一个天才可以在政坛掀起一番波澜，却很难真正长久改变政治这片大海的实际生态。虽然田中角荣提出了大胆的构想，不过在实际的实施当中却面临着各种各样的问题。
首先，在《日本列岛改造论》横空出世后，日本各地开始出现“列岛改造热潮”，只要是被视作改造的候补地区，当地就出现了土地的抢购狂潮，造成地价急速攀升。加上1973年恰逢第一次石油危机[1]，石油价格暴涨导致日本这个纯石油进口国出现了严重的通货膨胀。日本政府不得不采取紧缩货币政策，列岛改造的步伐被迫放缓了。
其次，田中角荣的资金运作方式也为人诟病。田中本是从建筑行业起家的，在建筑行业根基很深，关系广泛。在日本列岛的改造狂潮中，很多建筑公司都盯上了这稳赚不赔的国家项目，把工程包给哪家公司，哪家公司就能赚得盆满钵满，所以很多公司开始贿赂政客。1973年，日本政界就已经有很多人怀疑田中接受了贿赂，他陷入了政坛大忌——“黑金政治”的旋涡。1974年10月9日，日本《文艺春秋》杂志第11期上刊载了一篇《田中角荣研究——他的财源和人缘》的文章，揭露了田中巨额资产来源的疑点，同时质疑田中私生活不检点。加上当年7月，田中政权的左右手——三木武夫和福田赳夫同时辞职，田中角荣终于不堪重负，宣布辞职。
然而，“黑金政治”并没有就此结束，1976年田中因为另一桩贿赂案甚至被关进了监狱。1976年2月4日，美国参议院外交委员会的听证会上，曝出了美国飞机制造商洛克希德公司为向国外推销飞机而以各种名义行贿外国政要的事实。之后的调查证实，洛克希德公司通过日本的代理商丸红公司向日本政界人物赠送了巨款，检察官还发现了一张领受人为田中角荣的5亿日元的收据。7月，日本东京地方检察机关以此为依据，对田中提起了诉讼，并对他进行了逮捕。8月17日，田中角荣缴纳2亿日元保释金后被取保候审，但是这短短的一个多月时间，也使田中成为日本历史上唯一一个坐过牢的首相。这之后，田中角荣组织了强大的律师团为自己辩护。案件审理期间，还经历了关键证人田中角荣的司机自杀、秘书翻供等各种各样的情况，检察方和被告进行了一轮又一轮的较量：1983年10月12日，历经7年审判和数百次的开庭后，法院认定田中角荣受贿，判处其四年徒刑，罚金5亿日元，田中角荣当场上诉；1987年经过二审，东京高等法院维持原判；其后田中角荣又提起上诉，1995年日本最高法院做出终审判决，驳回二审上诉，维持原判。而此时，田中角荣已病逝将近两年。至此，这起日本历史上旷日持久的马拉松审判，在历时19年、耗资6亿日元后，终于落下帷幕。
田中角荣下台后，日本政治又落入了一帮世袭子弟的手中，政坛的选举又回到了传统的三个“帮”路数上。从2000年到现在的11人首相中，森喜朗的祖父和父亲都担任过石川县的县议员，他之后是小泉纯一郎、安倍晋三、福田康夫、麻生太郎、鸠山由纪夫，都来自政治豪门。之后的菅直人首相算是出自平民家庭，然而他当选首相却也是在前任鸠山黯然下台、民主党政权支持率大跌的时候，可以说是个“救火队员”，而他的内阁实际上只持续了不到1年。之后的野田佳彦首相也是平民出身，但他的政权也只坚持了1年多，就被安倍晋三带领的自民党赶下了台。11位首相中，只有二人是平民出身，而他们都出自已经被赶下台的民主党。无论是当权的首相，还是众议院、参议院的议员，可以说日本政坛的大形势，依旧处在世袭政治占主导的“拼爹时代”。
[1] 由于1973年10月第四次中东战争爆发，石油输出国组织（OPEC）为了打击对手以色列及支持以色列的国家，宣布石油禁运，暂停出口，造成油价上涨。当时原油价格从1973年的每桶不到3美元涨到超过13美元。