事本末》，第152—157页。
这个士人叫吴任之。1646年7月13日姜进仪奏章，《明清史料》甲编第二册，见谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第122—123页。
姜进仪奏章。转引自《南明史料》，第123页。
唐仲冕、汪梅鼎编：《嘉庆海州直隶州志·海州志》第三卷，转引自谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第126页；温睿临：《南疆绎史》，第370页。许多支持兴昌王的“盗贼”，包括高进忠在内，都被清朝淮阳漕运总督沈文奎逮捕杀害。逮捕活动一直进行到1645年深秋。《清史稿·沈文奎传》，转引自谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第122页。显然，高进忠早先投降过洪承畴。根据清代案卷中的一个奏章说，高进忠在崇明岛上聚集了一批贫民。在洪承畴对他进行招降之后，他起初与清人合作，提供3000多士兵和69艘战船来帮助收复崇明岛。如果这是同一个人的话，那么他的倒戈叛乱就一定危及到了洪承畴的招抚政策。《明清史料》甲编第三册，第103页，转引自李光涛：《洪承畴背明始末》，第256页；《世祖实录》第二十二卷，第264页。除了为金声领导的短命的勤王运动而组织的休宁、安庆起义外，在上游的武昌也爆发了一场由荆王领导的规模较大的南明起义。张天禄从前是史可法手下的一个明朝总兵，镇压了武昌起义。温睿临：《南疆绎史》，第238—241页；谢国桢编；《清初农民起义资料辑录》，第140—142页。
这些人包括：溧阳的谢琢、盐城的司石磐、广德的吴原成，以及如皋附近的张明圣。温睿临：《南疆绎史》，第369页；《清史稿·洪承畴传》，转引自《洪承畴背明始末》，第259页。
《世祖实录》第二十四卷，第28—29页。朱谊漇的爵号大概是假造的。有些记载说他就是瑞昌王，而在另一些记载中，他被误作为乐安王朱谊石。朱谊漇有时也被称为朱谊漇。《洪承畴背明始末》，第258页。
早在1646年3月6日，朱谊石就试图猛攻东朝阳门，但进攻被击退了，没有成功。许多复明军士卒在向南京东北摄山林坡逃命时被杀。《明清史料》甲编第一册，第170页；《清史稿·洪承畴传》。转引自《洪承畴背明始末》，第258—259页。
根据后来一个复明分子向清朝审讯官的供认：“伪瑞昌王及朱君召等图谋，以各处贼党众多，惟缺少钱粮、器械，要先谋渡江北，用奸细取六合，仪真（征）二县，得了钱粮、器械，便倚据山险，纠江北各处贼党，成就大事。”1646年10月8日洪承畴奏章，见《明清史料》甲编第二册，第170页。关于安徽山区后来发生的起义，见谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第143页；《南明史料》，第109—111、135—136页。
1646年10月8日洪承畴奏章。《明清史料》甲编第二册，第170页。
同时，负责江防的官员范承祖（他也许是清朝著名义士范承谟的兄弟）带领一些人马渡江到六合、仪征，阻止当地可能发生的起义。1646年10月8日洪承畴奏章，同上。
这说明巴山自己也认识到，虽然这个地区的民众在原则上可以分成“良民”和“贼”，但在实际中却很难予以区别。“诸臣目击村落团集良民，与真贼难辨，若纵兵剿杀，必至玉石不分。”1646年10月8日洪承畴奏章，《明清史料》甲编第二册，第170页。
1646年10月8日洪承畴奏章，同上。
《清史稿·洪承畴传》载：朱谊漇（即朱谊漇）在复明分子进攻南京时被俘。这一说法的依据，可能就是《东华录》，1646年9月22日条。《东华录》载：朱谊石（即朱谊漇）于此日被俘。这两种说法都与洪承畴11月8日奏章不相符合，奏章提到朱谊漇还没被俘。《洪承畴背明始末》，第259页。近来，在北京明清档案中发现一条材料，说金声桓于1647年夏天俘获了瑞昌王。见1647年8月31日的一份奏章，故宫博物院明清档案部编：《清代档案史料丛编》第三分册，第94—95页。
《世祖实录》第二十八卷，第331页；第三十卷，第353、360页。1647年2月13日洪承畴奏章，《明清史料》甲编第二册，第175页；《南明史料》，第184页；《清史稿》洪承畴、巴山传，见谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第126—128页；《南明史略》，第93页。也在这时，南京上游一些县的地方官开始重建本地孔庙，作为恢复安定的一个标志。其例可见张其昀等合编；《全椒县志》，第344页。
小威尔斯：《中国沿海》，第221—222页。
亲王博洛于1646年6月14日抵达杭州。在钱塘江彼岸的南明军队由方国安指挥。因为干旱，钱塘江水位下降，满洲军兵遂得以骑马过江。7月10日方国安部被击溃，退守绍兴。监国鲁王即建都于绍兴。三天后，清军向这一地区合围，监国鲁王守不住台州至绍兴间的关隘，便经海门从海上逃跑了。他在张名振处避难，张名振后来带他去了舟山岛。《明清史料》甲编第二册，第153、160页；《明清史料》所载张存仁1646年1月3日与12月21日之间所上的奏章，见《南明史料》第1—8、12—13、15、34—35、42—44、48—49页；斯特鲁弗：《南明》，第60页；谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第146页；查继佐：《国寿录》，第1、54—56页；钱肃润：《南忠记》，第113页；狄百瑞：《帝国的蓝图》，第21—24页。
起初，投机取巧的政客与“土寇”给清军的占领造成了极大困难。关于归降人员与官府胥吏作弊的详情，见《南明史料》，第15—17、23页；关于盗贼活动的记载，见上书，第60—62、102—108、120、136—137、142—143页；陈伯陶：《胜朝粤东遗民录》第二卷，第27—29页；谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第146—147页。抵抗活动在17世纪50年代一直存在（见上书，第147—154页），不过自1649年12月清军长期驻守杭州后，不安定的状态好转了。《南明史料》，第149页；沈翼机：《浙江通志》第一四九卷，第3页。
最初进攻浙江的主要人物佟国赖，是佟国器的亲戚。恒慕义：《清代名人传略》，第794页。
傅路德、房兆楹合编：《明代人名辞典》，第29页。
冈本跻：《政治道德危机》，第85页，并参见第57—59页。
同上书，第86—96页。基督教在浙江的地位特别牢固。17世纪30年代反基督教分子声称，浙江省官员暗中与基督教徒结盟，做他们的保护人。道格拉斯·兰卡什尔：《明末中国佛教徒对基督教的反应》，第91—92页。
唐王政权的军队在安徽中部和南部做了重要的军事努力，最终，那里的南明官员金声被杀。1645—1646年冬张天禄给清政府的一份报告，生动地描绘了池、太平、徽、宁国四州府所遭受的破坏。城乡皆无人烟，尸骨遍野如草。一到夜晚，空中就闪烁着绿色的磷火。《明清史料》甲编第三册，第516页，转引自《洪承畴背明始末》，第260页。
巴克士：《郑芝龙的兴衰》，第436页。
查继佐：《国寿录》，第138页；钱肃润：《南忠记》，第115页。
1646年10月17日清军进入福州时，该城实际上已被郑芝龙放弃，军火库被毁。郑芝龙将他的根据地撤到安海，然后，在11月21日向福州的清军统帅投降。斯特鲁弗：《南明》，第61—62页；恒慕义：《清代名人传略》，第110—111页。
褚华：《沪城备考》第一卷，第11页。
斯特鲁弗：《传统中国社会中史学的作用》，第17—18页；斯特鲁弗：《南明》，第39、61—62、72—73页。
由于朝服不够，此后十天内绍武政权所任命的官员不得不向本地伶人购买戏袍。戴维·哈里森·肖尔：《中国明代最后的朝廷》，第25—27页；参见德·帕拉福克斯：《鞑靼人中原征服史》，第145—146页。
永明王朱由榔是万历皇帝唯一幸存的孙子，亦称桂王，这是他在隆武皇帝死后改称的爵号。为躲避张献忠向湖广南部的进犯，早在11月中旬听得隆武死讯时，永明王就在他的军事保护人丁魁楚的劝说下，在肇庆宣布摄政。11月22日，得知赣州失陷，新摄政王离开广东去梧州，正好越过广西边境。这样，苏观生和其他广州官员觉得他们被新摄政王抛弃了，遂于12月12日在广州提名隆武的弟弟朱聿