中兴朝市繁华续，
遗孽儿孙气焰张，
只劝楼台追后主，
不愁弓矢下残唐。
蛾眉越女才承选，
燕子吴歈早擅场。
力士佥名搜笛步，
龟年协律奉椒房。
西昆词赋新温李，
乌巷冠裳旧谢王。
院院宫妆金翠镜，
朝朝楚梦雨云床。
五侯阃外空狼燧，
二水洲边自雀舫。
孔尚任：《桃花扇》，第304—306页
在北京崇祯朝廷覆灭的前夕，许多官员把一线希望转到了皇帝驾迁陪都南京上来。他们认为，在南京可以继续维持明王朝的统治。作为影子政府，南京行政当局已进行了准备：一旦义军攻占了北京，便可给明朝北方残存势力以全力支持。陈子龙奉命巡视绍兴之后，被调到南京吏部任职。他设法说服了江南巡抚郑瑄，要他秘密上书北京，提出将皇太子接到南京的计划，为建立南明政权作准备。其他江南士大夫则在祁彪佳的统率下开始沿长江下游建立水军，准备保卫江南。
迎太子到南京的计划当然落空了，但他们为建立南明政权所作的努力并非徒劳。5月18日，即李自成占领北京三周之后，大顺军获胜、崇祯帝已死的惊人消息传到了南京。看来，当时在南方官员面前只有两条道路可以选择：一是束发归山，作道家隐士；一是坚守职责，继续为明室效力。南京的高级官员立刻选择了后者。16位主要大臣（《平寇志》记为19位——译者）誓告天地，号召天下起义勤王。
南京兵部尚书史可法是这些大臣中最重要的人物。他来自河南，既是一位杰出的文官，又在军事指挥及战略方面颇具才干。其父虽鲜为人知，但其家族有不少成员是锦衣卫军官。作为青年士子，史可法曾受到东林党殉难者左光斗的栽培。1620年，他通过县试；1626年中举人；1626年中进士。据《明史》载，史可法身材矮小，“面黑，目烁烁有光”。初仕便授西安府推官。1631年，他因公正廉洁地将赈灾专款分发给受灾的延安百姓，而在朝廷中赢得极好的声誉。1632年至1634年，他作为理财行家被调入朝中，任户部主事。
1635年，农民起义波及华中，崇祯帝命卢象昇协调河南、山东、湖广和四川事务。卢象昇的主要任务是牵制张献忠部。他命史可法为副使巡察泽州和安庆，并阻止农民军渡江。因此，史可法首次接受的军事任务便是阻止北方义军进入长江流域。这一防御重任随形势发展而变得十分棘手。1635年秋冬，史可法仅率800人驻守安徽六安，抵御三支农民军主力的进攻。次年，史可法在安徽太湖附近指挥了两场阻击战，使农民军未能渡江进入湖广地区。然而，第二年，当史可法面临农民军主力——首先是马守应，然后是老回回——发动的几乎不可抗拒的强大攻势时，他的军事才能遇到了真正的考验。1637年初，马守应和另外两支农民军主力的首领一起攻打桐城，在距城10里之处与史可法遭遇。史可法依靠计谋苦撑，但桐城所受到的压力并未解除。1637年夏，他奉命巡抚安庆，负责守卫今安徽中部地区，阻挡湖广的老回回。在总兵左良玉部1万兵马的增援下，史可法击退了老回回的第一次大规模进攻。但从11月末至12月初，老回回对史可法所在的潜山大营又发起了进攻。史可法的阵地崩溃了，部下损失惨重，他本人也险些死于乱军之中。败讯传到京城，兵部尚书杨嗣昌要求惩处史可法。
然而，史可法已有很高声望。尤其为人称道的是，他在行军途中甘愿与步卒同甘共苦，从而赢得了士卒的信赖和将领的爱戴。所以，皇上虽严词责备了史可法，但给了他立功赎罪的机会。不久，1639年，史可法奉命镇守山东，抵御南下清军的袭扰。在抗击清军之前，他必须首先巩固山东西线，以防农民军乘机进入山东。在三次击败农民军主力之后，他才得以调转头来攻打清军。当他抵达济南时，清军已经撤退。他们屠杀了无辜的居民，却送给史可法一次足以弥补前失的胜利。
崇祯帝对史可法异常宽厚。这位皇上素以暴躁著称，常一怒之下将战败的将领投入监狱。既然这样，他的宽宏自然会使史可法更加感恩戴德。1639年史可法的父亲病故，由此而引起的极度悲哀，反进一步加深了他对崇祯帝的感恩之情。据说，他一度想绝食而死，又几乎因悲痛而陷入迷狂；他将对父亲的强烈感情部分转移到君父即皇帝身上是完全可能的。
1641年，史可法守孝三年之后，被任命为户部右侍郎，并取代朱大典总督南京至北京的漕运，还兼任淮安地区巡抚。及至1643年，史可法被擢为南京兵部尚书。同年冬天，身为兵部尚书的史可法见战争局势不断恶化，遂着手为救援北京做准备。例如，1644年1月16日，史可法上疏崇祯帝，说明他统辖的南军只有8000人，他建议加强训练，进而将总兵力扩充到1.2万人（包括陆、水军）。同时，他极力主张全国各地的其他提督也用同样方法补充和维持各自的部队，实际是建议在各地组建地方军队，由一名干练的文职大臣统辖，以供护驾之需。北京发布救驾诏令后，史可法本人就是这样做的。他同部下一起立誓“勤王”，以鼓舞士气，并随即率众北上。但大军刚过长江，到达浦口时，便获悉京师已经陷落。救驾已为时太晚。于是，他改穿丧服，率军返回南京，召集立志效忠明朝的大臣商议对策。
史可法和其他大臣都意识到单凭他们自己的军队是无法抵御北方农民军的。因此，他们共同拟定了一道檄文：
留都系四方之率，司马有九伐之经。义不共天，行将指日，克襄大举，实赖同仇。
这篇文字经过仔细推敲，用了会使人想起古代经典中理想化的军事将领之形象的“司马”一词，以求打动那些愿意加入古代“司马”行列的将领。因此，檄文的对象十分笼统，是广泛地针对四方之率而言的。所谓四方之率既包括地方豪强武装，也包括各地明军将领。檄文发布之后，南京的大臣们立即派密使到淮河流域联络江北豪强统辖的“义勇”。同时，他们又尽力争取驻守在南明与北方大顺政权之间的明军将领继续为明朝效忠。
后者中有四名将领——他们各自拥有约15万令人生畏的士兵，经常蹂躏本应给予保护的农民——将要或已经率部进入淮河中游地区。一位是刘泽清，性情暴躁且有政治野心，曾任山东明军统帅。当崇祯帝要求他会同其他几位将领一起进军北京解救被李自成围困的朝廷时，他非但不从，反而掉头南下，一路劫掠，经临清抵达凤阳，据说，其部在凤阳又屠杀了许多当地居民。
江北的第二位主要将领是黄得功。与刘泽清相比，他的军纪较严。他是辽宁人，行武出身，自少从军于辽阳，并因战功而不断晋升。17世纪30年代，他在中原作战屡屡获胜，1641年被任命为凤阳总兵。1642年，黄得功获潜山大捷后，又击退了进攻桐城的张献忠部。此后不久，黄得功被调到安徽中部，镇守庐州（合肥）。
第三位将领是刘良佐。此人原是北直隶的盗匪，1637年加入明军，并与农民军罗汝才部交战。1642年，他随黄得功抵御张献忠，所以当时也在凤阳地区。其所属部众号称10万。
高杰是江北诸将中的第四位，在某些方面也是最能干的一位。此人原是李自成的部将，曾与李自成之妾邢氏通奸，为逃避惩罚，他于1635年投降明朝，授游击之职，率所部人马作为孙传庭军的先锋与李自成交战。1643年，孙传庭在潼关被杀后，高杰便进一步扩大了自己的势力。1644年北京即将陷落时，高杰的态度也同刘泽清一样变化无常。他不率军前去阻截李自成，反纵兵劫掠山西东南的泽州，然后于1644年5月底至6月初南下徐州。
高杰部的南下，使徐州和淮安城的居民慌恐万状，自北京陷落后，徐州城中已经是混乱不堪。实际上，徐州长官黄希宪已将此城交给了大顺官员武愫。武愫（原为明朝进士）于1644年6月3日抵达徐州，并因受到地方官员及士绅的敬重而被接受，尽管一位当地的诗人曾悲叹：“天下岂有正人君子而谒贼者哉？”武愫被接受的另一个原因是士绅们对局势混乱十分恐惧。在徐州西南与河南交界处的砀山一带，汪廷对等当地士绅已组织起自己的武装，用来对付“狂徒”，后又用来迎接清军南下。武愫在徐州城内一直试图安定民心，并多次深入乡村寻求当地乡绅的支持，直到他得知北京大顺政权也已垮台为止。6月28日，武愫率部撤离徐州，使该城几乎完全暴露在高杰等人面前。
由于徐州失去了保护，其南面的富庶城市——淮安和扬州——在流窜于淮河流域的各路军队面前也更加暴露了。但这两座城市的地方官早已积极采取措施，准备自卫。正是由于有路振飞在淮安，人们才有了坚守的信心。巡抚路振飞是一位杰出的文官。他以正直、勇敢而著称，在军事上也颇有经验。路振飞初入仕途任地方官时，曾统领过防御叛匪的地方军队，并于1632年派郑芝龙抗击海盗刘香，将其击溃。路振飞还是个仗义直言的人：1631年，他参与弹劾周延儒；此后又与温体仁发生争执，因此激怒了皇帝，被贬至河南。1644年秋，路振飞被任命总督大运河漕运，兼淮扬巡抚。
北京陷落后，路振飞决心将淮安建成明朝的坚固堡垒。他迅速颁布了戒严令，将市民重新组织起来，并派遣手下官员分守各处。同时，他还鼓励地方武装（团练、乡兵）招兵买马。自1511年、1512年以来，淮安以东的海州经常受到海盗袭击，地方武装相当普遍。而淮安地区却不是这样，故路振飞不得不为地方武装设计训练方案。在他的指挥下，淮安72坊奉命“各集义兵”，每坊由两名生员负责操练，其中一人被授以“坊长”之职（应为“社长”——译者）。这些义兵的主要职责是负责城镇的夜间巡逻，并时刻保持战备状态。他们保持着斗志，坚定地反对任何对大顺政权持妥协和支持态度的人。徐州的士绅们能够接受一位大顺官员，但路振飞却决不允许任何大顺官员进入淮安。在北京陷落后的数周内，他便召集当地乡绅和号称2万的“义兵”，将当地的“伪官”处死。
在路振飞的指挥下，淮安变成了效忠明朝者、尤其是从北方逃来的官僚贵族的避难所。路振飞热情地欢迎这些流亡者。但无论是路振飞本人，还是淮安百姓，都无意接纳刘泽清、刘良佐，尤其是高杰的军队。6月10日，路振飞得知高杰开始向南移动并欲夺取扬州，立刻派遣将领分守淮安周围各个要冲：周仕凤守泗州，仕尔敬守清口，金声桓守徐州。
在路振飞积极设防抵御这些游荡不定的军队，以稳定淮安局势的同时，南明政府却将这些军队视为必不可少的支持者，和日后在南京愈演愈烈的皇位继承之争中的重要同盟者。以史可法为首的大臣们在发出檄文号召四方将领齐心保国之后，立刻意识到他们自身已陷入了争夺南明中央权力的混战之中，这场政治冲突发生于5月17日到6月2日之间。其焦点是空缺皇位的继承问题。同引发了明初东林党争的那次皇位之争一样，这次斗争也将使南明朝廷内部发生致命的分裂。
这次皇位之争的原因是由于人们以为16岁的太子（朱慈烺）已死于北京，而太子的两个弟弟又下落不明；另外，尽管在继承权方面有法定的世系，但明室亲王甚多，他们都可以在紧急情况下依其贤愚优劣被召入朝廷，继承皇位。由于朱氏皇族的后代呈几何级数增长，所以，皇室男性成员的身份在当时并不为人所重。洪武帝共有26子，16女；到16世纪50年代，他的后裔已多至19611人；到1594年，全国至少有6.2万名皇室男性成员；17世纪头10年间，登入皇族名册的人已超过8万。由于明朝的这位开国皇帝禁止子孙由科举入仕或经商，他们唯一合法的生活来源就是俸禄。这些俸禄的多少又因等级和时代的不同而不同。明朝初年，亲王（其爵位由长子继承）的禄米为5万石。但到15世纪初，由于皇室成员数量的增长，国库不胜其重负，不得不将亲王的禄米降到1万石。及至16世纪，供养皇室男性成员的开支超过了全部官吏俸禄的总和。不久，仅此一项开支便超过了政府税收的总额。例如1562年，山西各粮仓存粮共152万石，而该省的皇亲年俸的总数却是213万石。同年，一位巡按指出，当时全国可向京师提供粮食400万石，而王府按规定标准所需的禄米却达850万石。皇室后裔数量的增加，不仅日益加重了纳税者的负担，而且使宗室中身份较低的人也无法获得足以维持生活的俸禄。他们只好纷纷借贷，从而深深陷于债务之中。甚至，连皇室上层贵族也落入了入不敷出、虚有其表的窘境之中，他们的府第因年久失修而破败，他们本人则放荡豪饮，虚度时光，醉生梦死。
16世纪到中国传教的天主教神甫，对这种已经没落的贵族的情况极感兴趣。例如葡萄牙人达克路士曾经写道：桂林一带有许多因反叛皇帝而被流放的明室亲王，有数千户皇族生活在高墙大院之中。这些来自欧洲的旁观者透过高耸的大门看到院内的楼阁和路径。但他们认为：这些宏伟的宫殿对居住在其中的人们来说，实际上是一座金碧辉煌的监狱：
总之，在贵族们的府第之中，有各种消遣娱乐，但是他们永远不能擅自外出。这一方面是由于他们出身高贵，另一方面是由于国家的法律规定。因为皇帝希望杜绝皇室中有可能发生的任何阴谋，以维护政权的稳定。
佩雷拉（Galeote Pereira）也记录了当时桂林许多朱门大户的情况。他听说那些人完全依靠皇室按月供给的钱粮为生，他们因饮食无度而身体臃肿。耶稣会士金尼阁在同一世纪晚些时候曾写道，皇室宗亲已超过6万户。他强调说，这些人对社会毫无价值，对君主权力却构成威胁。
由于不能入仕，又不能参政，生活放荡、傲慢无礼的皇室宗亲发展成有闲阶层。皇帝清楚地知道他们有自己的特务组织，因而将他们视如仇敌，严加防范。他们全都住在指定的城市中，未经皇帝允许不得离开，违者处以极刑。他们中甚至没有一人被获准留居在北京或南京城里。
经过努力，身份较低的皇族成员获得了入仕的机会。1595年以后，朱姓宗亲被鼓励去参加科举，但其中只有极少数人考中，其余的人继续在贫困中生活。少数上层贵族，则始终被皇帝认为有谋反的可能，而受到猜疑和防范。
地位较高的亲王及其王府，在明初原是被用作抗衡士绅集团和富户势力以及抵御蒙古入侵的军事力量。明太祖将自己的儿子分封在各省辖区之外的地方，9位亲王被置于接近今蒙古边界一线，分别统领3000—80000人。在其辖区内，他们可自建宫殿，任命自己的官属。然而，他们对辖区内官员的控制权，最终遭到对这种独立势力深感担忧的建文帝（1399—1402）的反对。事实证明他的担忧是有道理的，因为他登基后不久就被其叔父燕王推翻了。燕王就是后来将明朝都城迁至北京（燕京）的永乐帝（1403—1424），北京原是他的封地。永乐帝同样感到其他诸王有谋篡的危险，所以开始建立新制度以控制自己的兄弟和侄子。他尽量削弱诸王的经济实力，使他们依靠俸禄为生，又限制诸王军队的规模，同时增强由中央委派到诸王手下的长史的权力尽管如此，最强大的亲王仍保有发动叛乱的力量。16世纪初，便发生了两次迫使朝廷出兵镇压的较大叛乱——1510年安化王谋反和1519年的宁王之乱。这些叛乱，使诸王拥有侍卫武装的制度受到更加严厉的责难，由此便产生了16世纪头10年后期外国传教士所看到的那种金碧辉煌的“监狱”。然而，与此相矛盾的是：和皇帝最亲近的王府的财产在这一时期却逐渐增长，这主要是靠把罪臣（如1561年谋反的太监曹吉祥）的土地没收为皇帝及其近亲的皇庄。
到16世纪头10年后期，这一没收政策也被广泛运用于一般平民的土地。事实上，人们完全可以用16世纪中原及南方富户的庄园堡垒来证明，皇帝正开始失去强夺乡绅土地的能力或愿望。但明朝后期的皇帝又逐渐将剥夺目标转向了更容易对付的小土地所有者。到17世纪初，诸王的地产已十分庞大（与穷困潦倒的下层皇室成员相反）。1605年，四川巡抚报告说，该省可耕地的70％掌握在诸王手中，20％为军屯土地，平民百姓耕种的土地只有10％。
明朝后期，贵族在整体上缺乏社会凝聚力，他们甚至不能被称作一个集团。那些仅被登记为皇族成员的姓朱的人既多又穷，可是皇帝的少数近亲却可以乘机积累巨资，发挥巨大影响。万历帝（1573—1619）有一个爱子朱常洵，其生母是皇帝最宠爱的郑贵妃。多年来，郑贵妃不顾朱常洵的次子地位，一直谋划将自己的儿子立为太子。因朝中多数大臣（包括许多后来与东林党有关系的人）的反对，皇上只得于1601年立其长子（后来的光宗）为太子。作为朱常洵未能立为太子的损失，万历帝封他为福王（封地在古都洛阳），并诏赐良田4万顷为食邑。这一数字相当于河南全省可耕地的很大一部分。因此，又不得不从其他省征用一部分民田。结果，河南、山东和湖广共有约2万顷民田被划归福王。此外，被没官的前内阁首辅大学士张居正的土地亦划归福王所有，同时他还得到了四川茶盐专卖权。
因此，福王的生活极其奢华。他喜欢嫖娼，并为此挥霍了30余万两。他在洛阳的王府造价高达28万两，是规定造价的10倍。为了满足其贪欲，他手下的宦官继续肆意掠夺土地，并用天下最残酷的手段管理这些掠夺来的庄田。福王在府中饮酒作乐，其佃户却饿死在遭受饥荒的洛阳郊外。河南百姓纷纷传言：“先帝耗天下以肥王。”当时，一支明军奉命渡洛河增援正与农民军作战的部队，军中有人大声喊道：“王府金银百万，而令吾辈枵腹死贼手”。
此后不久，李自成的军队于1640年攻入洛阳，福王府被放火烧了三天。李自成杀福王，饮其血，并令将士分食其肉。福王的家人几乎全部被杀，只有王妃和一个王子设法逃过黄河，幸免于难。这个王子即朱由崧，他于1643年被其叔祖崇祯皇帝封袭福王爵。
这位福王，据说同他的父亲一样沉溺于酒色，被后来史家称为“暗弱”的典型。当崇祯死讯传到南京的南明政府时，他的坏名声甚至使他险些失去了继承皇位的资格。
南京的大臣们在发誓与农民军血战到底之后，便想到要将他们的军队联合起来，拥立一位皇帝。他们知道，崇祯的儿子们有的已经死了，有的落入农民军之手。淮河流域有许多从山东、河南弃家南逃的明宗室亲王正在巡抚路振飞处避难。除福王外，周王、潞王和荣王也都为躲避大顺军而来到了淮安。
对南京一些有影响的官员来说，逃难诸王中最有号召力的是潞王。在皇位继承的竞争者中，他被认为是最贤明和最谨慎的，他得到著名东林党人兵部侍郎吕大器、礼部侍郎钱谦益和翰林院詹事姜曰广的支持。但潞王只是皇帝的侄子，而福王则是万历皇帝的嫡孙。在皇位的继承资格上，潞王较福王逊色。因此，尽管福王无知、贪婪、酗酒、凶残、专横、好色、不孝，但在现存的诸王中却与皇室的血缘最近。于是，在决定由谁继承皇位的问题上，以“贤”取人的一派同以“亲”取人的一派发生了冲突。
主张以亲取人的一派，其领袖是凤阳总兵马士英（1619年进士）。1632年，马士英在北方任宣府巡抚时，因贿赂罪被流放戍边，后来经其同年阮大铖说情，得以免除流放。1642年，大学士周延儒擢其为凤阳总督，不久便因击败农民军而立下赫赫战功。作为淮河流域掌管军政与民政的主要官员，他与巡抚路振飞展开了争夺淮河流域控制权的斗争。5月8日，马士英得知福王已到达其对手路振飞所在的淮安避难，即邀请这位可能的皇位继承人前往凤阳，以便尽力促成其即位。
于是，到1644年5月下旬，在南京便出现了两位皇帝候选人。一位是得到吕大器和南京政府多数文职大臣支持的潞王。另一位则是凤阳总督马士英支持的福王。军事实力的比较使天平倾向后者。马士英本人并无足够的军队操纵此事，但他派遣人马船只接福王南下长江之后，又小心游说，争取到因北京陷落而由北方南下淮河流域的将领们的支持。高杰、黄得功、刘泽清和刘良佐很快都相继作出支持福王的明确表示。说穿了，福王在这场“贤”与“亲”的竞争中获胜，几乎可以被看作是一场军事政变。《明史》也正是从这一角度来记述这一事件的：
〔南京〕廷臣集议，吏科给事中李沾探士英指，面折大器。士英亦自庐、凤拥兵迎福王至江上。诸大臣乃不敢言。王之立，士英力也。
当然，马士英欲兵不血刃地实现拥立福王的计划，不仅需要强大的军事实力，还要具备其他条件：在南明朝廷中培植同党，并说服南京兵部尚书相信福王在当时形势下是皇位的最佳人选。
在朝廷勋臣中，马士英可以找到足够的同盟者。其中最重要的是：操江提督诚意伯刘孔昭、南京提督忻城伯赵之龙。这些勋臣都是帮助朱元璋创建明朝的将军们的后裔。他们对文官当权心怀不满，将福王视为自己的保护人，将马士英视为强大的盟友，希望恢复其家族自明初便已失去的某些权力。刘孔昭和赵之龙在朝中鼓吹支持福王。马士英则直接致书兵部尚书史可法，力陈福王与皇室血统最近，应为皇位的最佳继承人。史可法已卷入此事，他复信马士英，坦率地陈述了福王的劣迹。但这位兵部尚书在复信的同时也感到，没有马士英及其军事同盟的支持，南京政权就难以长期存在下去。当南京大臣们决定拥立福王以稳定局势时，史可法正在长江对面的浦口。他对此的默认，宣告了这场皇位继承危机的结束。6月4日，福王抵达南京时，朝臣们早已修缮了武英殿供其居住。
福王抵达南京城下，大臣们在观音门外列队迎接，请他入城。福王身穿粗布袍，旧被铺床，态度谦卑地坐在帐中，一再推让，表示不愿当此重任。6月5日，史可法亲自拜见福王，告诉他说，南京十分欢迎他的到来，已整理出南京守备府作为其行宫。经再三劝说，福王方骑马拜谒了南京城外的孝陵。然后，便去了南京城内的行宫中。有的官员劝他从专供皇帝及其仪仗通过的东门进宫，福王犹豫片刻，最终还是拒绝了。他从西门进入行宫，在守备府下榻。次日，即6月6日，群臣又力劝福王登基，但他只同意接受监国称号。6月7日，他接受了监国玺绶，并搬进了皇宫。
福王在东门前的犹豫预示了他即将采取的步骤。他刚就任监国，便开始考虑接受让他立即登基称帝的建议。吕大器和张慎言强烈反对如此草率地登基，但史可法感到，由于请求福王就任监国，大家已承担了支持福王的义务。此外，他又强调指出，尽管马士英还在凤阳，但安徽的军队和北方诸将领仍可用武力迫使南京立福王为帝，而这种内部冲突势必彻底摧毁明朝复兴的一切希望。史可法的观点赢得了朝中官员的赞同，于是登基的准备工作便开始了。
史可法是完全正确的。如果支持潞王即位的官员仍坚持阻止或拖延福王立即登基，势必引起两派的军事对抗。6月17日，马士英不等获准进京，便登上了他那支拥有1200艘战船的水师的旗舰。两天后，福王在就任监国仅10天，并不顾原太子的下落尚未弄清，便登上了皇帝的龙椅，并宣布次年改元为弘光。
弘光皇帝即位后首先采取的行动之一是酬谢支持他的将领。他撤销了马士英的对手路振飞的淮安巡抚之职，而为四位北方军阀加官进爵，任命他们为“四镇”藩将，各镇其“藩”。分封“四镇”的计划于6月21日得到马士英、高弘图、姜曰广的赞同。而作为兵部尚书的史可法不仅在五天前就提出了这一建议，还在计划在上呈皇帝时明确阐述其合理性：
兵马钱粮皆听（四镇）自行征调。四藩即用得功、杰、泽清、良佐为我藩屏，固守江北，则江南之人情自安。得功已封伯，似应进侯，杰、泽清、良佐似应封伯。
结果，四位将军奉命驻守要害城市，并各统定员3万人的军队。刘泽清奉命管辖淮安和海州地区的11个州县，负责收复山东。其驻地将是淮安。高杰驻徐州，统领泗州和徐州地区的14个州县，负责收复开封。刘良佐驻凤阳，统辖凤阳和寿州地区的9个州县，负责收复河南的淮阳。黄得功则管辖和州及滁州地区的11个州县，驻守庐州，负责收复河南东南部各州县。
四镇之上又设督师一名，驻扬州，直接统领各镇。这一部署基本上是一种防御战略，它反映了史可法只顾守卫淮安地区和南京，而忽视对付来自北方日益增长的现实威胁的思想。总之，在史可法看来，最主要的敌人显然是农民军而不是清军。在过去的16年中，他一直与农民军作战而不是对付外来的入侵，那么，从理论上讲，御敌之“藩屏”应符合南京政权的需要，由一位朝廷大臣驻扬州负责调度。然而，事实上，南京政权几乎无力为这些军队提供军饷，但又依赖于他们出于自愿的支持，以致不得不作出重大让步，使各镇拥有独立的财权和军权，于是四镇将领便成为实际上的割据势力。南京政府答应每年为这些军队提供饷银240万两，但物资与兵器费用要从当地税收中支出。各镇有权自行征税，所得收入不必上缴南京，还有权开荒、采矿和征收商税。各镇若能从农民军手中收复失地，则亦划归该镇管辖，并享有同样的财政、军事特权。一旦天下重新统一，四镇统帅将皆进爵为公，并子孙世袭。
分封四镇之举在当时遭到严厉批评。明朝的将士，特别是曾在前线作战的将领，纷纷抱怨说，原来的叛贼因杀人劫掠而得封赏，他们反而一无所获。文职官员也群起反对。1644年7月12日，著名哲学家刘宗周从杭州上疏朝廷，请抑藩屏：
一重藩屏。刘泽清、高杰有寄家江南之说，尤而效之，又何诛焉。一慎爵赏，败逃之将而得封，谁当不封者？
的确，当时许多人都清楚地看到，所有安排不过是一种极易识破的诱饵。对四镇统帅的封赏是因为他们对皇帝的忠心而不是因为他们有战功。显然，史可法也认为，除非正式封拜四镇藩将，以换取他们对朝廷的忠诚——尽管这种忠诚是有条件的——否则，南京政权就毫无收复北方的希望。在四镇统帅中，史可法最器重高杰所统领的4万晋陕壮士。他认为，这支部队虽然纪律涣散，却是江北各军中战斗力最强的军队。他对黄得功所统率的明朝正规军也评价甚高，因为黄得功是一名优秀的战略家，其才干曾在1642年抗击张献忠的战役中得到证实。史可法相信，有了在他统帅下的这些军队，他是能够打败敌人的。
史可法似乎还相信，通过让四镇兵轮流上藩南京的办法，可将四镇置于中央控制之下。例如，他曾建议今兵部修改永乐皇帝制定的京师卫戍之制，让当时驻扎淮扬地区的三四十万军队轮流卫戍南京，以维持中央对这些将领的控制，并防止高杰和刘泽清之流将其辖区变为独立王国。但这一计划未能付诸实施。实际上，朝廷很快就因担心京师遭劫而害怕这些军队靠近南京。由于住在乡村，这些军队的将领及士兵有一种特有的寄生性：喜欢抢劫而不是保护城市。淮安是抗击农民军进攻的坚固防御区之内的一个城市，当得知军纪松弛的刘泽清部将要进驻时，当地士绅便要求朝廷召回刘泽清（他们说“镇环攻，生灵涂炭”）。但由于路振飞已经离去，巡抚田仰束手无策，只能坐视刘泽清的军队于6月30日接管了该城，并在进城之时肆意劫掠。
在淮安以南，其他将领的部队也与当地百姓发生了冲突。一位员外郎报告说：
扬州、临淮、六合，所在兵民相角。兵素少纪律。民近更乖张。一城之隔，民以兵为贼，兵以民为叛，环攻弗释。
危害尤甚的是“垂涎扬州”的高杰部队。6月2日高杰屯兵扬州城下，尽管这座富庶城市中的居民向高杰进献了大量钱财，但他仍然拒不撤离，反将此城包围，并放任部下在郊外肆意劫掠。福王在高杰支持下就任监国之后，局面更为严峻，对扬州巡抚黄家瑞来说尤其如此。高杰声称，他本人作为南明官员有权进城，但扬州市民却坚决不让他进城。黄家瑞夹在当中，两面为难。于是，他派遣当地的一位士绅去高杰营中调解。这位士绅回来后，建议允许高杰入城，结果被愤怒的扬州市民打死。扬州驻军亦随之哗变。黄家瑞被迫逃之夭夭。
作为兵部尚书，史可法有责任将扬州的军队重新置于控制之下，他的第一个措施是让朝廷派他手下的职方员外郎万元吉以重金诱引高杰部离开。但万元吉没能说服高杰让步。他向史可法报告说：“臣等虽有爱民之心，绝无销兵之术。”与此同时，扬州士绅向朝廷紧急求援。他们指责高杰的军队“杀人则积尸盈野，淫污则辱及幼女”。
显然，这种情况要求有一位足以代表皇帝的朝廷大臣立即对高杰进行干预。因此，史可法请求尚未登基的福王委派马士英担当这一重任，并负责协调淮扬地区其他将领的行动，形成统一的防区。然而马士英却巧妙地斗败了史可法。当福王考虑史可法的建议时，马士英暗中与高杰联系，唆使高杰要求南京政府派史可法亲临扬州主持淮扬地区的军务。尽管有人陈请史可法留在南京，但为时已晚，史可法别无选择，只有亲自前往扬州。不仅扬州危机须尽快解决，为保证正在制定的战略计划获得成功，也完全需要一名高级将领来协调约束四镇的行动。因此，史可法要求授权统辖淮扬地区的所有军队。1644年6月16日，史可法被任命为淮扬地区督师。6月20日，即弘光帝登基的第二天，史可法告别了新君，四天后，抵达扬州。
高杰听说史可法即将到达扬州，立即命部下匆匆掩埋了抛在扬州城下、用来威吓城中百姓的尸体。但见到史可法后，他却摆出一副傲慢姿态，坚持说他下令围城是因为士绅代表被杀。为了消除这一借口，史可法奏清皇帝追究黄家瑞和那位守备在这一事件中的责任。高杰收回了全军进驻扬州的要求，同意只带二三百随身卫兵进城。但城中居民仍拒绝接受，与此同时，史可法前往高杰营中，试图唤起这位昔日叛将对南京朝廷的忠诚。史可法虽一度遭到软禁，但最终还是设法说服了高杰。高杰不仅释放了史可法，还派遣部分军队到其他地区执行任务（如李成栋前往徐州，王之纲前往开封，等等），7月20日，又将其主力撤至扬州以南40里处，即与镇江隔江相望的瓜洲。然而，局势尚未完全稳定，部分原因在于高杰与黄得功仍相互对立。同年夏天，黄得功率军由庐州北上，企图将扬州据为己有。不幸的是，这次行动黄得功得到了万元吉的鼓励，后者曾试图挑拨镇将间的关系。于是1644年秋初，高杰一度怀疑朝廷劝他撤离扬州是为了将此城交给黄得功。为了阻止黄得功向扬州推进，他于1644年10月1日在南京东南的土桥对黄得功发起了突然袭击。在这场冲突中，黄得功险些丧命，部下死亡300余人。他愤怒至极，认为这是一种彻头彻尾的叛乱，准备与高杰决一死战。史可法竭力劝解，据说他拿出自己的钱作为赔偿（虽然形式上是由高杰偿付的），以平息黄得功的怒气。1644年秋后，这些镇守通往南京之要冲的将领们表面上暂归于好。
史可法亲临扬州，稳定了忠于南明的大臣们在军事上的地位；但他过早离开朝廷却加速了一场政治危机的到来。因为史可法不在朝中，所谓“正人君子”便缺少一位足以同马士英及勋贵集团抗衡的强有力的人物。自从北京的高级官员纷纷涌入南京以来，大批东林党和复社成员也在北京陷落后云集南京。其中不少人，包括原来在崇祯时受到排挤的官员，此时颇受人们的欢迎，并被授以高位。在弘光皇帝的五位大学士中，至少有两人——张慎言和姜曰广——是众所周知的东林党人。两位左都御史徐石麒和刘宗周也明显地属于“正人君子”一党：前者曾因支持黄道周而受到魏忠贤的指控；后者的名字即是东林党和复社成员所追求的刚正不阿精神的象征。实际上，刘宗周接受弘光朝廷的职位，将意味着对朝廷贤明的认可，并进而证实其权威的合法性。但当弘光帝登基之后，这位思想家决定不在朝为官。6月23日，他回绝了弘光帝请他出任左都御史的任命，返回了绍兴老家。7月11日，大概是在得知皇帝不允许其推辞之后，他又离开了家乡来到杭州。他三次上疏，不指名地谴责了皇帝周围的一些大臣。而后，来到南京东面的丹阳，等待皇帝对其奏疏的答复。就在这一时期，他为自己取号为“草莽孤臣”，以此表明对已故皇帝而不是对建立南明的当今皇帝的忠诚，这一举动，很容易被马士英以“妄自尊大”的罪名加以指责，甚至可以因其不愿到弘光朝廷作官，而被指责为大不敬。刘宗周这种除非皇上接受其建议，否则不愿入朝为官的态度，可以被视为对马士英或弘光帝本人的傲慢不恭，但对那些将其奉为楷模的“正人君子”来说，却有着重大象征意义。
除了刘宗周、徐石麟等元老象征着东林党势力外，还有一批年轻文人代表复社势力。这些年轻文人虽然比严肃的东林党人更富有浪漫色彩，但他们十分崇敬刘宗周。其中许多人，如著名作家、《桃花扇》中所描述的风流才子侯方域，在北京陷落前一两年就来到了南京，躲避家乡的战乱。1642年，侯方域的家乡河南受到李自成的威胁，其父侯恂奉命前往镇压，但未能成功。于是侯氏家族迁出农民军活动的区域。侯方域本人则决定跟随众人前往南京避难，并希望在南京能与在北京结识的文人重聚。
侯方域的愿望实现了。他一到南京，就将著名的“四公子”重新聚合在一起，其中包括侯方域本人和方以智、冒襄、陈贞慧。虽然时间短暂，但他重新领略了秦淮河畔的烟花风情，那里灯红酒绿，歌舞不休，与南京城外的兵荒马乱的情形判若两个世界，时间在这里停滞了，那令人难忘的美好的一瞬，后被剧作家孔尚任如此绝妙地捕捉住了，他让侯方域唱道：
齐梁词赋，
陈隋花柳，
日日芳情迤逗。
青衫偎倚，
今番小杜扬州。
寻思描黛，
指点吹箫，
从此春入手。
秀才渴病急须救，
偏是斜阳迟下楼，
刚饮得一杯酒。
但这美好的时光，很快就因北京的陷落而结束了。由于皇位继承权之争的爆发及马士英率其船队直逼南京——过去的政治斗争似乎突然间死灰复燃。由于史可法已离开朝廷，“正人君子”们便将希望寄托在侯方域身上。侯方域之父与总兵左良玉的关系十分密切，而左良玉是这些人可能得到的唯一的军事援助者。
左良玉是当时最强大的军阀之一。他的5万正规军及投降后被收编的农民军，控制了湖广地区。这支军队虽因纪律涣散而臭名昭著，但仍是抵挡张献忠的有效屏障。张献忠当时已横扫四川，随时可能顺江而下进攻江南。所以弘光帝登基后首先采取的行动之一便是尽力争取左良玉效忠南明。弘光帝封左良玉为“侯”，任命他所信任的、与东林党有联系的文官袁继咸为湖广总督。袁继咸致书左良玉，劝其效忠南明政权，并率军构成一道抵御张献忠东进的防线。
当时，左良玉满足于留在湖广而无心干预朝中政事。所以，东林党和复社无法取得军队的支持。他们别无选择，只好使出他们最拿手的政治手段：通过对官吏的铨选和品评来控制文官。大学士、东林党人张慎言已是吏部尚书；另一位东林党人，兵部左侍郎解学龙又推荐黄道周作吏部左侍郎，与张慎言呼应。通过这一任命，东林党人掌握了人事大权。于是，他们立即着手将其支持者安插于要职。例如：解学龙提议让黄道周的最重要的政治盟友叶廷秀任户部主事。
马士英迅速行动起来，对东林党人试图占据政府重要职位的努力进行反击。他阻挠对叶廷秀的任命，提议召勋臣刘孔昭入阁，使之成为第六位大学士，从而转变朝廷最高层权力分配的现状。由于刘孔昭非科举出身，又由于勋臣担任大学士从无先例，吏部尚书张慎言轻而易举地否定了这一任命。刘孔昭大怒，立即作出反应，推荐马士英为大学士，并立刻得到皇帝的批准。1644年6月27日早朝时，刘孔昭又在勋臣赵之龙支持下，当着皇帝的面，对张慎言进行突然袭击。他指责张慎言拒绝任用勋臣武将，而以推荐吴甡、郑三俊等勾结李自成的罪臣为官的方式图谋反叛。他还指责张慎言利用吏部的任免之权，在朝中安插亲信，而被安插者又都与东林党过往甚密。最后，这位勋臣对张慎言进行了人身攻击，叫骂道：“排斥武臣，结党行私，非杀此老奸不可”。
6月27日的廷争暴发后，张慎言及五位大学士中的高弘图和姜曰广两人立即提出辞职。弘光帝接受了张慎言的辞呈。于是，张慎言离开了朝廷。高弘图与姜曰广的辞呈没有得到批准。皇帝试图以国家面临的危难及他们在朝中的重要地位来说服他们。对此，高弘图虽毕恭毕敬，但仍坚持己见。他解释说，不是为一点小事辞官，而是反对如此不公地对待张慎言。因为正是张慎言任用了像刘宗周、黄道周这样的正直之士。高弘图还抨击了朝廷选官制度的混乱。他认为，任免政府的高级官员，尤其是大学士应按先帝旧制进行，由九卿会议决定，而不能由一二人专权。
高弘图所要求恢复的是一种集体协商的选官制度，即由皇帝召集朝廷大臣对被选人的优缺点进行评议，而后再决定任用与否。这是崇祯以前的制度，后来因为党争被崇祯废除了。如今，新皇帝已经登基，高弘图及其他正人君子的领袖们希望恢复过去的制度，并企望由此恢复朝廷大臣的权力，摆脱由皇帝和权臣议定任免大臣的选官方法。这种方法虽有利于皇帝和权臣，却势必削弱六部言官及内阁的权力。另一方面，马士英则主张进一步强化皇帝和权臣对官吏的任免权。在同高弘图辩论时，马士英强调用个别官员的例子责怪整个朝廷是不恰当的，也是不公正的。高弘图反驳说，公开评议的选官制度是公道的：经过群臣会议推荐不更光明吗？表面上双方争论的是选官公正与否的问题，实际上，问题的焦点在于究竟实行什么样的选官制度。
马士英坚持主张废除经九卿评议选任大臣的制度是有目的的。他希望他的老朋友和支持者阮大铖进入南明政府；他又深知要实现这一不得人心的甚至荒谬的任命，必须避开廷议，而直接取得皇帝的诏令。
阮大铖自《南都防乱公揭》传出后，一直过着隐居的生活。他闭门不出，对那些轻蔑地摒弃他的人恨之入骨。农民军攻占北京和南明政权建立，对他来说，似乎是一次政治机会——因为一些反对过他的复社成员投降过大顺，这使复社的声誉受到损害。同时，他的好友马士英又成为南明政权中的重要人物。于是，阮大铖奏上一道很长的“孤忠被陷之由疏”，表示愿为弘光帝效忠。疏中声称，他曾私下劝阻其他人追随魏忠贤，后来仅在1624年的很短一段时间内，与逆党魏忠贤共事。此后他虽然得到一个官职，但只干了70天就隐居回乡了。在这孤傲、寂寞的放逐生活中，他又遭到东林党和复社的恶毒诽谤。然而（在某种意义上，这是阮大铖打动福王的最重要的一点）正是这些曾攻击他与一位皇帝宠臣勾结的人，竟为实际上杀死了皇帝的叛贼效力。换句话说，许多过去的东林党人和复社成员成了为李自成服务的“伪官”。阮大铖质问道：究竟谁是真正的忠臣？是站在弘光帝立场上的他，还是那些“贰臣”？
这道奏疏最初在反对阮大铖的官员中没有产生什么影响。因为这些官员一直在南京任职，从未考虑过要对北京的同僚加以区别。但在1644年7月9日马士英提名阮大铖任兵部右侍郎时，吕大器上疏怒斥：
先帝血肉未寒，爰书凛若日星，而士英悍然不顾，请用大铖。不惟视吏部如刍狗，抑且视陛下为弁髦。
从7月12日到7月20日，其他官员的奏章也雪片般地飞来，群起攻击阮大铖并抨击这项提名。陈子龙——其父与马士英于1619年同时通过会试——甚至亲自登门劝马士英撤回这项提议。他认为，阮大铖入朝，会使17世纪20年代的党争重演。姜曰广和高弘图对阮大铖入朝也强烈反对。但马士英及其同党并未退缩。刘泽清从其驻地上疏弹劾吕大器“图谋不轨”，以此迫其辞职。朝中，姜曰广和高弘图则不再参加内阁议政，并随即一起辞职。由于这些人离开了朝廷，某些重要官员又被收买，马士英终于在9月30日成功地得到了皇上的诏令，直接任命阮大铖为兵部添注侍郎。
如此激烈地反对阮大铖的原因之一，是正人君子们担心阮大铖在兵部任职——特别是吕大器离开兵部之后——将意味着放弃收复华北的战略而采取“偏安”南方的主张。因为，马士英和阮大铖都主张实行与北方敌对政权和平共处的政策，实际上是满足于采取南宋王朝在女真人入主中原分裂中国时所采取的那种办法。
马士英当然希望将南明的统治扩大到长江流域以外地区。弘光帝即位不久，马士英就上了一道密折，提出“开国大计”，建议与北方豪杰之士建立广泛的联盟。但实际上这仅仅意味着重新确认诸如长期驻守战略要地汉中的赵光远等将领的职务，或承认张缙彦那样的乡绅的权力。后者曾任兵部尚书，后来回到河南老家组织“义勇”，镇压当地农民军。马士英的这一举动并不意味着他打算组织乡兵，并以此作为从大顺余部或清人手中夺回北方的计划中的一环。河南的情况就清楚地表明，实际上马士英不愿批准任命豫北那些志在收复失土的豪强们。这些豪强仍据守着自己的寨子。
河南当时势力最大的豪强是刘洪起，最初他和自己的四个兄弟控制了位于河南东南部汝宁府的盐井。通过与左良玉结盟，他又将势力扩大到豫北。1643年，明朝政府授予他副将职衔，并任命他为西平副总兵，从而承认了他的权威。
平西寨副将刘洪起，勇而好义，屡杀贼有功。（河南）诸帅中独洪起欲效忠。洪起拥兵数万，诸小寨悉归之。洪起尝官副总兵。
就其本身而言，刘洪起不会投身于收复失地的事业，只是受到浙江冒险家陈潜夫（1636年举人）的影响才被卷入。开封在被李自成围困期间曾遭到洪水袭击。在这之后，陈潜夫来到开封，试图恢复这一地区的安宁。他将总部设在杞县，招纳了许多逃离开封的官吏，自己组建了一个相当于府一级的机构，但与此同时，李自成任命的“伪”巡抚梁启隆接管了破败的开封城，管辖河南。梁启隆的主要任务是控制那些经常下乡劫掠的军纪废弛的军队。但他的努力不见成效。陈潜夫被迫率其3000部属迁至西平寨。就在那里，他与刘洪起及其1万人马结成联盟。北京被大顺军攻陷的消息传到西平后，他们二人集中兵力将梁启隆赶出开封，迫其退到黄河以北。直到李自成被清军逐出北京之后，他们才回到自己的根据地。如今，听说明朝新政权已在南京建立，陈潜夫立刻表示他和刘洪起将忠于南明，并愿以西平为根据地，为明朝而战。在给弘光帝的奏疏中，陈潜夫极力主张南明军队坚守山东、河南，寸土必争。他说，河南有寨数百，可联成一片，并向弘光帝保证，明军可以通过他们的防区北上伐清。
马士英根本不赞成这些计划，弘光帝任陈潜夫为河南巡按御史，并任刘洪起为总兵，这都不合马士英的意愿。但对“正人君子”们来说，陈潜夫和刘洪起都是豪杰之士；他们希望在百姓强烈要求收复中原的热潮中，动员起更多的地方豪绅。正如史可法在南京首次商讨国策时所指出的，明朝臣民不能以“江南片席地，俨然自足”，而是需要更大胆的战略，“亟召天下名流，以收人心。”史可法牢记南宋的教训，主张“必须能战，而后能守”。他与当时的应天巡抚左懋第一样，认为“从来守江南者必战于江北”。
史可法告诉弘光帝，历史证明只有守住江北才能保住江南。这也反映了史可法所期望的仅仅是保住南京而不是收复北方。对此，刘宗周、陈子龙等人都不十分满意。素孚众望的刘宗周支持明军分两路出击的建议：一路向东进入淮河流域攻取徐州，另一路向西进入安徽攻取襄阳。当时在兵部任职、参预负责南京防务的陈子龙，恳求弘光帝召见刘宗周，令其陈述招纳“天下贤者”，共图“复明”的计划。
陈子龙自己也直接向弘光帝提出很多建议，如：“布置两淮之策，以为奠安南服之本。”其中包括在南京驻军内组建精锐的“标兵”，以及征募新军，精选将领，令将领在其辖区内自行召募义勇等。同其前辈戚继光和远在其后的曾国藩一样，陈子龙希望建立一支“子弟兵”，用儒家的道德精神激励他们，并模仿诸葛亮的作法将他们编成各具特色的小队。这一计划意在稳定华中和华南的局势；但真正关键的步骤是让福王听取聚集在江南，主张北伐的“众贤”的意见。陈子龙强调说，弘光帝为“诸逆”所隔，因而听不到“众贤”的意见。他以历史的教训告诫弘光帝：“先朝致乱之由，在于上下相猜，朋党互角”。反之，弘光帝若能冲破内廷的封锁，征询公众的意见，便会明白以御驾亲征来唤起天下“豪杰”的时刻已经到来。
毫无疑问，1644年夏，陈子龙及其周围的人曾确信，大胆的北伐将会扭转历史潮流。弘光帝若能像后汉光武帝或唐肃宗那样，放弃宫中的享乐，亲自率师北征，必将无往而不胜。陈子龙坚持认为，历史的发展主要取决于公众的激情。在这决定性的紧要关头，百姓的情绪正处在混乱之中：可能转向这边，也可能转向那边。
今者人情泄沓，不异升平，从无有哭神州之陆沉，念中原之榛莽者。臣瞻拜诸陵，依依北望，不知十二陵尚能无恙否。而先帝、先后之梓宫何在？
陈子龙主张必须抓住这一时机。山东、河北“义旗云集，咸拭目以望王师。”机不可失，“臣恐天下知朝廷不足恃，不折而归敌，则豪杰皆有自王之心矣。”
陈子龙对江南百姓是否有能力组织起强大的地方自卫系统，心中颇有疑虑。以一种地缘政治决定论（此种理论被后来的王夫之充分发挥）为依据，陈子龙认为，由于长江三角洲地区的商业化，当地百姓主要聚居在集镇，难以同近邻发展互相关系。此外，由于南方的农活十分繁重，百姓无暇习武，事实上也没有马匹、兵器或骑马操练的余力。他承认局势的发展会迫使江南缙绅组建乡兵，但又担心这些乡兵会像以往那样退化为治安组织。陈子龙的结论是：“故曰，欲为江南兴乡兵者，妄也。”但北方的情况完全不同，地理环境使人们息息相通，有较强的村社传统。人们聚居在不同于血亲组织的村庄中，从而形成了很强的互助和村防习惯。此外，他们习惯骑马，极容易组织起自卫的乡兵。陈子龙希望，一旦弘光帝答应出师北伐，拥有乡兵的北方豪杰便会受到鼓舞，起而支持南京政权。
这也是其他主张北伐者的希望。敢于直言的湖南籍官员，刘宗周的弟子章正宸也曾就此问题上疏弘光帝。他认为，一旦皇帝离京北征，很多“营寨相连”的豪杰便会群起响应，协助收复中原。可见，陈子龙等人对发动各类地方领袖支持和积极参预收复失地寄予极大的希望，而这些地方领袖正是在明朝末年、朝廷日趋衰落之时乘机扩大了自己的实力的。早在1643年就曾上疏崇祯帝建议在全国组建乡兵的举人何刚认为，唤起地方领袖可使南明政府充分利用早已遍布全国的乡兵组织。如今正渴望加入弘光政权的何刚，呼吁勤俭治国，以便使政府有财力酬劳地方豪杰，并为其部属提供军饷和赏金，以此赢得这些亡命之徒对北伐的支持。
惟日求天下奇才，俾智谋者决策，廉明者理财，勇猛者御敌。庙堂不以浮文取士，而以实绩课人，则真才皆为国用，而议论亦省矣。分遣使者罗草泽英豪，得才多者受上赏，则豪杰皆授命疆场，而盗魁亦鲜矣。
如果皇上愿意承认这些地主豪杰并给予相应的奖赏，他们做恶的能力便会被引导转向在政治上发挥积极的作用。他们将被改造成义士而不再作盗魁。或许通过战场上的伤亡还可减少这些盗贼的数量。这样，南明政权就可利用混乱的局势使地方豪强为自己而不是为敌人所用。
何刚关于动员乡兵的建议，集中反映了陈子龙及其他几社成员治国主张中的自利原则。史可法提出的将江北建成北伐前线的战略，也带有合理自利的特征。他认为，江北荒地应以军屯形式加以开发，屯田军民以百夫屯、千夫屯为单位，选豪杰为百夫长和千夫长，负责具体实施。为了保卫自己开垦的土地，这些屯民将组成抗击入侵者的坚固防线，并有助于收复失地。
然而，这种将决心保卫自己家园的地方缙绅当作南明政府的最可靠的同盟的主张，遭到刘宗周等更急于求成者的摒弃。这些人抱有更激进的幻想，他们认为，只要皇上御驾亲征，百姓就会自发地响应。刘宗周还将皇帝亲征所蕴含的恢宏气度与高杰、刘泽清等人的投机与自私作了区别。从策略上看，此时作这种区别是极不明智的，因为这样做既损害了朝中有志收复失地者的事业，又几乎使刘宗周本人丧命。刘泽清被这位思想家的自以为是所激怒，遂上疏参劾刘宗周。他见皇上没有立刻作出反映，便再次上表警告说：若不正式革除刘宗周的左都御史之职，他便辞去南明政府的官职。当高杰和刘良佐起来响应后，马士英也对刘宗周提出弹劾，说这位思想家要求御驾亲征，是想危害皇上的性命。随后，勋臣镇将们又把攻击目标扩大到所有支持姜曰广的“阁臣”，他们指责姜曰广“谋逆社稷”。10月9日，姜曰广辞职还乡。次日，即10月10日，刘宗周也离开了南京政府，这一次并非完全出自其本意。
与刘宗周离职以及接踵而来的对阮大铖的任命同时，还有一系列辞职与参劾事件。陈子龙辞去了兵部之职，返回松江老家。湖广巡按御史黄澍上疏参劾马士英，列举了马士英所犯10条当斩之罪。对立的双方，又重新开始以最有利于自己的方式进行斗争。倾向刘宗周的士大夫此时公开宣称自己是崇祯朝“正人君子”的继承者，并断言他们之所以遭到攻击是因为与东林党或复社的关系密切，东林书院的创建人顾宪成之侄顾杲的被捕，就证明了这一点。与之对立的马士英与阮大铖一党则将这场冲突描述为弘光帝的忠臣与追求私利的投机者之间的斗争。他们声称，忠于皇上的人正在保护弘光帝的利益，使其免遭狂热的东林党人的损害。因为弘光帝的父亲曾在政治上反对过东林党人，所以东林党人的继承者正在伺机报复。追求私利的投机者则只是在口头上大讲忠君，实际并非如此，他们当中的许多人在北京陷落后曾投降李自成。阮大铖上任不久便对一些曾反对他复出的人说：“彼攻逆案，吾作顺案相对耳。”
自6月下旬以来，顺案就一直在策划之中。6月22日，从北方逃来的官员被禁止进入南京。这一禁令是针对那些曾投降过大顺又想南下避难的人而发的。7月4日，马士英又力荐其好友李玉田任兵部尚书，以酬劳他在北方杀死过许多“伪官”。史可法当时正在扬州试图抚慰高杰。他在扬州城外的大营中得知这些变故后十分震惊，立即致疏朝廷，表示不赞成拒绝北方官员南下的作法。他建议：
诸臣原籍北土者，宜令投呈吏、兵二部，注名录用，否则绝其南归之心。
史可法并不想对曾归降大顺的人实行大赦。实际上，他还要求对自己的堂弟、翰林庶吉士史可程实行惩治，因为史可程曾加入过李自成的政权，并写信劝史可法也归顺大顺。但史可法也主张区别对待曾与大顺合作的官员。他以略带讥讽的口吻指出，那些现在叫嚷着要求惩处“从贼官”的人们，倘若在北京陷落时也在北方，可能会做出与之完全相同的举动。总之，史可法认为这是一段颇具讽刺意味的往事，许多在南方任职的官员原是被朝廷贬到这里来的，而现在却恰好因之而免受监禁之苦。史可法指出，高杰和刘泽清都没有坚守北方的岗位，而自己与马士英也未能营救北京的崇祯帝。他暗示南方的官员都未能挽救北方朝廷，从某种意义上说，南方官员的幸存正是由于北方官员没有严守臣节，因为如果北方官员都像忠臣义士一样杀身成仁，那么像他这样深受先帝厚恩的南方官员也都应效法。
北都之变，凡属臣子皆有罪，若在北者始应从死，岂在南者独非人臣。
但就在史可法上疏建议只惩处罪大恶极的降贼官员时，江南士民却群情激愤，坚决反对宽恕那些叛臣。吴地缙绅上疏谴责陈名夏、项煜等降过贼而今又仓皇逃到南方的官员。随着公众对从贼官员的义愤日益增长，对公然背叛明朝者也深感气愤的阮大铖发现，将众人的义愤引向那些反对过他的“正人君子”是很容易的。当南京政府颁布了杨汝成、项煜、陈名夏、徐汧等“北都从贼诸臣罪状”之后，杨汝成等人的住宅便受到以生员为主的暴徒们的袭击。这种状况迫使那些孤立无援的从贼官员又纷纷逃回北方，加入了清政府。
在“顺案”爆发期间，周钟极大地损害了复社在明朝忠臣心目中的形象。周钟是1643年科举榜眼，复社领袖。他曾担任过李自成的顾问，并答应帮助李自成征服江南。周钟和其从兄周镳都为阮大铖所仇视。阮大铖因他们在《南都防乱公揭》上签名而怀恨在心。然而，令人不解的是，正是周镳——他嫉妒并疏远周钟——公布了其从弟周钟在北方叛明降顺的内情。周镳的一个门徒透露了周钟所写的那道不光彩的“劝进表”的内容，其中还将李自成比作尧舜。周镳本人还私下印了两种记述北京陷落时状况的书（《国寿录》和《燕中纪事》）。其中详细描述了他那位从弟卑躬屈节的丑行，包括他对大顺大学士牛金星的奴颜媚态。
我们简直无法描述南直隶的士大夫在得知周钟变节行为时是多么震惊，他们“远近切齿”。周钟的密友嘉定籍哲学家黄淳耀听到此事后立刻病倒了：
天哪！难道周钟竟能如此丧尽天良？他如何能做出此等事情？我们已有二十年的交情了，但我永远不会原谅他这种大逆不道之举。我希望我交友不慎的教训能使其他人在交友时引以为戒，周钟作为大臣的行为将会使未来的大臣们引以为训。
人们愤怒的原因在于完全没有料到一个曾在科举中荣登榜眼的人竟会背叛恩重如山的皇上。在传统的观念中，获得最高级科举出身的人，理所当然应为其皇上献身。宋朝的伟大爱国者文天祥不就是状元吗？周钟失节不仅被看作是对明朝的背叛，而且还被许多士大夫视为对儒家信仰的背叛。因此，周钟的背叛，为那些嫉恨自视清高的东林党和复社成员的人提供了绝妙的例证，他们以此来揭露所谓“正人君子”在政治上的虚伪。
此外，由于周钟的两位伯父被指斥为宦官魏忠贤的党徒，周钟本人的变节行为便为马士英和阮大铖提供了良机，使他们可以巧妙地将“逆案”与“顺案”联系在一起。1644年7月13日，马士英上疏要求处死周钟。他对弘光帝说：
庶吉士周钟者，劝进未已，又劝贼早定江南。闻其尝驰马于先帝梓宫前，臣闻不胜发指。其伯父应秋、维持皆魏忠贤鹰犬，今钟复为闯贼忠臣，枭獍萃于一门。逆党钟于两世，宜加赤族诛。其胞兄铨尚厕衣冠之班，从兄镳俨然寅清之署，均宜从坐，用清逆党。
此后不久，周钟和周镳相继被捕入狱，并很快地被处决。
随着“从贼官”被一一认定，对周钟的逮捕揭开了一场大清洗的序幕。1644年10月14日，大理寺颁布了对从贼官的惩罚条例。规定罪重者磔、斩，罪轻者绞、流。随着搜捕的进展，宦官控制秘密警察的权力又得以恢复，令人畏惧的东厂打手又来到南京，重操旧业。
正直的士大夫本能地作出了反应。至少从表面上看，崇祯时期的激烈党争如今又全面爆发了。顾锡畴（高弘图辞职后他继任礼部尚书）等“爱国之士”又重新使用起17世纪30年代的政治术语，称马士英、阮大铖一伙为“阉党”，借翻旧账以自卫。例如，这位曾亲身遭到魏忠贤迫害的大臣，坚持要求弘光帝以渎职罪取消对温体仁的封谥。这个问题虽一度转移了朝廷对“顺案”的注意力，但似乎也证明了马士英和阮大铖的论断，即“正人君子”正在重新挑起危害甚大的党争。阮大铖甚至感到完全有必要针对“正人君子”集团编制一套新的黑名单。
阮大铖开始编制黑名单时，对其政敌的迫害也进入了新阶段。由于马士英和阮大铖对东林党抱有明显的偏见，因此，他们开始招纳过去与魏忠贤有牵连的人作为支持者。而这些人被鼓动起来的主要原因是，他们担心一旦正人君子们重新上台，他们自己会因过去与魏忠贤的交往而遭到贬斥。比如郭如阇、周昌晋，特别是杨维垣，在公众眼中都与从前的“逆党”有关，而如今都在马士英手下任职。这无疑将使冲突更加残酷。杨维垣在1624年吏部之争时便是阮大铖的密友，现在他又力劝阮大铖不择手段地打击政敌。1645年初，一位自称大悲的疯和尚为阮大铖一伙提供了这样的机会。
1654年1月12日，南京西城兵马司得报说，西华门外有一个和尚自称是亲王。一名官员奉命前去调查，将此和尚逮捕，带入南京，由京师提督戎政忻诚伯赵之龙率手下官员审讯。在审讯者看来，这个和尚无疑是个疯子，他自称法号大悲。是定王，并说，1642年先帝为防不测而派他南下。审讯中，大悲和尚几次改变自己的封号，还肆无忌惮地说自己与潞王有联系。最后，他向审讯者提到两位南京政府官员的姓名，其中之一是钱谦益。
虽然在大多数人看来，大悲不过是个发狂的和尚，他自称亲王的行径是可怜的，可以不加追究。但阮大铖和杨维垣却抓住大悲提到钱谦益（他被视为与东林党和复社有牵连的人）这一情节，试图编造一起阴谋支持潞王谋反篡权的案件。于是，他们令一名亲信参加了审讯，夸大了大悲的口供。使之牵连到143人，其中有史可法、高弘图、姜曰广以及其他一些具有同等声望和地位的人。但阮大铖还没来得及下令逮捕这些人，钱谦益便上疏抨击了这一针对他的而又不堪一击的指控。这样一来，此事便公开化了。这就迫使阮大铖寻求马士英对此案的支持。马士英浏览了供词，意识到这项指控根本不能使公众信服。相反，只能使其同党显得滑稽可笑。他看出这个可怜的和尚不能用来作为发动清洗的借口。遂于3月27日下令将大悲处决，并拒绝支持对那143人的指控。
尽管如此，阮大铖仍继续对复社成员进行报复，特别是对那些曾在《南都防乱公揭》上签名的人或公开反对他复出的人。《桃花扇》对此有如下描写：
凶凶的缧绁在手，
忙忙的捉人飞走；
小复社没个东林救，
新马阮接着崔田后，
堪忧！
昏君乱相，
为别人公报私仇。
有些人遭受打击，不得不更名换姓躲藏起来，其余的则全部逃出南京，或到左良玉军中避难，或到扬州作史可法的幕僚。侯方域显然是阮大铖寻求报复的主要目标，一位与之关系密切的将领（经常与他一起饮酒）警告他说，阮大铖打算逮捕他。作为阮大铖发泄私愤之对象的其他官员，干脆在被革职之前就离开了朝廷。即使被授予官职，他们也断然拒绝。
有才干的人中，有些拒绝任职，有些则因与马士英和阮大铖不和而得不到任用。例如：前广西巡抚方震孺在行政和军事方面都是行家，尤其擅长发动乡绅和乡兵。也许是因为曾受到史可法的举荐，也许是因为曾遭受过魏忠贤的迫害，并几乎被拷打致死，方震孺受到猜忌。尽管他愿意出力“勤王”，却遭到马士英和阮大铖的排斥。因此，方震孺所具有的地方管理才干无法得到发挥。
但如果说1645年1月以后，南京政权中所有的官员都是马士英或阮大铖的亲戚朋友，也不符合事实。还有一部分相当出色的官员留在朝中，在马士英弃职逃走后的最后日子里，就是他们主持朝政。其中三位主要大臣是赵之龙、王铎和钱谦益。赵之龙并不是马士英的亲信，由于他处事公正，得到朝中许多官员的敬重。这些官员担心朝政走向某一极端，因而希望有一位温和甚至妥协的大臣。王铎是著名的书法家（1622年进士），曾任翰林院编修。1640年升为南京礼部尚书，后丁忧告假还乡。期满后，原定到北京任礼部尚书，因李自成攻陷京师而未成行。1644年6月，出任南京政权的礼部尚书，继而兼任大学士。王铎转任吏部尚书后，钱谦益接任礼部尚书。钱谦益是著名的东林党人，故有必要指出，尽管马士英与阮大铖打击正人君子，但仍有不少与东林党有关系的官员留在南京朝中。与此同时，还有不少有才干的中立者在朝中担任要职，其中包括杨鹗、丁启睿、高倬、朱大典和练国事。
然而，尽管这些官员可能很能干，南京政府持续不断的财政困难却限制了他们才能的发挥。朝廷自然要尽力维持一支庞大的军队。1644年冬季，名义上属于南明的军队超过100万人，是其兵力最盛之时：
| 将领或驻地 | 兵力 |
| 高杰 | 4万 |
| 黄得功 | 3万 |
| 刘泽清 | 3万 |
| 左良玉 | 80万 |
| 安庆驻军（归凤阳指挥） | 1万 |
| 凤阳驻军 | 1万 |
| 淮安驻军 | 1.5万 |
| 黄斌卿 | 1.8万 |
| 李成栋（史可法指挥） | 4000 |
| 吴材驻军 | |
| （水陆部队） | 1万 |
| 安庆驻军 | 5000 |
| 总计 | 100.2万 |
| （应为97.2万——译者） |
可以肯定，这些都是各地驻军的上报数字，实际人数可能要比这些数字少得多。前五支军队主要是自给自足的。所以其将领，像左良王等人皆在其辖区内征税，而且根本不将其税收上缴南京。其余的军队则主要依靠南京提供的军需和兵饷。这样，军政与民政的开支加在一起，每年约需1000万两银子。
朝廷希望史可法提供这笔经费的一部分。但那年冬季，他自己的军队也没有足够的粮草，加上淮阳地区的交通被阻断，致使史可法派出的收税官只收到规定税银的一小部分。其中只有5000两上缴南京。因此，南京朝廷只好另寻出路。尽管以前的赋税有所减免，但常规税额却增加了；对已经纳税的地区，则课以额外捐税。例如，这年初冬，淮河地区的米税就增长了12％——据说是因为上交的稻米质量低劣；数月之后，又有宦官建议，向浙江、福建额外征银20万两以弥补府库的日益虚竭。此外，房地产交易税、渔税及沿岸芦苇税等多种杂税也开始征收。及至1645年春，马士英甚至提出向各州府征收特别税，以训练军队。这实际上是恢复了福王登基后已废除的令人切齿的“练饷”。酒税也在此时开始征收，盐税提高。在预料中的是朝廷少不了卖官鬻爵；对地方乡绅进行额外搜刮，迫使他们交纳财产税等等。尽管南明政府作了种种努力，但这些权宜之计的实施，至多也只能收到800万两，而政府所需要的开支则是1000万两。
这一困难显然是全局性的，南京政府根本没有足够的辖区，所以也无法为防御提供足够的钱粮。由于缺少信贷来源和私人钱庄（清政府则可从山西商人处借贷钱款），南明政府只能发给少数将领军饷，因而它不得不允许主要军事将领在其各自辖区内拥有财政自主权。这样便削弱了朝廷对各地驻军的控制。这些军队常为分赃不均而互相争吵，以至后来清军邀请他们共同征服华南时，他们竟为能有机会掠夺战利品而喜出望外。
尽管南京政权的财政困境是全局性的，但无论当时还是后来的舆论都将南明经济崩溃归咎于皇上的昏庸或马士英的贪婪。也许找出一个替罪羊能使人们对即将发生的悲剧在感情上更容易接受。也许传统史家总是习惯于把一切罪责归于某个人的恶劣品行。因此，无力挽回财政危机的责任，被推给了奢侈的弘光帝和贪得无厌的马士英及其同党。弘光帝是个戏迷，据说他不理朝政，日夜沉溺于表演或观赏阮大铖所编写的《燕子笺》一类的戏曲中。正如《桃花扇》所描述的那样，弘光帝唱道：
旧吴宫重开馆娃，
新扬州初教瘦马，
淮阳鼓昆山弦索，
无锡口姑苏娇娃。
一件件闹春风，吹暧响，
斗晴烟，飘冷袖，
宫女如麻。
红楼翠殿，
景美天佳，
都奉俺无愁天子，
语笑喧哗。
宫殿楼台遮蔽了刀光剑影，南京城内的骄奢似乎掩饰住了前方将士的艰难困苦。皇上只关心自己御花园的美丽，只关心宫内戏班子的戏装精致。他把越来越多的权力交给了宦官，而朝中权臣又卖官鬻爵，中饱私囊。一首当时的民谣这样唱道：
职方贱如狗，
都督满街走。
马士英和阮大铖为了控制某些职位而相互争夺。例如，马士英欲使张国维任吏部尚书，阮大铖则希望他的朋友张捷得到此职。结果阮大铖如愿以偿。而马士英也得以提拔自己的甥婿杨文驄掌南京江防。
扫尽江南钱，
填塞马家口。
因此，有些人出于私心，利用阮大铖的卖官鬻爵和马士英的任人唯亲，拒绝放弃对江南财富的控制，反对北伐。与此相反，史可法则没有理由不支持北伐，他本人当时已在江北，而江南又无其切身利益需要保护。因此，在当时简单化的道德评价中，南京朝内的腐败自私与史可法军营中的正直献身精神形成了鲜明的对比。
史可法的扬州大营吸引了江南士绅中最狂热的忠义之士。他们从江南各地，尤其是从淮河流域来到史可法营中充当幕僚，渴望为南明效力。史可法离开南京时，带走了他在镇压农民军期间召集起来的一批忠心耿耿的部下。其中有些人，如张一宠，是1635年史可法在太湖剿匪时投入其门下的。有些则是军事家，如浙江的李标。但他的大多数幕僚是17世纪40年代初在安徽作战时招募的。在任安庆、贵池巡抚期间，史可法又网罗了许多当地士人，像安庆的周自新和孟振邦，贵池的程宗熹和汪思诚。来到扬州后，史可法宣布成立了一个特殊机构——礼贤馆，并下令招纳四方学士。通过其心腹幕僚应延吉的努力，史可法招纳了20名新幕僚，其中包括年轻的神箭手李升和著名的战略家卢景才（Lu Jingcai）。也有一些人，像正在协助史可法组织“保甲”的1643年进士吴璇，因受到史可法的赏识而任要职。其他人则进入史可法的幕府，以幕僚身份为其出谋划策。其中最著名的是积极献身于收复中原事业的徐州诗人阎尔梅。
阎尔梅（1603—1679）出身于富裕的士绅家庭，其家族以擅长音律著称。他与两个兄弟从小就在父亲的督促下学习作曲，并都是受人尊敬的诗人，阎尔梅在兄弟中又最为出色。他虽然不如同乡万寿祺有名，但在24岁时就写成了一本诗集，并为一群在华中和华北的城市与乡村间浪游的诗人所承认。1627年他来到南京，随后又到淮扬地区，与杨廷枢、沈明抡、袁徵、李待问等诗人交游。1628年，在江阴短暂逗留后（在这里阎尔梅出版了《疏影居诗》），阎尔梅便北上寻友，来到了北京。他与吴盛藻、李武曾、戴无忝及山西诗人傅山一起长夜痛饮，唱和诗歌，切磋技艺，举杯相祝，饮酒赏月。1628年，他有幸与另一位著名的徐州诗人万寿祺应邀参加了在天坛举行的御经筵，并作为南方名士被引见给刚刚即位的崇祯帝。
两年后，阎尔梅在北京出版了一部诗集。1632年，在完成了另一部著作之后，他回到淮扬，继而又来到杭州西湖，一路上又出版了两部著作。此后，阎尔梅从浙北再次北上，并在山东小住。山东日益增长的社会动乱迫使他于1641年回到了相对安全的淮安避难。在往返的旅途中，他数次横渡黄河，并与许多对王朝将亡十分敏感的士大夫一样，目睹一泻千里的黄河波涛，感受到历史兴衰往复永无止境：
黄河来万里，
沧海去朝宗。
经过泉溪处，
诸水俱率从。
清浊非一路，
大小相雄雌。
与时为盛衰，
怒喜看天风。
行人不敢渡，
舟子歌艨艟。
沙诸闻笑言，
烟雨垂钓翁。
神禹知有命，
蜿蜒视蚊龙。
历史正如黄河那样，有时汹涌奔腾，一路汇集着涓涓细流，有时则气息奄奄，干涸断流。如果这一比喻是恰当的，阎尔梅所处的正是这样的时代。由于京师已落入李自成之手，阎尔梅的生活发生了转变，学者的悠闲与诗人的欢宴从生活中消失了。他一度回到徐州。大顺官员前来接管此城后，他便逃入附近山中。武素几次派人寻找阎尔梅，并邀他返回徐州，归顺新政权。但阎尔梅复信表示要尽忠于明朝。回淮安后，他决心保持名节，并尽力使其家族摆脱当时的困境。正是在这种情况下，阎尔梅开始注意到淮安以南160公里处史可法的扬州大营。他听到有关礼贤馆的消息后，便产生了再次乘船南下的念头。但此次南下与他20岁时到南京参加诗人聚会大不相同。对许多像阎尔梅这样的文人学士来说，作史可法的幕僚便意味着暂时结束毫无目的的迷茫生活，得到一次重获已失际遇的机会。直到1645年2月12日他被邀请作史可法的幕僚时，阎尔梅才真正加入了史可法的幕府。他进入礼贤馆时所抱的希望，是鼓动南京出兵北伐。
就在这时，史可法和南京朝廷开始考虑与北京新政权结盟，以共同对付大顺残部及仍控制着西北大部分地区的其他农民军势力。正是这位长期以来一心保护长江下游免遭农民军袭击的史可法，首先提出了联合吴三桂以镇压农民军的可能性，并要求朝廷考虑。于是，一位姓何的南明副将奉命秘密北上，联络吴三桂，并以弘光帝的名义封吴三桂为蓟国公。正值此时，南京朝廷得知清军已将李自成赶出北京并在那里建立了清王朝的消息，但这个新王朝的意图尚不完全清楚。1644年7月18日，南京政府收到一份多尔衮致江南百姓的檄文。文中之意十分含糊。第一部分写清朝出兵华北的理由，说满人希望剿灭流贼，以救中国。北方的汉族官员士绅都“怀忠义之心”以迎清军，现在已和新政府合作。这一点恰好证明了清朝的善意。多尔衮在檄文中写道：所有与清朝合作的人，都被封官晋爵，对支持南明的江南百姓，清朝也将一视同仁，慷慨相待。
其有不忘明室，辅立贤藩，戮力同心，共保江左者，理亦宜然。予不汝禁。但当通和讲好，不负本朝。彼怀继绝之恩，以惇睦邻之谊。
在檄文的这一部分中抛出了“两立”的诱饵，以求清与南明能和平共处。
然而，檄文的第二部分又提出完全相反的观点。文中指出：国不可有二主并存，否则百姓心存二意，必将导致国家的混乱。所以清朝在稳定北方之后，必然会遣军南下，实现统一。否则，将来很可能发生叛乱，臣民的忠诚也会发生动摇。
檄文中虽说到南下之事，但毕竟提出了目前实现缓和的可能性。南明朝廷已开始考虑以淮河为界实现南北分立，因而对清檄文中所提建议的反应是相当积极的。史可法也持乐观态度。他极力主张利用清军的力量去消灭主要的敌人大顺军。他认为杀害先帝的流贼比刚刚入关占领中原的夷狄更为危险。经过充分商议，并经史可法同意，南明决定派遣使臣北上与清军谈判。
被选中充当通北使臣的是左懋第。他原是户科给事中，现在弘光帝手下任南京巡抚。他的母亲刚刚在天津去世，他（山东人）想回北方安排母亲的葬礼。因此，他请求率使团前往北京。这次出使表面是为崇祯帝督办祭品及安排葬礼，实际上，其真正的使命是说服吴三桂与南明结盟，并以赠送厚礼、割让更多的已被清军控制的塞外土地及每年输银10万两为条件，说服清军撤到关外。这次出使声势浩大，除左懋第为正使外，还有两名副使：太仆寺少卿马绍愉和左都督陈洪范。此外还有10名官员，20名随从，骑兵50名，马夫200名，卫兵3000名，并携带有作礼品和行贿用的大量金银绸缎。
通北使臣一行于8月7日正式离开南明朝廷。他们准备去感谢清军从叛匪手中解救了明帝国。然而，他们刚刚离开淮安安全地带，便遭到农民军的袭击。左懋第一行于10月到达北直隶时，被督抚骆养性阻留。后者要求他们将卫兵减少到100人，然后把他们送到会同四夷馆，好像他们是向清朝进贡的外国使臣一样。左懋第欲将弘光帝的敕书交给清廷，但清人的答复是让他们送交礼部转呈，不得直接递交朝廷。左懋第抗议道：“此乃大明皇帝御书，何得以他国文书比。”然而，清廷官员干脆拒绝接受这份敕书，并将南明使臣安置在鸿胪寺。吴三桂及其他降清的汉族大臣则避而不见。
清廷采取这种专横态度的原因很简单。在左懋第一行离开南京，出发赶往北京期间，多尔衮已下定决心，要实现其檄文第二部分所宣布的一统天下的宣言。多尔衮和清廷赞成原明朝御史柳寅东的计划，即在剿灭西部大顺军残余后，取道四川直下东南。当左懋第要求与吴三桂会面时，清军已经开始集结，准备投入这场新的战役。
10月14日和26日，左懋第总算见到了内院刚陵，虽然败局已定，他还是向刚陵详细阐述了南明提出的条件。他还要求允许他们为崇祯帝举行葬礼。刚陵断然拒绝了左懋第的要求，并明确表示，清朝已得天命，根本不会接受赎金退回东北。他转告左懋第，多尔衮亲自邀请使臣们到清政府中任职。左懋第意识到，达成协议的希望已成泡影，于是，婉言谢绝了多尔衮的邀请并结束了谈判。出于对这位不辱君命的使臣的好感，多尔衮同意左懋第等于10月25日由清兵护送出城。左懋第及其随员意欲南归者，听其自便。
陈洪范不愿南归。他得知谈判失败后，秘密派人致书清廷，表示愿率部归顺，并将左懋第和马绍愉交清廷处置。1644年11月29日，清廷接到此信，多尔衮立即派出满族骑兵追赶通北使臣，并在沧州截住了他们。左懋第提出抗议，但还是被迫回到了北京。这一次他被勒令而非邀请加入清政府。他再次拒绝，结果被处死。临刑之际仍表示要为明朝尽忠。马绍愉接受了多尔衮的条件，向清廷宣誓效忠。陈洪范则自称为向南京朝廷转达清廷的意图而获释南归。1645年1月，陈洪范回到南京。从此他便成为清朝的密探，专门向清朝递送有关南明防御中薄弱环节的情报，同时还向周围的人散布绥靖妥协和天命已去的观点。
虽然正如我们所指出的那样，左懋第通使北方是得到史可法支持的，但在公众眼中，这次通使却仅仅与马士英有关。由于历史正在南京重演，所以人们总是习惯按照历史上南朝的模式来思考问题。于是，两派之间，即志在收复北方失土的人们与希望安抚狄夷征服者、主张偏安南方的人们便展开了争论。由于收复失地论和绥靖偏安论的争吵缠绕于大多数文人学士的头脑中，左懋第的通使北方便成了马士英胆小怯懦及不愿力争决定性军事优势的又一证据。后来，当陈洪范的所作所为被揭露后，通使事件似乎又遮盖了众多南明将领叛变的事实，并被普遍认为是导致多尔衮突然决心南下的原因之一。据说，多尔衮是因从陈洪范那里得知了南京防御的虚实，才下令提前对南方发动全面进攻。不管这一推测是否真实，清朝向南明进攻的第一道明确命令确实是在和谈失败时发布的。
清军于11月开始进攻，当时多尔衮的弟弟多铎被任命为“定国大将军”。从山东发动的进攻是佯攻，降清汉将、山东巡抚方大猷正在那里为突破南明的淮扬防线而经营基地。1644年12月底，豪格由济宁南进，夺取了沿海城市海州，袭击了靠近运河与黄河交接处的宿迁，包围了大运河畔的邳州。史可法部奋起还击。刘肇基所率南明军队解了邳州之围，并重新控制了黄河北岸。然而，在大后方南京的马士英却拒不相信史可法向朝廷报告清军大队人马已进入山东、江苏交界处的急件，并冷嘲热讽地猜测说，史可法不过是想得到更多的军队给养以抬高自己在军中的声望。所以，他没有增派援兵。1645年1月，豪格再次发动进攻，重新占领了宿迁，将南明军队赶到了黄河以南。尽管如此，南明军仍有足够的力量阻挡清军过河。史可法派刘泽清部驻守黄河南岸，只要这支军队坚守阵地，清军在山东一翼的进攻就将受阻。
由多铎亲自率领的西路大军也暂时停止了进攻。起初，西路大军的前锋迅速穿过河南北部。离开郑州后，多铎率军向开封西面的重要黄河渡口孟津挺进。抵达孟津后，多铎派图赖率其令人胆寒的精锐骑兵沿黄河南岸横扫河南北部。这一地区是大小寨主及黄士欣、张有声等大顺军残余，浙江冒险家陈潜夫等南明将领竞相争夺之地。在迅速挺进的清军面前，大顺军和大量寨兵的阵地完全崩溃了。图赖的人马刚一出现，黄士欣和张有声便望风而逃。15个大寨及全部士卒百姓都向图赖投降了。黄河沿岸100公里内的地区全归了清朝。
然而，到12月，将战线拉得过长的两路清军都遭到了阻挡。在西线，河南怀庆附近的大顺军残部发起了反击，打败了清将金玉和，并攻打了黄河北岸的许多地区。为防止大顺军突破清军防线，多尔衮及清朝不得不下令多铎主力撤回黄河一线。同时，向东挺进的图赖部也开始遭到南明军队的顽强抵抗。其中有刘洪起的寨兵；现由张缙彦率领的攻夺开封的陈潜夫部明军；在张缙彦军背后还有驻守睢州的许定国部四五千人马；以及由当地豪强李际遇率领的兵力与许定国相当的玉寨军。多铎主力部队只有1万人，无法与这些军队抗衡。只要南明军队守住睢阳，至关重要的两淮及长江下游防区就可保无虑。只有两种状况可能改变这一局势：一是大顺军被彻底赶出陕西，清军得以从西北调出增援；二是睢州一线守军反叛，使南明某个主要将领丧失信心和畏缩动摇。这两种情况终于在1645年初的几个月中出现了。其直接原因是：清政府与北直隶，及山东抗清势力极为成功地达成了和议，并出其不意地迅速占领了山西和陕西。
文秉等史家特别重视这一点，见顾炎武：《圣安本纪》，第33页，引文秉：《甲乙事案》。斯特鲁弗（私人通信）认为，文秉的记叙十分精彩，但有武断之处，不完全可靠。
南京既是保卫江南地区的军事重镇，又是作为北方城市之粮食基地的南直隶的首府。南京虽设有与北京中央政府大致相同的官僚机构，但缺少像北京那样强有力的京城防御体系。南京政府最重要的官员是户部尚书、兵部尚书、南京守备及五军都督。斯特鲁弗：《南明》，第5页；默克：《祝允明和苏州的文化贡献》，第72页。
陈子龙上任后，欲重返浙江，继续组织修建防御工事和贮备弹药。但他尚未启程，北京与南京的联系便中断了。他不知道北京已于1644年4月25日落入李自成之手，故回到松江，看望生病的祖母，并与朋友商定保护太子顺利南下的方案。艾维四：《晚明士大夫陈子龙》，第112—114、125—127页。陈子龙提出组建一支万人水师，北上天津，迎接太子，然后护送太子由水路南下，以避免陆路旅行的艰难和危险。褚华：《沪城备考》第四卷，第11页；王云五等：《大清一统志》，第958页（第八十四卷，第11页）。
邓尔麟：《达官贵人》，第237—240页，及其《嘉定忠臣》，第256—261页。斯特鲁弗（私人通信）认为，祁彪佳已得知这些计划，但他当时既无能力，也无权力将其付诸实施。甚至在出任苏州巡抚后，他也未能将志愿勤王部队与正规军结合起来。
斯特鲁弗：《南明》，第1—3页。消息继续南传，6月25日传到福州，“乡村老幼男女莫不流涕。”海外散人：《榕城纪闻》，第3页。
文秉：《甲乙事案》，第33页。
彭孙贻：《平寇志》第十卷，第8页。这些官员是：兵部尚书史可法、户部尚书高弘图、工部尚书程注、右都御史张慎言、兵部侍郎吕大器、翰林院学士姜曰广、太常卿何应端、应天府尹刘士祯、鸿胪卿朱之臣、太仆丞姚思孝、吏科给事中李沾、户科给事中罗万象、御史郭维经、御史陈良弼、米寿图、周元泰和明王室成员朱国昌。这一众所周知的名单是由几种资料汇集而成的，见于《平寇志》第十卷，第8页；文秉《甲乙事案》，第33页。
明朝末年，南京最重要的官员是兵部尚书、南京守备（大将军）、五军都督和户部尚书。斯特鲁弗：《南明》，第4页。
史可法的祖父史应元是举人，曾任地方官。父亲史从质是秀才。一位祖叔伯、一位叔伯及两位堂兄弟都在锦衣卫任职。朱文长：《史可法传》，第97—98页。史可法生于1601年（据刘约瑟：《史可法和满族入侵时中国的社会政治》）或1602年（此说较可信，见《史可法传》，第99—106页）。
朱文长《史可法传》第1—7页对此问题作了很好的研究，尽管有时过分强调史可法与左光斗的关系。据一些资料记载，史可法曾在左光斗殉难前秘密探望过这位著名的东林党人，并受到要继承东林党事业的教诲。谢国桢：《明清之际党社运动考》，第67—68页。
《明史》（国防研究院），第3076页。扬州史可法祠中的史可法塑像，其面孔颇似猿猴；大耳厚唇、面颊上有深深的皱纹。虽不英俊，却沉郁威严。朱文长《史可法传》卷首插图。
此处及后文有关史可法的资料主要引自《明史》（国防研究院），第3076页；恒慕义：《清代名人传略》，第651—652页；朱文长：《史可法传》，第8—79页；刘约瑟：《史可法和满族入侵时中国的社会政治》，第1—40页。
关于史可法的安庆防区，见邓尔麟：《嘉定忠臣》，第189页。
刘约瑟：《史可法和满族入侵时中国的社会政治》，第32页。
12月，史可法通过弹劾闲散官员和制定新的编制，对南京的军队进行了整顿。万言：《崇祯长编》，第23页。
同上书，第43页。
同上书，第56—57页。史可法出任南京兵部尚书后，还向朝廷推荐了几位官员任军队将领。其中著名的有吴甡和张浩然。他认为，除了已经战死的洪承畴，吴甡也是天下最优秀的将领之一。杨德恩：《史可法年谱》，第33页。
杨德恩：《史可法年谱》，第34页；朱文长：《史可法传》，第28页。
引自谢国桢：《南明史略》，第48页。后来，地方义勇的首领被告知，非正规军不在动员之列（此项知识得自私人通信，见《明季南略》第四卷，第48页［“台湾文献丛考”本第一册，第115—118页］）。
“司马”一词出自《周礼·夏官》“大司马”条。司马掌兵事，并掌行事之禁。他们通晓九伐之法，尤其是九伐最后一条，“外内乱，鸟兽行，则灭之。”
“四方”一词在《诗经》中指“华夏之民”。
彭孙贻：《平寇志》第三册第十卷，第8页。
关于1643年明军在淮河地区明军劫掠之事，金声在书信中作了生动描述。见金声：《金忠节公文集》，第12—14页。
姚广孝等编：《明实录》第十七卷，第9页；文秉：《甲乙事案》，第41页；《淮城纪事》，第133页；应廷吉：《青磷屑》，第3页；夏允彝：《续幸存录》，第68页。刘泽清为诸生参加乡试时，曾因口角将一名官府侍从殴毙。
何绍基编：《安徽通志》，第2391页（第二十一卷，第10页）；恒慕义：《清代名人传略》，第348页；斯特鲁弗：《传统中国社会中史学的作用》，第7—8页。黄得功大胆鲁莽，故有“黄闯”绰号。张怡：《搜闻续笔》第一卷，第13页。
《贰臣传》第七卷，第26—27页；《明史》，第3022、3066页。刘良佐被认为是很有能力的将领。因作战时常骑一匹花斑马，人称“花马刘”，其实是个无知而又贪婪的人。张怡：《搜闻续笔》，第一卷，第13页。
《明实录·崇祯实录》第十七卷，第1页；文秉：《甲乙事案》，第34页；恒慕义：《清代名人传略》，第410—411页；《淮城纪事》，第133页。
应廷吉：《青磷屑》，第3页。当地居民也惧怕大顺官员，因为后者威胁他们说，若不服从其统治，便率闯王军队撤离（斯特鲁弗：私人通信）。
明朝末年，徐州多次受到农民军的攻击。1637年秋，一支来自苏州的10万人的农民军驻扎在徐州以南70公里处，曾袭击过此城。1640年，该城一度被占领，很多士绅被杀。罗振玉：《万年少先生年谱》“万谱”第6、7页，“万补”第2—3页。
阎尔梅：《白耷山人集》第十卷，第41页。徐州虽被黄希宪放弃，但淮河附近的房村驻军拒不投降。该军通判、著名作家和诗人凌濛初进行了英勇抵抗，后兵败被擒，不屈而死。傅路德和房兆楹编：《明代人名辞典》，第930—933页。
黄之隽：《江南通志》第一五一卷，第25页。
阎尔梅：《白耷山人集》第十卷，第41—42页。
《明史》，第3103页。
彭孙贻：《平寇志》第十卷，第8页；《淮城纪事》，第133—135页。
许兆椿编：《嘉庆海州直隶州志》，第44页。在此后的中国历史上，尤其在20世纪，整个江北地区到处都有地主的庄园堡垒和三五十人的私人武装。太平洋关系学院：《中国的土地所有制》，第11—14页。
文秉：《甲乙事案》，第34页。
计六奇：《明季北略》，第4、78—80页；文秉：《甲乙事案》，第53页。在坚决惩治大顺官员方面，能与路振飞相比的是淮安巡按王燮。5月6日，王燮毫不迟疑地处死了北京派来接管淮安的“伪官”。此后，“士民恃以屹然”，完全相信王燮和路振飞将会保护他们免遭农民军之扰。此后不久，一位更为重要的大顺官员前来接管淮安。此人就是在河南投奔李自成，并成为大顺政府中重要人物之一的吕弼周（1628年进士）。他带来一份布告，令当地官员承认他的权威。但王燮将其逮捕并加以审讯，将他斥为“乱臣贼子”。吕弼周拒绝回答王燮提出的有关李自成的问题，王燮——他曾是吕弼周的学生——便将他转交路振飞处置。5月20日，路振飞令一队弓箭手将吕弼周射死——射中一箭赏银一锭——而后又下令碎尸。这种公开执行死刑的作法在淮安十分常见，从而加强了路振飞对该城的控制。文秉：《甲乙事案》，第34—35页。
这里的人们也惧怕马士英部的逃兵（斯特鲁弗：私人通信）。
谈迁：《国榷》，第6088页；《明实录·崇祯》第十七卷，第1页。文秉的记载略有不同：金声桓所记相同，但周仕凤仅被称为士，仕尔敬则记为周原敬。文秉：《甲乙事案》，第34页；又见计六奇：《明季北略》，第66—71、79—81页。
顾炎武：《圣安本纪》，第1页；计六奇：《明季南略》，第47页；谈迁：《国榷》，第6074页。这场斗争被后代史学家们夸大了。当时支持潞王的官员比后来的评论者所说的要少得多（斯特鲁弗：私人通信）。
斯特鲁弗：《南明》，第2页。
对皇室贵族和勋贵应加以区别，前者是皇室男性成员，后者是勋臣和外戚。这些人只受虚封而无实土。王毓铨：《明代勋贵地主的佃户》，第91页；黄仁宇：《16世纪明朝的税收和政府财政》，第31页。
顾诚：《明代的宗室》，第5页。克劳福德统计的数字则更高，据说1594年皇室宗亲多达16万人。克劳福德：《张居正的生平和思想》，第35页。
罗文：《17世纪中国的大都市开封》，第27—28页。
1591年，山西临汾县全年税收的最大开支是支付亲王和皇室宗亲的俸禄（占田税谷物的48.5％和地税银的39.2％），其次是军饷（占税粮的37.1％和税银的36.2％）。黄仁宇：《16世纪明朝的税收和政府财政》，第178页。
罗文：《17世纪中国的大都市开封》，第26—27页。
阿尔伯特·詹：《明朝衰亡内在因素之研究》，第40—48页；克劳福德：《张居正的生平和思想》，第37页。到崇祯时，很多皇室宗亲甚至穷得无钱娶亲。何绍基编：《安徽通志》，第2049页（第一七九卷，第5页）。
利玛窦：《16世纪的中国》，第88页。
“按照规定，所有皇室的支系，包括皇帝的叔父、兄弟以至除太子以外的儿子，一到成年就应当离开京城到自己的封地，谓之‘之国’。之国也就是就藩。他们居于各省，有极为富丽宏大的王府和丰厚的赡养，但不得干预地方政事，而且非经皇帝同意，不得离开他的所在地。这种类似放逐和圈禁的制度，目的在于避免皇室受到支系的牵制和干涉”。黄仁宇：《万历十五年》，第18页；又见于利玛窦：《16世纪的中国》，第59页；黄仁宇：《16世纪明朝的税收和政府财政》，第31页。
巴克士：《16世纪（1550—1575）的中国南方》，第108页。
巴克士：《16世纪（1550—1575）的中国南方》，第40—41页。
高腊福：《这就是中国：16世纪末耶稣会士发现的中国》，第146页。
根据一项研究，实际上只有两名皇室成员中举并出任文职。帕森斯：《明朝的官僚政治》，第397—398页。官僚们担心皇室成员会迅速垄断朝廷要职，因此，他们强烈反对允许皇室宗亲担任文职的政策。皇室宗亲虽获准参加科举，却未能成功，很可能是这些官僚对他们的恐惧意识造成的（斯特鲁弗：私人通信）。
明朝建立了50个王府，其中28个一直延续到明朝灭亡。李龙潜：《明代庄田的发展和特点》，第9页。
贺凯：《明朝的兴起及其制度变迁》，第77页。
克劳福德：《张居正的生平和思想》，第15、37页；盖拉德：《南京今昔历史与地理之一瞥》，第204—205页；贺凯：《明朝的监察制度》，第37页。明朝初年，蒙古人被驱逐后，北京周围的土地或被授予已在从事耕作的农户，或被当作永不纳税的私田赐给农民。15世纪，这些土地被寺院、贵族和军队将领所侵占，而他们仍享有免税的特权。此外，15世纪40年代，宦官也开始接受赐田，北京西山一带也常重建享有免税特权的寺院。1489年，一位上疏者称，京畿周围的纳税土地已有1/6被划为庄田。皇庄之制亦建于明初，但其极度膨胀是在正德年间（1506—1521）。当时，为满足正德皇帝穷奢极欲的生活，仅在京畿之内，其皇庄就占地37595顷。嘉靖时，皇帝被说服将26693顷土地退还给私人或官府。但万历年间，兼并又重新开始。万历帝将土地大量赐给宠臣，而掌管税收和皇庄土地的太监又加倍扩大了皇庄的土地。艾维四：《明代文社的变化》，第6—7页；吉斯：《明代的北京》，第53—54、94—96、101、195—197页。关于明代后期开封周王之府第的描述，见罗文：《17世纪中国的大都市开封》，第28—29页。
阿尔伯特·S·J·詹：《明朝衰亡内在因素之研究》，第150—154页；许大龄：《试论明后期的东林党人》，第3页；又见埃尔文：《古代中国的模式》，第236页。据万历时的资料记载，属于皇室诸王或贵族田庄的土地共7268691亩。李龙潜：《明代庄田的发展和特点》，第67页。耕种皇族和勋贵田庄的农民是：（1）皇上赏赐的佃户——即原来在赐给贵族或诸王的土地上耕作的农夫。（2）其耕地被侵夺，并且非正式地沦为新田主永久佃户的农夫。（3）投身贵族寻求保护的依附农民。（4）受雇为贵族耕作的佃户。（5）以契约形式依附于贵族并常充当武装部曲的农夫。王毓铨：《明代勋贵地主的佃户》，第91—96页。
为了防止外戚的发展，皇帝的后嗣皆从平民中选妃。但这样的外戚家族因缺乏“贵族行为理应高尚”的意识而尤易腐化。为国为民的思想，可以说完全被私欲所取代。宫崎市定：《东洋的近世》，第238页。
吴乃荪：《董其昌：对仕途的淡漠，对艺术的追求》，第284页；谢国桢：《南明史略》，第60页。
罗文：《17世纪中国的大都市开封》，第28页。
《明史》（中华书局），第3649—3650页；艾维四：《明代文社的变化》，第8页；S.J.詹：《明朝衰亡内在因素之研究》，第50—53页；埃尔文：《古代中国的模式》，第236页。
1614年福王府由北京迁至洛阳时，动用了1172艘船运送其家人及财物。德·弗格斯：《中原的起义》，第2—3页。
万历年间，山东、湖广、河南的地方官纷纷上疏，指出藩王向农民征收的地租过于沉重。王府的税吏和管家因残酷无情而声名狼藉。顾诚：《明代的宗室》，第11页。
《明史》（中华书局），第3650页。
郝爱礼：《论明末的李自成和张献忠》，第465页。这种兽行并非少见。据说张献忠“喜嗜人肉，每立其人于面前，割而炙之，一举数脔。又破黄州时，拆其城，役及女子，指甲尽落，血横流，拆罢仍压之。”李清：《三垣笔记》“附识”上，第24页。“吃人肉”是当时的一种隐喻的说法。不管什么阶层的人都会使用。如果说李自成、张献忠这样的农民军首领喜食遇害者的血肉，那么乡绅领袖也一再说到要食农民军之肉。例如，在记述溧阳潘茂起义的史籍中，作者写道：“彼党茂者之肉又不足食〔以解恨〕哉。”稍后，在描述潘茂及部下打劫富户钱财时，又记：“人知食茂之肉。”周廷英：《濑江纪事本末》，第142页。
恒慕义：《清代名人传略》，第195—196页。崇祯皇帝得知老福王常洵死讯后，召见群臣，当众恸哭，为其得宠的侄子惨遭不幸而悲痛。李清：《三垣笔记》“附识”中，第2—3页（福王常洵应为崇祯帝的叔父，朱由崧与崇祯帝应为同辈——译者）。
《明史》（中华书局），第3651页。当时持有敌意的史家经常用夸张手法讥讽福王的好色，但看上去他也确实好色。他在南京即位后，在其养母（据说只比他大几岁，而且两人的感情可能超过了母子的界线）的催促下，决定娶亲。他坚持只要以美貌著称的杭州姑娘。奉旨前往那美丽城市选美的钦差，便乘机拐骗少女。当钦差未能使其主子满意时，苏州、嘉兴和绍兴地区的百姓也被责令献出最美的少女以供皇帝挑选。据说，马士英和阮大铖二人还从南京老鸨处买来一些将作娼妓的处女献给福王。有一条史料记载，福王对这些人肆意蹂躏，在一夜之间，便有两人因福王的酒后纵欲而死亡。刘约瑟：《史可法和满洲入侵时中国的社会政治》，第104—105页。
《明史》，第3103页。
潞王是隆庆皇帝之孙，也是著名画家和书法家。17世纪30年代，当农民军进攻其封地所在的河南西北部时，他曾亲自督师御敌。邓尔麟：《嘉定忠臣》，第236页。
李清：《三垣笔记》下，第7页。潞王继承皇位还得到了周镳的有力支持。此人是1639年弹劾阮大铖的《南都防乱公揭》的最初倡议者，是与潞王有密切交往的人之一。后来他被指责为姜曰广的党徒。徐鼒：《小腆纪年》，第206页。将潞王的支持者视为东林党和复社成员看来是很有道理的。因为人们认为，许多“正直”的士大夫害怕福王会因东林党人曾反对立其父为太子之事而报复他们。斯特鲁弗：《南明》，第3页。武将刘泽清后来声称他支持潞王，而他之所以这样做，是因为害怕遭到东林党人的批评。李清：《三垣笔记》下，第2页。
很多有见识的人认为，福王有充分的条件继承皇位。若对此加以否定，势必引起危机。而且会导致各镇将领乘机干预南京文官政府并将其彻底摧毁。李清：《三垣笔记》下，第1页。关于洪武皇帝遗训中规定的明朝皇位继承制度，见戴维·哈里森·肖尔：《中国明代最后的朝廷——永历皇帝在南方的统治》，第15页。
《明史》，第3494页；谢国桢：《南明史略》，第49页；黎杰：《明史》，第196页。福王是崇祯的侄子，在皇位继承顺序上，还有三位远离南京的王排在福王之后，潞王则位在第五。斯特鲁弗：《南明》，第3页。当有人不顾法定的继承顺序时，主张以亲取人的一派便可毫不讳言地提醒潞王的支持者们注意，这样做会引起政治和思想的混乱。嘉靖年间使许多官员遭到贬谪的“大礼之仪”（世宗皇帝，即前朝皇帝武宗之侄，用其生父的灵位取代了武宗皇帝的灵位）刚刚过去100余年。卡尼·T·费希尔：《明世宗时的大礼仪》。福王距南京最近也是一个重要因素。
最初，马士英并不在乎由谁即位。据说他曾一度倾向潞王。但当南京舆论明显有利于福王时，他便以福王与皇室血缘最近为由，迅速转变为福王的拥护者（斯特鲁弗，私人通信）。
当时，归马士英统领但已失去控制的部队袭击了路振飞部所管辖的地区。文秉：《甲乙事案》，第36页；斯特鲁弗：私人通信。
计六奇：《明季南略》，第47页；恒慕义：《清代名人传略》，第558页；温睿临：《南疆绎史》，第705页；克劳福德：《阮大铖传》，第38页。
当时的学者认为，江北和江南的大多数乡绅都支持拥护潞王的史可法和姜曰广。张怡：《搜闻续笔》第一卷，第11页。但斯特鲁弗认为，当时的大多数乡绅都不知所措。其主要原因是事件发生后的很长一段时间里，他们只听到一些零星的谣传而未得到确实的消息。再者，那些支持福王的人是以血统为客观标准而坚持其主张的。而在那些后来因支持潞王而受排挤的人中间，很多人仅仅是因为担心崇祯的某个亲子会突然出现才反对福王即位的。实际上，真正拥戴潞王的人要比后来史家所说的少得多（斯特鲁弗，私人通信）。关于乡绅在这一问题上的立场的马克思主义观点的论证，参见郭松义：《江南地主阶级与清初中央集权的矛盾及其发展和变化》，第123页。
陈贞慧对这些著名事件提出另一种颇有道理的看法。他认为：马士英与史可法起初曾达成过协议，即由崇祯帝的叔父桂王继承皇位。但桂王当时尚在远离朝廷的广西；更为重要的是，马士英返回凤阳后，发现高杰、黄得功和刘良佐已被太监韩赞周（他曾在老福王手下做事）纠集起来支持福王。马士英自知无力与他们抗衡，遂隐瞒了他对史可法的承诺，同意加入支持福王的同盟。陈贞慧：《过江七事》，第53—54页；又见杨德恩《史可法年谱》，第38页；刘约瑟：《史可法和满洲入侵时中国的社会政治》，第56—58页。有关马士英与这些地方军事将领的联盟的更为详细的情况，参见顾炎武：《圣安本纪》，第1页；黎杰：《明史》，第197页。
《明史》（中华书局），第7939页。
这些勋臣控制着南京周围的大部分军队。斯特鲁弗：《南明》，第10页。
同上书，第19页；顾炎武：《圣安本纪》，第1页；文秉：《甲乙事案》，第36页；《明史》，第3081页。例如，刘孔昭是朱元璋最亲近的谋士刘基（1311—1375）的后裔。其伯爵封号在15世纪曾被取消了近100年，至1532年才得以恢复。李文治：《晚明民变》，第936页。另一位福王及马士英的支持者是有侯爵封号的朱国弼。谢国桢认为：太监韩赞周也起了重要的作用。谢国桢：《南明史略》，第49页。这些主要支持者后来都得到马士英的报答。李沾被任命为左都御史和太常寺少卿；刘孔昭几乎当上大学士；赵之龙得到为京师采办军需物资的肥缺；朱国弼则晋爵为公。《明史》，第3092、3131页；顾炎武：《圣安本纪》，第4页；谢国桢：《南明史略》，第59页。当时的贵族爵位只是享有一定俸禄的虚号。贺凯：《明代的中国传统国家》，第52—53页。
谈迁：《国榷》，第6077—6078页；文秉：《甲乙事案》，第36页。
这后一项决定是5月31日作出的。计六奇：《明季南略》，第48页；文秉：《甲乙事案》，第36页；又见刘献廷：《广阳杂记》，第49页；姚家积：《明季遗闻考补》，第91页。史学家文秉后来又写道：拥立福王而不拥立潞王，意味着选择了以防御为主的政策，抛弃了北方的明室皇陵，而正确的原则应是以宗庙为重，血统次之。文秉：《甲乙事案》，第37页。
张怡：《搜闻续笔》第一卷，第11页。
顾炎武：《圣安本纪》，第1—2页；文秉：《甲乙事案》，第36页；谈迁：《国榷》，第6081页；计六奇：《明季南明》，第2页；杨德恩：《史可法年谱》，第37页。
顾炎武：《圣安本纪》，第2页；文秉：《甲乙事案》，第37页；顾苓：《金陵野钞》，第4页；盖拉德：《南京今昔》，第222—223页；斯特鲁弗：《传统中国社会中史学的作用》，第6页；斯特鲁弗：《南明》，第4页；姚家积：《明季遗闻考补》，第92页。这位监国在就职典礼上宣称，其祖先使明朝“大业”维持了300年。他还表达了对社稷沦丧的悲痛，发誓要向杀害其父母的农民军报仇。周时雍：《兴朝治略》第一卷，第1页。
其实，就在福王就任监国的当天，刘孔昭及一些大臣便请求他登基为帝。
刘约瑟：《史可法和满洲入侵时中国的社会政治》，第169页。
顾炎武：《圣安本纪》，第3页；计六奇：《明季南略》，第80页；文秉：《甲乙事案》，第42页。福王将大学士及兵部尚书的虚衔授予马士英，而实际上马士英只掌凤阳总督之权。这当然不能为马士英所接受，他公开率军南下力劝福王登基之举，实际上也是迫使朝廷授予他南京兵部尚书和大学士之实权。斯特鲁弗：《南明》，第7页。整个船队用了三天时间才通过了去南京的必经之路淮安。路振飞的士兵不许马士英水师的任何船只停泊，不许任何人员上岸。《淮城纪事》，第141页。
文秉：《甲乙事案》，第37—42页；姚家积：《明季遗闻考补》，第92页。在宣布改元的同时，所有官员都进爵一级。新皇帝亲自向任职六部和内阁的每一位60岁以上的大臣祝酒，愿他们健康长寿；并赦免了被劾免职的官员；任命从北方南逃的未投降农民军的士大夫为官；计划开科取士；宣布大赦天下；废除自1629年始征收的沉重的练饷；河北、山西和陕西免税5年；山东、河南免税3年；长江以北其他地区和湖广的赋税减半；遭到农民军劫掠的四川省及江西部分地区的赋税减免30％。但上述地区都不是南明政权所能完全控制的。顾炎武：《圣安本纪》，第4页；刘约瑟：《史可法和满洲入侵时中国的社会政治》，第100页。
例如：黄得功得赏银1万两，各城守将皆得封爵。顾炎武：《圣安本纪》，第2页。
将路振飞革职的借口是，他与王燮越权召集江北民团首领及乡绅8000余人，大行封赏。6月21日，朝廷作出以刘孔昭的密友、马士英的亲戚、原四川巡抚田仰接替路振飞的决定后，淮安士绅曾上书为路振飞辩护。路振飞本人则请求辞官三年为父母守孝。但直到七月初，他仍在淮安地区继续抗击大顺残部。后来，他又为南明的几个政权效力，至死忠于明朝。《明史》，第2844、3103—3104页；顾炎武：《圣安本纪》，第4—5页；文秉：《甲乙事案》，第44页；计六奇：《明季南略》，第80页；谈迁：《国榷》，第6103页。藩镇亦指“藩屏”。关于这个词在唐代的含义，请参阅柳宗元：《封建论》，第36—40页。
刘约瑟：《史可法和满洲入侵时中国的社会政治》，第76—77页。
文秉：《甲乙事案》，第44—45页。
黎杰：《明史》，第198—199页；顾苓：《金陵野钞》，第7—8页。
马克思主义史学家对史可法的阶级性十分强调。
《明史》，第3070页。四镇总兵中有人通过控制盐商来经营盐业。他们还设立关卡，对过往的货物征收关税。应廷吉：《青磷屑》第二卷，第8页。
刘约瑟：《史可法和满洲入侵时中国的社会政治》，第79页。
同上书，第81—82页；李清：《三垣笔记》下，第1页。
文秉：《甲乙事案》，第54页；又见计六奇：《明季南略》，第71页。顾炎武将此事系于7月25日，大概是南京收到此疏的日期。顾炎武：《圣安本纪》，第7页。
“上借此以为羁糜之术，下受之而无感励之志，胥失之矣。”文秉：《甲乙事案》，第45页；又见计六奇：《明季南略》，第71页。
谢国桢：《南明史略》，第66页；又见克劳福德：《阮大铖传》，第62页。
同上书，第50页。
文秉：《甲乙事案》，第54页。
文秉：《甲乙事案》，第48页。6月16日以前，路振飞的军队曾与刘泽清的军队交战，试图阻止他们劫掠这一地区。路振飞率军撤离后，刘泽清的军队立刻开进了淮安。计六奇：《明季南略》，第64页。
同上书，第39页；又见谈迁：《国榷》，第6097页。
同上书，第35页。
计六奇：《明季南略》，第66—71页；顾炎武：《圣安本纪》，第2—3页；文秉：《甲乙事案》，第35—36页；《明史》，第3066页。
这位士绅名叫郑元勋，进士出身，其兄郑元化是一位富商。这场哗变是守备马鸣□挑起的。谈迁：《国榷》，第6104页；何绍基编：《安徽通志》，第2335页（第二○四卷，第13页）；文秉：《甲乙事案》，第43页；查继佐：《国寿录》，第138页。
文秉：《甲乙事案》，第39页。万元吉是南昌人，1625年进士，杨嗣昌的门生。后在唐王政府中官至兵部侍郎，负责湖广和江西的军务。他的军队未经抵抗就将吉安拱手让与清军，但他本人却壮烈地战死在赣州。《明史》，第3121—3122页。
同上书，第39页。
周时雍：《兴朝治略》第二卷，第8页。高弘图也在史可法的奏折上署了名。让马士英去江北，看来是合乎逻辑的选择，因为原先邀请高杰进入这一地区的就是他。当赵之龙和袁继咸上疏支持派马士英前往江北时，弘光帝回答说：“其如不肯去何？今史先生愿去。”李清：《三垣笔记》下，第1页；袁继咸：《浔阳记事》，第6页。
《明史》，第3494页。
这一由几位生员联名的奏章，承认淮扬是江南的门户，但又力陈朝廷是天下之本。若史可法留在南京，江南便可保持稳定，已在百姓中唤起的收复北土的希望也将逐步实现。但若让史可法离开南京，成功的机会就会丧失。“此江南士民所以奔走号呼，不能不伏阙哀吁者也”。引自谢国桢：《南明史略》，第53页。然而，史可法却把亲临江北看作是准备北伐的第一步。杨德恩：《史可法年谱》，第58—59页。
顾炎武：《圣安本纪》，第3—5页；计六奇：《明季南略》，第58页；谈迁：《国榷》，第6095、6106页。史可法实际离开南京是在6月22日，有些史料则记为6月23日或24日。姚家积：《明季遗闻》，第92页。史可法临行前，含泪对祁彪佳说，他所以北上，是为了报答已故的崇祯帝之恩。祁彪佳：《甲乙日历》，第29页。据《明史》记载，史可法似乎是被马士英逼迫离开南京的。这反映了当时“正人君子”的观点。他们认为，马土英策划了一次将史可法逐出朝廷的政变。《明史》，第3494页。其中最极端的说法是史可法因受到马士英的讹诈而离开南京。马士英威胁史可法说要将其详举福王劣迹的信交给福王。也有的史料记载说，史可法曾要求马士英归还此信，马士英虽照办了，但抄写了副本。史可法可能对此事深怀疑惧，害怕被指控犯有大不敬罪。为自己的安全计，他决定离开朝廷。袁继咸：《浔阳记事》，第5页；刘约瑟：《史可法和满洲入侵时中国的社会政治》，第62—63页（但李清：《三垣笔记》下，第7页，载福王对支持过潞王的大臣是相当宽容的）。谈迁提出一种似乎更有道理的解释，即史可法认为他在淮安的出现将会推进南明军事计划的实现，因而自愿承担了这一重任。这也是本书所采纳的观点。谈迁：《国榷》，第6100页；又见文秉：《甲乙事案》，第45页；刘约瑟：《史可法和满洲入侵时中国的社会政治》，第74页。史可法也许还考虑到应当离开刚刚度过皇位继承危机的朝廷，因为他担心自己与马士英的矛盾会引起党争。当他动身去扬州时，曾上疏弘光帝，疏中赞扬了马士英，并特别提到在弘光帝登基的过程中，马士英所起到的重要作用。刘约瑟：《史可法和满洲入侵时中国的社会政治》，第67页。
谢国桢：《南明史略》，第67页；《明史》，第3058页；文秉：《甲乙事案》，第53页。据一条史料记载，史可法为摆脱高杰的软禁，不得不扮成一名道士。克劳福德：《阮大铖传》，第63页。
黄得功还打算护送其族人黄蜚，此人已从淮安抵达江边，担心高杰会在途中打劫其船队。顾苓：《金陵野钞》，第7页；斯特鲁弗：私人通信。
文秉：《甲乙事案》，第43页；恒慕义：《清代名人传略》，第348页。史可法在竭力恢复扬州地区的秩序时，得到祁彪佳（1602—1646）的大力帮助。祁彪佳是绍兴著名藏书家的后代，曾任苏州和淞江巡抚。南京失陷后，他投河自尽。1776年被追赠官爵谥号。他的儿子也有两人是南明忠臣。
用文秉的话说：“刘孔昭无所畏。”文秉：《甲乙事案》，第45页。
南京是明朝的陪都。见盖拉德：《南京今昔》，第206页。
为取得云集南京士大夫的支持，弘光帝下令，凡被放逐或被迫致仕的官员皆恢复其原来的品秩，其中三品以下者可酌情授官。顾炎武：《圣安本纪》，第4页。
张慎言最初曾举荐赵南星为官并弹劾冯铨，1625年，张慎言又遭到冯铨的弹劾，并一度被放逐。1628年崇祯帝即位时，他官复原职，又先后出任工部侍郎、南京户部尚书和吏部尚书。《明史》，第3089—3090页。高弘图也曾因攻击魏忠贤而被迫辞官，并和张慎言一样，在崇祯时得以官复原职。高弘图不是真正的东林党人——过去有人这样攻击他——但仍被视为对东林党抱有同情的人。同上书，第3080页。姜曰广也曾因交结东林党人被魏忠贤革职。恒慕义：《清代名人传略》，第143页。
《明史》，第3090页。刘宗周颇具盛名的原因之一在于他是著名的思想家。1621年，这位浙江绍兴人刚刚就任礼部仪制主事时，就上疏弹劾魏忠贤和臭名昭著的客氏。这又使他在东林党人中赢得了极大的声誉。他的声望极高，所以尽管他是宦官势力的劲敌，却未遭到诋毁惩罚，1623年仍被拜为太仆少卿。此后不久，他因病致仕，回到绍兴附近的蕺山讲学。他的学生中有许多后来成为名人，其中最著名的是黄宗羲。1629年，刘宗周重返仕途，被任命为顺天府尹。不久，又回到绍兴，在山阴县的石匮书院讲学。1636年出任崇祯朝的工部左侍郎。1642年，正是复社鼎盛之时，刘宗周升任左都御史。同年，因反对任命传教士汤若望为官而被革职。1644年，李自成攻打北京时，他回到浙江。杭州巡抚对其“兴兵勤王”的强烈要求置之不理，所以，年已67岁高龄的刘宗周便召集杭州士绅领袖，相约自募义兵。此后不久，崇祯殉国的消息传到南方。救援北京虽为时已晚，组建义兵以保卫南方仍是必要的。于是，刘宗周返回杭州，继续致力于战备之事。姚名达：《刘宗周年谱》，第318—319页；温睿临：《南疆绎史》，第155—158页；恒慕义：《清代名人传略》，第532—533页。
6月14日，福王作为监国，起用刘宗周，官复原职。刘宗周在杭州接到任命的时间大概是6月22日。刘宗周拒绝了任命并于6月24日返回绍兴。姚名达：《刘宗周年谱》，第319页；斯特鲁弗：私人通信。
姚名达：《刘宗周年谱》，第319—320页。
此疏在他的朋友中传看，疏中指出导致明王朝衰亡的四条弊政：专任刑罚，破坏了统治艺术；朋党相争，使人才流散，得不到重用；过分奢侈，挫伤了将士之心；官员腐败，毁了百姓的希望。
姚名达：《刘宗周年谱》，第320—321页。
侯方域在北京时被誉为少年名士。1633年其父任户部尚书时，侯方域已被视为文章高手，常有人赞扬他重振韩愈文风。侯方域是倪元璐的门生，因在试卷中用字犯讳，没有步入常规仕途。但他结识了许多青年士子，1640年在其家乡商邱创建了“雪苑社”，被认为是复社的分社。侯方域：《壮悔堂集·壮悔堂文集》第二卷，第6页。该社又称“雪园社”。
侯恂曾是东林党成员。魏忠贤专权期间辞官还乡。侯方域：《壮悔堂集·壮悔堂文集》第二卷，第1页；刘得昌等：《商邱县志》第八卷，第30页；谢国桢：《南明史略》，第64—65页。
侯恂战败后，先率众向南撤至河南南部，后又北上，进入山东曹州，寻求刘泽清的保护。但其部下与惨遭战乱之害的当地百姓发生冲突，侯恂遂于1643年被劾入狱。李自成进京后，将其释放，并以刑罚相逼，迫其同意出任大顺政府尚书之职。谈迁：《国榷》，第6060页；德·弗格斯：《中原的起义：明清之际的河南》，第22页；恒慕义：《清代名人传略》，第291—292页。
侯方域：《壮悔堂集·壮悔堂文集·序》，第2页。
“方明季启、祯之间，逆阉魏忠贤徒党与正人君子各立门户，而一时才俊雄杰之士身不在位。奋然为天下持大义者，有四公于。”侯方域：《壮悔堂集·壮悔堂文集》第二章，第1页（此段引文出自《壮悔堂文集·侯朝宗公子传》中，胡介祉撰文——译者）。侯方城于1639年乡试中举后，又前往北京参加1640年的会试，当时其父侯恂国任湖广总督作战失利而被劾入狱。方以智则通过了这次会试，进士及第（他表面上说无心功名，却暗中应试），随后，他回到南方。南明政权建立后，方以智也想参加，但发现自己因与复社有染而颇受猜忌。事实证明，阮大铖一旦复出，对复社成员将十分不利。彼得森：《苦果：方以智与思想变迁的动力》，第61—62页；恒慕义：《清代名人传略》，第323页。陈贞慧也试图加入南京政权，由于他与周镳过往甚密，又曾参预起草反对阮大铖的“南都防乱公揭”，所以于1644年10月14日被投入监狱。后被释放。恒慕义：《清代名人传略》，第83页。冒襄于1644年5月下旬在家乡如皋得知北京陷落，虽然当地士绅纷纷离开了如皋（位于长江北岸，离江岸约35公里处，与江阴相对），但冒襄及其家属，包括他的爱妾董小宛却留下未走，直到听说当地驻军即将哗变时他们才离开。在南下长江的旅途中，他们几乎落入当地土匪手中，后来在一位朋友家中避难又险遭袭击。他们丢失或花费了大部分家资，好歹还是活着返回了如皋。冒辟疆：《董小宛回忆录》，第66—74页。
孔尚任：《桃花扇》，第51页。《桃花扇》之所以能抓住南明倾覆悲剧中的浪漫（“销魂”）的题材，是因为孔尚任在17世纪80年代后期曾奉命前往淮扬一带治水，其间他得以同与侯方域同时代的人冒襄、龚贤、费密以及其他人交谈。《桃花扇》完成于1699年，张春树、骆雪伦：《孔尚任与〈桃花扇〉》，第309页。
侯恂曾为左良王被劾贪污军饷一事辩护，于是被视为能驾驭这位粗鲁将领的为数不多的文官之一。刘得昌等：《商邱县志》第八卷，第30—31页。
左良玉是山东人，行武出身，没受过任何正规教育。初于辽东从军，17世纪30年代，率军镇压河南、安徽农民军主力时，声名大振。1644年，他与张献忠多次交锋，并屡屡获胜。这位明将后被封为“宁南伯”。恒慕义：《清代名人传略》，第761页。
谢国桢指出左良玉手下有80万大军，但这一数字很难令人相信。谢国桢：《南明史略》，第65页。比较可靠的估计见斯特鲁弗：《南明》，第8页。左良玉手下最著名的农民军降将是马进忠，有关他的最早记载是1637年他在河南中部之南阳的活动。他曾一度与张献忠联合，攻打中原北部，1639年降明，1643年归左良玉部。《明史》，第2950、2955、2957、3064—3065、3145页。
弘光帝确曾指派官员去攻打四川境内的张献忠。张献忠入川时，一直闲居于四川老家的原礼部右侍郎王应熊被任命为督师。王应熊又将被劾之后也一直家居的原宁夏榆林右参政樊一蘅召来相助。但实际上他们两人对保卫四川都没有起到什么作用。相反，一位名叫马乾的知州召集起乡绅，自称摄巡抚。王应熊和樊一蘅一面指责马乾，一面却被迫逃到遵义，继而又躲进深山，最后败死其间。南京政府便承认了马乾的巡抚身份。清军杀死张献忠后不久，马乾收复了成都和重庆。他自己后来也为抗击清军而战死在重庆。《明史》，第2865、3132—3133、3319页。
袁继咸，江西人，是一位出色的文官。1636年，因魏忠贤同党诬其受贿而下狱。后经太学生群起请愿而获释。1640年任湖广参议时，因未能阻挡张献忠对襄阳的进攻而被流放。其后经吴甡推荐，朝廷又将他召回，授江西、湖北、应天、安庆右佥都御史，驻九江。就在那时，他与左良玉结下了友情。袁继咸：《浔阳记事》，第1—4页；恒慕义：《清代名人传略》，第948—949页。
尽管皇上亲自相请，左良玉仍拒绝加入弘光政权。所以袁继咸致书左良玉，提出了上述要求。李清：《三垣笔记》下，第2页。
解学龙，扬州人。1625年作为东林党人被弹劾。崇祯即位后将他召回，但不久，又因他支持黄道周而将其投入监狱。弘光帝登基后，他同许多政治犯一道应邀参政。后来，他被马士英革职除名，回乡后，死于扬州大屠杀。《明史》，第3090—3092页。
叶廷秀（1625年进士）在北京时官至户部主事，曾经上疏，为卷入早期党争的黄道周鸣冤，并因此被贬放福建，直到北京陷落前夕才被重新召回。后来，任唐王政府中的兵部左佥都御史。南明政权灭亡后，他出家为僧。《明史》，第2892—2893页（《明史》中记其在弘光政权中任佥都御史——译者）。
谢国桢：《南明史略》，第60页；刘约瑟：《史可法》，第62页。
斯特鲁弗：《南明》，第10页。
谢国桢：《南明史略》，第60页。皇上及在场的大臣都大为震惊，遂取消了当日的其他议程。文秉：《甲乙事案》，第46页；顾苓；《金陵野钞》，第8页。
张慎言的辞呈于7月13日获准。由于家乡山西已被农民军占领，他无法返回，只能客居安徽，后来病死在那里。谈迁：《国榷》，第6113—6114页；《明史》，第3090页；文秉：《甲乙事案》，第53页。
计六奇：《明季南略》，第85页；文秉：《甲乙事案》，第47页。张慎言曾反对马士英竟召阮大铖身着官服入朝。
斯特鲁弗：《南明》，第13页；贺凯：《明朝的监察制度》，第209—210页。
谢国桢：《南明史略》，第60页。
文秉：《甲乙事案》，第50、54页。斯特鲁弗指出“正人君子”集团出于党争的目的，利用选官制度中的缺陷，排挤政敌（斯特鲁弗：私人通信）。
黎杰：《明史》，第199页；顾苓：《金陵野钞》，第10页；斯特鲁弗：《南明》，第12页。马士英因阮大铖曾向周延儒说情，让自己出任凤阳总督，故极力荐举阮大铖入朝。
温睿临：《南疆绎史》，第711—712页。
李清：《三垣笔记》下，第2页。
文秉：《甲乙事案》，第51—52页。马士英也持同样观点。7月12日他上疏称：“魏忠贤之道非闯贼可比。”计六奇：《明季南略》，第86页。
《南明野史》，引自克劳福德：《阮大铖传》，第65页。马士英举荐阮大铖的日期有几种不同的说法：7月9日、10日、12日、13日等等。姚家积：《明季遗闻考补》，第93页。阮大铖实际上于7月11日入朝。谈迁：《国榷》，第6113页。
计六奇：《明季南略》，第86—88页；顾炎武：《圣安本纪》，第6页；谈迁：《国榷》，第6116—6117页。其中，最为直言不讳的是罗万象、尹民兴和左光先。左光先是东林党殉难者左光斗之弟，后来被阮大铖逮捕并短期监禁。《明史》，第2777页。当时一份较典型的奏章评论说（御史詹兆恒语）：“忽召见大铖，还以冠带，岂不上伤在天之灵，下短忠义之气。”引自黎杰：《明史》，第200页。类似例子见《明史》，第960、3087、3318—3319页。
艾维四：《晚明士大夫陈子龙》，第131—132页。
斯特鲁弗：《南明》，第16—17页。
计六奇：《明季南略》，第7页。吕大器（此时被公开指责为不赞成拥立福王的人）于7月30日辞职。后被唐王请出，任兵部尚书和大学士。但他尚未到任，唐王政权就垮台了。于是，吕大器又前往广东，拥立永历为监国。后来病死于广东。《明史》，第3132页；斯特鲁弗：《南明》，第14页。
姜曰广于10月9日辞职。谈迁：《国榷》，第6146页；又见文秉：《甲乙事案》，第48页。姜曰广后在金声桓手下任职，1649年因抗清失败而自杀。恒慕义：《清代名人传略》，第144页。高弘图要求去监管漕运，但却命他回内阁供职。1644年11月4日他终于辞职，由于无法返回山东老家，只好留居南京一带。南京降清后，他在一座破庙中悬梁自尽。谈迁：《国榷》，第6110—6111页；计六奇：《明季南略》，第144页，《明史》，第3081页。
计六奇：《明季南略》，第12页；克劳福德：《阮大铖传》，第41—42页；斯特鲁弗：《南明》，第13页。人们指责钱谦益，为了换取马士英让其继续任礼部尚书而支持对阮大铖的任命。邓尔麟：《嘉定忠臣》，第251页。
刘宗周对这一问题的看法，见《明史》，第2882页。
谢国桢：《南明史略》，第50页。主张收复失地的人们常将自己比作南宋的爱国之士。他们把史可法比作李纲，把马士英比作完全自愿地放弃北方失地的卖国贼秦桧。因此，他们反对“两立”之说。所谓“两立”，即指两个军事实力和政治声望大体相当，又都声称有权统治全国，因而产生的二者并存的局面。正人君子们拒绝考虑北方的清朝与南明像从前的金朝与南宋那样共存的可能性，关于“两立”，见罗伯特·克莱默：《周密和修端》，第17页。
周时雍：《兴朝治略》第二卷，第1页。
赵光远于1635年被洪承畴调到汉中。他在阳平一带抵御张献忠，被南明政权任命为川陕总督。《明史》第2724、2981、3511、3513页。其他各城守将也都被赐予封爵。顾炎武：《圣安本纪》，第2—3页。张缙彦曾参预迎接李自成入京，并为大顺政权效过力。大顺政权垮台后，他逃回河南。尽管张缙彦有此污点，弘光帝还是任命他为河北、山东、河南总督，承认了他在惨遭战火蹂躏的河南的权力。这一任命曾引起争议。后来，张缙彦被列入北都从贼诸臣的名单。但马士英（他可能接受了贿赂）拒绝正式弹劾他。于是，这位总督得以逍遥法外，后经洪承畴举荐归降清朝。张缙彦为一己私利而降，1660年因在浙江任职时被指控写了一首自吹为英雄的词而被流放。后死于流放地宁古塔。顾苓：《金陵野钞》，第31页；孙甄陶：《清史述论》，第34—35页；《明史》，第3494页；德·弗格斯：《中原的起义》，第31页。
关于19世纪豫北“寨”的情况，文献中有一些精彩的描述。这些寨的墙皆用土筑成。方圆3～5里。寨内通常有一座高大的瓦房，和一座石砌的用来扼守寨门的塔楼或碉堡。寨内约有30户左右的居民，他们通常是寨主的佃户。有时，同姓人家聚居在一寨之内，后来，这样的寨常被称作“某家庄”。寨主还训练自己的乡兵。傅衣凌：《关于捻变的新解释》，第33页。1640年，河南知府报告，有些豪绅（以占地多达一千顷为标准）建立私人武装，残杀百姓，奸淫妇女，强占土地，有时甚至袭击当地官府。德·弗格斯：《中原的起义》，第6—7页。这些豪绅不都是大地主，有的是盐商或落第举子，其追随者则是小商贩、城市游民和破产农民。同上书，第24页；谢国桢：《南明史略》，第104页。
《明史》，第3066、3116页（此段引文自《明史》数处摘集——译者）；德·弗格斯：《中原起义》，第24页。
《明史》，第3069、3116页。
同上。刘洪起于1645年被清军杀害，德·弗格斯：《中原的起义》，第24页。
引自谢国桢：《南明史略》，第50页。
同上书，第51页；又见谢国桢：《明清之际党社运动考》，第100页。
周时雍：《兴朝治略》第二卷，第6页。小威尔斯认为，“正人君子”反对“偏安”，并相信明军的反攻会激励失地百姓奋起反抗，正是“过渡时期的明朝政治文化最引人注目之处。这一过渡就是在代表东林党的正人君子所采取的不协调行动的作用下，转入具有强烈道义和信念色彩的残酷战争。”小威尔斯：《17世纪中国多元政治的夭折》，第3页。
陈子龙：《陈忠裕全集·年谱》中，第22页。刘宗周还要求马士英像史可法去扬州一样，返回凤阳。姚名达：《刘宗周年谱》，第31—32页。
陈子龙：《陈忠裕全集·奏稿》，第26—27、46—47页及《年谱》中，第18—21页。
陈子龙：《陈忠裕全集·年谱》中，第18—21页；计六奇：《明季南略》，第185—186页。
陈子龙几年来一直在推动全国性的组建乡兵运动。在任绍兴推官及后来在浙北代理知县期间，他与几社其他成员一起，力劝崇祯帝批准在全国范围内组建由乡绅领导的地方武装。浙江地区的许都率乡兵发动叛乱、攻打当地官府一事，险些破坏了这一计划。在明朝崩溃前夕，这一计划终于获准，但已无济于事。魏斐德：《清朝征服江南时期的地方主义和忠君思想：《江阴的悲剧》，第52—53页；陈子龙：《陈忠裕全集》第二十二卷，第17、18页；邓尔麟：《达官贵人》，第164—167页；邓尔麟：《嘉定忠臣》，第225、254—255页；艾维四：《晚明士大夫陈子龙》，第108—110页；温睿临：《南疆绎史》，第244—248页。后来，陈子龙同意在弘光政府兵部中继续任职之后，首先要求允许他召募水勇，以便取道天津夺回京师。他声称已买下33条沙船，并有千余名勇猛熟练的水手正严阵以待。尚缺少的武器可望在一个月内造好，江南百姓（其中许多人惯于航海）也可迅速组织起来抵御敌军。陈子龙：《陈忠裕全集·奏稿》，第1—2页（然而陈子龙本人并没有指挥水师的经验，见小威尔斯：《从王直到施琅的中国沿海：边地史研究》，第220页）。人们记忆犹新的是，在16世纪50和60年代，这一地区的缙绅曾联合抗击倭寇。当时，东南地区的缙绅依靠浙江和江南的财富，在胡宗宪领导下，动员乡兵，招募水师，组建了抗击海上入侵者的有效防线。梅里尔恩·菲茨帕特里克：《中国东南地区的地方利益与反海盗管理》，第14—15页。
陈子龙：《陈忠裕全集·奏稿》，第54—58页。据陈子龙1644年9月11日的上疏，当时南京驻军有2万人。他建议从中精选1万人，组成3支各3000人的标兵和1000人的侦察队。他还提出通过建立军屯和户籍制度，另外征募4万人（共计6万人）。这些新兵可从江南的仆役或小商贩中召集，还可从浙东农村召集一部分（尽管许都在浙东叛乱曾给陈子龙带来过麻烦，但他对这一地区仍很感兴趣）。招募来的新兵，可分为2支大军，每100人为一队，组成宝塔式编制，由1名大将统一指挥。这个计划与19世纪组建湘军的计划至少在形式上十分相似，当然后者也受到诸葛亮和戚继光的启发
陈子龙：《陈忠裕全集·年谱》中，第20—21页。
见周时雍《兴朝治略》第二卷第53—55页中的陈子龙上弘光帝疏。斯特鲁弗认为，许多人将陈子龙及其一伙视为有潜在危险的激进派。他们可凭口才将百姓煽动起来，但根本不知道如何将志愿兵与正规军结为一体，也根本不了解如何与职业军人打交道（斯特鲁弗：私人通信）。
这段话引自《陈忠裕全集·年谱》中第21页的注，实际上可能未曾作为奏疏上呈。“神州”一词的使用，可追溯到战国时期，一般指中国当时管辖的区域。例如，诗人曹唐的一首词中有这样的句子：“远冈连圣祚，平地载神州。”所以，“州”是指与神圣的祖先联系在一起的领土。这一形象的描述将大地与统治者、领土与神灵结合为一体。正如曹唐词中“平地载神州”的比喻所暗示的那样，皇位的合法性不仅仅取决于上面的“天”和“命”，也取决于下面的实实在在的大地。这一皇位合法性的解释是深刻而通俗的。满人不厌其烦地讲“天”、“上天”和“上帝”，南明的臣民则更关心具有象征意义的“地坛”和地下皇陵。陈子龙的话中当然也提到了皇陵。“十二陵”即指位于北京北郊的十二座明朝皇陵。
陈子龙：《陈忠裕全集·年谱》中，第21页。
同上书第二十二卷，第17—18页。
同上书，奏稿，第51—53页；又见第26—27、46—47、54—58页。
《明史》，第2917页。章正宸后来在鲁王手下任职，失败后削发为僧。
魏斐德：《江阴的悲剧》，第52—53页。
应宝时编《上海县志》（同治朝编）第十九卷，第39页。
何刚的建议遭到拒绝。部分原因是他与史可法交往过密。“士英恶可法并恶刚，出知遵义府”。何刚未去赴任，却在得知扬州被围后，立即前去帮助史可法，扬州陷落后自杀身亡。
谢国桢：《南明史略》，第50页。
周时雍：《兴朝治略》第二卷，第5页。刘宗周还暗示，派史可法去淮安意味着把北伐战略的最佳实施人物从朝中撵走：“无以表陛下渡江之心，非毅然决策亲征，亦无以作天下忠臣义士之气。”同上书第二卷，第5页。关于刘宗周当时对马士英和阮大铖的抨击，又见袁继咸：《浔阳记事》，第7页；谢国桢：《南明史略》，第52页。
刘宗周视刘泽清的参劾为“朋党之论”而不予理会。他认为，在明朝的历史上从未有武官参劾文官的先例，当然也未有武官无理威胁要杀害文官的先例。李清：《三垣笔记》下，“补遗”，第2页。
《明史》，第3070页。1644年9月11日，长安街上出现了一份诽谤吴甡和刘宗周的匿名揭帖。六天之后，高杰、刘泽清和刘良佐分别参劾刘宗周，说他已使诸镇将怒火满腔。
顾炎武：《圣安本纪》，第11页；又见计六奇：《明季南略》，第11页。和某些勋臣一样，黄得功也参加了对刘宗周的攻击，斯特鲁弗：《南明》，第14页。
刘宗周辞职获准，被护送回乡。计六奇：《明季南略》，第14页；顾炎武：《圣安本纪》，第12页；斯特鲁弗：私人通信。据《明史》载，高杰和刘泽清曾派刺客去暗杀刘宗周，但据说当刺客面对这位年高德劭的哲学家时，竟慌得不知所措。《明史》，第2882页。
艾维四：《晚明士大夫陈子龙》，第133页；谢国桢：《南明史略》，第61页。
温睿临：《南疆绎史》，第388—389页；查继佐：《国寿录》，第70页。顾杲也曾在攻击阮大铖的“南都防乱公揭”上署名。他之所以幸免于难，是因为副都御史与他有姻亲关系，因而设法推迟了对他的审讯。
谢国桢：《南明史略》，第61页；斯特鲁弗：《南明》，第15—16页。
李清：《三垣笔记》下，第2页；徐鼒：《小腆纪传》，第208页。“逆案”是依附魏忠贤的官吏的名单。公元8世纪，唐朝曾编过依附叛将安禄山的唐朝官员的名单。编制曾与大顺合作过的明朝官员的名单即援引此例，亦称顺案。“顺案”中的“顺”字，亦有“投降”、“归顺”之意。谢国桢：《南明史略》，第62页。
早在南明政权建立之初，马士英就向弘光帝表达了他对北京死难忠臣的关切。周时雍：《兴朝治略》第二卷，第2—3页。1644年10月3日，弘光帝为范景文、倪元璐及其他19名忠烈追授了谥号。姚家积：《明季遗闻考补》，第96页；顾苓：《金陵野钞》，第31—32页。
顾炎武：《圣安本纪》，第4页；文秉：《甲乙事案》，第46—47页。
文秉：《甲乙事案》，第48页。
温睿临：《南疆绎史》，第109页。史可法认为，南明政府要聚集足够的人才，方能收复北土，而唯一的办法就是招纳落难的士大夫。可先由地方官举荐，待其任官履历查清后再邀请他们参加南京政府。杨德恩：《史可法年谱》，第52—53页。
史可法曾上疏主张，必须处决大顺“伪官”，销毁他们的印绶，以明“泾渭”。对那些渡河进入其辖区的原大顺官员，他皆照例将他们斩首。周时雍：《兴朝治略》第三卷，第3页。
史可程在1643年与陈名夏同科考取进士。一般都认为他是史可法的胞弟。但有人仔细研究了其家谱，证明他是史可法的二堂弟。史可程的兄弟史可鉴是锦衣卫军官。朱文长：《史可法传》，第97—98页。史可程曾在大顺政府任职，后逃到南方。虽然史可法要求惩处他，但弘光帝大发慈悲，命他回乡照料其母。南京陷落后，他在宜兴住了多年，成了顾炎武的朋友，后得以善终。《明史》，第3079页；朱文长：《史可法夫人姓氏考》，第88页。史可程与顾炎武常互通书信并题赠著作。见顾炎武：《亭林先生遗书汇辑》，1888年版；《同志赠言》第四十卷，第21—22页。程一凡先生向我提供了史可程与顾炎武两人通信赠书的史料，在此表示感谢。又见谢国桢：《顾宁人学谱》，第176页。
温睿临：《南疆绎史》，第109页。
文秉：《甲乙事案》，第54页。
朱文长：《史可法传》，第34页。江南缙绅谴责“从贼官”的典型例子，见郑振铎《玄览堂丛书》第一一三册：《嵩江府阖郡士民讨逆贼杨汝成檄》。
在一次祭奠崇祯帝的仪式上，阮大铖说：“致先帝殉社稷者，东林也，不尽杀东林，无以对先帝于地下。”温睿临：《南疆绎史》，第715页。
《明史》，第1546、3091、3095页；抱阳生：《甲申朝事小纪》，第二卷，第10—11页；钱