闻说淮西地，
盱眙古战场。
寇来千里白，
日下数山黄。
行客欣遗灶，
居人倚短墙。
中原半如此，
何计出风霜。
李雯：“道出盱眙见贼所烧残处”
李雯、陈子龙、宋徵玉：
《云闲三子新诗合稿》，第六卷
明末农民起义是由于17世纪30—40年代接连发生的饥荒，以及明朝政府的普遍瘫痪造成的。只有很少一部分明代文献，将起义的原因归咎于沉重的赋税。大多数官方史料则认为拖欠军饷、给养不足及强迫征兵，是起义的导火索。起义军的主要成份是农民，而其领袖通常是职业军人、驿卒和土匪。由于其将领很容易在明军与义军之间变换身份，这些起义军便成为明末社会军事化之一般模式的一部分。正如总兵左良玉曾向一位地方名士所指出的那样，明帝国的困境，不是因为义军力量强大，而是由于明朝后期的军队将领并不想让起义完全平息。
起义过程可分为四个阶段：第一阶段是1627年至1631年，陕西爆发了一系列兵变和叛乱，并形成几股流寇，经常进行劫掠。第二阶段是1631年至1636年，起义军的攻势虽被瓦解，但起义者加强了联合，活动范围也更加广阔，已波及湖广、河南和陕西交界处的大部分森林地带。明朝政府仍然保持着军事优势，但洪承畴等文官统帅感到，指挥左良玉那样的武人将领越来越困难了。到了第三阶段，也就是1637年至1641年，各路义军在张献忠和李自成的旗帜之下携手联合，形成了更为强大的军队。虽然1640年他们曾一度声势低落，但到1641年3月，张献忠在襄阳、李自成在洛阳大败杨嗣昌所率明军，从而恢复了义军的力量。在此关键的一年之后，明军失去了优势，而起义军的这两位领袖则萌发了改朝换代的雄心。
李自成由义军将领成为公认的君主，这一转变发生在河南。1642年，他攻下开封，得到了河南几位地方将领和士大夫的支持，后来证明，这些人对他创建新王朝的计划起了决定性的作用。不过他们并不是最早追随他的士人。1634年，一个名叫宋企郊的官员，部分地由于胁迫而投降了李自成，并于次年初成为吏政府尚书。但在1641年和1642年，宋企郊却由于另外两位士大夫李岩、牛金星的加入而黯然失色。李岩是开封人，因站在被剥削阶级一方反对贪婪的士绅而成为当地的传奇人物。牛金星是李岩的同窗，宝鸡人，酷爱饮酒，又是位穆斯林举人。牛金星曾因痛打过地方小吏而被判监禁。二人都是自愿投奔李自成，并都成为重要的谋士。特别是牛金星，他极力鼓动农民军争取更多的文人学士的支持。他指出，河南、陕西、山西的许多上层士大夫，因在官场中受到主要来自南方的东林党人的排挤，而对明廷不满。
当然，在周延儒于1641年后再拜内阁首辅期间，“小东林”的势力相当强大。事实上，这些年中复社达到了鼎盛，以至于把持了科举。1643年的进士考试——这也是明朝的最后一次科举考试——是江南学士之间的一场激烈竞争。一位参加了这次考试并通过了会试与殿试的南方学士，在写给其兄弟的信中说：
殿试的结果公布出来时，首先看到的是前三名的姓名，那些没有被取上的开始大哭。我想前三名定会流芳百世。考得差的捂上了自己的眼睛，摇着头，不愿再看。可见人们对此渴望至极。
令人向往的头三名都被复社成员所垄断，“一甲”三人是：
1．状元——周钟
2．榜眼——宋之盛
3．探花——陈名夏
三人都被视为复社成员，他们此前至少参加过一次复社会议。与此同时，陈子龙等著名的复社成员也被选拔出来而特别推荐于崇祯帝之前；即使在魏藻德取代周延儒作了首辅后，这些南方籍的官员仍继续在朝中控制着许多重要职位（见下面两表）。多数大臣都来自南方，而以户部尚书倪元璐为首的浙江人最为显赫。都御史李邦华则是江西的著名学者。
崇祯末年的大学士表
| 1643年上半年 | |
| 周延儒 | 江苏 |
| 吴甡1 | 南直隶 |
| 黄景昉2 | 福建 |
| 1643年下半年 | |
| 魏藻德 | 河南 |
| 陈演 | 四川 |
| 蒋德璟3 | 福建 |
| 李建泰 | 山西 |
| 方岳贡4 | 湖广 |
| 1644年初5 | |
| 范景文 | 河南 |
| 邱瑜6 | 湖广 |
资料来源：《明史》（国防研究院），第1361—1399页。引自计六奇《明季北略》和黄大华《明宰辅考略》。
1．吴甡出生于扬州，曾是魏忠贤的劲敌，后又对温体仁、周延儒的贪污提出弹劾。因此他在文献中被视为反对周延儒一党的主要领袖。《明史》，第2861页。
2．黄景昉于1643年下半年辞职，《明史》，第2852页。
3．蒋德璟是倪元璐的有力支持者。《明史》，第2851页；徐鼒：《小腆纪年附考》，第35页。
4．方岳贡1628年因贪污罪入狱，也得到蒋德璟的救助。1644年他本该赴济宁督运粮草，但他始终没有离开京城，后被李自成所杀。《明史》，第2852页，徐鼒：《小腆纪年附考》，第67页。
5．这两项任命是阴历一月二十九日颁布的。赵士锦：《甲申纪事》，第6页。
6．邱瑜及其家人亦为李自成所杀。《明史》，第2853页，徐鼒：《小腆纪年附考》，第34页。他还兼任礼部侍郎之职。赵士锦：《甲申纪事》，第6页。
1643—1644年崇祯帝六部尚书表
| 吏部 | |||
| 郑三俊1 | 福建 | 1643年5月因病致仕 | |
| 李遇知2 | 不详 | 1644年因病致仕 | |
| 户部 | |||
| 傅淑训3 | 不详 | 1643年5月革职 | |
| 倪元璐 | 浙江 | 1643年10月调礼部 | |
| 礼部 | |||
| 林欲楫 | 福建 | ||
| 倪元璐 | 浙江 | 1643年10月就任， 李自成进京时自杀。 |
|
| 兵部 | |||
| 张国维 | 浙江 | 1643年5月革职 | |
| 冯元飙 | 浙江 | 1643年10月因病致仕 | |
| 张缙彦 | 河南 | 投降李自成 | |
| 刑部 | |||
| 张忻4 | 山东 | 归顺李自成 | |
| 工部 | |||
| 范景文5 | 河南 | 李自成进京时自杀 |
资料来源：《明史》（开明书局），第1400—1468页。
注意：1643年5月指该年阴历五月。
1．郑三俊是著名的东林党人，曾遭魏忠贤弹劾，后任南京户部尚书时清除了许多魏忠贤的党徒。他还支持刘宗周反对周延儒和张国维。《明史》（国防研究院），第2877页。
2．《明史》无传。
3．《明史》无传。
4．《明史》无传。
5．范景文，1614年进士，东林党危机时一度辞职。1628年回朝任太常少卿，后在南京供职多年，又先后拜为刑部尚书和工部尚书。1644年初，擢为东阁大学士。《明史》（国防研究院），第2993页；徐鼒：《小腆纪年附考》，第34页。
尽管新任命的负责军事的朝廷大臣不甚称职，但由于李自成已在遭受严重饥荒的河南中部和西部地区开辟了根据地，明军无法听之任之。1643年，在孙传庭所率陕西明军的压力下，李自成被迫将大本营移入湖广，在襄阳设置六政府，并清洗了一些难以驾驭的部属。其后，在军中文人谋士们的劝告下，他决定返回故乡陕西，去建立巩固的根据地，然后再从那里向明朝都城北京进军。孙传庭试图阻止这一计划，遂率军南下河南，并希望左良玉部能从江西北上穿过湖南攻击李自成的侧翼。但左良玉按兵不动，孙传庭最后只得孤军作战。从1643年10月20日开始，孙传庭连连获胜，但他的补给线太长，在饥荒严重的河南境内又几乎征集不到任何粮草。11月，孙传庭的疲备之军开始了谨慎的退却，可这很快就变成了大溃退。11月16日，李自成的军队控制了战略要地潼关，从而打开了通往西安的道路。五天后，李自成占领了陕西首府西安并沿用唐代旧称，改名为“长安”。1644年春节（阳历二月八日），为预祝胜利，李自成确定国号为大顺，年号永昌。诗人李雯随父亲住在北京时听说了这些事变，数周后忧郁地写道：李自成已占据了曾出现过很多强盛王朝的战略要地。“百二秦川”已落入贼手，从而李自成控制了京城与秦故地之间除黄河以外最后的天然屏障。
崇祯帝意识到，由于李自成控制了西北，明朝都城已受到军事威胁。1644年1月3日，皇上收到大学士黄景昉一份很长的奏折，他力主从东北前线调回吴三桂的戍边军队，以加强缺乏训练的京师驻军。黄景昉还指出，陕西与河南的社会治安几乎完全破坏了，驿递中断多年，地方官多有缺员，并且由于官府全无税收，无法提供军饷，甚至连官吏的俸禄也谈不上了，当地官军只得强抢百姓仅有的口粮，以至逼民为盗。这种混乱局面势必继续，除非皇上鼓励当地豪侠与士绅组织乡兵，创建其自己的地方政府。
崇祯帝对此建议反应冷淡——这部分是因为他担心这种乡兵会成为更大的祸害；部分是因为在河南、陕西征募骁勇，无论如何也不可能及时扭转危局，挽救京师。召回戍边驻军当然是一种办法，但当时未真正引起重视。于是皇上采用了他的老作法，又任命了一位新的将领。但局势已如此暗淡无望，以至朝廷命余应桂前去统辖陕西明军时，他竟在皇上面前哭出声来，并断言：“不益饷，臣虽去无益。”最后余应桂试图阻挡李自成的先头部队渡过黄河进入山西，但为时已晚。1643年12月30日，李自成军前锋开始渡河，既而席卷山西，突破了拱卫京城的第一道防线。皇上大怒，将兵部尚书张国维革职下狱；然而就在此时，平阳又告失守。
使明朝陷入困境的原因之一，是那些充满空想的大臣一次次地提出不切实际的总体改革建议，却不重视日常的具体行政措施。大臣们经常为他们的平庸无能辩解，对其贪污腐败表示痛心悔恨，夸张官僚的苦衷——而对迫切紧要的改革只提出过于简单空洞的计划。例如，李自成在河南得手之后，大学士蒋德璟在回答皇上召问时，就根据他读过的《明会典》，提出了这样一个幼稚的建议：要求朝廷恢复明太祖时会集众臣举行射礼的做法。他认为倘能如此，则尚武之风可兴，卫所之制也可复振。皇上称赞说这真是个好主意，下令立即重振那业已衰落无望的卫所制度。正如一位史学家所讥刺的那样，皇上此令“不能行也”。
虽然日常工作仍在进行，王朝尚未覆灭，政府尚未垮台，但大多数官员逐渐预感到明朝的统治已注定要完结了，因为它已经失去民心。各方面都出现了灾祸：天花流行，庄稼欠收，成千上万的农民结伙投奔义军。兵科都给事中曾应遴对皇上说，这是“衣食租税”的官吏和富户压迫、剥削百姓所致。但应做些什么呢？尽管大学士魏藻德坚持认为李自成军中大部分将士是被胁迫入伙的，他力主明军士兵应杀死那些动摇不忠的农民，但几乎无人怀疑，李自成手下聚集着大批自发的追随者。不祥之兆进一步显示出明朝的气数已尽：夜晚走过紫禁城正门的行人，听到战死疆场的鬼魂的喧闹和幽灵凄厉的哀嚎。
此时，崇祯帝将大部分注意力都放在了京师的防卫上。北京驻军的情况相当糟糕，三大营的兵力在全盛时估计至少有70万，但现在已变成了老弱之军，将领们又以市井无赖和自己家中的家奴充数，从中贪污空额军饷。两年前，崇祯的一位亲戚李国桢说服了皇上，让他来整顿京营，但在这位刁滑的亲信统领之下，三大营的实际状况变得更糟。李国桢以改革军务为由，从国库及内库中骗出数十万两银子。与此同时，更有势力的宫中太监又将大部分精壮士兵挑出来充当他们的私人侍从。1643年，疾病在京师蔓延，老弱士兵大量死亡。幸存者不仅都是些被北京市民传为笑料的老弱残兵，而且由于掌管宫中厨事的太监不再向他们发放口粮，这些士兵正在饥饿中死去。
而用来维持这支乌合之众的军队或招募新兵以取而代之的军费又在哪儿呢？从账簿上看，前线军队每月要消耗饷银40万两，而新、旧府库一共只剩下4200两，户部的收入则几乎等于零。在正常情况下，皇帝个人的收入有400多万两金花银。可这种收入已大大下降，宫廷的花费却大得惊人，物价又在飞涨。据传，皇上私蓄所剩不会超过几十万两。所以，为了敛钱，崇祯帝决定允许因纳贿下狱的官员以重金赎身。有七位著名的政治犯在同意献出部分家产以作京师防卫之用后获得赦免。皇上又向自己的亲戚施加压力，迫其献产。此外，也有人自愿捐钱，特别是当朝廷宣布捐钱多者可得封爵之后。还有来自官员会馆的集体捐助。但用这种方法只筹集到20万两。不少赎金实际还没有上交国库，就被户部的贪官污吏私吞了。到1644年初，粮仓空了，卫戍京城的军队几乎一年没有得到军饷。正如一位将领所报告的那样：“鞭一人起，一人复卧如故。”
对崇祯帝来说，有一个或许过于自私的办法，那就是放弃危在旦夕的北京，到南京建立临时中央，这一迁都的建议是在德正殿进行的一次私下的召见时，由江西籍官员、翰林学士李明睿首次提出的。2月10日，皇上召李明睿及总宪李邦华、原九江军府总督吕大器议事。当皇上问到今后的策略时，李明睿的回答相当坦率，甚至在提到北方失利时也无所顾忌。他说，义军已经逼临京城，朝廷正值“危急存亡之秋”，唯一明智的选择，就是迁都南京。崇祯帝大惊，对李明睿说：“此事重，未可易言。”既而指天问道：“上天未知如何？”李明睿略加思索，便试图就天命问题劝说其君。
惟命不于常，善则得之，不善则失之。天命微密，全在人事，人定胜天。皇上此举，正合天心，差之毫厘，谬以千里，知几其神，况事势已至此极。讵可轻忽因循，一不速决，异日有噬脐之忧。当局者迷，旁观者清，皇上可内断之圣心，外度之时势，不可一刻迟延者也！
崇祯帝本来很可能为维护君主意志，而对这段涉及其道义责任的议论大发雷霆，但此次他并未将其视为臣下对自己的责难，反在确认四周无人偷听后问道：
此事我已久欲行，因无人赞襄，故迟至今，汝意与朕合，但外边诸臣不从，奈何？此事重大，尔且密之，切不可轻泄，泄则罪坐汝。
崇祯帝明确表示了自己的立场，又询问南迁的具体步骤。他将如何出京？李明睿提出最佳路线是取道山东，装作到文王与孔子庙朝圣。一旦到了曲阜，御驾便可快马加鞭南下，20天内即可赶到比较安全的淮安地界。那时——李明睿向皇上保证——举国上下必群情振奋。因为崇祯帝一旦出现在京城之外，国之龙虎必起而响应，陛下遂可握天下于股掌之中。但是李明睿又斗胆警告说，如果皇上仍在京城厮守尊位，则明朝必亡。崇祯帝颇为其言所动，简短答道：知道了。遂令三人退下，自己返回后宫。
当晚，皇上又召李明睿进宫参加另一次秘密会议，并于会后将这位翰林学士单独留下，向他提出了一连串问题。中途接应部队有何安排？谁来统领？中途在何处驻扎？李明睿打算先秘密派遣将领至济宁部署接应部队，并在比较安全的济宁、淮安两地安排驻地。但接应部队从哪里调集？皇上又问。李明睿承认，所有明军主力不是用于镇守关口，抵御义军，就是在边地抗击清军。京城关门兵也不能全部抽出，因为必须留下部分军队护卫留守北京的官员。所以只能暗中派遣一些朝中官员从京畿八府征募新兵。
这时，李明睿又提出了关于皇上内库这一敏感问题。没有充足的资金，便无法征募新兵，且南下途中也须犒赏将士。“内帑不可不发”，李明睿说，“万一行至中途，赏赐不足，出处甚难。”皇上同意非有一笔钱不能成事，但又坚持认为不应由内库出钱，而应由户部为此特殊用项做出安排。在这一点上，两人发生了分歧。李明睿的态度近乎强硬，认为如果动用国库中仅剩的储备，北边防线必将受到致命危害；这就等于完全放弃中原，而南下之行就将被称作逃跑。“乞皇上自为宗庙社稷计，决而行之，无待临渴掘井也。”崇祯帝点头不语，但并没有最后拿定注意。时间已很晚了——二更已过——他颇感疲倦，遂将李明睿打发走了。
三天后，即2月13日，另一解救危局的提案呈到御前：吏科给事中吴麟徵建议将吴三桂从宁远招回。但这一建议被皇上抛在一边，可能是因为他想到了李明睿的话。他拒绝召回东北军队，因为那将意味着将大片区域让与满人。最后，他转而抓住大学士李建泰提供的一根救命稻草。李建泰很富有，当时他答应捐银100万两，用来征募一支军队，以救援其家乡山西。不幸的是，李建泰只能征募到京城中素质最差的人——地痞、无赖和市井游闲，他们根本不听号令。崇祯帝对此一无所知，他将李建泰出征仪式搞成欢送的盛宴，并亲自登上城头目送这支大军在鼓乐和旌旗的伴随下缓缓西去。皇上将全部希望都寄托在这位大学士的成功之上了。他曾对李建泰说：“先生此去，如朕亲行。”
从一开始，这支军队就注定要遭到惨败。甚至在其出发之前，算命先生就预言其必败；李建泰所乘肩舆的杆子又不祥地折为两段。队伍刚一出城，后面的士兵便开始逃跑，3000宫廷禁军也公然全体溜回北京。当大军缓慢地（每天只行30里）通过河北时，最令人沮丧的可能就是李建泰的士兵到处遭到冷遇。北京城内纷纷传说，李建泰的士兵只有谎称是李自成的部下，才能从农民那里得到食物。人们还听说，许多城镇都将这支朝廷军队拒之门外，他们害怕这伙乌合之众甚于害怕农民军。
与此同时，李自成从对面迎头而来。2月26日，李建泰尚未到达山西，朝廷便获悉大顺军正横扫山西。次日，又传来不祥的消息，平阳及黄河沿岸州县全部落入义军之手。3月16日，“闯王”（李自成1636年后的绰号）攻陷山西首府太原。明军守将周遇吉英勇保卫宁武关，但这只是李自成军队在此次战役中所遇到的极少见的一次顽强抵抗。在整个山西及北直隶西部，“文武俱失所恃”。街上的百姓毫无顾忌地唱着：
闯王来，城门开，
闯王不来，谁将衣食与吾侪。
寒不衣兮，饥不食，
还钱粮日夜催，
更有贪臣来剜肉。
生填沟壑诚可哀。
在这种公开的反对面前，地方官吏束手无策，只得一个接一个地向义军打开城门，4月7日，李自成军占领了大同，并继续向北直隶推进，10天后占领了宣府（宣化）。这时明朝抵御这支由北方穷人和流民组成的起义大军的，只剩下驻守京城西北居庸关的一支怯懦的军队。连15岁的皇太子朱慈烺都认识到，靠这点力量保卫京城，其希望实在太小了。当时，他正恭恭敬敬地与东宫讲读项煜讨论《论语》的第一篇。当读到“不亦说乎？不亦乐乎？”一段时，他不由沉思良久，即而痛楚地说道：“二‘乎’字可玩。”其讲读只好尴尬地笑笑。
3月6日，崇祯帝再次命令群臣献策。皇上表现出的诚意鼓励了那些私下早就希望南迁的大臣，于是一连串的密折呈至皇上面前，提出一种又一种方案。李明睿仍是主谋，许多奏折正是来自他所供职的翰林院。很自然，拥护南迁的大多是南京人。倪元璐（大学士陈演在皇上面前说他太书生气，遂将他转为户部尚书）也赞同这一主张，并且还争取到太子讲读项煜的支持，而许多人视项煜为东林党的同情者。这些大臣阐述了三种不同但又相关的建议。
第一种意见是由皇上率军亲征，令太子留守北京。这一由文人学士们所提出的方案，符合较多人的愿望，即鼓励天下豪杰士绅募兵勤王。淮安巡抚路振飞已经组织了72支自卫武装，分别由一名下层士人负责训练和统领。人们认为，一旦皇上离开紫禁城内廷，类似的武装就会在其他地区大量涌现。皇上不会骑马是无关紧要的，只要他出现在战场上，便可使“四方忠臣义士，英雄豪杰”群起响应，就像14世纪明太祖推翻元朝时，汉族人都响应其号召那样。
第二种建议几乎是第一种建议的自然结果。尽管南方人十分谨慎地声称，他们提出这一建议是因为考虑到南方地区的重要性。皇上一旦离开京城，便可迁至勤王力量最强大的地区——江南。迁都南京后，崇祯帝可沿长江建立起第二道防线，并以南方的经济和军事重镇九江为枢纽。李明睿还为此策略提供了一个历史例证，即南宋迁都杭州后，又统治了一个半世纪。他强调说，类似的南迁完全适合明朝目前的形势，也完全符合《易经》上利的概念。当李明睿和李邦华审慎地讨论建立南明政权的可能性时，他们都明显感到，要获得这一冒险行动的成功，必须由皇上，而不是太子，率众迁往南京。李明睿解释说：太子少不更事，“禀命则不威，专命则不敬”（《左传》语），不如皇上亲行为便。他希望让太子留守北京摄政，保护宗庙社稷，皇上本人则亲自率众迁至南京，在史可法所率长江下游驻军的保护下，为南明政权的建立，奠定行政和经济基础。不过这最终意味着将中原让给起义军和清军，以及由魏藻德等北方人辅佐太子。当然，没有什么正式理由说明为什么北方籍官员不能一同南下，但他们在河北、山东、山西的田产，使其难以离开。因此，援引《春秋》也未能缓解北方官员对此战略的激烈反对，南迁计划终于落空了。
太原陷落之后，皇上再次召集六部、督察院和翰林院群臣议事献策。就在这时，主张南迁的大臣提出了一项折中方案。李邦华呈上密折，建议派遣太子南下，以加强江南防线，皇上则留下来守卫北京。这就是说，让皇上留下来与北方籍官员在一起，而一旦王朝覆灭，南方人便有了一位合法嗣君。
大约在1644年4月3日至5日间，崇祯帝召见群臣，以观察他们对李邦华建议的看法。皇上手持这份密折，令李邦华阐述其内容，李邦华婉言推辞，皇上遂大声宣读起来并询问群臣的意见。大臣们一个接一个站出来表示赞同这一建议。由于战场上无法挽回的败局，加上南方籍官员的游说，多数人都转而支持南迁。德高望重的项煜是太子讲读，他自然也赞同这一建议。但最为重要的一票在内阁首辅兼太子少保陈演手中，他对李邦华的支持，使皇上陷入了困境。
崇祯帝本来已有“那么点儿”同意亲自去南京，而将守卫社稷之责留给太子了。但现在他与太子的职责被颠倒过来。假如不是他而是太子南下，来使明朝像南宋那样再延续个150年，那么留下来守护社稷宗庙就将成为这位当朝皇上的神圣职责。因此，李邦华的建议等于要求皇上做出自我牺牲，而眼下公开举行的廷议又迫使皇上在大庭广众面前做出抉择。崇祯帝别无它法，只得堂而皇之地宣称：“国君死社稷，恒理也。”但话一出口，他又忍不住满腔怨恨地加上一句：“言迁者欲使朕抱头鼠窜耶？”大概是因为皇上明显流露出不快，几位大臣急忙改变立场。兵科给事中光时亨愤怒抨击李邦华，并指责李明睿是这些“邪说”的幕后支持者。于是，决定性的时刻来到了，光时亨本人是南方桐城人，但他坚决主张固守北京，而当他慷慨激昂地谴责了那些要放弃京城的人之后，在场的27位大臣竟有19位表示放弃南迁主张。这并不完全符合皇上的心思，因为他心底是想要代替太子南下，而现在大多数大臣却主张整个朝廷仍留在北京。结果双方都招致了皇上的愤怒。他一面说：“光时亨阻朕南行”，一面又指责李明睿结党欺君。
诸臣平日所言若何？今国家至此，无一忠臣义士为朝廷分忧，而谋乃若此！夫国君死社稷，乃古今之正，朕志已定，毋复多言。
“然而”，史家评曰：“南迁之议寝矣。”
若按光时亨的主张，皇上和太子都不南下，那么就必须采取措施保卫京师。4月16日，光时亨上疏皇上，建议召回所有主要将领勤王。疏中承认采取这一措施意味着将部分领土给满清，但他认为这只是暂时的损失。朝廷一旦剿灭了叛匪，恢复了力量，就可以收复这些失地。
光时亨的建议在朝中引起激烈的争论，他的支持者们（倪元璐、金之俊、吴麟徵和孙承泽）坚持认为朝廷必须面对现实，立刻从宁远召回吴三桂，从蓟州召回王永吉，从密云召回唐通。他们强调说，否则京城必将毁于一旦。但其他大臣不同意这一计划。其中一部分人主张只召回一两位将领；另一部分人强调只有吴三桂所率军队最为重要。皇上的首辅大学士陈演和魏藻德，坚决反对召回这些军队，并着力重申其最初的主张，即反对将领土让与满人。魏藻德是北直隶人，他随即得到了山东将领刘泽清的支持。因为吴三桂的军队若撤离长城防线，刘泽清的侧翼就会暴露于清军的攻击之下。
崇祯帝暂时未作最后决定。他对李建泰的军队仍抱有一线希望，希望他能阻止义军继续推进。但4月9日，即那次未见分晓的廷议之后的第三天，李建泰的快信终于到了。信中说他的军队——或者说是残兵败将——已无可指望，他劝皇上采取一切可能的措施自救。第二天，即4月10日，崇祯帝终于发布了勤王令。所有主将都被加官进爵；吴三桂、刘泽清和唐通则奉命率部入京援救。但三人中实际上只有唐通及时赶到了北京。
李建泰的信中还最后一次提出了南迁问题，明确建议皇上将太子先行送到南方，然后将朝廷迁至南京。尽管一周前皇上已坚定地表示，他主意已定，南迁问题不得再议，但主张南迁的南方籍官员并未停止私下为太子或皇上离京做准备。现在，他们再次于殿前大胆提出，送太子到南京，让其督率江南军事。然而光时亨再次火冒三丈，质问道：“奉太子往南，诸臣意欲何为？将欲为唐肃宗灵武故事乎？”所有争论便为之再次中止。光时亨言外之意是指责他们阴谋拥立太子，逼迫崇祯帝退位，这使南方籍官员大惊失措，“遂不敢言”。大臣们一个个低头默立一旁，倾听皇上愤怒的斥责：“朕非亡国之君，诸臣尽亡国之臣尔！”所有在场的人都明白，除在北京厮守至尊之位外，任何劝说皇上采取其他行动的尝试，都必定被曲解为不忠。从此，绝望气氛笼罩了京师的居民，“诸臣咸思南窜”。
崇祯帝拒绝了南迁的建议，既不遣太子去南京，他本人也不离京。这对后来满清占领北京时的形势产生了深远影响。满清比较完整地接管了明朝的中央政府，遂拥有了他们颇为缺乏的东西，由此接收了明朝几乎全部汉族官吏，依靠他们接管天下并最后征服南方。崇祯帝的决定还导致诸多皇室宗亲之继承权利的暧昧不定，以致派系倾轧削弱了南明政权。此外，复明阵营也因之少了一批立志恢复失地，渴望对清朝发动反攻以便光复家园的北方人。崇祯帝这一自我牺牲的决定，就这样最终毁灭了后来复明志士坚守南方的许多希望。
尽管人们批评崇祯帝过于消极，但他确实在继续设法保卫北京，虽然这可能是徒劳的。他犹豫了如此之久，最后终于下令征召民兵，并通过木版印刷的圣旨布告天下：“各路官兵，凡忠勇之士，倡义之王，有志封拜者，水陆并进。”同时，他派遣部分京城守军开到城外扎营，其余的派往各个城门；各城门还设置了路障并安放了葡萄牙大炮，以加强防守；又把宦官武装起来，令其把守通往紫禁城的主要道口。皇上甚至还挖出深藏地下的并不丰裕的内帑储备，以供太监杜勋招募一支军队，协助总兵唐通守卫居庸关。
但这些准备没有一项足以震慑敌军，也没有使北京的百姓振作起来。那道征召民兵的圣旨未能传到京郊以外，负责京城四周15英里长城墙的巡守士兵严重不足，以至每名士兵必须独自守卫30英尺的城墙。各官府的属吏已不再听从命令，“而小民敢于抗上”。在朝廷最高层，钦天监官员奏报，4月10日——即作出固守京城之重大决定的这一天——象征皇帝的北极星下移。
崇祯帝显然未理会这一凶兆，还“诏百官修省，而大僚职官饮酒高会，如太平时。”4月22日，皇上照例主持早朝，并将议题转到军饷问题上来。正当他们讨论为居庸关守军增拨给养时，一名信使闯入殿中，呈上一份只能由皇上拆阅的密封急件。
（皇上）览之色变，久之，即起入内，谕各官退，始知为昌平失守也。
4月21日，杜勋和唐通让义军通过了居庸关。眼下，大顺军已占领了紫禁城西北65公里处的昌平。朝廷上下一片惊恐。大臣们“但相顾不发一论”。尽管他们普遍意识到义军正在步步进逼，但直到此刻他们才意识到，李自成拿下京城已近在眼前。次日一早，即4月23日，崇祯帝主持了最后一次正式朝会。他步入大厅，登上宝座后，环顾群臣，不禁潸然泪下，“诸臣亦相向泣，束手无计。”皇上所能做的只是拟定一份诏书，宣布：“文臣个个可杀”。既而又有大臣以可能有损官民士气为由，劝皇上收回了此诏。
就在此时，李自成大军的前锋正策马深入北京西郊，午后即开始攻打西直门。城外守军立刻向大顺军投降，城内守军则向空地或义军上空开炮。而李自成也并未下令全力攻城——他害怕承担杀君的罪名——于是决定给崇祯皇帝最后一次投降的机会。已在居庸关投降义军的宦官杜勋，奉命进城，代表“大顺王”入宫谈判。
崇祯帝接见了这位太监，他曾是皇上的亲信。首辅魏藻德也在场。杜勋在其原来的主人面前十分坦率地说明了交换条件：明朝封李自成为王，赐银100万两，承认陕西和山西为其封国；李自成则负责平定国内其他起义军，并为明朝抗击满清，保卫辽东。这些条件很有诱惑力，但崇祯帝听杜勋逐条阐述时，也考虑到，现在的让步，在将来的正统史家眼中，会永远成为他曾“偏安”的证明。不过，如果他能在大臣中为此绥靖策略找到支持者，对他的指责便可减轻。于是他转向魏藻德问道：“此议何如？今事已急，可一言决之。”魏藻德却一言不发，皇上顿感不快，再次问道：“此议何如？”魏藻德仍沉默不语，拒绝为此决定分担责任。皇上气得发抖，转身打发了杜勋。杜勋刚一离开，皇上就当着魏藻德的面猛击龙椅，并将其一把推倒。魏藻德慌忙退出，谈判之事遂再未提起。
当晚，李自成的军师矮子宋献策占卜星象，说是若明日下雨，则此城必破。次日早晨，即4月24日，李自成醒来后，见外面下着濛濛细雨，遂下令部队准备进城。他也将营帐移至彰仪门外，太监曹化淳为他打开了城门。至夜幕降临时，李自成的军队已逐渐占领了南城。崇祯帝知道，在大顺军攻入紫禁城之前，留给他的时间已不多了。
是日酉刻，上遣内监密敕新乐侯刘文炳、驸马巩永固，各带家丁护送出城南迁。刘、巩并入内殿见上，曰：“法令素严，臣等何敢私蓄家丁？即率家人数百，何足以当贼锋？”上颔之。又召首辅魏藻德言事，语密不闻。久之，上顾事急，将出宫，分遣太子二王出匿。进酒，酌数杯，语周皇后曰：“大事去矣！尔宜死！”袁妃遽起去，上拔剑追之，曰：“尔也宜死！”刃及肩，未扑，再刃，扑焉，目尚未瞑。皇后急返坤宁宫，自缢。时已二鼓。上巡寿宁宫，长公主年甫十五，上目怒之，曰：“胡为生我家？”欲刃之，手不能举，良久，忽挥剑断公主右臂而扑，并刃坤仪公主于昭仁殿。遣宫人讽懿安皇太妃李氏，并宜自缢。上提剑至坤宁宫，见皇后已绝，呼曰：“死的好！”遂召九门提督京城内外太监王承恩至，语久之，硃谕内阁，“命成国公朱纯臣总督内外诸军务，以辅东宫，并放诸狱囚。”因命酒与承恩对酌。时漏下三更，上携承恩手，幸其第，脱黄巾，取承恩及韩登贵大帽衣靴着之。手持三眼枪，随太监数百，走齐化崇文二门，欲出不能。走正阳门，将夺门出，守城军疑为奸细，弓矢下射。守门太监施炮向内，急答曰：“皇上也！”炮亦无子，弗害。上怆惧还宫，易袍履与承恩走万寿山，至巾帽局，自缢。大明大行皇帝于崇祯十七年甲申三月十九日夜子时，龙驭上宾。
直到最后时刻，崇祯帝还在为明朝的覆灭责备其大臣。很多当时人的记载中都强调了崇祯帝被遗弃的情况。4月25日晨，皇上看到竟无一人上朝，他说道：“诸臣误朕也，国君死社稷，二百七十七年之天下，一旦弃之，皆为奸臣所误，以至于此”。当他到了煤山时，据说他又叹息道：“吾待士亦不薄，今日至此，群臣何无一人相从？”最后，据说在用腰带自缢之前，皇上写下了一份遗书，其文曰：
朕自登极十七年，逆贼直逼京师，虽朕薄德藐躬，上干天咎，然皆诸臣之误朕也。朕死无面目见祖宗于地下，去朕冠冕，以发覆面，任贼分裂朕尸，文武可杀，但勿劫掠帝陵，勿伤百姓一人。
实际上，三天后，当一位宫廷内侍在煤山一棵松树下发现崇祯帝的尸首之时，并没有这份遗书。在穿着蓝绸袍和红裤子的横陈尸体旁，只有崇祯手书的“天子”二字，并没有其他文字。然而许多当时的史家并未顾及这一点，仍然记下了崇祯帝这篇被推想出来的遗言。虽然当时和后来都有人怀疑，明朝灭亡并非完全是崇祯帝的大臣的责任，但曾在崇祯朝中供职的大多数人，却有一种沉重的感受，即他们这些君主的臣子确是亡国的罪人。
李自成当然会采取许多做法，以证明其攻占京师的合理性。崇祯帝准备自杀之时，李自成的军队正在攻打东城。皇上刚刚结束了自己生命的时候，城内的明军已放下了武器，大开城门，迎接起义军。大顺军入城时，一度引起了城内居民的恐慌，但此后他们就意识到不会发生大屠杀，遂平静下来，欣然欢迎农民军。穷人们兴高采烈，因为几周来，李自成的密探一直在散布消息说，新主到来后，城里的乞丐每人可得到五两银子。大户人家起初比较谨慎，但他们看到大顺军纪律严明，便将“顺民”（这有两层意思，即“顺从的百姓”和“大顺的臣民”）二字写在院门上，并拿出酒食犒劳义军。中午，李自成在300名宫廷宦官和大学士魏藻德的陪同下，由长安门入城。街道两旁站满了大人和孩子，他们手持香烛向李自成致意。“闯王”身后跟着大顺的文官，领头的是牛金星。他们带着特意准备的牌子和招帖，将李自成比作贤君尧、舜，并把明王朝的覆灭归咎于腐败的大臣、图谋私利的官员和朋党横行的官僚，而不是崇祯帝本人。
在已故崇祯帝的官员中，有些人甚至在体验这一责难的刺痛之前就已经准备自杀了。最令人感动的是4月25日李自成进入北京那天自杀的13名（或许更多）官员。这些人没有为崇祯帝举哀，因为他们都不知道皇上已经死了。皇上的尸体过了三天多才被发现，此时人们普遍猜想皇上已经离开京城，到别处去建立临时朝廷（“行在”）了。倪元璐的忏悔最为典型。他在自杀之前，面朝北，象征性地对他的皇上说：“臣为社稷重臣，而未能保江山，臣之罪也！”其他人，像右副都御史施邦耀，对明朝的灭亡也表达了同样的负罪感，他在自缢之前，写下一副对子：
愧无半策匡时难，
惟有捐躯报主恩。
满人耐心等待着中原的混乱以便伺机采取下一步行动。而由此开始的一连串事件对满族人是十分有利的。
总而言之，至少有40名官员在崇祯帝死后的最初几天内自杀了，其中很多是像范景文那样的高级官员。从比例上看，自杀者中南方人多于北方人。21位自杀的文职大臣，可按籍贯依次排列如下：
| 浙江 | 6 |
| 南直隶 | 5 |
| 江西 | 2 |
| 河南 | 2 |
| 山西 | 2 |
| 福建 | 1 |
| 湖广 | 1 |
| 四川 | 1 |
| 北直隶 | 1 |
其中3/4来自长江流域，或南方地区，只有1/4是北方人。值得注意的是，他们没有一位属山东籍。当然，平均来说，南方人当时多居高位，特别是各部长官之职。因此，皇恩会使他们感觉到更沉重的精神压力。迁都南京的努力失败了，可能也是导致南方人自杀比例较大的一个原因。
在上述21位忠臣中，有3位曾力主南迁，他们不像其北方同僚那样，附近有田产需要保护，可是此时也留在了被农民军占领的京师。然而，在与大顺政权合作的问题上，籍贯就并不具有决定意义了。最终投降李自成的162名高级官员，按籍贯排列如下：
| 南直隶 | 31 |
| 北直隶 | 21 |
| 陕西 | 17 |
| 山东 | 16 |
| 河南 | 15 |
| 江西 | 13 |
| 山西 | 12 |
| 湖广 | 10 |
| 浙江 | 9 |
| 福建 | 7 |
| 四川 | 6 |
| 广东 | 3 |
| 云南 | 1 |
| 广西 | 1 |
如果我们将南直隶、四川和湖广算作南方，那么留在大顺新政权中的南方人和北方人在数量上便完全相等：各81人。
就参加新政权的原因而言，年龄可能是更为重要的因素。从一份列有科举资历的殉难者名单中，我们发现，殉难者人数与其考中进士的年份有如下关系：
| 考中进士的年份 | 自杀者人数 |
| 1604 | 1 |
| 1613 | 1 |
| 1619 | 1 |
| 1622 | 4 |
| 1625 | 1 |
| 1628 | 5 |
| 1631 | 4 |
| 1634 | 2 |
而投降李自成的官员人数与其中举年份的关系与上表略有不同：
| 考中进士的年份 | 投降者人数 |
| 1595 | 1 |
| 1619 | 1 |
| 1622 | 1 |
| 1628 | 8 |
| 1631 | 12 |
| 1634 | 15 |
| 1637 | 1 |
| 1640 | 7 |
| 1643 | 9 |
自杀殉难者的平均年龄，比多数投降者稍大（或至少考中进士的年代较早），其间考中人数最多的一年是16年前的1628年，即东林党开始得势，倪元璐等人得到举世声誉的那一年。而投降者中考中进士人数最多的一年则比前者晚6年，即1634年，其中又有近1/3的人是在1640年和1643年获得进士之名的。因此，自杀殉难者中有许多人已经在文官仕途中完成了他们的使命，而大量投降者则是仕途生涯刚刚开始，或达到顶峰的较年轻官员。
在忠于明朝和与农民军合作之间作出选择，很大程度上取决于其入仕时间的长短。虽然，地方上的士大夫家族常说，他们从皇上那里获得科举功名，并因此成了士大夫，故应以感激之情报答皇恩，但在朝中任职的官员却更倾向于以官职大小而不是功名高低，来限定自己所承担的义务。这就是说，新进考取功名因而任职未久的官员，加入大顺政权的可能性最大。
虽然将降官中渴望作官的人和被勉强拉入的人明确区别开来，是不大可能的。但有些士人的确很想加入新政权，并竭力交结已经在为李自成效力的那15位士人（其中12位是北方人）。大顺吏政府尚书宋企郊（1628年进士）、礼政府行侍郎巩煜（1631年进士）和工政府尚书李振声（1634年进士），都是在李自成进京之前向他投降的，并都习惯于在新政府中安插自己的朋友和同年。尽管有些士人对4月26日发布的释放因政治问题而坐牢的官员并使之得以为大顺效力的布告颇感扫兴，而其他人则对牛金星将礼纳原明朝官吏自愿加入大顺任职的声明表示欢迎。当时有许多士大夫发疯似地要重做朝服，因为原有的朝服已经因害怕农民军杀戮官员而烧掉了。最善投机钻营的人则将自己的名帖送给在大顺朝为官的同年，或设法托朋友把自己介绍给宋企郊和牛金星。
在当时人对此的记述中，最遭蔑视和责难的是那些企图加入李自成政府的南方人。南方籍变节者中最为声名狼藉的，则是以兵部职方司主事秦汧为首的一伙无锡士大夫。这其中包括：秦汧的姑父——翰林院学士赵玉森、礼部主事张琦，以及原在明朝任地方官、北京陷落后一直在礼部任职的王孙蕙。4月22日，即李自成进城的前三天，王孙蕙还曾涕泪横流地向崇祯帝保证，一旦明朝亡了，他一定作为忠臣自杀殉国。但大顺军真地攻进城中的那天，王孙蕙家中响起一片妇人的哭喊声，他的决心于是动摇了。嚎哭之声搅得他心烦意乱，突然，他对家人说，无需担心，他将把一切都安排好。随后，王孙蕙取出竹竿，挑出一幅黄布，上面写上“大顺永昌皇帝万万岁”，挂于门外。及至李自成进京时，王孙蕙又与其他三人在城门口站成一行，迎接新君。当大顺王的扈从走近这四人时，他们鞠躬行礼并表白他们愿为新主效劳。他们的恭顺的举止倒是被人们看见了，但他们表示归顺的话语却淹没在嘚嘚马蹄声中。
第二天，即4月26日，这些无锡人听说新政府要对明朝官员进行籍录。王孙蕙认为机不可失。他对赵玉森说：“方今开国之初，吾辈须争先著。”赵玉森是宋企郊的老朋友，他答应带王孙蕙和秦汧去大顺吏政府衙门。当他们被人引入时，王孙蕙忽然从袋中掏出一张纸并将其举过头顶，上面写着：“臣王孙蕙进表”。“进表”一词明确地表示出王孙蕙加入新政府的意愿，所以宋企郊微笑着赞赏说，“好文字！”4月29日，92名官僚士大夫在朝见李自成时被授与大顺政权的官职，而这4位无锡人都在其中。
可是逐渐地，这伙无锡人表明他们对宋企郊来说是一大麻烦。王孙蕙被安插到吏政府任监察之职后，可对重要官职的任命施加影响。宋尚书得知，王孙蕙已设法使7名无锡人成为地方长官。后来，宋企郊私下对他进行了斥责，王孙蕙遂彻底背叛了他，乘离京办事之机，逃往南方。秦汧也是个累赘。他傲慢且爱摆架子，曾拒绝将其衙门移交给李自成手下一名将领。这位将领脾气暴躁，便将他逮捕并打算处死他，幸亏其姑父赵玉森及时找到宋企郊，请他说服李自成取消了死刑令。秦汧的性命是保住了，但宋企郊却在这一营救过程中搭上了很多自己的人情面子。
宋企郊一直愿意任用无锡人的首要原因之一，是新政权需要南方籍官员来帮助大顺将其统治扩展到江南。李自成的首辅大学士牛金星对周钟等南方士大夫领袖表示赏识，当然也是一个重要原因。周钟原是复社成员，1643年殿试的状元。农民军驻扎下来后，他曾到牛金星的官衙拜望。作为明朝的最后一科状元，却去拜访起义军的大臣，这本身就是极有意义的一种公开表态。过去周钟曾傲然拒绝了那些想借重其名望的权贵的礼物，但现在周钟断定又到了改朝换代的时刻，而促进新王朝的建立正是他的使命。周钟承认农民军首领李自成的残忍，然而在他看来，这恰恰表明大顺政权将有幸得到一位开国之君。他曾对朋友说，太祖龙兴之际正是如此！这一历史的对比并不完全是牵强附会的。周钟一定是真诚地相信，有这样一位强有力的统治者登上宝座，其他地区定会望风降附。据说他曾说过，“江南不难平也”。牛金星对周钟在复社中的领袖角色早有深刻印象，对他来说，能得到这样一位支持者，自然是最好不过了。正是对周钟的任命，使4月29日的召见由一场责难奚落转变为一次人事安排活动。
虽然4月26日大顺政权宣布：希望所有明朝的在职官员参加27日的早朝，届时他们可以根据自己的意愿决定去留——或在大顺政权里任职，或返回家乡——但许多官员仍然担心，一旦他们拒绝接受大顺的官职就会受到惩罚。27日黎明之前就来到东华门外等候的人总共约3000名，他们被大顺的官兵极不恭敬地驱赶到承天门前的空地。其中一些似乎应对明朝灭亡负主要责任的官员还遭到宦官的辱骂。李自成始终没有出来接见这些官员，他们被打发走了，并被告知29日（即两天以后）再来报到。29日那天，这群士大夫连同被刘宗敏和其他大顺将领抓获的一些明朝官员一起，没吃没喝地等了好几个时辰。直到黄昏，李自成才走出大内，听河南籍的顾君恩大声点名。每叫到一个名字，那位官员便要应声作答，然后牛金星还要占用相当的时间详细列举其罪行。这次召见的气氛与方式同聆听审判没有两样，直到顾君恩点到周钟的名字，这种情景才发生了变化。
顾君恩下揖，云：“主上饥渴求贤，当破格擢用。语牛金星曰：“此名士也。”自成曰：“名士如何？”牛曰：“善为文字。”自成曰：“何不作见危授命题？”
李自成恰如其分地引用《论语》来挖苦周钟，以表现自己的儒学知识，但随后他就同意录用周钟做大顺的官员。此后，每喊到一个名字，牛金星就决定是否让他加入大顺政权。几千人中只有92人被选出来作官，并被移交吏政府授职。剩余的士大夫被交付大顺将领们惩治，在刀剑逼迫下返回紫禁城外的营地。
为大顺效劳的官员并不全是在4月29日入宫朝见时被录用的。后来有些人为了逃避刘宗敏或李过等大顺将领的拷打，也参加了大顺政权。还有一些人似乎是出于偶然，在最后时刻被举荐为官。以这种方式得官的最突出的例子，是陈名夏，他和周钟一样，是南方人，也因曾为叛贼效劳而在后来遭人谴责，这位复社成员在1643年会试中名列400名进士之首，又是殿试第三名。除任翰林学士外，他一直任兵科给事中，直至明朝垮台。1644年4月13日，陈名夏曾面见崇祯帝，建议召集山东义勇救援京师。京城陷落之日，陈名夏企图自缢，但被家人解下救活（他的妻子是北京人）。他听到牛金星下令明朝官员入宫的消息后，就准备隐藏起来。但牛金星同时又令原各部书吏和差役举报隐匿不出的官员，所以陈名夏因没有参加4月27日的召见，事后被大顺军抓获并送到刑政府论罪。幸而负责此案的官员是一位姓王的山西秀才，他过去游历江南时曾受到陈家的款待。王秀才力劝陈名夏主动加入新政权。陈名夏起初表示拒绝，甚至企图逃跑，但最后终于答应让王秀才将自己推荐给牛金星。牛金星欣然应允，很快恢复了他在翰林院的职位，不过翰林院现已改名宏文馆。
通过对陈名夏的这项任命，牛金星使其翰林阵容达到令人惊异的完备。如今，1643年殿试的前三名已经全部成为大顺的官员。牛金星的宏文馆中甚至网罗了史可程，大顺政权要求他致书其堂兄、南京兵部尚书史可法，劝其投降李自成。同时，大顺政权还直接从明朝政府中接收了许多中层官吏。其中保留原职的，有吏部郎中三人，户部主事二人，礼部主事一人，员外郎二人，郎中一人，御史七人，以及翰林院的全部编修。六科给事中虽有调任，但也全都被留用了。
除了出于恐惶和投机之外，合作者中也有人是出于儒学的信念。那些真正相信天命已经转移的人们——其中有些人是被自己的占星术说服的——感到有责任为李自成效力，以便教化这位义军领袖，使其逐渐成为符合儒家理想的德义之君。不过，为使李自成相信他的确可能像其他受命于天的君主一样成为一位贤明之君，这些儒士使用了大量溢美之词，简直无异于谄媚。例如翰林学士梁兆阳（1628年进士），在文华殿的一次临时召见中，称这位义军领袖为“陛下”，并且在痛斥已故崇祯帝“刚愎自用”之后，这样盛赞其新主：
陛下救民水火，自秦入晋，历境抵都，兵不血刃，百姓皆箪食壶浆以迎，真神而不杀，直可比隆唐虞，汤武不足道也。今适逢圣主，敢不精白一心，以答知遇恩哉？
梁兆阳所谓的“知遇恩”，由于他的这番献媚而得以实现了：李自成将其擢为编修，后来又委任他为兵部官员。
状元周钟也并不比这种谄媚更高明，他在“劝进表”中写道：
独夫授首，四海归心，比尧舜而多武功，迈汤武而无惭德。
当然，即便如此，周钟仍可以为他的谀词辩解，说这是为了劝谏李自成放弃草寇之行，实行儒家式君主的德政，从而负起统治天下的重任。这道“劝进表”只是周钟精心安排的劝进活动的一部分，其目的是使“闯王”相信，他的合法登基将得到万民的拥戴。劝进之法是大臣出面劝说以及百官联名上表。劝进先后共有七次：第一次是在4月29日，即李自成进京后的第四天，最后一次是在5月16日，即李自成率军东征吴三桂的前两天。李自成虽未阻拦这些劝进，但也没有依之而行——当他决定登基时，已为时太晚，对他的事业已没有什么意义了。这或许是因为，尽管牛金星和周钟力主以正统方式登基，但李自成仍不相信自己已有资格受命于天。他本来就曾派杜勋去同崇祯帝谈判，希望朝廷能封他为王。后来，当他的部下在煤山发现了崇祯皇帝的尸体并带其前往观看时，李自成似乎受到极大震动，他对着尸首说道：“我来与汝共享江山，如何寻此短见？”
李自成相信他已获得了百姓的拥戴，但又认为天命不会归于弑君者。为此，李自成极力将崇祯帝之死归罪于那些劝其登基的明朝大臣身上。在接见明朝太子时——这种场合对双方都是严峻的——李自成询问太子朱家何以丧失天下，太子答道：“以用贼臣周延儒故尔。”李自成欣然说：“汝也明白。”李自成还告诉太子，他不会杀他，因为明朝灭亡并非太子之过，而是他父亲的那帮大臣的过错：“文武百官最无情义。”李自成对崇祯帝之死感到遗憾，而这些明朝官员就成了替罪羊，他们还是大顺政权将尽力消除的道德堕落、吏治腐败现象的象征。
李自成确实意识到明朝大臣的腐败，但要完全按儒家提倡的上古贤君的标准去做，又十分困难。事实上，闯王确实在尽力改善他与新臣属间的关系，但这对儒家理想的君臣关系来说，极而言之不过是一种可笑的伪装，甚至可以说是一种残酷的嘲弄。有时，李自成似乎想生活得像一位贤君。他曾私下召见山东登州著名的理学家、现任礼政府尚书杨观光，问他若远离酒色，怎么能享受生活的乐趣？杨观光阴郁地坚持说，他的人生目标是保持“心志清明”。李自成听后很高兴，将这位道学先生擢为宫廷讲读。杨观光始终未能说服李自成放弃酒色，但他坚信儒家礼法可使这位篡位者成为明君。
事实是，顽固地维护君臣等级关系中的尊严和道义的主张，已日渐激怒了李自成；而那些希望寻找机会按儒家的模式塑造这位新主的人们，却又不得不依新主意志而接受一位专制君主。例如，张家玉将书有“明翰林庶吉张先生之庐”字样的旌旗插于门外，以公开表示学者的忠义。但私下他又上书李自成，表示如果他的变节能够得到回报，则他愿为大顺王效力。
君王既定鼎于天下，必以尊贤敬德为基，是不没人之忠者，所以有忠臣。不没人之孝者，所以有孝子。
即使李自成已攻占了紫禁城——张家玉还警告说——“当此多士多方，尚在危疑惊惧之时”。在他终于被召见时，竟拒绝向李自成叩拜。然而这位昔日的盗匪并无孟子所倡导的风范，他将张家玉在殿前捆绑了三日，然后直截了当地威胁他——如若不投降就杀了他的父母。于是张家玉屈服了，同意接受李自成的条件为其效力。张家玉为了孝敬父母而未能对明朝尽忠，这种做法对一些儒家士大夫来说，或许是可以谅解的。但在其双亲溜回山东后很久，他仍继续为李自成服务，于是便成为许多北京士大夫嘲讽的对象。
另一方面，李自成也同样易于将这些降官的劝进赞美之词视为他们谋求进身的卑猥而自私的手段。正是投降了大顺政权这一行为本身，使许多明朝官员在李自成眼中变得一钱不值，正如吏政府尚书宋企郊对李自成所直言相告的：“既不能捐躯殉难，以全忠义，又不能精白一心，以事新主。”出于对变节者的义愤，李自成时常流露对这些人的鄙视和厌恶。例如，4月29日，他第一次走出文华殿，看到数千名公开表示愿意投顺的明朝官员，便对其身旁一人说：“此辈无义如此，天下安得不乱？”此后，在其他场合，他又一再下令刑政府尚书惩治最恶劣的变节分子。这一政策导致46位明朝官员被处决。
李自成的义愤，恰好与大顺政权筹集军饷的需要走到了一起。由于义军占领北京时，明王朝内外府库仅剩下黄金17万两，白银13万两。李自成的谋士建议，对明朝官员课以不同数量的罚金，并立为制度，以此来筹集一笔军饷。对臭名昭著的贪官应严刑拷打，逼他们交出全部私产。对那些拒绝效力的官员应没收其财产。而对较少劣迹的官员，则应要求他们自愿向大顺捐款。
5月1日，李自成批准了这项看起来与崇祯帝的筹款方式颇为相像的政策。原则上，一品官须纳银1万两以自赎，以下各品官员则须纳银1000两。而实际上，纳银数额远远超过了这一规定。其中大学士须纳10万两，六部尚书须纳7万两。但不久，罚金与赎金便混淆起来，大将军刘宗敏得到“罪者杀之，贪鄙复赃者刑之”的命令后，便开始了恐怖行为，1000多名士大夫遭拷打后被杀死。据说大顺政权通过这些方式筹得了巨款。前大学士魏藻德在被拷打至死之前，曾交出1.3万两黄金赎身；陈演为赎身交出黄金4万两；已故皇后之父周奎死前已交出白银70万两。
不久，这种劫掠开始波及到平民百姓。其部分原因是刘宗敏无法约束自己的部下，如果惩戒他们，便可能发生兵变。早在4月27日，大顺士兵便开始搜查平民宅院，抢夺私财。尔后，他们又开始凌辱其房东。在街上，他们任意冲撞行人，或鞭打躲避不及者。起初他们侮辱茶楼侍女和歌女，后来竟去强抢良家女子而行非礼。北京的市民很快创造出“淘物”一词来形容这种抢劫行径。大顺士兵成群结伙，任意闯门入户，后来者总是要把前面一伙漏掉的东西再“淘”一遍：他们起初只抢钱财珠宝，后来又抢衣服，最后连食物都在搜刮之列。
由于混乱状况不断蔓延，闯王的军师——矮子宋献策绝望地大呼：“十八子之谶，得毋为公乎？”李自成虽然很快就了解到刘宗敏私设刑堂之事，并为百姓日益增长的不满情绪所震动，但他似乎无力约束部下，挽回民心——他没有正式受命、高居龙位的皇帝所具有的那种不容置疑的权威。李自成确曾特意召见众将领并问他们：“何不助孤作好皇帝？”他们却干脆回答说：“皇帝之权归汝，拷掠之威归我，无烦言也。”
这样，李自成虽然自认为是在效法唐朝开国之君来接管京师的，而实际上他却同公元880年占领长安的黄巢一样，连自己的将领都控制不住。二者都因为其部将的残暴而使京城百姓离心离德其政权也被证明是非常短命的。据说宋献策时隔不久便叹息道“我主马上天子！”
普遍的不满不等于公开的反抗，手无寸铁的居民无力反对其军事统治者。但“万姓”的愤恨却构成了要求其他军队首领进行干预的强烈呼声。当时，在淮河以北，所有明朝将领中实力最强的是吴三桂，他统领着镇守宁远、抵御清军的4万明朝正规军队。吴三桂勉强响应了崇祯帝4月10日发出的勤王令，放弃了宁远，向山海关缓缓推进，并于4月26日通过了长城东端的关口。当他的军队到达距京师不远的丰润时，吴三桂突然得到北京陷落的消息，于是他下令部队返回山海关，此后便在那里驻扎下来。
与此同时，李自成立即采取措施争取吴三桂的支持。他让明朝降将唐通致书吴三桂，告诉他闯王如何循礼可敬；并安排以吴三桂父亲的名义送去一封信，当时吴骧以及其他在京的吴家人都已被扣为人质。这封可能出自牛金星之手的信，明确地提出了忠孝不能两全。在信中，吴骧告诉自己的儿子，把尽忠报恩视为首要责任是个错误，相反，他应该为搭救父亲而归降，这样便可以孝心赢得千古美名。此外，信中还写道，李自成的军队已经占领了北京，而且众所周知，天命已不复为明朝所有，难以回天；吴三桂应正视战局的现实，归降大顺，以便在新政权中保住自己的官爵。军使将此信带到吴三桂营中，同时送上白银万两，黄金千两，答应为吴三桂的军队提供给养，将吴三桂由“伯”进封为“侯”。据吴三桂部将的传记所载，这一邀请被轻蔑地拒绝了。吴三桂并未像唐通那样屈膝投降，而是回信谴责其父竟不知廉耻地为李自成图谋效力，并说若行纯孝之道就应拒绝其父如上之命。最后他写道：“父既不能为忠臣，儿焉能为孝子乎？”
后人的传说，为吴三桂拒绝投降李自成提供了更为浪漫的缘由。根据康熙时代的历史传奇，李自成还抓住了吴三桂的爱妾，即绝代佳人陈沅，又名陈圆圆。这位名妓曾使诗人冒襄在苏州一见倾心。一位皇室贵族也看中了陈沅，并将她抢到手带至北京。其后，她以某种方式又落入吴三桂之手，被纳为小妾。吴伟业写过一首关于陈圆圆的名曲，描述陈圆圆的娇媚以及吴三桂对她的迷恋。眼下陈圆圆在李自成手中，吴三桂听说闯王已占有了她并将其带入营中纳为小妾，这不由使他妒火中烧，以至他不仅回绝了李自成的礼物和允诺，还准备报仇雪耻。为了杀死李自成，他将求助于一切可能的同盟者——甚至不惜招引清军越过长城进入中原。
为一位名妓的粉面柳腰而不惜整个国家的沦丧，这是占据了后世中国人之想象力的一种说法。有关吴三桂的比较真实的描述缺乏诗意，所以不大为人所知。史学家彭孙贻从吴三桂过去的幕友那里听到了下面的说法。李自成的使节带着唐通和吴骧的书信来到吴三桂营中后，吴三桂令手下亲兵将其拿下并隐藏起来。这样，他就使其部下对北京陷落和李自成劝降之事都一无所知。几天中吴三桂反复考虑对策，最后他决定试探一下，如果他与李自成合作，自己的部将是否愿意继续跟随他。于是他召集诸位将领，对他们说：“都城失守，先帝宾天，三桂受国厚恩，宜以死报国，然非藉将士力不能以破敌，今将若何？”他重复了三次，但三次都无人应答。最后是吴三桂自己打破了沉默：“闯王势大，唐通、姜瓖皆已降，我孤军不能自立，今闯王使至，其斩之乎？抑迎之乎？”众将这才了解到他们的总兵已同李自成的密使接触过了，于是他们纷纷保证将永远忠于吴三桂，无论他选择哪条道路，他们都将跟随他，无论他下达什么命令，他们都会服从。
现在吴三桂放心了，他的军队将坚定地支持自己，于是他下令组织人马护送他前往北京，进见大顺的君王。他将大队人马留在山海关，自己启程进京归降李自成。但行至永平时，他突然遇到来自北京家中的一名父妾和一名忠实的仆人。这位小妾告诉他，他们俩刚刚从血腥的大屠杀中逃出性命。由于一直没得到吴三桂的答复，李自成断定其宽宏慷慨的提议遭到拒绝。他因自己得到的竟是如此轻蔑的回报而大为恼怒，遂下令将吴家满门抄斩。吴家共有38人被杀，吴骧的首级被悬在北京城墙上示众。吴三桂听小妾讲了这可怕的消息后，立刻集合队伍返回山海关，准备应付一场他自知已不可避免的战争。
1644年5月3日，李自成派唐通去夺取山海关。两天后，吴三桂与唐通交战，唐通大败，逃回永平。李自成得知唐通战败后，又派遣白广恩率部前往增援。1643年，此人曾拒绝护卫孙传庭的后翼，从而导致了明军在河南的失败。5月10日，这支联军对山海关发起进攻，吴三桂军再次获胜，击退了唐、白联军，并洗劫了永平。吴三桂在赢得了暂时的优势后，便决定在李自成派出足够的军队来进攻他的4万正规军之前与大顺议和。因此，夺取永平后，他派遣使节前去进见李自成，提出以停战来换取仍被李自成拘禁的明朝太子。但不久，吴三桂就从探子那里得知，李自成正信心十足地亲率6万军队离京来袭。议和已经不可能了，吴三桂的将士不久便将面对与其势均力敌的久经沙场的大军。
吴三桂的父亲既已死在北京，他现在去求助于正在盛京（沈阳）为清朝效力的叔侄，便没有什么顾虑了。无论如何，看来其叔侄及满清贵族是他唯一可以求助的了。5月20日凌晨，李自成率军离京刚刚两天，吴三桂的两名部下、副将杨坤和游击郭云龙便来到了辽河河畔的清军大营前，将一封书信交给了多尔衮（睿亲王）。后者已是新即位的年仅六岁的顺治皇帝的两位摄政王之一。
多尔衮是努尔哈赤第十四子，当时32岁。在他父亲去世时，有谣传说他有可能继承汗位。在皇太极继承汗位称帝期间，多尔衮（他14岁被封为和硕贝勒）逐渐成为一名杰出的将领。他多次参加重大战役，23岁便率军征服了察哈尔蒙古，赢得了智勇双全的美誉。26岁时，多尔衮成为一等亲王，统领过1638—1639年南下中原的两支主力军中的一支，攻克40余城，带着大批战利品和俘虏返回辽阳。
1643年秋，皇太极病重，并在9月21日在盛京死于其睡榻之上。皇太极的长子豪格，时年32岁，看来是当然的继承人，他得到许多前朝老臣的支持。尽管多尔衮是皇太极的异母弟弟，但也有不少权势显赫的亲王贝勒支持他。这场继承危机在所有举足轻重的亲王参加的一次会议上得到了解决。参加会议的还有一名朝鲜人李