「癸亥」同治二年，公五十三岁
正月，公安在安庆。
初二日，接奉年终赏福字、荷包、钱课、食物等项，再加赏寿字一张。
贼大股围攻泾县，易开俊等守御却之。初五日，鲍公超驰援泾县。初六日，击贼，大破之。初七日，贼解围去，鲍公追击，破之。
十二日，驰折奏克复运漕镇，遗剿巢县铜城闸接仗情形，阵亡总兵彭星占请优恤。将弁胡得胜、刘义胜、陈东祥、谢齐备、吕鸿榜、李春生请恤。附片奏报青阳收复，泾县大捷，并搜获伪文。苏省大股有再犯江北，上窥皖楚之说。又具折奏谢弟贞干赠恤恩！附片奏保叶兆兰委署皖南道缺。
二十七日，驰折详报鲍超一军破贼于马头镇、杨柳铺，近援泾县，大捷解围，阵亡参将罗国才等六十七员弁开单请恤，附片奏：易开俊等保守泾县情形，阵亡参将倪昌明等五十一员弁，开单请恤。又片奏宁国金宝圩被贼攻破，芜湖金柱关防守难以松劲，九洑洲江面有贼船赶渡，臣当驶赴金陵，察看前敌。是日，又代奏江南提督李世忠自请褫职，立功以赎胜保之罪一折。
二十八日，公由安庆登舟启行。
二十九日，泊池州，登岸揽视湾州形势。
是月，左公宗棠克复金毕、绍兴两府城，汤溪、龙游、兰谿、永康、武义、浦江、桐庐各县，浙东肃清。
二月初一日，贼犯金柱关，水陆官军击破之。贼逼近宁国府城，刘松山守御，却之。
鲍公超克西河贼垒，击贼大破之。初二日，击贼，连破之。梅岭、马家圆、小淮窑、麒麟山等处贼垒尽平，宁国近城百里之地肃清。
初三日，贼扑九洑洲，李世忠营盘失陷。贼渡江攻陷浦口城。公舟泊芜湖，彭公玉麟来见公。
初四日，公登岸按视芜湖城守，行泊金柱关，杨公岳斌见公。
初五日，公舟泊大胜关，杨公岳斌从。
水师攻克湾沚贼垒。
初六日，公登陆驻雨花台大营。与公弟国荃按行各垒，传见各将弁，慰劳之！
十一日，公还舟次。
十二日，驰奏查阅沿江各军，现抵金陵，恭报近日军情一折。
十五日，奏谢年终恩赏一折，年终密考一折，学政加考一片。
公坐舢板船探视九伏州贼垒，回舟溯江按视三汊河营垒。
石埭之贼大股窜青阳，鲍公超引军援剿。贼由建德窜扰江西彭泽、鄱阳之境。
太平县贼窜入徽州境，扰及黟县、祁门。十五日，攻扑休宁县城。又有浙江于潜、昌化一股，亦窜入徽境，郡城戒严。左公宗棠派刘典一军援徽州。
十六日，公舟泊乌江，按视杨公岳斌水师老营扼守之处。
贼大股扑犯金柱关，官军水陆合击，大破之于查家湾，贼乃却退。
渡江之贼陷江浦县城。
十八日，公舟泊金柱关，入小河巡视水陆各营。
十九日，行视东、西梁山防军营盘，舟泊裕溪口。
二十一日，换小舟入自裕溪口，按视运漕镇无为州军营。二十三日，由神塘河出大江，回舟次。
二十七日，舟次大通镇。驰奏由金陵回皖沿途查阅恭报近日军情一折。附片奏陈：臣巡阅诸军，祥观贼势，揽南北之形胜，察天人之征应，窃以为可惧者数端，可喜者亦数端：江岸难民避居江心洲渚之上，死亡枕藉；苏浙之田多未耕种，贼无所掠食，一意图窜江西，窥皖浙已复之土。恐其变为流贼，更难收拾；李世忠心迹难信。皆可惧之端也。金陵之贼粮源已竭，贼居不耕之地，其势必穷，无能久之理。东南要隘多为我有，水陆军将颇能和衷，百姓仰戴皇仁，沦肌陕髓，久困水火之中，不闻怨咨之语。此比可喜之端也。附片奏：新授安徽臬司万启琛请暂缓人都陛见。又具折汇报水陆各军阵亡、伤亡、病故员弁一百八十九名，开单请恤。附片奏：前祁门县知县唐治，咸丰四年在任死节，请建祠祁门。又奏采访忠义第十二案。附片奏：舒城练总韦斌殉难请恤，并该团男妇等百四十七人。
二十八日，公回至安庆。公舟往来江中，见洲渚之上皆难民所聚，编葺苇茅以为庐，一不戒于火，延烧数里，相率露处，呼号求救之声，至不忍闻。公以贼踪蹂躏各处，无可安置之地，因札善后局委员议赈恤之。
是月，僧王擒捻酋张落行，斩之。
刘公长佑由两广总督调任直隶总督，航海以北，达于畿疆。
三月初二日，贼自江浦上犯，围毛有铭、刘连捷两军于石涧埠。公弟国荃派道员彭毓橘等领军三千余人，上援无为州。
沈公葆桢调派江西各军扼守景德镇、乐平县等处，防剿徽、池窜贼，派委同知王沐领军近援徽州。
初八日，公急调鲍超一军渡江而北，援石涧埠。
初十日，芜湖水陆各军克黄池贼垒。十一日悉收内河要隘，毁贼舟净尽，贼遁走金宝圩、溧水、丹阳一带，金柱关防务解严。
刘典、王文瑞、王沐，会击贼于徽州休宁境，大破之。
十二日，驰折奏鲍超一军大获胜仗，攻克宁国近城诸要隘，阵亡参将李芳菲等二十六员弁，开单请恤。又折奏贼渡九洑洲，李世忠营盘及浦口、江浦两城失陷，请将李世忠革职，不准留营，并自请交部严议。附片抄呈李世忠咨文二道。并称李世忠前此曾立功绩，此次力竭战败，亦足以雪物议。谓其通贼之诬，恐其怀疑生怨，激成他变。仍求明降谕旨，示以宽大，毋庸革职，仍准留营，奖其前功，责其后效，则恩出于朝廷，而怨归于臣等。彼必感激图报，不生疑贰。又片报皖南皖北近日军情。奏称江之南岸，徽州与江西同警；江之北岸，下游与上游同警。调度无方，实深忧灼。又奏保王吉、彭楚汉、周惠堂、谭胜达四员，堪胜水师总兵之任一折。疏入，奉上谕：“李世忠着加恩撤去帮办军务，免其革职，以示薄惩。钦此。”
十七日，萧庆衍，彭毓橘、毛有铭、刘连捷合击贼于石涧埠，大破之。
刘典、王文瑞、王沐克黟县城。
十八日，苗沛霖复叛，引其党围攻寿州。知州毛维翼坚守。
十九日，贼大股围攻庐江县。
二十一日，贼围攻舒城县，蒋凝学御却之。
二十二日，朱品隆攻石埭之贼，破之。
发、捻大股由湖北下窜，围攻桐城县，提围周宽世御却之。贼窜孔城镇，合并大股，窜六安州。二十四日，贼围六安州。
二十五日，刘公典击贼于徽州，破之。徽境肃清。贼悉窜归浙江。江西之贼扰及浮梁，沈公葆桢调回王沐一军剿之。
二十七日，驰折详报芜湖金柱关水陆各军累月苦战情形，阵亡游击姜固国等三十六员弁，开单请恤，附片奏报皖南、江西、皖北、湖北贼势军情：该逆蓄谋甚狡，无非欲掣动官军之势，以解金陵之围。苗练叛迹大露，事变迭生，忧愤何极！又折奏拣调良员，留皖补用，并请本科新进士即用知县一班，多发数员来皖，以资差委。附片奏保代理无为州知州穆其琛，坚忍镇定，保守危城，厥功甚伟，请即补该州实缺。又奏采访忠义第十三案。
是月，李公鸿章克太仓州城。
公弟国荃奉旨补授浙江巡抚，左公宗棠奉旨升授闽浙总督，兼署浙江巡抚，万启琛授江苏藩司，马新贻授安徽臬司，郭嵩焘授两淮运司。
李公鸿章奏陈公弟贞干战绩。奉到上谕：“曾贞干着加恩照二品例议恤，并准其予谥，于本籍及死事地方建立事祠，仍宣付史馆，特予立传，以彰忠盖。钦此。”
四月，公调鲍超、刘连捷等军援六安。初二日，贼解围东窜，鲍公引军追击之。
初七日，鲍公超等陆军、彭公玉麟等水师会克东关贼垒。初十日，克铜城闸。
十二日，驰折奏石涧埠、庐江、桐城、舒城六安州，先后解围情形，随折奏保刘连捷、毛有铭等六员，阵亡参将黄仁亲等十一员弁请恤。附片报近日军情。奏称：徽郡防兵单薄，是臣布置最疏之处。贼之窜鄱阳者，逼近浮梁，江西之门户可虑。皖北之贼悉数东趋，并未西犯鄂疆，即属大局之幸。现檄鲍超等进兵追击，檄调蒋凝学、毛有铭、成大吉等会师寿州，共计苗党。是日，又具折奏江、楚各省本淮监引地，被邻私侵占日久，非一蹴所能规复，察核现在情形，暂难改办官运。又片奏在籍侍讲吕锦文在宁国办理团防，捐输被参各款，查明覆奏。又奏采访忠义第十四案。时都统富明阿驻军江北，派委知府杜文澜试办官运淮监，行销于楚岸。
十八日，易开俊击贼于泾县，破之。朱品隆击贼于青阳，破之。
二十二日，具折奏谢天恩：臣弟国荃补授浙江巡抚，兄弟均当大任，受恩愈重，报称愈难！请开浙抚一缺，以藩司效力行间！附奏新授江苏藩司万启琛呈请开缺一片。又以弟贞干奉旨加衔议恤予谥建祠专奏谢天恩一折。鲍公超等军克复巢县城。
公派李榕一军渡江而南援池州。二十三日，克建德县城。
二十四日，鲍公超等军克含山县城，进克和州城。皖北之贼全退。
二十七日，驰折奏水陆官军会克东关、铜城闸两隘，阵亡勇并彭胜华、曾彩云、胡德云、石太和请恤。附片奏报军情，称兵事迟钝，半由饷需奇绌。鲍超、毛有铭两军均有饷匮逃散之事。臣治军九年，不敢轻上请饷之奏，不欲以危词上烦圣听，又不欲以苦语涣散军心。兹因有勇丁逃溃之案，不得不据实密陈。请于九江洋税项下，月拨银三万两，以济皖饷。并请特派大员来南，稍分臣之责任。是日，又具折附保雨花台解围案内出力员弁，开单请奖。附片奏：新授云南迤东道黄冕，现办东征筹饷局务，请缓赴任。并拟调该道来营，面商淮盐事例，与运使郭嵩焘会筹差政。又片奏凤台县知县蔡锷被苗练戕害请恤。
公之初任两江也，奏拨江西漕折银两，以供徽、宁，防军之饷。至是沈公葆桢奏留供江西本省防军，经户部议准。公既失此巨款，于是筹饷之请，词气近切，而请衙大臣以分责任之疏，已三上矣。
公弟国荃攻破雨花台贼垒及金陵南门外石垒共十座，皆坚垒也。调彭毓橘一军回金陵大营。
寿州知州毛维翼固守州城，兵少粮尽，坚守不懈。毛有铭、蒋凝学两军赴援，营于九里沟，阻于捻匪，未能进。
皖南之地，经乱最久，人相食者数月。公闻之，愀然自咎！常曰：“乱世而当大任，人生之至不幸也。”
是月，李公鸿章克昆山县城。
骆公秉章擒贼酋石达开，斩之。粤逆自永安州起事，始封之五伪王者，至是尽毙矣。
五月初三日，易开俊击贼于泾县，破之。
初五日，江北之贼由九伏洲渡江而南。
公调成大吉、周宽世两军，进援寿州，调李朝斌领水师赴上海，腾出黄翼升水军溯江入淮，以为临淮官军之助。
初七日，李裕军援剿湖口县。
初十日，李朝斌水师东下浦口，扼截渡江之贼。贼大半不能渡。杨公岳斌以水师入浦口，收复江浦县城。鲍公超、刘连捷等陆军沿江追剿，与水师夹击，贼之未渡者残焉，伏尸数万。江北肃清。
十二日，驰折奏报金陵官军攻克雨花台伪城及聚宝门外诸石垒，随折奏保总兵李臣典、晏澧周等八员。又奏报水陆会克巢县、含山、和州三城，随折奏保成发翔、彭毓橘、萧度衍等十员，阵亡参将陈邦荣等十二员弁请恤。附片奏报皖南、江西军情，寿州危急，调派水陆官军援剿，势恐不及。
十三日，公弟国荃、杨公岳斌、彭公玉麟水陆会克下关、草鞵夹、燕子矶贼垒。
李朝斌、成发翔、刘连捷等军攻九伏洲贼垒，力战大破之，杀贼二万人，弁勇伤亡者亦二千人。十五日，攻克九伏洲，江面贼净尽。鲍公超等陆军渡江，会攻金陵。公自奉肃清江面之旨，并及造舟师，至是十载，全功乃竟。长江上下，一律肃清。公由安庆发银一万两，犒赏是役将卒。
芜湖陆军吴坤修等击贼，破之，进收金宝圩。
易开俊、刘松山击贼于泾县，连破之。
十八日，公弟国荃攻长干桥贼垒，破之。
二十三日，朱品隆击贼于青阳，连破之。
二十六日，刘典、王文瑞会江西官军击贼于陶溪渡，破之。景德镇、鄱阳县肃清，贼并归湖口。
二十七日，驰折奏水陆各军会克江浦、浦口、草鞵夹、燕子矶诸城垒，力破九洑洲一关，江面一律肃清。随折奏保总兵喻俊明、丁泗滨等二十六员。阵亡副将邬桂芳、胡俊友请恤。附片奏报皖南、江西及寿州军情，金陵城大贼众，合围不易，必须严断接济贼粮之船。请敕下总理衙门，照会西洋各国，不得于金陵城外停泊轮船。又折奏鲍超一军克宁国府与泾县、西河胜仗出力员弁三案，并保开单请奖。又折奏保毛有铭一军迭破颍西捻圩，会克运漕镇出力员弁，开单请奖。附片举劾江西厘局委员。江公忠义领楚勇至江西，由九江渡军近剿湖口。
是月，公与李公鸿章会奏，请旨核减苏州松江两府、太仓州浮粮。
六月初二日，奉到上谕：“曾国藩奏为伊弟国荃恳辞巡抚恩命，并曾国荃奏恳收回成命，以开缺藩司专办军务各一折。该大臣等受宠若惊，固辞恩命，洵属至诚，而朝廷懋赏懋官，权衡悉当。现在军事方亟，时局孔艰，凡在臣工，正宜黾勉效忠，共期宏济。该大臣惟当督率曾国荃忠诚报国，以副委任，正不必渎辞朝命也。钦此。”
公子纪泽来安庆省公。
江西官军韩进春挫于洋塘，湖口贼势复张。江公忠义与李榕军力击之，贼稍戢。
鲍公超攻钟山贼垒，破之，回驻江干。军人多病，未能进剿。
初四日，苗练陷寿州，知州毛公维翼死之，成大吉驻守三河尖，周宽世、毛有铭等退守六安州境。
十二日，驰折奏金陵围师布置情形：寿州失陷，现图补救之法。知州毛维翼亮节孤忠，请旨追赠道员，从优议恤。臣调度各军，顾此失彼，请交部严加议处。道员蒋凝学、提督成大吉赴救不力，请撤去升衔勇号，以示惩儆。又具折奏请裁南洋通商大臣一缺，交各省督抚兼理华洋交涉事件。附片奏：委员采卖口外战马二千四百匹，请敕兵部查验，免税放行。
十六日，石埭贼窜陷黟县。十八日，刘公典等军收复黟县，贼退归石埭。
十九日，江公忠义与李榕军击贼于坚山，破之。
二十二日，专折奏采访忠义第十五案。附片奏：歙县殉难绅士程枚功请恤，并其家属十人。
二十七日，驰奏汇报各路军情一折。金陵城下，暂难合围，皖南、江西滨江滨湖，一片逆氛。苗逆既破寿州，围攻蒙城益急。鞭长莫及，徒深忧灼！附片奏：马新贻远在蒙城，势方危急，其安徽臬司印务，委万启琛暂行署理。
是月，李公鸿章克吴江县城。
毛公鸿宾升授两广总督，奏调张运兰募勇赴粤。
七月初三日，江公忠义等军攻贼于湖口之文桥，克之。贼滨江下窜，江西全境肃清。
郭公嵩焘奉旨赏三品顶戴，署广东巡抚。李榕补授浙江盐运使司。
初八日，公弟国荃克印子山贼垒。
十二日，驰奏汇报各路军情一折：其一，群贼援救金陵，则苏、常等处或有可乘之机。其一，张运兰奉调入粤，原部老湘营现分守宁国府、泾县两城最要之地，未可掣动，应令该臬司另募新勇。其一，太平、石埭之贼，逾岭窜入黟县，王文瑞一战克之，剿办极速。其一，江忠义、李榕两军剿平湖口之贼，即令由皖南进取东坝。其一，李世忠一军近颇愧悟歙抑，其与苗逆积怨甚深，若坦然相处，当不至别生枝节。其一，周宽世、蒋凝学、成大吉、毛有铭各军防守要害，难以掣动。此外，实无劲旅可援蒙城。凡六条。附片奏：黄翼升水师赴援临淮，应令李朝斌接署江南提督印务。又片奏陕西巡抚英棨奏请筹拨陕省饷盐一案，现在苗逆叛乱，淮河梗阻，盐无可运之道，请无庸置议。又奏采访忠义第十六案。歙县殉难绅士汪士勋请恤，并其家属。
十七日，吴公坤修击贼于双斗门，破之。
二十日，贼由江西下窜者，大股围攻青阳县。朱品隆力疾督军苦守。
二十七日，驰折奏报湖口各军叠挫贼锋，会克文桥贼巢，群贼遁走，阵亡将弁张仪卿竽十三名请恤。附奏奏报金陵、芜湖、青阳军情及淮甸水陆布置情形。又具折奏保芜湖金柱关水陆防守攻克湾沚、黄池出力员弁，开单请奖。附片奏江西茶商照办落地税，又奏参庐江知县吴变和革职一折。
三十日，公弟国荃攻上方桥贼垒，克之。
是月，李公鸿章攻克太湖贼营，进军苏州。
袁端敏公甲三卒于家。
公编录《训诂小记》、《雅训杂记》每日记录数则，以为常课。
八月十一日，易开俊、刘松山击贼于泾县，破之。
十二日，驰奏叠奉谕旨复陈一折。奏称：近淮诸军扼要防守，难以调动。皖南各军，援剿方亟，不能调赴淮上。李世忠一军，调以剿苗，亦不可恃。俟皖南军势稍松，当另筹劲旅，驰往临淮会剿。附片奏：查获武职周瑞、知县贾连城勾通苗逆，请革职讯办。
公弟国荃攻江东桥贼垒，克之。
十八日，贼袭攻宁国府，刘松山自泾县回援，破之。
公调鲍超一军由金陵上援青阳。
二十四日，易开俊击贼于泾县，破之。
二十七日，驰折奏报金陵陆军攻克上方桥、江东桥诸坚垒，一律毁平。附片奏报青阳、泾县等处军情：目下皖南群盗如毛，几与去年冬月相似。寿州苗党凶焰复炽。周宽世、成大吉、蒋凝学、毛有铭等势钧力敌，不相统属。李续宜病势日深，暂难东下。深恐军志不齐，贻误大局。请旨饬调降道员金国琛，驰赴皖北军营，综理周宽世等四军营务处，必须调护联络，无涣散之虞。又片奏上年奏派委员经理广东厘金，仍应调回各原省当差，候补知县丁日昌等调回皖营，仍请酌子保奖。
朱品隆苦守青阳县城，凡三十八日，江公忠义一军，所部道员席宝田一军，李榕一军，先后赴援，击贼，大破之，杀贼万人。贼解去，并归石埭、太平一带。
自江面梗阻以来，湖南北借食川盐，粤盐。江西借食浙盐，两淮引地皆失。至是江面肃清，公乃咨谋于谙悉盐务之委员杜文澜等，议复旧日引地，先行试办官运淮盐行销于江西一岸。核定西岸票盐章程，招商领运。
是月，李公鸿章分军克江阴县城，左公宗棠克富阳县城。调刘典、王文瑞引军回浙，进攻杭州。唐公训方奉旨总统皖北各军，刘公蓉授陕西巡抚。
九月初八日，易开俊击贼于泾县，破之。
十二日，驰折奏朱品隆苦守青阳，援师大捷，立解城围，阵亡将弁李殿华、许和山等十六员弁情恤，江忠义、李榕、朱品隆、席宝田等开单保奖。附片奏报蒙城文报渐通，可期解围。刘典回浙，徽州防兵单弱。鲍超军至南陵，进规东坝。江忠义等分兵以攻石埭太平之贼。但使皖南各股悉数驱除，则军势顺矣。
十九日，公弟国荃分军克博望镇贼垒，尽平之。
二十二日，具折奏陈京仓需米甚殷，遵照部议，悉心妥筹，并详陈近年事势，不得仍拘成例，拟将漕运、盐引二大政变通办理。附片奏请将道员黄冕留于苏皖，经理漕政、盐务。又片报皖鄂军情。维时黄冕至安庆见公，禀请于皖省设立米盐互市一局，招湖南米商运米至皖，由皖设法运至上海，以达以天津；招两淮盐商运盐至皖，与楚中米商交易而退。是为盐漕二政变通之法，既而不果行。
二十四日，公弟国荃攻克上方门、高桥门、土山、方山、七甕桥等处贼垒，凡二十余座，二十五日，进克中和桥贼垒。
二十七日，驰折奏报宁国、泾县防军迭获胜仗，阵亡勇弁邓光武、雷国英请恤。又折奏讯结已革总兵黄彬被参一案。
公弟国荃克秣陵关伪城，于是金陵西南、东南两面往来之路已断，官军渐以合围。
是月，奉到文宗御制诗文集。二十八日，专折奏谢天恩。
石埭贼目古降贤率众投诚，官军收复石埭、太平二城。易开俊收复旌德县城。彭公玉麟水师克水阳、新河庄等处贼垒。
二十九日，欧阳夫人率眷属到署。
是月，捻匪窜扰湖北德安、蕲、黄之境，官文公调成大吉、石清吉两军赴鄂援剿。
十月初一日，彭公玉麟水师克沧溪长乐镇贼垒。初二日，收复高淳县城。
初三日，易开俊收复宁国县。
蒋鲍学、成大吉，收复颍上县。
初六日，公弟国荃攻金陵城东贼卡五处，贼垒二十余座，悉破平之。
初七日，鲍公超会水师克东坝。
十二日，驰折奏金陵陆师迭克东南沿河八隘，并复秣陵关伪城，渐成合围之局。又折奏贼众就抚，收复石埭、太平、旌德三城，请将降人古隆贤赏给虚衔顶戴。附片奏报淮上军情：皖南水陆官军攻克东坝，得此要隘，皖南可冀肃清，金陵、苏州攻剿之事较有把握。又片奏查明石埭、太平、旌德、宁国四县前后失陷原委。又折奏保金陵一军迭克城隘出力员弁六案，并保开单请奖。
鲍公超军克建平县，收复漂水县，派营官宋国永招抚广德州贼，未下。
江公忠义引军回驻江西饶州境。
十五日，公弟国荃领萧庆衍等军扼札孝陵卫。
僧王军至淮北，苗沛霖众溃走死，蒙城解围，练党瓦解。唐公训方收复淮南各城邑。
公核定楚岸票盐章程，刊发委员，招商办运。
二十七日，驰折奏水陆官军剿抚兼施，迭复水阳、东霸等要隘，高淳、溧水、宁国、建平四县，现派鲍超扼守东坝，调各军分守城隘。请将就抚之张胜录等三人赏给虚衔顶戴。附片报提督王明山丁忧回籍。
是日，又具折密陈彭玉麟战绩，并奏保金陵大营将领李臣典等四员，请补提镇实缺。
皖南经乱，凋残特甚！收复后，公亟派员散赈贫民。每县筹银数千两，采买耕牛籽种，颁给乡农，民大感悦，流亡渐复。
是月，李公鸿章克复苏州省城。公奉旨交部从优议叙。
李勇毅公续宜卒于家。
江忠浚调四川布政使。
十一月初五日，金陵官军治地道轰城，未克。
十二日，具折汇奏李世忠一军迭破苗逆各圩，会克怀远县，请开复革职处分。附片奏报金陵城东百余里内一律肃清，贼之粮路已断。长淮一带颍上、正阳、寿州、上蔡均已收复。又折奏保肃清皖北水陆出力员弁，四案，并保开单请奖。又代肃提督杨岳斌请回籍养亲一折。又具折奏保员外郎范泰亨、御史周学濬、知府陈濬、孙衣言、同知李鸿裔、知县邓瑶、涂宗瀛、黎庶昌、训导向师棣等九员，皆学行修饬，可备任使。是日奉到上谕：“兵部侍郎彭玉麟着加恩赏穿黄马褂，以示优奖，钦此。”从公奏也。
十三日，金陵城贼出扑营，公弟国荃击破之。十六日，贼于城外修筑营垒，又击破之。
贼大服犯建平、溧水二城，官军守御却之。
公日课：于哺后，披阅诗古文词，读诵经子一卷，时读《孟子》书，分四条编记：一曰性道至言，二曰廉节大防，三曰抗心高望，四曰切已反求。
二十七日，具折汇奏水陆阵亡、伤亡、在营病故各员弁，凡八百四十三员名，开单请恤。周万倬、曾正明二员，请从祀湖南昭忠词。又折奏安徽抚臣李绩宜病故，录其临终遗书呈览，以明忠愤悱恻之忱。附片奏报贼酋李秀成自苏州逸出，已入金陵；官军攻城，获胜二次，并调派各军严防江西边境。又奏采访忠义第十七案。附片奏定远县人陈鼎霈合族殉难，男妇七十六人，汇请分别旌恤。
二十八日，接见安庆所属各邑新人学生员七百余名。
是月，李公鸿章克无锡县城，分军入浙江境，克平湖、嘉善、海盐等县。
十二月初二日，建多宝仓，积贮谷米，核定歙散章程。
初十日，核定皖南开垦荒田章程。
十二日，驰奏迭奉谕旨分条复陈一折。其一，查明李世忠在寿州、下蔡，与提督陈国瑞争功构衅之案。其一，查明蒋凝学收复正阳关时，与副将康锦文兵勇开炮误伤之案。其一，贼之大股分屯梅渚，意在夺关上窜，鲍超力扼东坝，暂不能进取，以合金陵之围。其一，周宽世军调回安庆防守，毛有铭军移驻皖南，作游击之师，成大吉、石清吉两军现赴鄂省，或能拨赴陕西，应由官文调度。凡四条。又折奏保江西肃清，青阳解围，在事出力员弁汇单请奖。附片奏：陈明李世忠近日情状。
二十日，奏员蔡国祥新造小轮船一号成，公登船试行江面。
二十七日，拜折奏谢天恩，交部优叙。并奏陈近日军情：贼之大股图犯江西，己飞咨左宗棠、沈葆桢并力扼守，以保上游完善之区，金陵贼气尚固，一时恐难速克。又折奏保攻克九洑洲肃清江面水师出力员弁，开单请奖。附片奏：总兵喻吉三请加提督衔，简授实缺。又折奏讯明周瑞、贾连城、通苗一案，查无实据，应请无庸置议。
是月，江诚恪公忠义卒于军，唐公训方经僧王奏参，奉旨以藩司降补，乔公松年补授安徽巡抚。
「甲子」同治三年，公五十四岁
正月，公在安庆。
初六日，贼由宁国县上窜，陷绩溪县。初九日，唐义训引军收复绩溪，追贼于歙县南境，破之。贼窜遂安、开化之境，势趋江西。
十二日，奏规复淮南盐务一折。奏称江路肃清，运道畅行无阻，所有楚西各岸方图整理，而筹办之难，有二大端：一则邻私浸灌太久，积重难返，不能骤禁；一则厘卡设立太多，诸军仰食，不能概裁。按今日时势，仿昔年成法，惟有疏销轻本，保价杜私四者，实力讲求行之，以渐期于课饷，两有裨尽。附片奏报近日军情：金陵城贼为负隅死守之谋，其一股由宁国窜绩溪，意在冲过徽州，直上江西。又折奏讯结贪鄙营私之将弁张录等，请革职永不叙用。
时苏浙田荒未耕已久，官军攻剿，收复大半，贼饥无所得食，乃突窜徽、浙之交，就食于江西。十七日，贼大股续窜绩溪，与遂安股匪分忧婺源、玉山，遂窜广丰、铅山一带，广饶抚建皆为戒严。
二十一日，公弟国荃攻克钟山石垒——伪号天保城，遂调派各军，分扼太平门、神策门，城围乃合。
二十七日，驰折奏贼陷绩溪，旋经收复。毛有铭一军由安庆渡江，计可抵徽。沈葆桢所派席宝田、韩进春两军亦可到防。饬各军扼要防堵，力保江西藩篱。附片奏：江宁藩司万启琛应赴江北督办粮台，安微臬司英翰驻蒙、宿一带，襄办剿捻，请催马新贻赴藩司任，委何璟署臬司一缺。附片奏陈李世忠近日情形，已交出五河县城，撤遣所部弁勇，发给饷盐，资以回籍，不至再有滋扰。又片奏江楚米价翔贵，本届湖南漕米，请仍解折色到部，就近采办，以归简易。
二十八日，专奏恭谢年终恩赏一折，年终密考一折，学政声名一片。
是月，李公鸿章克宜兴县城，左公宗棠克桐乡县城。都兴阿公奉旨移防缓远城，诏公拣派得力之员接统其军。河南发、捻股匪窜扰湖北之境。
二月初三日，核定江宁七属扬州、仪征等处盐务章程。
初九日，席宝田收复金溪县城。
十二日，驰折奏金陵官军攻克钟山伪城，遂合城围。贼之外援将绝，粮米无多，唯是围师不满五万，分布九十余里。而贼众数十万，深有穷寇奔突之虞。附片奏：浙境股匪觅食偷生，锐意上窜，绝不返顾，势将蔓延江西腹地，窥伺抚、建两郡。溧阳老巢新为苏军所破，其党归并湖州。目下湖州贼数极多，若窜江西，毫无阻隔，防兵单薄，势实可虞。附片奏：臣所部各军，添募益多，将材益少，类皆朴谨自守之员，实乏统率一路之选。其都兴阿所部一军，请特简大员接统。其水师红单船等，即由臣兼辖，酌量裁撤，以节糜费。
十五日，乔公松年至安庆见公，接受巡抚关防，出防临淮。
贼退出广德州城，并入湖州。鲍公超进军攻句容。
江西之贼窜扰抚、建各属邑。十八日，席宝田破贼于建昌城外。
十九日，李世忠委其部将王廷瑞、陈自明二员，到安庆禀请交出各城，遣散所部，以三月为期。公奖慰而遣之。
二十七日，具折奏筹议江苏、安徽等省绿营额兵，经乱之后散亡殆尽，已溃之卒不准收伍，孱弱之兵即予裁撤，弁目出缺，停缓叙补，统俟军事大定，乃复旧制。庶几兵归实用，饷不虚糜。又折奏湖北防务正殷，提督江长贵请饬赴本任。附片奏：金陵城贼放出老弱妇女万余人，为节省米粮之计；湖州群匪麕集，皆思上犯江西，以觅生路；江西抚、建股匪人数实众。请饬下闽、粤、两湖一体严防，免致变成流寇，又烦兵力。江忠义旧部，交江忠朝统带。又片奏遵旨提讯江西知县石昌猷一案，派委刑部郎中孙尚绂会审。又片奏保道员忠廉署理两淮盐运使，堪以胜任。又片奏李世忠呈请刻期遣散滁州等处兵勇，酌留千余人，交总兵陈自明统带。又与沈公葆桢会奏查参江西厘金委员万永熙革职。
是月，李公鸿章分军克漂阳县城，又克浙江嘉兴府城。程忠烈公学启受伤，旋卒于苏州。程公初陷贼中，投诚后，经公弟国荃拔擢立功，苏省之复，战功为多。左公宗棠攻克杭州省城，余杭县城贼并入湖州，踞守不下。
都兴阿公领马队北上。富明阿公署江宁将军，接办扬州防务，派军渡江，会冯子材之军进攻丹阳。
三月初五日，鲍公超攻破三分贼卡。初七日，克句容县城。初九日，克宝堰贼垒五座。
周宽世军中营官杨复成侵吞军饷，公亲提讯得实，于军前斩之。
江西贼势日众，沈公葆桢奏请截留江西厘金，专充本省之饷，户部议准，公接户部咨文，深忧之！
十二日，驰折奏：江西牙厘，仍应归臣处经收，以竟金陵将蒇之功。附片奏报军情：金陵城贼坚忍不下，句容克复，贼之外援将尽；江西之贼，扰犯南丰、新城、广昌之境。又折奏结水师巡江酿命一案。又奏采访忠义第十八案。
十三日，浙江之贼续窜徽州，唐义训、毛有铭击贼小挫。十四日，贼扑徽州城，官军击却之。
十五日，奉到上谕：“协办大学士两江总督曾国藩督军剿贼，节制东南数省，尽心区画，地方以次削平，举贤任能，克资群力着交部从优议叙。钦此。”是岁，京察行省督抚奉优叙之旨者，曰官文公，曰骆公秉章，曰左公宗棠，曰李公鸿章。凡五人。
十七日，唐义训、毛有铭两军击贼于杨村，官军大挫。贼势日炽，大股窜婺源，入江西境。公调朱品隆军驰援徽州，调鲍超军回东坝，调周宽世、金国琛两军渡江进驻饶州之境。
二十日，鲍公超收复金坛县城。
公既上江西牙厘一疏，词气抗历，于是沈公葆桢亦奏请开缺诏慰留之！户部议以江西牙厘之半拨归金陵皖南大营，以其半留供本省之饷。公以是时金陵未克，江西流寇复盛，统军甚多，需饷甚巨，既恐饷匮，以致军事决裂，又以握兵符掌利权为时所忌，遂有功遂身退之志矣。
二十五日，驰折奏鲍超一军克句容县，生擒二酋，毁五贼垒。随折奏保总兵冯标、谭胜达、唐仁廉等二十员，阵亡知府田芬、参将阳茂泰等六员请恤。附片奏：徽州军败，遍地贼氛，前队已窜江西，续至者络绎不绝。金陵围师，责成曾国荃经理，偿坚城幸克，即由曾国荃、彭玉麟、杨岳斌三衔驰奏大概，以慰圣怀！陕西汉中发、捻各匪，窜犯鄂豫之境，图解金陵之围。江面上下皆宜筹防。又片奏身患呕吐眩晕之症，请假一月，在营调理。又片奏降补藩司唐训方请假回藉省墓。又片奏浙江监运使李榕暂缓赴任，留营剿贼。又奏杨复成正法一折。
二十七日，专折奏谢京察优叙恩。是日奉到寄谕：“总理衙门奏拨轮船经费改解京师一款，为银五十万两有奇，先行拨解金陵军营，以资散放。”
二十八日，核定淮北票盐章程。
是月，左公宗棠克武康、德清、石门三县城。江西官军克新城县城，贼窜入福建边境。
陕西发逆合捻匪窜湖北，成大吉击贼于樊城，破之。贼窜河南境，西安将军忠勇公多隆阿卒于盩厔营次。
四月初三日，设立书局，定刊书章程。江南、浙江自宋以来，为文学之邦，士绅家多藏书，其镂板甚精致，经兵燹后，书籍荡然。公招徕剞劂之工，在安庆设局，以次刊刻经史各种，延请绩学之士汪士铎、莫友芝、刘毓松、张文虎等分任校勘。初九日，彭公玉麟过安庆见公，旋赴九江防守。
十二日，驰奏徽州防军挫失，未能遏贼西窜，自请交部严加议处，唐义训、毛有铭分别革降，阵亡将弁金茂荣、李祖祥等十三员名请恤。又折奏鲍超一军克复金坛。随折奏保游击张遇春一员，阵亡将弁鲍昌龄、宋连升、王正礼请恤。又折奏江北一律肃清，提督李世忠遣散部众，次弟交出全椒、天长、来安、滁州六合五城，呈请开缺，回藉葬亲，恳恩准予开缺回藉，保全令名。所遗江南提督一缺，恳迅赐简放，以重职守。附片奏：接准户部文称湖北、湖南、四川、江西、广东、江苏每月协供臣营之饷，为数甚巨。查核湖南一省，除东征局半厘外，无有奏定协解之款。去夏奏拨江西洋税，旋即退还广东厘金，系臣所最抱疚之端，然本年仅解过九万两。江苏厘金，系臣职分应筹之饷，本年亦仅解过三万两。四川、湖北两省，则并无协解臣台之款。户部所指六省供饷，不知以何处奏咨为据，遂疑臣广揽利权，收支巨款。臣以庸愚，谬当重任，局势过大，头绪太多，论兵则已成强弩之末，论饷则久为无米之炊，万一竟蹶颠覆，亦何能当此重咎？恳恩饬将皖北军饷，责成乔松年、吴棠、富明阿共筹之，其萧庆衍、毛有铭等数军原支鄂饷，请饬下官文、严树森一力供支，俾臣得少减谋饷忧灼之情，不胜大幸！又片奏报军情：金陵一军，开地道以攻城，伤亡弁勇近三千人，此时惟有严围猛攻，方禁接济之法；江西续窜入之贼，又将延扰腹地；发捻巨股，突过随、枣，意在假道皖鄂，东援金陵。彭玉麟现赴上游，防扼江面，惟皖北兵单，空虚可虑。又片奏江西南康知县石昌猷供词支吾，请革职以凭严讯。
十四日，丹阳之贼上窜。鲍公超截击，大破之。常州之贼窜至徽州境，唐义训、毛有铭、金国琛截击破之，余匪窜江西。
十九日，奉上谕：“曾国藩奏徽军挫失，自请严议之处，着加恩宽免。钦此。”又奉上谕：“江南提督，着李朝斌补授。江南水师提督，黄翼升补授，着江南淮扬镇总兵员缺，着阳利见补授。钦此。”
二十七日，驰折奏报鲍超截击丹阳之贼大胜。又奏苏贼续窜徽州，官军击剿获胜，擒斩解散过其大半。附片奏称：苏浙群贼由徽上窜者，约分六起：第一起现踞江西之南丰，分窜福建汀州之境；第二起延扰于铅山，湖坊等处；第三起攻扑抚州，退踞许湾；第四起则为徽军所败，入江境者人数无多，而广德、湖州各贼酋尚有二起，图犯徽境，并入江西。目下军情，以江西为最重。又折奏请展缓江南本科乡试。附片奏：陈臣于上月请假，现已期满，病势未能遽痊。惟湖北贼势下窜，金陵图师，江西群贼，均在危疑震撼之际，已力疾强起，照常治事。
是月，江西赣水以东，广信、抚州、建昌、宁都各属，贼踪遍扰，失陷十数城。江西官军、浙江援军破贼于玉山，又破之于抚州城外，又破之于弋阳、责溪等处，而贼势未衰。
张公运兰军在广东，奉旨饬赴福建臬司任，率勇至闽境防剿。
李公鸿章克常州府城，扬州、镇江官军会克丹阳县城。江苏全境皆平，唯金陵未克。李公鸿章拨派刘铭传等军，近守句容、东坝。公乃调鲍超一军，循江而上，援剿江西。
扬公岳斌奉旨领办皖南，江西军务，刘公典帮办军务。
李朝斌领太湖水师攻湖州城外贼垒，破之。
李公鸿章委员解到上海饷银二十二万两。公以其十三万两解付金陵大营，以五万两给付鲍超军营，以四万两留安庆粮台。
贼之窜湖北者，人数极众，护军统领贞恪公舒保阵亡。僧王击贼于随州，破之。
逆首洪秀全于二十七日服毒自毙，李秀成立其子福瑱，坚守金陵，秘不发丧，虽城中贼亦不知也。
五月初六日，专折恭谢天恩，宽免严议。
鲍公超军由芜湖拔营，上援江西。
杨公岳斌领水师陆军共万人，援江西。初十日，来安庆见公。旋赴江西督剿。公派提督黄翼升接领水军，扼攻金陵。
十二日，驰折奏：浙江提督鲍超请假四个月，回四川籍葬亲，该军将弁，即令杨岳斌统率以行，必可指挥如意，恳恩俯念鲍超苦战功多，俾得成归窆之礼，展乌私之谊，弥彰圣朝孝治之隆。附片奏报军情：湖州、广德尚为贼踞；江西省城戒严，调派水陆各军，入省防守；鄂省发、捻下窜，距皖甚近，调李榕等军渡江北防。疏入，奉上谕：“曾国藩奏带兵大员请假葬亲一折，已明降谕旨，命鲍超俟金陵攻克、江皖肃清，再行给假回籍，以遂孝思等因。钦此。”
十四日，奉到寄谕令李鸿章会军攻金陵，公即日具咨李公催之。
十七日，鲍公超军至九江，寻至南昌，与沈公葆桢商度防剿，所部一军，由瑞州近剿。
二十二日，驰折奏称：苏、常既克，本拟咨请李鸿章亲来金陵会剿，前接李鸿章来文，言将士太劳，宜少休息，待湖州克后，再行拨兵助功金陵等语。不知者，谓臣弟国荃贪独得之美名，忌同列之分功，非臣兄弟区区报国之意！今幸钦奉寄谕，己恭录具咨加函催请。臣本欲前往金陵督剿，因皖中防剿吃紧，未可暂离，恳恩饬催李鸿章速赴金陵，实为至幸！
二十七日，驰折奏：续奉谕旨，飞催李鸿章会剿金陵。前此奉拨轮船经费一项，已解到银二三十万两，分拨各军，转瞬已罄。不敢谓筹饷之太少，而深悔募勇之太多，惴惴焉恐生他变，或误大局。既望李鸿章统兵来助，尤望其携饷以相遗也。并奏称：杨岳斌、鲍超均赴江西，兵力极厚。改调周宽世一军，令赴皖北，以防鄂省东窜之贼。拟令陈国瑞驻扎寿州，处淮南江北适中之地，为游击之师，仍当防守要区，严扼江面，以免掣动金陵全局。附片奏：臣于前年曾请添设长江水师提督，旋经部臣议准。此次钦奉谕旨，李朝斌补授江南提督，自孙李世忠所遗之缺；黄翼升所补水师提督，当系长江新设之缺。应请敕部撰拟字样，新铸印信，颁发来南，以昭信守。又具折奏保鲍超一军迭克东坝、句容、金坛三案出铿员弁，汇单请奖。又奏保高淳、溧水各城水陆会攻，克复出力员弁，汇单请奖。
二十八日，核定石昌猷案卷，江西道员周汝筠禀讦石昌猷袒匪杀良一案，卷宗繁委，公亲讯数次，委藩司马新贻、臬司何璟、道员勒方琦与奏委之郎中孙尚绂反覆研鞠。至是定案拟结。
三十日，公弟国荃攻克龙膊子山阴坚垒——伪号地堡城，遂督军日夜环攻，不少休息。
是月，李公鸿章克浙江长兴县城。湖北捻匪窜扰英山、霍山之境，杨公岳斌奉旨授陕甘总督。
六月初八日，复讯周汝筠石昌猷一案。
十二日，驰折奏称：旬日以来，历奉寄谕，殷殷指示，不外迅剿金陵及皖北、江西两路军务。所有近日筹办情形，分条详复：其一，李鸿章平日往事最勇，进兵最速，此次会攻金陵，稍涉迟滞，盖无避嫌之意，殆有让功之心。其一，中外匪徙仍有偷济贼粮军火之事，自合围以来，搜杳防范，何敢信其绝无疏漏？唯当谆饬节各营，加意严防而已。其一，发、捻东趋，窜入英山境内，调派江南岸各军驰赴皖北，目下不能速到。其一，安庆人心震动，未可轻离，俟皖北稍安，即当前赴金陵，会商剿办。凡四条。
十六日，金陵官军治地道成，轰陷城垣二十余丈。公弟国荃督领将弁冲杀入城，围攻伪宫城。即日由驿八百里驰报金陵克复大概情形。是夜攻克内城，搜杀三日夜。十九日，擒贼酋李秀成、洪仁达。贼党死者十余万人。公闻捷后，喜极而悲者，良久乃已。
二十三日，会衔由驿六百里加紧驰奏克复金陵全股悍贼尽数残灭详细情形一折。奏称：金陵一军，围攻二载有奇，前后死于疾疫者万余人，死于战阵者八、九千人，令人悲涕，不堪同首！臣等忝窃兵符，邀逢际会，既恸我文宗不及目者献馘告成之日，又念生灵涂炭，为时过久。惟当始终慎勉，扫荡余匪，以苏子遗之困，而分宵旰之忧。此次应恤应人员，另缮清单，吁恳恩施。
二十四日，公由安庆登舟，由火轮船驶赴下游，泊采石矶。二十五日，抵金陵大营，见诸将领慰劳之，亲讯贼酋李秀成，札委员弁访求咸丰三年城陷时殉难员绅遣骨。
二十六日，奉到上谕：杨岳斌、彭玉麟、曾国荃驰奏克复金陵大概情形一折。逆首洪秀全等以数十万逆众，久据金陵，负隅死守。曾国荃等督兵围城，所部不满五万，两载以来，将城外贼垒悉数扫荡。兹复于炎风烈日之中，伤亡枕籍之余，并力猛攻，克拔坚城，非曾国藩调度有方，曾国荃及各将士踊跃用命，不能建此奇勋，披览之余，曷胜欣慰！此次立功君臣，将伪城攻破，巨憝就擒，即行渥沛恩施，同膺懋赏。饮此。”
二十七日，公巡视金陵城坦地道攻入之处，按行城外各军营垒。
二十八日，军士得洪秀全逆尸，舁之江干，公亲验而焚之。
二十九日，奉上谕：“本日官文与国藩由六百里加紧红旗奏捷克复江宁省城一折。览奏之余，实与天下臣民同深嘉悦！此次洪逆倡乱粤西，于今十有五年。窃踞江宁，亦十二年，蹂躏十数省，沦陷数百城，卒能次第荡平，殄除元恶，该领兵大臣等，栉风沐雨，艰苦备尝，允宜特沛殊恩，用酬劳勋。钦差大臣、协办大学士、两江总督曾国藩，自咸丰三年在湖南首倡围练，创立舟师，与塔齐布、罗泽南等屡建殊功，保全湖南郡县，克复武汉等城，肃清江西全境。东征以来，由宿松克潜山、太湖，进驻祁门，迭复徽州郡县，遂拔安庆省城，以为根本，分檄水陆将士，规复下游州郡。兹幸大功告蒇，逆首诛锄！实由该大臣良策无遗，谋勇兼备，知人善任，调度得宜！曾国藩着加恩赏加太子太保衔，锡封一等侯爵，世袭罔替，并赏戴双眼花翎。浙江巡抚曾国荃，以诸生从戎，随同曾国藩剿贼数省，功绩颇著。咸丰十年由湘募勇，克复安庆省城；同治元、二年，连克巢县、含山、和州等处，率水陆各营进逼金陵，驻扎雨花台攻拔伪城，贼众围营，苦守数月，奋力击退；本年正月，克钟山石垒，遂合江宁之围，督率将士鏖战，开挖地道，躬胃矢石，半月之久、未经撤队。克复全城，殄除首恶！实属坚忍耐劳，公忠体国。曾国荃着赏加太子少保衔，锡封一等伯爵，并赏戴双眼花翎等因。钦此。”其同案奉旨锡封者：提督李臣典一等子爵，萧孚泗一等男爵，均赏戴双眼花翎；提督黄翼升、张诗日等，总兵朱洪章、熊登武等，按察使刘连捷等，凡百二十余员，均奉旨奖叙！其阵亡总兵郭鹏程、王绍羲，副将陈万胜等十六员，奉旨优恤。皆公前疏所请也。
同日，又奉上谕：“粤逆久踞江宁，负隅抗拒，实为从来未有之悍寇。此次水陆各军于溽暑炎蒸之际，猛力环攻，迅克坚城，悍党悉除，渠魁就缚，非曾国藩运筹决策督率有方，曾国荃等躬冒矢石鼓勇先登，未由建此奇功，成乃丕绩！朝廷嘉悦之怀，实难尽述。除曾国藩等已加恩锡封外，其出力员弁兵勇，并着查明保奏，候旨施恩。发去银牌四百面，着曾国藩、曾国荃等择其功绩最著者，先行颁给，以励戎行。钦此。”
同日，又奉旨赏赍东南各路统兵大帅及封疆大臣，普加异数。钦差大臣僧王、官文公、李公鸿章、杨公缶斌、彭公玉麟、骆公秉章、鲍公超等各有差。左公宗棠、沈公葆桢等有待也。
是月，左公宗棠克孝丰县城。
萧公孚泗闻讣丁忧。
七月初一日，阅视金陵城北伪城、伪垒及官军所开地道之处，派委员庞际云、知府李鸿裔，会讯李秀成，令其自书供词，前后凡四万余字。
初二日，李忠壮公臣典卒于军。金陵之克以李公为战功之首，公弟国荃恸惜之。
初四日，周视金陵城垣，委员修筑，定议裁撤湘勇，设善后局，抚恤难民。
鲍公超击贼于抚州许湾，大破之，杀贼四万人，贼大溃。
初六日，公亲讯贼供，诛李秀成、洪仁达、洪仁发三名。
初七日，驰折奏：洪秀全、李秀成二贼酋分别处治，伪幼主洪福瑱查无实在下落。李秀成供词谨抄送军机处，以备查考。历年以来，中外纷传逆贼之富，金银如海，乃克复老剿，而全无货财，实出意计之外。目下筹办善后事宜，需银甚急，为款甚巨，如抚恤灾民，修理城垣，驻防满营，皆善后之大端。其余百绪繁兴，左支右绌，欣喜之余，翻增焦灼！
金陵之克，贼所造宫殿行馆，皆为官军所毁。公乃于水西门内择房屋稍完者，委员葺治，以为衙署。幼逆洪福瑱遁走广德，贼党争迎之。
初十日，公设酒于城内，宴犒诸将领。
十一日，鲍公超收复东乡、金溪两县城。十二日，江忠朝等克复崇仁、宜黄两县城，江西东路贼势稍衰。
十三日，公札撤湘勇二万五千人，留万人防守金陵，留万五千人，派委刘连捷、朱洪章、朱南桂等领之，以为皖南北游击之师。咨湖北、湖南督抚筹拨撤勇欠饷。
十六日，专折奏谢天恩，锡封侯爵，并赍所获伪金、玉印三方，咨送军机处。
十七日，巡视江南贡院，委员修葺。出示晓谕士民复业，核定金陵房产章程。凡八条。
二十日，驰折奏福建陆路提督萧孚泗闻讣丁忧，请开缺回籍。又折奏一等子爵李臣典病故请恤，并将李臣典战功开列清单，录呈御览，请于江西之吉安府及安庆、金陵建立专祠。附片奏李秀成业经正法，未及槛送京师；洪秀全戮尸焚化，未及传首各省。又片奏保金陵各军将领熊登武、朱南桂、张诗日、伍维寿、朱洪章皆有独当一路之才，请次第简放提镇实缺。现守宁国之总兵刘松山，足以独当一面，亦后起之将材也。又片奏近岁以来，但见增勇，不见裁撤，无论食何省之饷，所吸者皆斯民之脂膏，所损者皆国家之元气。前此贼氛方盛，不得已而增募，以救一时之急。今幸大局粗定，因与臣弟国荃商定，将金陵全军裁撤其半；镇江冯子材之兵，全行裁撤；扬州富明阿一军，暂难遽撤。军兴日久，各有厌若兵间之意，但使欠饷有着，当不至别生枝节。并陈明曾国荃克城之后，困惫病状，姑在金陵调养，料理善后。“臣即日回安庆一次，布置上游军事。江西军事得手，即由杨岳斌主稿会奏。”
公拜折后，登舟上溯。二十五日，舟泊铜陵夹，咨广东督抚停止厘金，还归本省经收。札委钱鼎铭、丁日昌等办上海捐输，分拨淞泸厘金，以济军饷。
鲍公超军克复南丰县，续克新城县，招降数万人。贼党南窜，南、赣、宁都三郡戒严，浸及闽粤之境矣。
二十七日，李公鸿章、左公宗棠会克湖州府城。
二十八日，公舟抵安庆。
二十九日，驰折奏广东厘金一款：两年以来，深资馈运，私衷耿耿，如负重疚！请旨饬下广东督抚，截至本年八月止，毋庸再解。并请照一百二十万两之数，加广该省乡试文武永远中额四名，以彰粤人急公之义。附片奏称：湘勇召募之初，选择乡里农民，有业者多，无根者少，但使欠饷有着，当可安静回籍。昨奉谕旨，有挑补额兵一条，恐湖南之民，必不愿补三江录营之额，臣以为勇则遗回原籍，兵则另募土著，各返本而复始，庶经久而可行。至寄谕饬查洪福瑱实在下落，应俟查明续奏。又片奏补送李秀成供词。又片奏报军情：江西兵威大振，无须添派援军；所虑者皖南之广德，皖北之英、霍，现在陈国瑞进剿麻城，英翰进扎商城，蒋凝学进扎英山，李榕调防桐城，布置尚密，但无大枝劲旅痛加剿洗耳。
是日，具折奏结周汝筠、石昌猷一案。
左公宗棠克安吉县城。浙江全省皆平。李公鸿章派刘铭传一军克复广德州城。贼党挟洪福瑱遁走宁国山中。
是月，僧王由豫入楚，击剿发、埝各匪，破之。
八月初一日，湖州、广德之贼窜徽州南境，刘松山截击，破之。
初三日，左公宗棠截击窜贼于昌化、淳安之境，大破之，斩贼目黄文金。
初七日，唐义训、易开俊截击窜贼于歙县南境，破之。初九日，易开俊击贼，大破之。
十三日，驰奏钦奉谕旨分条复陈一折：其一，江宁省城，贼踞最久，居民流亡，尚未复业，委记名桌臬黄润昌赶紧兴修贡院，庶冀土子云集，商民亦可渐归。其一，驻防旗营，俟贡院工竣，以次修理。旗兵现存八百余人，俟营房粗定，再议挑补足额。其一，苏皖两省疆與跨越江淮，据御史陈廷经陈请变通画江分省。臣以为军事、吏事之兴废，视疆吏之贤否，不必轻改成宪。其一，杨岳斌应赴陕西新任，江西军务，应令鲍超专顾北路，刘典、席宝田、王文瑞、江忠朝等分剿南路，不必另派督办大员。其一，皖北吃紧，飞催刘连捷等渡江防剿。凡五条。附片奏委道员庞际云署江宁盐巡道缺，仍饬办善后局。又具折奏保克复金陵陆军出力员弁，开单请奖。阵亡、伤亡、病故员弁五百一名，开单请恤。附片奏称：臣自任两江督师，东征数年，奏保积至二十二案之多，军务倥偬，未及按名注考。恳敕部将臣军保案，均照原单一体注册。又附片密奏：大功粗立，臣兄弟及前后文武各员均叨窃殊恩异数，追思昔年患难与共之人，其存者，如李元度一员，独抱向隅之感；其没者，如江忠源、何桂珍、刘腾鸿、毕金科四人，皆有私衷抱疚之端。谨略陈一二，恳请恩旨。
十四日，易开俊击窜贼，破之。十六日，唐义训、金国琛击窜贼，破之。余匪挟洪福瑱窜入江西广信之境。浙江官军追击之。
十七日，专折进呈安徽全省地图，并《长江图说》，奏称：知府刘翰清、县丞方骏谟淹雅详慎，臣派委该二员细查详绘，装成全册，恭呈御览。
贼围扑英山县，蒋凝学固守击贼，破之。刘连捷、朱洪章、朱南桂领湘勇万余人渡江而北。公调派湘勇由桐城进剿英山，调派李榕、王司升、何绍彩等军八千人，由六安进援霍山。
二十七日，驰折代奏：臣弟国荃病势日增，请开缺回籍调理。又折奏湖州、广德败贼并犯歙南，官军截剿屡胜，阵亡参将唐远请恤。附片奏：长江水师新定规模，应责成彭玉麟周历巡察，区画一切。其安庆善后事宜，札饬藩司马新贻、臬司何璟、总兵喻吉三会同妥办。又片奏报江西、皖北军情，调军剿办，并报定期起程，驻扎江宁旧治。又奏截停淮北饷盐规复票盐旧制一折。
是月，杨公岳斌赴赣州督师防剿，王文瑞克复雩都县城。
九月初一日，公由安庆登舟启行赴金陵。
初八日，舟抵金陵，黄公润昌监修贡院工毕。初九日，公入城，阅视贡院工程。初十日，入居署中。
核定安徽全省丁漕征收章程。是日，奉到上谕：“曾国藩督兵数载，克复江宁省城，伟绩丰功，朝廷甚资倚畀。第栉风沐雨，辛若备尝，致病势日见增剧。若不俯如所请，不足以示体恤！已明降谕旨，准曾国荃开缺回籍，并发去人参六两，以资调理。该抚其安心静摄，善自保卫，一俟病就痊愈，即行来京陛见，以备倚任。所有江宁善后事宜，即着曾国藩驰往江宁，斟酌机宜，妥筹办理。钦此。”
同日，奉到上谕：“浙江巡抚着马新贻补授。英翰着补授安徽布政使。安徽按察使着何景补授。钦此。”
十一日，驰折奏江南贡院修建工竣，已通饬各属，出示晓谕，定于十一月举行乡试。两江人士闻风鼓舞，流亡旋归，商贾云集，请旨简放考官。附片奏：札饬江西藩司赶办江南朱墨卷各一万八千套，定期解赴金陵。又片奏札调藩司万启琛同驻江宁，运司忠廉由泰州移驻扬州。
湖北发、捻大股围英山城。蒋凝学坚守，贼退。其一股趋太湖。刘连捷等军至太湖，贼均退回湖北蕲水、罗田之境。公札调朱南桂、朱洪章二军驻宿松、太湖，刘连捷一军驻安庆。
二十日，公弟国荃奉旨诣明孝陵致祭。
江西、浙江官军会击窜贼于广信府境，大破之。洪福瑱遁走石城。江西东境肃清。
二十五日，席宝田军追擒幼逆洪福瑱，送南昌，斩之！
二十六日，设发审局。
二十七日，驰折奏报官军驱贼出境，全皖肃清。随折奏保易开俊、唐义训、刘松山、金国琛四员。又具折奏续保彭玉麟水军、王可升陆军、青阳、溧水、高淳、东坝各案出力员弁，开单请奖。又奏续保江忠义、席宝田两军青阳案内出力员弁，开单请奖。是日，又具折奏称：安徽界连楚北，自楚师入境，叠复郡邑，按亩捐钱，支应兵差，百姓苦之。安庆克后，停止亩捐，改办抵征。现在札饬一律开办丁漕，所有从前收过抵征项下，应专案作正报销。
二十八日，札派乡试内外官员。
是月，鲍公超击贼于宁都州城外，大破之。州城解围。贼溃窜闽粤境。江西全省皆平。左公宗棠奉旨锡封一等伯爵，鲍公超一等子爵。杨公岳斌由赣州回南昌省城，奏请回湘增募陆勇赴甘肃剿办。
贼之窜广东者，攻扑南雄州；其窜闽者陷武平县城。张忠毅公运兰死之。贼遂遍扰汀州属境，陷漳州府城而踞之。
湖北发、捻大股围扑蕲水官军营盘，石威毅公清吉阵亡。
十月初一日，公弟国荃登舟回湘，公送之至采石矶乃还。初四日，公还署。
初五日，专折奏谢弟国荃开缺恩旨，又奏谢弟国华、贞干各加赏恩。
初七日，考试督署书吏。
李公鸿章委员解到上海协饷银十七万两，支发江皖各路湘军欠饷。公定议撤遣湘勇，什去八九。
十二日，具折代奏提督鲍超请假六个月，驰回四川本籍，亲营葬事，兼养伤病，令其部将宋国永、娄云庆分领霆营之众。附片奏金陵遣撤勇丁，先后回籍，沿途安帖。并报皖鄂军情，檄调刘连捷等军赴鄂援剿；调易开俊一军渡江，而北与李榕、王可升等为后路策应之师。又奏采访忠义第十九案。附片奏：安庆通判达凌阿在寿州殉难请恤，苏州从九品蒋映杓、训导梅振镳请恤，并其家属十一人。
十三日，奉上谕：“现在江宁已臻底平，军务业经蒇事，即着曾国藩酌带所部，前赴皖鄂交界督兵剿贼，务期迅速前进，勿少延缓。李鸿章前赴江宁，暂署总督篆务。江苏巡抚着吴棠暂行署理。钦此。”
十七日，李公鸿章到金陵见公。公与商裁退楚军，进用淮勇。檄调刘铭传、李鸿章等引淮军渡江而北，上援皖鄂。
十九日，奉上谕：“曾国藩奏提督鲍超遵奉前旨请假葬亲一折。已明降谕旨，赏假两月，回籍经理葬事矣。现在甘肃军务未蒇，新疆回匪日益蔓延，非得勇略出群如鲍超者前往剿办，恐难壁垒一新。着曾国藩传旨鲍超，令其俟假期一满，即行由川起程，出关剿办回匪。其旧部兵勇及得力将弁，准其酌量奏调，随带同行。从前回疆用兵，杨遇春即系川省土著，立功边域，彪炳旂常。鲍超务当督率诸军，肃清西陲，威扬万里，以与前贤后先辉映。该提督忠勇性成，接奉此旨，必即遵行，以副朝廷委任。钦此。”
二十二日，奏遵旨驰赴皖鄂交界督兵剿贼一折。奏称：臣用兵十载，未尝亲临前敌，自揣临阵指挥，非其所长。此次拟仍驻扎安庆、六安等处，派刘连捷等入鄂，听候官文调遣。檄调淮勇两军随臣西上，更资得力。附片：沥陈才竭力蹶，难胜重任。楚军出征过久，渐成强弩之末，不如淮勇之方锐。一俟皖鄂肃清，即请开各缺，调理病躯，仍当效力行间，料理经手事件。如军饷之报销，撤勇之欠饷，安置降将部众，区画长汇水师营汛，皆分内应了之事也！又折奏请于江宁省城，建立昭忠祠，汇祀湘军阵亡病故将士。附片奏广东、江西厘金全归本省经收，唯留饶州、景德镇厘金之半，拨解祁门粮台，以充皖南五军之饷。
二十五日，作《修治金陵城垣缺口碑记》一篇，立石于龙膊子山下官军攻入之处。
二十七日，奏报淮南征收盐课第一案。
是月，僧王军击贼，大破之。官文公、乔公松年调派各军防剿，招抚数万人，余贼窜德安。
广东贼陷嘉应州城、大捕县城，与闽省汀、漳之贼延扰凡数百里。左公宗棠移驻衢州，调派刘典等军分道入闽进剿。钦命刘琨典试江南，以平步青副之。
十一月初一日，委员择地修建昭忠祠、靖毅公祠。设工程局委员监督工役，次第修复学宫及群祀祠宇。
初三日，交卸总督关防。
初五日，奉到上谕：“皖省一律肃清，楚境余贼由黄、孝窜德安一带，逆数无多，楚军可敷剿办。曾国藩无庸前赴安庆，亦无须交卸督篆，仍驻扎金陵，妥筹调度。李鸿章现在入围监临，俟出围后，仍回江苏巡抚本任。钦此。”
初六日，诣贡院迎主考官入闱。
初八日，得前总督陆公建瀛遗骸，改棺重殓，公出城吊而祭之。
初十日，作《家训四条》。
十七日，李公鸿章派弁送远总督关防，公接印回任。
十八日，驰折奏交卸督篆遵旨仍回本任日期。奏称：鄂、豫、皖三省，均捻匪往来熟径，刘连捷等军宜以黄州上巴河为老营，派吴坤修料理营务；刘铭传等军宜以三河尖固始为老营，派李鹤章料理营务。又折奏续保克复金陵水陆各军随营筹饷各员弁，汇单请奖。又片奏请敕部添铸淮扬镇总兵新印，颁发来营。又片奏国子监典籍钱继文，前在金陵殉难请恤。
二十二日，会考江南拔贡、优贡。
十二月初三日，马公新贻过金陵见公。旋赴浙江任。
初六日，李公鸿章还苏州。
十三日，奏叠奉谕旨分条复陈一折：其一，前明孝陵勘估工程，目下无此巨款，应稍绥筹办。其一，李秀成供词，前有删节之处，补钞进呈。其一，张国庆忠骸，访求未得。其一，江北粮台，每月收银不过五万两。酌解甘省及留供皖军之数。其一，池州知府范先谟调省察看。凡五条。附片奏保四品京堂胡大任请旨简用。又片奏云南迤东道黄冕请开缺。又片奏知府范泰亨、主事柯铖均在营积劳病故，请恤。是日，又奏复御史刘毓楠条陈淮北盐务一折，附请展缓江南武乡试一片。
十五日，乡试揭晓，公入闱钤榜，取士二百七十三名。
二十八日，奏叠奉谕旨分条复陈一折。其一，剿办捻匪，宜用淮勇，人地相宜，淮军所用火哭，须由水路运送河南，以周家口为都会。其一，西路军务，宜先清甘肃，次及关外，楚勇离甘太远，不如川勇较近，宜用川北保宁、龙安两府之人，与甘肃风气不甚相远，臣处饷项奇绌，不能协济鲍军。其一，楚勇必须多撤，金陵守兵已裁去七千人，朱品隆、唐义训、刘连捷等军应即先撤，庶腾出有用之饷，以济西征之师。凡三条。附片奏复陈何桂珍、刘腾鸿、毕金科三员忠绩，请赐谥以表示来兹。是日，又具折奏请蠲免安徽州县钱粮杂税，并将各州县克复年月、被扰轻重，分别开单呈览。附片奏：金坛、溧阳、丹阳、宜兴、荆溪五县被贼蹂躏最甚，请豁免两年钱漕。又片奏递进江南乡试题名录。
是冬，捻匪由湖北襄阳窜扰河南之境，僧王督师追击，连获胜仗，而贼势飚忽不可制。
福建之贼踞漳州，左公宗棠督师入闽攻剿。