前面的介绍都建立在一审不上诉的基础上，并没有涉及二审和三审。一般来说，在一审判决下达以后，如果败诉的一方不服，可以向更高级的法院提起上诉，再进行一次判决。如果对二审的判决结果还是不服，可以再到最高法院起诉。日本目前实行的便是这样的三审制度。那么，为什么在日本有时候会发生一审和二审的判决结果不一样的情况呢？
首先要搞清楚一场官司中审判的逻辑。简单来说，审判的第一步是整理出事实，接着在现行的法律中找出与这个事实相对应的内容，最后将这些内容作为判决结果发布出去。在一场官司里面，双方争论的焦点往往并不是在第二步，因为对应的方法是有固定规则的，无论哪一方的律师来做都会得出差不多的结果。在真实的辩论中，双方律师绝大部分的争论其实都围绕着整理事实这一步。双方都希望通过自己的举证得出符合自己这一方期望的事实结果，而结合这些事实下结论就是法官的主要工作内容。
那么法官又是怎么来认定事实的呢？日本的民事诉讼法里是这样说明的：事实认定全部基于法官自己在审理过程中形成的认识。也就是说，在事实的认定方面没有可以援引的标准，全由法官一人说了算。而实际情况是，除了双方律师提交的证据外，法官本人的成长经历、思维方式、个人成见等都会影响判决。有时候只因为一方是帅哥美女，法官就会自然地偏袒那一方。听起来是有些耸人听闻，但依照日本的司法制度，这种情况确实有可能存在。也正是因为这种不稳定性，在日本一审和二审常常会得出截然不同的判决结果。在法律上，二审的判决结果具有优先级，但实际上二审并不一定比一审更加公正。
当然，从整体上来说，日本法官的事实认定还是有一套规范的标准的。简单来说就是，刑事案件倾向于有罪，民事案件倾向于形式。
有一个调查称，日本所有诉讼中的有罪率为99.97%。这个数字意味着，只要有人告你，你几乎就会被认定为有罪。这种情况在“电车痴汉”一类比较难认定事实的刑事案件中尤其多，这其中就有过不少被对方误会是痴汉而被告上法庭，最终以有罪判决告终的冤案。造成这种高有罪率的原因之一便是，法官们在刑事案件中倾向于判定有罪，而民事案件则稍有不同。
在民事案件里，法官的行事作风大多比较形式化。通常来说，谁主张谁举证，如果原告一方没能举出强有力的证据，而被告一方死不认罪，对于原告来说这场官司就很难打赢了，因为法官很容易会把原告败诉的原因归结为原告没有履行好举证的职责。另外一个对原告不利的地方还在于，相比刑事案件，民事案件里证人作伪证的可能性要大很多。
在庭审中，证人在发言之前一般都会宣誓证言真实可靠，如果撒了谎就要接受法律的追究。法律上是这么规定的，但在现实中，即使有人作了伪证，也很少被真正立案。1995年，在东京发生了震惊世界的“地铁沙林毒气事件”，而在案件审理过程中，奥姆真理教的上佑史浩因对真理教的购地案作了伪证，最后被司法机关以伪证罪的罪名逮捕并被判三年有期徒刑，这在日本已是暌违几十年的伪证罪立案了。一般来说，即便法官认定某位证人在撒谎，也不会当庭宣判“你在作伪证”，只是不采信证人的证词，这便是民事案件中原告所面临的困境。