日本的义务教育只到初中，但大部分学生会选择继续读高中。相比小学和初中，高中的课程发生了些许变化，主要课程有：国语、地理历史、公民、数学、理科、艺术、保健体育、家庭、情报、外语（英语）课。
这里需要特别说明的是公民课和情报课。公民课的主要目的是通过现代社会、伦理、政经相关的教育，培养出热爱民主与和平的国家公民。日语中的“情報”是“信息”的意思，设置情报课主要是让学生能够适应现代的信息化社会，大致相当于中国的计算机课。除了这些主要课程外，有些特殊的私立学校还会设置宗教课程。
很多日本人觉得，和初中相比，高中更能让人结识一辈子的好朋友。很多之前上公立学校的日本学生9年间都在同一所学校上学，高中的新环境会给他们带来很强的新鲜感。另外，在日本，上了高中之后就可以开始打工了。通过打工，高中生的手头会宽裕很多。虽然各地状况略有不同，但在日本打工的时薪一般会有750～1000日元，稍微勤快点儿就能攒下一笔可观的零用钱。
进入高中之后，学生们即将成年，相比之前会拥有更多的自主性，老师也大多不会像小学和初中那样管得太严。与此同时，高中的课外活动也是多姿多彩，一年一度的文化祭就是当中的一件大事。
根据学校的不同，文化祭又有学园祭、学院祭等不同叫法，但大多都在秋季举行。在文化祭当天，舞蹈、音乐等表演性质的社团会在校园各处设置表演展示区，教室和操场则代替食堂成为全新的餐饮区，学生们会在指定场地开设纯手工的小吃店铺，有条件的学校还会在文化祭当天邀请明星前来演出助兴。除了本校学生外，还会有很多校外人士进校参观，所以这也是一个展现学校风貌的好机会。
另外一个对全日本高中生意义重大的活动叫“全国高等学校野球选手权大赛”，俗称“夏季甲子园”。“野球”就是棒球，夏季甲子园实际上就是日本的全国高中棒球联赛。
日本的棒球活动从19世纪末开始。开国之后，来日的美国人在日本开设了教授棒球的学校，此后这项运动就在日本全国普及开来。20世纪，日本民众对于棒球的关注点一直在学生棒球比赛和职业棒球比赛之间切换，日本棒球选手在国际大赛上也活跃起来。一直以来，日本主要的棒球比赛都由国内的主流报社主办。比如，夏季甲子园由朝日新闻社主办，选拔高等学校野球大会、社会人野球日本选手权大会等由每日新闻社主办，电视媒体方面则主要由NHK进行转播。
夏季甲子园发展至今，已经彻底融入了日本风俗，成为每年夏日的全民盛会。“甲子园”指的是位于大阪的阪神甲子园球场，可容纳近5万人，是日本最大的棒球场地，几乎所有顶级棒球赛事都在这里举行。因为夏季甲子园无与伦比的影响力，在日本，“甲子园”已经成为高中棒球的代名词。
夏季甲子园的参赛队伍都来自日本全国各地的高中，原则上采取一府县一校制，也就是说，日本的47个都道府县只能各选出一支代表队。但是，由于东京都和北海道的学校较多，这两地可以额外获得一个参赛名额。这样一来，就一共有49支参赛队伍。每隔5年，夏季甲子园还会举办一次十分盛大的纪念大赛。这时，在原本49支球队的基础上，埼玉县、千叶县、神奈川县、爱知县、大阪府、兵库县也会多获得一个名额，这就变成了55支队伍。在每届夏季甲子园中获胜的队伍最终将会获得光荣的大深红旗。
想要打进夏季甲子园，首先要参加地方大赛。地方大赛采取单败淘汰制，也就是说，只要输掉一场比赛就会被当即淘汰。残酷的地方大赛会从全日本近4000所参赛学校中以1%左右的晋级率筛选出参加全国大赛的决赛队伍。由于夏季甲子园一般都在8月中旬举行，对于参赛的高三球员来说，输掉甲子园就意味着自己高中棒球岁月的结束，也意味着夏天的结束。在电视转播上经常可以看见在夏季甲子园中输掉的球员掬起场地中的泥土留作纪念的场景，这已经是不知道从何时开始固定下来的传统了。
甲子园的赛场上诞生了无数令人动容的场面和意想不到的结局，因此在日本也有“甲子园里住着魔物”的传闻。2013年夏季甲子园的获胜队伍是群马县前桥市前桥育英高中棒球部，这是他们第一次打进甲子园，也是21世纪以来第二支首次入围便获得优胜的队伍。
从1993年的第75届纪念大赛开始，每一届夏季甲子园到来之前，朝日新闻社都会向全日本的高中生募集本届比赛的宣传语。比如2005年夏季甲子园的宣传语是“有想让你见证的夏天”（君に見せたい夏がある），2008年纪念大赛的宣传语是“赌在这一球之上的夏天”（この一球に、かける夏），2013年的宣传语则是“棒球让我们凝聚在一起”（野球が僕らを一つにする）。可以看出，宣传语的主题一般都和夏天、棒球相关，风格也大都热血而明朗。
除了夏季甲子园之外，日本还有一个春季甲子园，也就是前面提到过的由每日新闻社主办的选拔高等学校野球大会。春季甲子园也在阪神甲子园球场举行，一般在3月下旬召开，正好赶上高中生们的春假。与夏季甲子园相比，春季甲子园的规模要小一些，但同样拥有近百年的历史。有意思的是，与夏季甲子园使用固定曲目不同，1962年以后每一届春季甲子园的入场曲都会选用前一年在日本大热的流行曲目。比如2004年的春季甲子园入场曲选用的是偶像组合SMAP的《世界上唯一的花》（世界に一つだけの花），2006年选用的是大热日剧《野猪大改造》的主题曲《青春Amigo》，2014年的入场曲则确定为当红偶像团体AKB48在前一年发售的热门单曲《恋爱幸运曲奇》（恋するフォーチュンクッキー）。
在日本高中棒球联赛历史上，目前一共有7支队伍达成过春季甲子园和夏季甲子园的连霸，4支队伍达成了夏春连霸，2支队伍达成了春连霸，5支队伍达成了夏连霸，还有来自爱知县的中京大学附属中京高中则达成了历史上绝无仅有的夏季甲子园三连霸（1931年、1932年和1933年）。