该职看得，刘文炳、郭君镇，久通贺、孙诸贼，蜂屯蚁聚，逆我颜行。抚则违命，剿则遁逃，劳我兵力，费我军需。二十年来，荼毒生灵。秦中士庶，莫不欲食肉寝皮。
《明清史料》丙编第六册。
转引自谢国桢编《清初农民
起义资料辑录》，第271页
虽然阿济格及其将领们在1645年春声言，自大顺军被逐出西安之后，河北、山西和陕西已经“平定”，但这几个省的形势还远未稳定下来。例如，位于北京与大同之间的宣化府，有自称“皇天清静善友”的会党起兵反对新朝。男女信徒们在精通拳脚的拳师带领下，击退了朝廷军队；当巡抚张鸣骏捕捉住肇事首领，马上就有其他好汉起而代之。这一教派还在邻近的山西煽动暴乱。山西巡抚马国柱和总督李鉴暂时停止了对大顺逆贼高九英的军事行动，以便根除该省西北宁武一带的“善友会”。当高九英部接受宁武守将的招安而平息下来之时，总督高勋、李鉴却还继续在该省东南部镇压其他教派，并统统视之为善友会。虽然有几个清朝官员认为那儿的农民善良本分，其他人却称他们是“作崇”的“妖贼”。于是李总督命令手下人马对任何一个被认为是民间宗教团体成员的人格杀勿论，攻入并摧毁被官府认作信徒活动中心的“堡”。成千个要塞因此被毁坏了。
与此同时，一个类似教派的叛乱也在陕西省府西安附近的西部发生了，尽管他们与善友会的起义不一定有联系。诚如该省总督相当简洁地向多尔衮报告的那样：
一日臣方坐署，喧传有数龙自天而下。少顷乡约首送前龙，视之，乃《皇极》妖经一卷也。
“经”背后的“妖”是一个叫做“胡寿龙”的宗教预言家。据说胡寿龙借“焚祝”之名，“煽惑”人民，聚众2万余，号清光元年。总督一听说这个虔诚的千年福派聚众起事，就派兵下乡，迅速斩杀或驱散了胡寿龙的“妖党”分子。
在陕西无情杀戮的这位总督是刑部左侍郎、总兵孟乔芳，他在锦州围攻战中也曾是这样的勇猛异常。1644年，孟乔芳随多尔衮南下中原，次年初，除右副都御史、兵部右侍郎、总督陕西三边。其所领之部皆为精兵，包括一直为多尔衮所倚重的内大臣何洛会镇戍西安之部，以及新近投降的副将任珍的和州戍兵。然而，即使这些久经战阵、训练有素的精锐部队，都感到要控制陕西，真是异常困难。
明朝时期，陕西省包括了古代中国的心脏地带和其外的部分中亚地区。现在分立的甘肃和宁夏两省那时候还在一个总督的管理之下。对于在“河西”（当时称甘肃走廊为河西走廊）旅行的汉人来说，这里就像是他乡异国。不仅城镇紧闭，像城堡一般，与中东和中亚的城市一样同乡村截然相分，而且居民种族各异。到17世纪中叶，一个种族混杂的群体在陕西西北及青海湖周围的湟中定居下来。他们有说蒙古语的喇嘛教土人，有信奉喇嘛教和伊斯兰教的西藏人，有信奉伊斯兰教或非伊斯兰教的汉人，有说土耳其语和说藏语的穆斯林萨拉儿人，有蒙古族血统的说藏语的穆斯林，有信奉喇嘛教的蒙古人以及穆斯林土人。这些民族中有许多在一定程度上是依靠东西之间的商队贸易为生。自帖木儿帝国在15世纪后半叶衰亡以后，中亚的游牧团体——哈萨克、吉尔吉斯、乌兹别克人——对撒马尔罕和赫拉特城市中心取得了决定性的优势，并开始攻击去土耳其斯坦途中的商队。此后不久，欧洲与东方海运贸易的扩展，使得商业联系向别处转移，结果在中国西北部出现了一场严重的经济萧条。
同时，这一地区日益受到蒙古人侵扰。自奥都拉什德（1533—1565年在位）死后，察哈台汗国及其在喀什噶尔一元化统治的崩溃只是使局势恶化。内地草原游牧民族逐渐汉化，在经济生活上变得越来越依靠于西北定居人口。他们相互之间也开始了更加贪婪的竞争。在湟中地区，当地的蒙古土人统治者（他们是由明朝皇帝敕封的“土司”）抵抗着西藏喇嘛教寺院为土地和食物而日益严重的侵扰蚕食，到16世纪90年代，土司和喇嘛之间的世仇与战争使这里惨遭蹂躏。不过，由于西宁的蒙古土司的权威来自明皇室的敕封，所以在17世纪叛乱四起之时他们仍旧忠于明朝。他们在1642年击溃了一次藏人的反叛，并于同年抗击了李自成对西宁的进攻。虽然蒙古土人在1644年歼灭了李自成大军的一支主力部队，甘肃走廊的“夷狄”却没能在大顺军立基陕西之后顶住他们。在大批人口遭到杀戮之后，肃州被占领了，接着西宁遭到了洗劫，许多土司被杀。所以，当阿济格把李自成赶出西安时，蒙古土人就迅速成为满清的同盟者，总督孟乔芳以及阿济格再一次巩固了他们的地位。
与蒙古土人的联盟至关重要，因为孟乔芳驱逐李自成后，立即遭到仍然留在陕西省内的许多军队的激烈反抗。其中最大的，是一支装备精良的近7万人的军队，由一个名叫孙守法的前明朝副都统指挥。孙守法为陕西人，智勇超群，他在西安南部的终南山上建立起一个小小的忠明政权。1645年5月底6月初，他奉明室秦王的第四子为汉中王（汉中是终南山西南地区的治所）。孙守法麾下的副将贺珍也是前明将官，他率领3000义勇从终南山出发，渡过渭河，进攻凤翔府。复明党进攻凤翔得胜后，许多人纷纷响应，揭竿而起，武装反对新地方当局。孙守法的新盟友中最强大的是武大定，他从前统帅明朝在六盘山区的固原驻军。孙守法相信只要有武大定的帮助，就可以夺取只有700清兵的防守薄弱的省府。1646年1月底2月初，忠明分子下西安东南山地前来围攻省城。可是2月20日，由孟乔芳亲自指挥的一支援军出人意料地赶到了。孟总督突破了孙守法防线，进城安辑官民。他留何洛会守城，自己则先以新近招降的汉军小心地从两翼侧击忠明武装，然后用八旗兵发起猛烈的正面攻击。成千的忠明分子被杀了，余众四散逃跑。
孟乔芳的部将追击溃逃的义军。李国翰率部东进，杀死了来自渭南的由一裨将率领的1000多名义军战士，并越过山西蒲州附近的边界，攻击刘文炳的义军队伍；何洛会则向北追杀西安起义的其他残部。这位内大臣在追击中长驱深入山西，1646年4月25日，在大同附近的山阴击败光山伯刘体纯。这一战役后，何洛会声称斩杀义军2.2万余人，包括复明领袖孙守法。可是，孙守法那时实际上正躲藏远在南面的兴安附近的山里。在那儿，孙守法与已经占山为王的当地寨主结为同盟，在武大定等人帮助下企图东山再起。然而，孙守法还未能得手，孟乔芳就访得了他的行踪。一支骑兵找到了他的营地。虽然据说孙守法击毙数十人，清兵最后还是围杀了这个反清领袖。孙守法的头颅被带回西安，但是他的死既没有导致其部队的离散（武大定暂时逃入四川，然后在固原建立反抗基地），也没有给东南部带来和平（贺珍继续与长期控制那一地区的土寇诸寨结盟抵抗）。
在孟乔芳的领导之下，清朝几支不同的军队已成功地集结起来了，成为一支统一的配合默契的劲旅。这样一支劲旅在共同作战时几乎无坚不摧，正如陕西战役的节节胜利所显示的那样。但如果分散军队，让他们离开集营的城市去扩大对乡村的控制，收效却微乎其微。何洛会虽能把贺珍主力赶出延安与西安之间的乡村地带，但刘文炳仍然轻而易举地逃避捕获近一年之久。他带着他的1000人马“往来狂逞”，煽动其他土寇反抗当地政府，“声势愈炽”。
当何洛会试图在西安北部和东部肃清反叛之时，孟乔芳的其他两名将领承担起维护清朝对陕西西部统治的任务。刘芳名和马宁有不少共同特点：这两人都是宁夏人，都曾是甘肃的前明戍将，现在则是隶属于汉军正白旗的清朝将官。总兵刘芳名和副将马宁首先进兵固原，并迅速攻占了它，将武大定赶出城去。然后他们移兵巩昌，官道从巩昌弯向西北，前往黄河与甘肃走廊。就在巩昌，传来消息说宁夏守卒在北部发动兵变，杀死了巡抚焦安民。刘芳名立即带兵亲往宁夏，发现叛变者是由他们的两名副将王元与马德所煽动的。刘芳名假装默许既成事实，委派马德任盐池主将。此地今在宁夏，沿长城与内蒙古的毛乌素沙漠相对。但实际上，刘芳名意在对两个叛将分而治之。一当马德离去，刘芳名就故作信任，打消了王元的怀疑，然后要求王元率部出宁夏城攻击附近的一伙匪盗。刘芳名趁机伏兵袭击，捉住王元并以谋反罪将其斩首。马德依旧未受处罚。
反叛者吸取了教训。1647年春天，马德放弃盐池，企图西迁到贺兰山以躲避一时，并沿路掠夺军资。在兰州西面的红古城附近，马德碰见了寇渠贺弘器。两股叛军合兵一处，声势转盛，便回兵穿过陕北，袭击延安北面的安定城。一个名叫王一林的土寇首领也起来响应，使他们的声势更为浩大，并杀死了驻守延安的参将张纪。
清军兵分两路反击。一路在刘芳名率领下追赶王一林与马德，在固原北部的预望城追上了叛军，杀死王一林。马德策骑逃跑，但被追兵俘获。刘芳名下令对他处以磔刑。另一路由马宁、张勇和刘友元指挥，攻击马德的同伙贺弘器。这场战役却拖了很久，因为虽然贺弘器在初战中即被击毙，他的同伙们却依然在陕北占据着许多堡垒。不过这些叛乱堡垒还是一个接着一个地被包围和攻克了。一名首领被招降，余人都被杀死。
在王一林起兵的延安一带，盗匪活动已有几十年的历史了。早斯的复明分子刘文炳就在那儿轻易地煽动起暴乱，并靠着自己熟知地形，躲避了追捕。新任陕西巡抚雷兴决心斩草除根。1647年4月，他命令满洲镶蓝、正红两旗军队对延安周围地区的一切游匪、义军施行有组织的剿灭战。满洲兵一般不屑于计算斩级人数，不过他们对缴获的兵杖、盔甲、家畜确有记载。许多游匪逃入深山老林，躲过了屠杀。但是这一次刘文炳没能幸免。4月30日他和一些贺珍余部，以及一些“伪”巡检和带有明朝印信的地方官一道，最终被捕获了。巡抚雷兴洋洋得意地报告说：
今于三月十五日会发满汉官兵，出塞设奇埋伏，分路前进。七日之内，遇敌于七里川，斩级于白村梁家，再追于蓝庄沟，四面格斗；而贼首刘文炳已被活擒，郭君镇及诸贼首，亦被剿洗殆尽。获过马、骡、牛、驴、器具、小厮，悉照数留营充赏。其文炳已经囚解省，四月初五日……戮首分尸；并君镇首级高杆悬示。
到1647年夏天，清军已能对陕西中心地区发号施令了，并控制了连接延安和西安之官道的两侧地区。不过，直到孟乔芳部队控制了陕西东南的汉河高地，即兴安与汉中周围地区之后，省会的安全才真正得到了保证。
许多攻击西安和延安的复明力量，最初都是在山地形成的，那儿绵亘着海拔1500—3000公尺的森林茂密的山脉。由于地势崎岖不平，由于山地位于四省交界之处，这里长期以亡命之徒的巢穴及其不安分守己的居民而闻名。“人皆带发，负险观望。”
陕西东南最主要的反抗者是孙守法的前副手、复明分子参将贺珍，他的8万人马在1645年夺取了凤翔，并于同年冬天进攻西安。此刻他控制着汉河高地的兴安城。为了将这一地区纳入清统治之下，1646年12月，总督孟乔芳派遣参将任珍、王平率兵进讨。1647年初，参将王平到达兴安，贺珍弃城退往西面的汉中。根据王平的报告，贺珍在板桥企图回军反击，但被王平的满汉部队打得大败，3000多名反抗者被杀，另有1500人向清军投降。参将王平声称，在被杀的反贼中有贺珍本人。但搞不清是王平认错了，还是当时另外有人自称“贺珍”，根据中央政府的档案，贺珍至少在名义上从这次所谓的死亡中逃生了。至1648年12月19日，即几乎两年之后，巡抚黄尔性报告说贺珍企图封锁渭河的漕粮运输；次年4月，贺珍队伍还在东南与参将任珍打仗。于是，作为一种一般的称呼，“贺珍”继续被用来指称1645—1646年最初进攻西安的兴安义军。
贺珍所部是一支装备精良、训练有素的秘密民众武装，与兴安地区绝大多数装备简陋的队伍形成鲜明对照。他们的手下主要是土寇。他们在崎岖不平的山间密林里结寨而居，每寨有10—15个男人，与其妻儿、家畜一道生活。寨常常建立在庙宇周围，彼此遥为声援。各寨虽然相对独立，但是经常联合拥立一位较强大的“王”或“侯”，后者向寨主们发布委任状，任命他们为义军的参将或游击。有时“王”会与周围的寨子组成突击队，到山谷里的农村去搜寻粮草。例如，李奎就不时地带领镇安地区分散的山寨成员外出劫掠，并且十分恰当地自称为“扫地王”。不过尽管偶尔有侵掠邻近村庄的举动，这些群居的土匪似乎受到了民众的保护。起码，官府爽快地承认，当官军刚露出一点儿攻打山寨的迹象时，情报就会立即被传到义军那儿，于是他们就放弃在山麓的堡垒，转到高山中更为牢固的寨堡里去。
在正常情况下，不法寨民并不进攻地方府会，除非他们得到更强大的、装备更为精良的反清力量的支持。1648年4月，在兴安西南的仁河流域出现了这样一支力量，它就是武大定的复明武装。武大定是明朝军官，早先曾驻防固原。他受到刘芳名的追剿，到紫阳地区山中避难。此时他和他的部队联合了其他复明队伍，攻打并洗劫了邻近的汉阴县城。
就在汉水对岸的清朝兴安驻军是由总兵任珍掌管的。任珍将部队全部集结起来。他认为对义军向汉阴的进犯，必须给予强有力的反击。为避免惊动叛军耳目，任珍率部于夜间出动，然后在4月21日迅速领兵北进镇安山麓，以期剿平反清分子。次日，在一个很恰当地被称为“魔王坪”的地方，任珍的兵马撞见了第一个歹徒大营，便兴兵围攻。大吃一惊的义军在一片混乱中逃出要塞。他们很难抵抗住精锐的满汉士兵。数百人被杀，另外一些人被捕，包括一名称作“虎”的首领。因为清军傍晚方至，所以夜幕在战斗停止之前就降落下来，许多叛军在昏黑混乱之中逃跑。翌日，清军骑兵在清点了缴获的战利品——武器、牲畜、妇女和其他财物之后，呈扇形穿过树林搜捕残存分子。被捕的义军被带到总兵任珍的面前。任珍明确宣布他有意赦免他们，以便他们能为自己带路，找到其他隐藏的义军营地。正如任珍向巡抚黄尔性解释的那样：
本职体我大清宽仁，网开一面，准其投安，嘉言抚谕，令其引杀贼孽立功。渠等邀释，咸愿死报，随令各降丁乡导，分投搜杀。
接着，4月28日，任珍兵马由“魔王坪”营寨的幸存者领路，进攻一个个“穴窟”，“砍杀无数”。只有一些事先得到警报的人，得以弃寨逃入山中他们极为熟悉的最险峻最难接近的地带。5月12日任珍收兵回营后，向北京报告说，纵使他不能担保将来不会发生新的起义和袭击，但目前镇安山确已安定下来，地方长官可以平安地治理那一地区了。
可是，镇安的义军原来就不对清朝在兴安的驻军构成主要威胁；他们对于攻打汉阴甚至也没责任。照巡抚黄尔性的说法，倒是因为组织完善的“长发”横行于整个仁河河谷。他们原本是由孙守法组织起来的，目前正在一个以“隆武”为号的复明政权领导下活动。武大定在紫阳地区的存在，已为寨民大起义及寨民团伙袭击山谷居民区提供了可能性；因为虽然清军很早就从孙守法手中夺取了紫阳城，武大定还是一直能够获得紫阳城外的许多当地山寨的支持，事实上可以随时发起进攻。
所以，在兵营仅仅休息了两天，总兵任珍就在5月14日率军渡过仁河扫荡，带回了274颗首级，将之悬挂在兴安城大门外。接着，休兵十余天后，任珍率众抵达紫阳城，并于6月22日出城，穿行于沟渠险道间，向武大定的基地进军。满汉军队遭到了武大定及其当地同伙的伏击，反抗者矢石齐下，险些截断了清兵的行列，但是任珍的兵马——包括一些他自己的家丁——稳住了阵脚。任珍后来声称，正是他们在战斗中的顽强表现，使土寇们动摇了对武大定抵挡朝廷大军能力的信心。到任珍6月29日脱离战斗，返回紫阳城时，已有12个“堡寨头”向他投降，依命剃发，并率其亲戚及部属承认了大清帝国的仁慈的统治。
陕西低地与山地的暂时平定，也有助于清政府稳定其对邻近的山西省的统治。早在1645年8月，大顺残部在高九英领导下拒绝接受大赦，在岢岗举旗反抗。李鉴捕获了反叛者，并将其斩首，杀了他的所有人马。当孟乔芳和他的部将在西部不断地消灭义军时，巡抚马国柱正在着手加强清朝对山西的控制。
国柱抚山西年余，捕诛（李）自成余孽伏民间者，安集抚循，民渐复业。
北京中央政府以文臣申朝纪替换了武将马国柱，开始正式任命该省官吏，充实长期空缺的位置，重新遵照在正常政府统治占优势的和平地区的程序，实行官吏的升迁。
至于平定首都东边的山东，就完全是另一码事了。不管官府的措施多么严厉（1646年12月，一支满洲军队仅在一个州就杀了1.6万多人），那里的起义还是接连不断。在兖州府，道路经常被寇贼截断，整个地区屡遭兵强马壮的反抗武装的袭扰。这些地区的明朝官吏，尤其是九山周围地区的官吏们，打心眼儿里欢迎清军的到来，为他们正在进行的对土寇的围剿找到了新盟友而感到宽慰。许多官员详尽报告了贼党的规模、地点和首领，决心与清廷协力消灭他们。省府官员不久就收到了他们的报告，并将之呈送朝廷。报告中清楚地反映了该省，特别是在兖州的混乱程度。例如，兖州邹县知县吴俦飞列举了其县境内的52个贼党，每伙计有四五百人。据山东巡抚吴达1647年2月的看法，这种形势需要最强有力的反击措施。吴达用最强烈的措辞向多尔衮描述了山东的骚乱，指出这个省为畿辅咽喉，如果允许这种混乱继续下去，“使人疑大兵虽发，无如贼何，以讹传讹，反侧子复安所忌惮？”因此，吴达争辩说，多尔衮派八旗兵到南方去攻打明朝残部恐怕是一个大错误。清兵一旦离开北方南下，他们的后方就会有人造反。山东地区的骚乱，意味着清军自身的供给线会被切断。
吴达继续指出，他所认为的这一战略错误，基本上是因该省的奏报不实而造成的。地方官吏虚报剿贼战绩，自欺欺人。俗话说：“擒贼必擒王，射人先射马”，而在实际中这简直一点都没做到。举例来说，山东贼党有一个出色的情报系统。衙门胥吏中有他们的耳目和同情者，一当清兵出剿，衙役就通风报信，使贼徒得以“易装”为农。另一方面，如果驻守各大州府的劲旅坐待各县被义军攻击的报告，那么朝廷援军是决不能及时到达以捕获贼徒的。在绝大多数情况下，攻打贼徒的根据地近乎不可能，因为他们占据着山顶或洞穴。在这样的地形里，既不能使用骑兵，通常也无法把大炮拖到山上来轰击他们的据点。吴达认为，唯一可能的是全面围剿策略，圈住土寇的大本营，毫不宽容。因为对付贼党的策略之缓延无效，摇摆于“抚”与“剿”之间，为时已经太久。所以，吴达说服多尔衮亟遣大军，进驻济南、东昌，以免山东百姓因观望而造反，发动全面反清起义。
虽然吴达要求大军增援的惊呼没有得到响应，他关于即将爆发一场全省规模起义的可怕预言，却在一定程度上成了事实。1647年的3月和4月，在省府东北邹平县周围爆发了一场大起义，总共有14个州县遭到一个又一个“大王”的攻击。继吴达任山东巡抚的丁文盛在4月份声称已彻底消灭了这些反叛分子，但是，由于袭击继续发生，他被指责为稽误战机，被刑部奏劾免官了。当时对该省部分地区来说，自然是到了危急关头。然而，相继上任的巡抚们几乎都无能为力，只有寄希望于各地州府动员力量，抵抗来自山区的叛军。正如吴达所指出的，地方官关于遭受进攻的报告，一般要在事变发生后很久才能送到，而且总是照例报告说，地方官、练总、捕官和乡绅们如何率衙役壮丁抵御贼众火攻，从而对贼党短暂的围攻进行了一次胜利的防御。许多更为严重的情况却并无报告，这就可能意味着某城已向义军屈服了。或稍为好一点儿，府会落入贼党手中，地方官被迫逃离，那样总算还能带来一个口头报告。
不过，在有些时候，地方官或乡绅还是设法在事先得到了关于这类进攻的情报，于是就及时准备防御以避免被围。大运河上重要的商业中心张秋镇的情况就是如此。甚至在明朝衰亡之前这一地带就有盗匪活动，为首的是一个名叫丁维岳的歹徒，他多年来在兖州府东部陷城劫库。1647年11月10日，负责守卫张秋的通判吴通隆接到报告说，丁维岳集结了几千人马准备攻打该城。吴通隆是前明朝儒学训导，他与山东省这一地区的绝大多数地方官一样，情愿为清朝效劳。通判吴通隆和以张经济为首的当地乡绅，一方面向兖州知府求援，一方面将兵丁和街民组成一支防御武装，在整整一昼夜中奋力抵挡住了丁维岳兵马的攻城，并逮捕了准备在城中做内应的五名反徒。1648年1月8日，张秋镇的吴通判通过探马，还发现了大约有1000人马的丁维岳主力在梁山泊的行踪，那儿就是著名小说《水浒》中的宋江建过大本营的地方。吴通隆差人赴东昌驰报求援，并遣部属做向导，率八旗兵进入梁山泊。1月10日黄昏时分，清军意外地与丁维岳的小股人马遭遇，于是发生了一场激战。瑚尔哈统帅沙尔虎达极为得意：官军大获全胜，杀死了包括丁维岳本人在内的“强贼无数”。山东“咽喉”之地暂时又被牢牢掌握在满人手中了。
战事在北部中原的边缘地带不断发生，与此同时，新政权在与现已被控制的主要城镇相近的比较安定的地区，也采取了几项措施，以加强对民众的统治。这些措施主要有四项：任用廉正的官员，清除弊政；登记户籍，实行连保；控制火器和家畜；以及用有选择的大赦来分化贼首与贼徒。
清政府从占领北京时起，就清楚地认识到了任命可靠的地方官的重要性。1644年6月，吏部注意到必须仔细选用地方文武官员，以确保他们能够平盗安民。这些官员大多数既非满州人也非汉军旗人，而是十足的汉人——且通常是前明地方官中的归顺者。满洲旗人在政府高级部门占据了重要位置，但他们的人数远远不足以充实各州县的大量员阙。事实上，在顺治年间，每十二三个地方官中只有一个是旗人，清廷几乎完全依靠汉人归顺者来出任全国的县官，是势所必然的（见附录C）。
对新朝来说，幸运的是，有很多前明官僚十分乐意效劳。就清廷看来，他们实在太多了——尤其是冗员与县主簿。1646年6月8日吏部接到了一道上谕，内容如下：
朝廷设官治民，而冗员反致病民。各府设推官一员，其挂衔别驻推官，尽行裁革；大县设知县、县丞、典史各一员，小县设知县、典史各一员，一切主簿尽行裁革。原管职事，大县归并县丞，小县归并典史。其裁过推官、主簿赴部改选。
清廷在如此果断地裁减冗员——他们绝大多数是低级官吏——的同时，还要求提高地方政府的工作效率，并加强监察措施和防止贪污腐化。这样，尽管地方长吏的僚属人数大为减少，但在更大压力下，长吏的行政效率却要比以前更高。这意味着地方长吏不得不更多地依赖他的私人助手，这些人实际上在替他管理着地方政府。
明朝末年，朝廷命官（他们几乎都是科举及第者）与衙门胥吏之间的差别十分鲜明。地方官是外来者，是主持大要者，他们不得不依赖于胥吏；而后者则是局内人，是谙熟具体政务的专家。一个专管税收与司法的胥吏队伍的产生，确实使明朝的行政管理趋向合理化，使受儒家思想熏陶的地方长吏得以致力于礼治，而由胥吏来执行法律典章；但是，中央政府拒绝正式承认胥吏阶层，更不要说向他们支付俸薪了，这一事实，意味着地方行政管理的职业化“与朝廷无关”。
这在一定程度上是明朝政府缩减开支所造成的。由于朝廷为地方长吏所配备的僚属人数很少，就迫使不断发展的胥吏阶层去寻找法外收入。政府容许这种情况发生是比较自然的。因为地方吏职在历史上就与为衙门服务的定期差役相混淆。换言之，在理论上，一个地方的居民应该承担种种赋税征集和本地治安的事务，而到17世纪这些事务实际上主要由政府的税务机关和衙门兵丁来执行了。当然，估算这些行政花费，并向当地民户征收这笔开销，对政府来说总是做得到的。但是，这将会增加乡绅的赋税负担，尤其是在害怕失去乡绅支持的明朝末年，所以朝廷否定了这种课税办法，而赞同于法外的养活胥吏手段：例如由胥吏自己征收诉讼费，长吏自己掏钱支付胥吏薪俸，等等。
新建的清朝政府也希望减少赋税，因而宁愿遵循明朝政府的既定办法。这是一个错误的节约措施。通过废罢主簿一职，由县丞或典史接任其公务，从而缩减地方行政开支，就等于增加了实际上负责着全县文书工作的胥吏的负担。然而，随着工作负担的加重以及胥吏阶层重要性的增加，胥吏本身却被严格地排斥在更高一级的官僚阶层之外。自然，对于这种微薄的正式报酬，他们私下里替自己所做的补偿，就是贪污受贿。
所以，仅仅强调任命可靠的人选充任地方官的重要性，并不足以保证地方政府的廉正。清政府不久就发现，衙门的胥吏和听差是整套官僚机构中最难驾御的成分之一。当然，将州县政府的几乎每一个失误都归咎于胥吏，是很容易的，并且胥吏也成了政府行政机构的不完善性的替罪羊。例如中央政府既想增强地方政府作为朝廷在司法和财政上的代理人的效能，又拒绝提供所需的财政经费来供给更多的人员以达到这一目标，两者之间不相协调，就表现了这种不完善性。不过，虽然对胥吏肆无忌惮、徇私舞弊的特点总有言过其实的倾向，胥吏和听差确实在各县衙门形成了一个根深蒂固的身份低贱的群体；他们常常倚权仗势，欺压百姓，也是不能否定的。于是，清政府便致力于监察和惩罚“衙蠹”的不法活动。在有关这一时期著名地方官员的记载中，也常常可以看到他们力图抑制“吏胥贪黩之风”的事迹。
因而，最后的解决办法仍然是更加看重必不可少的地方官的作用，他们自身的廉正对于控制其下属至关重要，颇似整个统治体系中皇帝的地位。清政府几乎不相信那些劝告性的呼吁，继续加强对命官的监察。毫无疑问，清朝统治初期法制与赋税制度得以加强的主要原因之一，就在于建立了一套正规的、有效的考课制度，它以新的标准来评估地方官的政绩。地方官个人承受的压力也许发展到了近乎难以忍受的地步，但是，其政务却由于严格的规章而变得效率极高。这些规章在某种程度上可以说在近代以前的官僚政治中十分突出，它试图限定官吏举止行为的每一个方面。尤其重要的是，在鳌拜摄政（1661—1669）期间以及此后，清朝官员的考绩，几乎就是在评价一个地方官捕获与处罚重罪犯以及及时按定额征足赋税的能力。从短期看来，这种依靠地方官个人的做法，把政府工作融为整体，强化了其地方控制体系。
清政府采取的第二项措施就是将人户编成保甲。最初，满洲人采用的是明朝地方统治制度的一种变体。从1644年到1646年，行总甲制，十户为一甲，立一甲长，百户立一总甲长。1644年，颁布了“邻保检察法”，这一新制意在控制并捕获盗贼、逃人和奸人。这样，该制度的目的就与驻防军队相近了，相应地总甲长也就得以直接向兵部提送报告。正如多尔衮在1644年9月8日的一道敕令中所言：
各府、州、县、卫所属乡村，十家置一甲长，百家置一总甲。凡遇盗贼、逃人、奸宄窃发事故，邻佑即报知甲长，甲长报知总甲，总甲报知府州县卫。府州县卫核实，申解兵部。若一家隐匿，其邻佑九家、甲长、总甲不行首告，俱治以重罪不贷。
这样，清初控制地方之制度的最初目的就是查治反抗者和牢牢控制新获得的人口。清廷力图将民众束缚在一地，利用总甲来阻止人们流徙，尤其是在山东这样的混乱地区。1646年，政府甚至命令按前明朝世袭的户种来编造户籍（军籍、匠籍，等等），他们警告人民如若假冒别的户籍种类，将受惩罚，并重申了前朝的“役”与“赋”之别。
从1646年开始，由于总甲长得直接向兵部报告，保甲制与对军用物资的控制联系了起来，这包括马匹与火器。这一政策出于英俄尔岱的主意，此人为八旗兵组织过后勤，并在1636—1637年前后满人入侵朝鲜国时筹备过军需物资。1644年，英俄尔岱任户部尚书，1646年11月他开始力主颁布一项严格的法令，来制止有人将军用物资出售给贼党。1646年12月1日，政府宣布：
禁民间私自买卖马、骡、甲胄、弓矢、刀、枪、火炮、鸟枪等物，以杜盗源。从户部尚书英俄尔岱请也。
17世纪初年东亚火器大量增加，在中国，叛乱分子和正规军队、土匪强盗和地方豪族都大量使用外国大炮和国产枪支。在西北或山东这类战事频仍的地区尤其如此。在那里，反叛和入侵导致和迫使许多地主和农民拥有了兵器。尽管清朝还要用许多年的时间才能使这一法规得到彻底贯彻，但是清朝将领极其详尽地列数从敌军手中缴获的各种兵器，反映了官府从平民百姓手中收回兵器、并制订法规来阻止他们重新获得兵器的决心。
首先，政府通过管辖交通系统，致力于控制火器与马匹。过往旅客是主要盘查对象。1647年4月，宣布在北京及京畿一带实行如下特别法规：
1．京城所有军器匠人必须向税司注册。除官兵外，任何人欲购置兵器，均须上税报名立案，私营军器者，坐以重罪；
2．各区设保甲；
3．逮捕陌生人携带兵器者；
4．严禁不良分子入满洲家为奴，及充禁卫军随从，再犯者科以重恶；
5．外城各门，每门俱设立满官，严查每一入城者；
6．各城设有窝铺，每面派一将官，带领兵丁巡防；
7．行文各省，喂养马匹之家，今后须经特许，并限制向“〔不〕可靠”的人出售牲口；
8．住家店家，凡遇投宿之人，若有骑马者，须察问有无牌票。若有嫌疑，即具手本报知本坊坊官。
不过，这种因袭的军事管制措施仅仅减少了兵器和坐骑的买卖。到1648年10月，清廷意识到许多土匪强盗自己锻造兵器，进行马匹交易。兵部于是奉命检查，除文武官员之外，不许任何人养马或拥有兵器。官员受命扣押这类家畜，付给主人一笔相当的价钱，并且没收所有兵器，能用的入库，其余一概销毁。最重要的是，总甲或保甲的头目必须保证其负责的人户不养马或窝藏兵器，并被告知，这两种行为都被视同于谋反。
随着时间的推移，政府越来越依赖保甲组织来防止兵器落入贼党手中，甚至又将兵器还给了原合法主人，只要他们能由“十家长”担保是“良民”即可。在首次下令禁藏武器后不到一年，多尔衮颁发敕令，将兵器交还良民，以便他们能够防御歹徒的袭击：
近闻民无兵器，不能御侮，贼反得利，良民受其荼毒。今思炮与甲胄两者，原非民间宜有，仍照旧严禁，其三眼枪、鸟枪、弓箭、刀枪、马匹等项，悉听民间存留，不得禁止。其先已交官者，给还原主。
这样，属于保甲的“良民”就有权武装自己以自卫，略似乎18世纪晚期和19世纪的编制严格的“保甲”和“团练”组织的成员了。
如有效的武器控制似乎有赖于区分“良民”与“贼”一样，聪明地利用赦令，看来也需要一种类似的对大多数农民与其中常常出现的骚乱分子的区分。这一区别依据以下设想：即绝大多数暴动与叛乱不是由专意谋反者所引起的，就是由“煽惑”民众的巫术法师所造成的。而1646年和1647年发生在北京西面的山西省的几起巫教起义，则强化了这一设想。1646年5月，一个名叫刘光溥的僧人在山西省的西北角煽动了一场短暂的起义，继之在同一地区又发生了另一起“左道”叛乱事件。这后一次叛乱经吕梁山蔓延到太原西面的宁乡。由杨春畅领导的这批宗教起义者中，有许多人在1647年秋遭到了屠杀；不过同时那里又有一股“邪教”开始作乱，领导者名叫高飞，他们直到1647—1648年冬天还在抵抗朝廷大军。这与当时最令人震惊的郑登启的教徒叛乱遥相呼应。郑登启叛乱发生于1647年12月，地点在黄河弯附近的山西西南部。
起义是由于政府的迫害所引起的。郑登启和郑怀法被控纠集徒众，官府设法逮捕了郑怀法，但郑登启却逃入稷山县一带接近陕西边界的山区。他与其徒众占据了马岭寨，自称“大成教师”，纠合妖僧王月天、王明。两个和尚帮助郑登启在龙门山脉的一个山顶庙中设立大帐。郑登启在那里又招徕了更多的信徒，其中包括亡明宗室朱梅川。根据巡抚祝世昌收到的情报，龙门山庙团伙“借名答醮”，实为图谋不轨。
这接二连三的教派起义，加之被认为已安定的地区不断发生土寇武装袭击官府的事件，导致清政府再一次强调“招抚”政策。这一次它采用了两项新的措施。第一是让朝廷抚臣认识到，必须将“良民”与那些煽惑良民的妖人区别对待。清廷告诉抚臣，一方面，他们不必害怕报告自己辖区内的民众“反侧之情滋生”；另一方面，他们不应再将某些地区看作天然的匪区。甚至在那些长期为贼党占作营盘的地区，也还是有一些“安良之民”居住其中，而这些“良民”不应该一概受到怀疑，重要的是要将他们与“真正的贼徒”及用左道旁门之术煽诱民众的巫师术士区别开来。
第二项措施是针对贼党与反叛分子本身的。1647年4月18日，清廷许诺说，所有向当地官府或军镇自首的党徒，都将受到宽大处理：
近来盗贼窃发，讹言繁兴，人民惶惑，无端惊避，深可轸念。兹特开自首之门，许以更新之路，务使盗贼革心，良民安业。自今以后，凡曾经为盗之人，无论犯罪轻重，有能赴所在官司，或径赴兵部，将真贼姓名及居住地方详悉陈首者，除本身免罪外，仍将贼赃酌议给赏。
1647—1648年冬季，这种不寻常的让步政策，以及精确的情报和严厉处死教派头领的做法，使得山西省政府驱散了龙门的宗教结社活动。在河北，地方治安措施看来已控制了武器的销售与生产，而户籍制度似乎制约了邪教的动乱和土寇活动的发生。
到1648年头几个月，北方中国的绝大部分相对平定下来。在周边地区如汉水山地这样的动乱区域，就用无情的、有计划的屠杀政策来保证城市以及交通干线的安全。在中原核心地带，有选择性的恩赦与地方控制措施安定了民众，控制住了除最虔诚的邪教分子之外的所有人。一时间，清廷松了一口气。在过去的几年里，如此之多的关于农民暴动及复明密谋的报告，使得它几乎一直处于惊恐之中。然而这还不是真正的安定，这个喘息之机马上就被证明是短暂的。
1645年3月13日，张鸣骏上奏道，在一个叫做蒋家峪的小村庄里发生了暴动。一位名叫蔡羽的起义领袖自称“尉迟”。尉迟是画在各官衙大门上的两个门神中的一个。主要的起义首领据说名叫李义梅，从未捕获。尽管有许多人被捕，然而在5月26日，一个名叫刘伯泗的“妖民”声称挖出一篇天书，便自称为“天罡星”。他还没来得及招徕足够的信徒开始起义，就被逮捕并关押了起来。谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第71—72页。
根据清朝资料记载，善友会是一个称作“都掌教”教派的别支。这是一个姓崔的“妖妇”创立的。她还在长城另一边的朔州煽动起义，此次起义由一名叫武大宽的男子领导。武大宽被捕杀后，他的一批部属就越过长城加入了宁武的善友会，然后该组织就着手袭击那个地区的一些军事要塞，一支由清朝副将率领的分遣部队被击败。1645年夏季，巡抚马国柱和总督李鉴抽调各地区驻军，集结起一支主力部队，打败了善友会，将崔氏斩首，杀死该会成员，烧毁其部属的住所。谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第250页（此处与史料原文有出入：“都掌教”系崔氏自称，即都掌“善友会”一教之意——译者）。
《明清史料》甲编第二册。转引自谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第251页。
《世祖实录》第十七卷，第20页。转引自谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第200页。
同上书。转引自谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第200页。
谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第267页。
何洛会部主要由汉军蓝旗兵卒组成，由侍卫李国翰以及固山额真巴颜指挥。巴颜是所知第一个降清的明朝官员李永芳的儿子，有一半满族血统。见《世祖实录》第二十一卷，第257页；恒慕义：《清代名人传略》，第480页。任珍在明朝镇戍和州，大顺干戈纷扰年间，他坚守和州，后降于阿济格。此后，他为新朝屡建功勋。姜瓖起义期间，就是他率劲旅收回了山西的蒲州。任珍还把陕西叛乱首领孙守法逐至湖广。后官至副都统，驻守兴安，辖陕西东南诸军。《贰臣传》第十卷，第27—28页；《清史列传》，第38页。
例如，甘肃被划分成12卫，由当地首领统率。这些卫是部落领地，行政机构随首领行帐而设。明末虽然部族领地依然如旧，但卫的地位下降了。这些领地的汉人官吏既是该省的军事长官，又是该省的财务主管。亨利·塞路易斯：《明代甘肃地区的蒙古人》，第255—271页；卡米勒·伊鲍勒-华特：《甘肃回民起义》，第496页。
约瑟夫·弗莱彻：《明清之际的中国西部》，第4—5页。
约瑟夫·弗莱彻：《明清之际的中国西部》，第26页。蒙古土人（Mongours）是部落民族，在蒙古人统治下定居于西宁多山的边地。这一地区介于甘肃走廊与现在的青海之间。湟中位于甘肃中部，西有南山山脉，将它与西部甘肃分割开来；东有黄河，其东是东部甘肃。路易斯·M·J·施拉姆：《甘肃—西藏边境地区的蒙古人》第三部，第52页。
虽然拉铁摩尔认为蒙古人是自给自足的（只要保持有牧群，他们确实能够自备一切他们所需的物品），罗塞比还是坚持认为遇到紧急情况时，诸如白雪覆盖牧场的严酷冬天之类，蒙古人需依靠某些外来商品及储藏的谷物。此外，自阿勒坦可汗1577年改信黄教之后，佛教的传播意味着他们由于宗教原因而需要茶叶。莫里斯·罗塞比：《1368年至今的中国和亚洲腹地》，第40—41、49—50页。杰格甚至坚信，蒙古人对汉人发动战争，是因为他们依靠中原王朝的农业社会来满足自己的经济需求，而中原的锁国政策阻止了蒙古人与当地的正常交易；塞群·杰格：《中国与蒙古游牧民族之间的贸易和冲突的样式》，第178—183页。参见傅路德、房兆楹合编：《明代人名辞典》，第8—9页；托马斯·J·巴菲尔德：《匈奴帝国联盟》，第52页。
在撒马尔罕（贡物从这儿输往中国），夏鲁克死于1447年。他的继位者幼鲁格·贝格在1449年被他自己的儿子杀死。此后不久，吐鲁番——15世纪早期一个相对安宁的邦国——要求汉人承认其为一穆斯林强国。可是，1469年，明朝礼部拒不将四爪龙袍授给吐鲁番苏丹阿里。四年之后阿里夺取了哈密，进一步阻扰商队贸易。15世纪中叶以后，没有一个纳贡使节从赫拉特到达明代的中国。罗塞比：《1368年至今的中国和亚洲腹地，第38页；《明代同亚洲腹地的茶马贸易》，第152—153页；《穆斯林和中亚的起义》，第178—179页。
伊曼纽尔·沃勒斯坦：《资本主义的世界经济》，第6页。
莫里斯·罗塞比：《穆斯林和中亚的起义》，第2—5、174页。不过也可以参见弗莱彻：《明清之际的中国西北》，第15页。费莱彻宣称：“无论是作为整体的定居的中亚经济，还是中亚草原游牧民族的势力，都不能被视为主要依靠于东西商旅贸易。”不过，在这篇具体论述他的观点的长篇论文中，弗莱彻没有提出证据。从全球性经济来看，17世纪的特征显然在于世界贸易结构的大革命。16世纪欧亚人经商从陆车到海船的转变使葡萄牙王国成为世界上最大的商税征收者。但自伊比利亚人在最初的扩张之后，他们在胡椒、香料、药材和丝绸等方面的商业没有重大进展。相反地，欧洲人消费的扩大，都是通过列万特人而得到满足的。然而，随着在17世纪荷兰及英国建立了东印度公司，这些商品许多干脆就从洲际商旅车马贸易路线中消失了，而从西欧派出的船只数量则显著增加。以1622年荷莫兹岛的灭亡为象征的这一结构变革，势必会影响中国中亚边地的经济，不过其影响的确切性质还有待研究。关于海上贸易的发展，可见尼尔斯·斯廷加德：《17世纪亚洲的贸易革命》。就区域性外交与政治关系而论，到满族人入侵之时，中亚的帖木儿帝国与莫卧儿王国已经分裂为诸多小王国与公国。东土耳其斯坦划分为城邦，其居民说土耳其语，带有一点伊斯兰教文化的特征，但是他们缺乏独立的民族意识。因为这些人主要是逊尼派穆斯林，他们与什叶派波斯人的正常关系就被割断了。然而，他们也并不因此而接近中国。中亚人“通常视中国为一遥远的帝国，部分依赖于中亚商业的一个市场，以及穆斯林有朝一日会使其皈依的庞大的异教徒团体”。约瑟夫·F·弗莱彻：《中国与中亚》，第218页。
巴图（约1464—1532），号达延汗。他统一了东部蒙古人，击败瓦刺，平定外蒙古。自1480年汉人拒绝了他的互市贸易的要求后，蒙古人每年都越境大规模进袭中原。到满族征服的时候，卫特拉蒙古人在哈刺忽喇及他的儿子巴图尔浑台吉统帅下，正试图通过促进宗教，创造一种新的蒙文经本和发展农业，来形成一个统一的国家。罗塞比：《穆斯林和中亚的起义》，第190页；《中国和中亚》，第44—45页。
弗莱彻：《中国西北》，第27页；罗塞比：《穆斯林和中亚的起义》，第6页。
同上书，第28页。1551年，西宁东北部藏民起义，击败了被派来镇压的明军。
弗莱彻：《中国西北》，第29页；施拉姆：《蒙古人》，第51—53页。
其他人包括刘文炳、贺弘器、郭金镇、黄金鱼、焦容和仇璜。郭金镇与郭君镇很可能是同一人。
陈德部侧击西翼，任珍部出北门侧击东翼，侍卫李国翰和固山额真墨尔根担任正面主攻。又据一份原始资料记载，任珍防守西门。《清史列传》，第38页（“墨尔根”系满清将领的一种称号，这里当成了人名，误。天命六年，清太宗赐李国翰号墨尔根。这里的“固山额真”疑指当时奉命前来增援的巴颜——译者注）。
《清史稿·孟乔芳传》。引自谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第267页；《世祖实录》第二十三卷，第273页；温睿临：《南疆绎史》，第422—423页。
《世祖实录》第二十四卷，第285页。
同上书第二十五卷，第292页。
谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第269页；温睿临：《南疆绎史》，第422—423页。
当时因兵员不足，无法为分散于各地的戍堡配备兵卒。1646年11月，孟乔芳分所部随豪格进攻四川。豪格部于1647年2月2日在西充与张献忠相遇，并将之斩杀。
1646年8月31日奏章，《明清史料》丙编第六册。转引自谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第270页。在这份奏章中，延绥巡抚王正志称其辖区内的暴动是刘文炳煽动的，他与张应元一道“纠合各处土寇”，发动大起义。
这两个人——他们可能还是穆斯林教友——后来在南方也屡建战功。刘芳名于1659年后与郑成功作战，马宁在四川供职，在三藩之乱时他们坚定地站在康熙皇帝一边。《贰臣传》第三卷，第21—24页；第六卷，第29—30页。
关于此事以及上述宁夏兵变细节的资料，主要根据《清史稿·刘芳名传》。见谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第269页。
《清史稿·孟乔芳传》。引自谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第267页。
其例见《世祖实录》第三十一卷，第372页。
《明清史料》丙编第六册。引自谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第271页；参见《世祖实录》第三十一卷，第370页。郭君镇多年来与孙守法并肩作战。同上书第三十卷，第353页。
《明清史料》丙编第六册。引自谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第272页。这一地区也因有许多来自安徽、江西、广东和福建的“流民”而出名。傅衣凌：《清代中叶川—陕—湖三省边区经济形态的变化》，第49页。
周伟洲：《陕西发现的两通有关明末农民战争的碑石》，第49页。
《世祖实录》第二十九卷，第346页。
同上书，第四十一卷，第276页；第三十四卷，第504—505页。
例如，17世纪50年代著名的叛军首领孙守金（他可能是孙守法的兄弟）在兴安附近的板场山建有自己的“寨”。他的营寨得到近旁其他两个“寨”的保护，其中的一个寨控制着一个高山峡谷，它能轻易地抵御敌人的大兵。板场山的背面还驻扎着另外两个同盟营寨，保护孙守金的后背。这还不算，在下面山坡上，又星罗棋布般地散布着总共九个寨，成犄角声援之势。《明清史料》丙编第九册，引自谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第277页。
《明清史料》丙编第七册。引自谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第273—274页。
同上书，第274页。
以前，兴安驻兵不足，任珍不愿将部队投入山区作战，因为他担心其他地方会发生起义。现在，早先调给陕西巡抚黄尔性的4000士兵归还给了兴安将领。《清史列传》，第38页。
《明清史料》丙编第七册。引自谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第274页。
同上书，第274页。任珍将胜利归于“幸仗我皇上洪福，皇叔父摄政王威灵”。
《明清史料》丙编第六册。引自谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第272—273页。
同上书，见谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第272—273页；参见《清史稿·孟乔芳传》，引自谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第267页。
谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第249—250页。
谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第250页。奉天人申朝纪（卒于1648年）显然是一名精明强干的官员，为治清静肃然，又致力于恢复秩序。下级官吏要是被指控有专横霸道之态，立刻降职。“劾贪吏数十人”。减站银岁额20万两为15万两，减轻了人民的负担。此外，申朝纪任命了直接向他报告的固定的催税人，以取代轮流由里长征收专门的代役钱的作法。《大清一统志》第一三三卷，第32页；王轩、杨笃：《山西通志》第一○四卷，第28页。
这次军事远征是由觉善统帅的。《世祖实录》第二十九卷，第348页。奏折在1646年12月24日收到。
1644年9月23日奏折。《明清史料》丙编第五册，引自谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第78—80页。另一份报告罗列了巨寇的姓名与称号，特别指出他们早以“王”号闻名，例如“冲天大王”或“扫地大王”，“不比寻常土贼也”。这位上奏者解释说，寻常土贼不能与之相比的原因，在于某一巨寇一旦拉起一支大队伍，马上就以“王”自号。他们建营立寨，各种武器样样俱全，以攻城掠地为务，而不似土贼不过断路劫财而已。《明清史料》甲编第一册，引自谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第74页。上奏者为杨方兴。
《明清史料》丙编第六册。引自谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第84—85页。
同上。
丁文盛获胜的奏报于1647年4月14日抵京。《世祖实录》第三十一卷，第363页。至于他被处罚之事，可见谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第83页。
其例见1647年农历十月陵县的奏报。《明清史料》丙编，第七册。见谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第84页。
后一种情形的典型例子是黟县的陷落。黟县是介于大运河与官道之间的重要城市。1647年11月26日，丁文盛的继任者张儒秀报告说，不久前有马贼400余名，步贼不知其数，于夜间步行进攻黟县，次日击败衙兵，架云梯爬上城墙，进城烧杀抢劫。知县与儒学训导设法逃跑了，其余的县衙官吏皆被盗贼杀害。他们洗劫了该城，然后返回山中营寨。《明清史料》丙编第七册，谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第80页。
《明清史料》丙编第七册。见谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第86页。
《明清史料》丙编第七册。所注日期为1648年1月初，引自谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第87—88页。张儒秀奏捷的报告于1648年1月15日抵京。《世祖实录》第三十五卷，第416页。沙尔虎达（1599—1659），苏完部人氏，年轻时投努尔哈赤。在1658年，他扫清阿穆尔（译者按：即黑龙江）地区的沙俄人，歼灭了斯捷潘诺夫及其人马。恒慕义：《清代名人传略》，第632页。
关于清朝地方官吏在对付颠覆与叛乱活动中所起的关键作用，见保罗·H·陈：《中华帝国后期的反叛》，第180页。
《世祖实录》第五卷，第22页，转引自谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第55页。吏部还提出地方官俸禄太低，应该增加。可是，在顺治以及康熙初年，知县的固定俸禄（原来每年约为银123两）减少了。因为各种附加津贴被缩减或取消，知县俸禄降到了银45两。约翰·沃特：《中国地方行政的理论和实践》，第378—380页。
有些历史学家认为清政府通过委任外行的满族人，来控制地方政府，这并不正确。见约翰·沃特：《作为社会政治制度的衙门》，第25页。
《世祖实录》第二十五卷，第302页。
沃特：《中华帝国后期的地方官》，第140—143页。
沃特：《作为社会政治制度的衙门》，第35页。
这一权力下移的趋势好像在元代就已开始了，或者至少明太祖是这样认为的。洪武帝认为，由于蒙古人缺乏“王者无私”的精神，他们易于被腐败的胥吏愚弄，而后者正是利用了夷狄对官僚机构控制的“松懈”来巩固自身地位的。约翰·达迪斯；《明太祖论元朝》，第8—9页。
沃特：《中国地方行政的理论和实践》，第297—303页。
其例见沈翼机编；《浙江通志》，第2521页（第一四九卷，第2页）；黄之隽编；《江南通志》，第1839页（第一一二卷，第33页）。
处罚是颇为严厉的。1659年顺治皇帝颁令，任何官员挪用了10贯以上公款就要被送去充军。吕元驄：《1644—1660年清初中国的腐化现象》，第1页。
沃特：《中国地方行政的理论和实践》，第326—330页。“这些条例与法规表明它们在一定程度上已正式成形，近代以前的行政管理，几乎没有能与之相匹敌者。”沃特：《作为社会政治制度的衙门》，第34页。
同上书，第330页。
不过，从长期看来，这种对地方长官的过份重视，进一步排斥了衙门吏员跻身中央政府的可能性，这必然也就失去了对低级行政管理的直接控制。这一观点，在魏斐德《中华帝国后期地方控制的演变》一书中随处可见。
闻钧天：《中国保甲制度》，第205、216页。《皇朝通曲》记载说，发展成熟的保甲制度开始于1644年，但是闻钧天指出这一记载有误，是后人编书时插入的。清朝后期，保甲和里甲都归户部管辖。孙任以都：《19世纪中国的户部》，第204页。
《世祖实录》第七卷，第81页，参见《皇朝文献通考》，第二十一卷，第5页。1646年8月18日，有位官员特别向兵部建议，要利用总甲制来处罚那些窝藏逃犯的人。《世祖实录》第二十七卷，第320页。
谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第15页。将民众与其籍贯连结起来的尝试，也被推广到生员身上。1645年，官府宣布有许多参加会试的举人注籍有误，从此以后，生员必须证明其祖先在本地注籍逾20年，并无迁徙，或者在此地拥有财产，才能获准参加科举考试。何炳棣：《中国会馆史论》，第8页。
闻钧天：《中国保甲制度》，第201—205、216页。早在1645年6月12日，新政府就宣布废弃世袭的匠籍，免征京班匠价银。而且从这一年开始，在太和殿服役的匠人按工给值了。彭泽益：《清代前期手工业的发展》，第3—4页。直至19世纪，民、军、商、皂四类户“籍”之残余依然存在。不过，由于雍正以后已经取消了分立的劳役税，因此这种户籍分类已无实际的财政意义。孙任以都：《19世纪中国的户部》，第201—202页。
《世祖实录》第二十八卷，第337页。
这一时期新式铳枪与大炮的传入，甚至可能“有助于晚明白莲教军武术传统的形成。在此后的数百年里，他们一直诱人地宣称自己具有有效地抵挡可怕的火器的本领。”韩素瑞：《山东起义》，第192页。
到18世纪末19世纪初，对军火的控制已颇见成效，以致图谋不轨者想要从铁匠那儿得到匕首，都要冒被人告发官府的风险。这在韩素瑞《中国的千年福起义》一书中随处可见：又见《山东叛乱》，第24页；亦可见马克·埃尔文：《古代中国模式》，第21页。19世纪后半叶骚乱的年月，部分地是西欧军火的输入与生产，以及英美商人军火走私的结果。魏斐德：《地方控制的演变》，第17页。
在明朝统治时期，北京政府有一种被称为“铺社”的地方治安系统。这些为出使官员和卫兵设置的驿站有其附属的警官。但到17世纪，绝大多数铺社或是消失了，或是倒坍失修，实际上不能用了。詹姆斯·彼得·吉斯：《明代的北京》，第193页。
《文献丛编》第二十三辑。转引自谢国桢编：《清初农民起义资料辑录》，第58—59页。
《世祖实录》第四十卷，第464页。这儿的户保长称作“邻佑十家长”。
《世祖实录》第四十三卷，第505页。这道敕令于1649年5月6日颁发。
同上书第二十五卷，第294页。
太原当局也被一场牵连到一名明代亲王后嗣的大案所惊醒。其近亲秘密窝藏了这位明室后嗣。山西按察使奏章，见故宫博物院明清档案部编：《清代档案史料丛编》第三分册，第91—94页。
《世祖实录》第三十二卷，第20页，转引自谢国桢编；《清初农民起义资料辑录》，第252页。这一时期还有非宗教性的起义。1647年10月19日，祝世昌率汉镶红旗兵800骑，在孟县与李化龙及其兄弟李奇龙500披甲骑兵交战。孟县在省府以东30里处。原明朝的游击将军祝世昌此时官居都统。1638年，他曾因大胆反对满人将女俘没为奴婢的习俗，失宠于太宗。太宗称他为叛徒，指责他与明政权勾结。多尔衮后来让这个忠心耿耿的将军官复原职。《明清史料》丙编第七册，转引自谢国桢编；《清初农民起义资料辑录》，第253—254页；楢木野宣：《清代重要职官研究》，第544页。
“大成”既形容黄帝使一切事物恢复了秩序，又指孔夫子用各种旋律组成的乐曲。它也指佛教的“大圆满”，这是一种想象中的境界，其中有2万尊菩萨，均称“威音王佛”。威廉·爱德华·苏黑勒和路易斯·霍道斯：《中国佛教术语辞典》，第89页。
《东华录·世祖朝》第四卷，第4页。转引自谢国桢编；《清初农民起义资料辑录》，第252页。
《世祖实录》第三十一卷，第364页。据信就是这一安辑民众的法令，使他们的社会品性改变了。正如一位官员在顺治初年所指出的：“流民安居，即变贼为民；流民四散，则变民为贼也。”郭松义：《清初封建国家垦荒政策分析》，第114页。
这一敕令与保定巡抚余庆廉的奏报在时间上正相巧合。奏报说大量匪徒突然袭击了河间府，知府、通判受伤，驻军将领自缢身亡。
《世祖实录》第三十一卷，第364页。
同上书第四十五卷，第527—528页。