靖国神社的前身是“东京招魂社”，1869年8月6日在东京九段坂建立，10年后才正式改名为靖国神社。
当时新政府军在“倒幕”的旗帜下战胜了德川幕府军。为了祭奠那些在战争中牺牲的将士，明治天皇决定在东京举办一场镇魂的祭祀活动，东京招魂社也就由此紧急修建了起来。1869年6月28日，3588名战死的新政府军将士进驻了东京招魂社。从此，东京招魂社专门祭奠为国牺牲的将士。至于幕府军那边的战死者，由于统一被认定为“贼军”，所以并没有受到同等待遇。
德川幕府军投降之后，局部的内战还没有结束。1877年，日本西南战争中又出现了6000多名战死者，东京招魂社内供奉的神祇数量由此暴增。政府便借着这个机会，把东京招魂社从“社”升格成了“神社”。到了1879年6月4日，东京招魂社正式改名为靖国神社。“靖国”二字出自中国史书《左传》中“吾以靖国也”这句话，意思是使国家安定。靖国神社的改名通告由明治天皇亲自下达，规格也随之进一步提升，能够入驻靖国神社在当时几乎成了每一名战死者所能获得的最高荣耀。
从1874年开始，明治天皇开始在靖国神社进行例行参拜。在那之前，日本天皇参拜的一般都是祭祀自然神的神社，像这样直接参拜一个以“臣民”为主要祭祀对象的神社算得上是极为特殊的情况了。在此之后，日本皇室的皇族们也逐渐开始在靖国神社进行参拜，靖国神社由此慢慢成为天皇崇拜和军国主义推广的一个重要助力。
靖国神社平面图
同时，由于之后甲午中日战争、日俄战争接连爆发，靖国神社内供奉的战死者也随之一路激增，日俄战争结束后战死者几乎达到9万人。差不多从这个时候开始，靖国神社中的战死者被统一叫作“英灵”，指的是向天皇尽忠之后战死的“护国英灵”。甲午战争以来，战死者数量持续增加，皇室成员的参拜也变得更加频繁。另外，由于大量战死者的家属开始上京参拜，靖国神社的接待人数也暴涨。1926年靖国神社的参拜人数大约有130万，这个数字在1939年达到了1280万，增加了将近9倍。一直到日本战败为止，靖国神社在日本国内的热门程度几乎和伊势神宫不相上下。
战败之后日本全境由GHQ接管，昭和天皇发表了宣告自身为人的《人间宣言》，靖国神社也从国家机关转型为民间的宗教法人。一直到1952年4月GHQ结束占领，这期间天皇和皇室成员一次都没有参拜过靖国神社。占领结束的同年10月，昭和天皇就和皇后一道参拜了暌违7年之久的靖国神社。在那之后，参拜又陆续进行了6次。
1969年是靖国神社创立100周年，天皇和皇后结伴出席了100周年纪念大祭，日本民间开始出现一些反对的言论。受到舆论的影响和1978年甲级战犯进驻靖国神社的原因，1975年在靖国神社举行的终战30年临时大祭成了天皇的最后一次参拜。在那之后，天皇及皇室成员再也没有出现在靖国神社。
接着说回战后初期靖国神社的转型。
1945年8月15日，日本天皇广播完“玉音放送”之后，靖国神社内聚集了大量的参拜者，很多参拜者跪坐在参道上痛哭流涕。这样的情形一直持续了好几天，直到GHQ加强警备之后才得到缓和。由于废除国家神道的整体指令，GHQ对于靖国神社的态度在开始时十分强硬，当时有人甚至提议直接放把火烧掉。
如何处置靖国神社的问题终于在第二年有了眉目。GHQ设立了神社本厅这个民间宗教团体，专门用来接管“政教分离令”颁布后的全日本的神社。当时的规定是，所有神社如果不在半年内向所在地方政府提交转型为宗教法人的申请，就将被解散。这个措施实施后，当时全日本10万家神社当中有九成都顺利转型成了宗教法人，而且大部分都受神社本厅直接管辖。而靖国神社不受神社本厅管理，作为一个独立的宗教法人重新进入人们的视线。