“神道”这个词第一次出现是在《日本书纪》中。为了和当时盛行的“佛法”区分开来，朝廷选用了汉语中的“神”和“道”来对应“佛”和“法”。当然，神道在那之前就已经存在了很长时间，只是祭祀神明对于古代的日本人来说是一件再理所当然不过的事情，所以连一个用来表达其意思的古典日语都没有被造出来。同时，也正是因为神道是一个自由甚至可以说是随意的宗教，在日本历史上的很多阶段，神道都被当作一种政治工具，统治者们会按照自己的政治意图来定义它。
7世纪初，圣德太子提出了“国家祭祀”的概念。在这之前，大和朝廷和地方豪族祭拜各自的神，互不干涉。但是为了加强中央集权，朝廷采用了两个政策：一是前面提到的神话体系的建立，二是把皇室的祭祀推广成全国性的祭祀。不过管制并不是十分严格，地方豪族仍然可以同时祭拜以前的神。
平安时代，武士阶级取代了地方豪族，成为日本社会最有力的支配者。由于当时的镰仓幕府很看重祭神的传统，武士们在各自的领地里建立起了包括八幡宫在内的大量神社，全国的大部分神社几乎都在武士的保护下繁荣发展了起来。但到了战国时代，由于天下大乱，很多领地里的神社都失去了一直以来看守的武士，这对于接管了这片领地的大名来说是个伤脑筋的问题。
位于偏僻农村的小神社可以让当地的农民代替武士们来继续运营，但那些历史悠久的大神社就不行了。大名最后采取的办法是把剩下的所有神社都收归自己的管制之下，但一个人不可能去祭祀多个神社，于是大名就把那些因为领地失陷而到处流浪的武士聘为神社的管理人员，这便是最早的神职人员了。
室町时代后期，京都的吉田神社里一个叫吉田兼俱的人开创了吉田神道的流派，把“神佛习合”造成的佛教和神道一高一低的地位反转了过来。也就是说，吉田神道认为神道是比佛教高一等的宗教。这种思想在后来得到了德川幕府的认可，一时之间，吉田家成了全国神职的指导者。
另一个在德川幕府时期发生的大事件就是朱子学的盛行。朱子学是中国南宋思想家朱熹创立的儒家流派，当时受幕府保护的神社和寺院为了支持武家统治，选取了朱子学中的学问和思想来为武家护航。很快，朱子学渗入了日本社会的各个阶层。同时，朱子学的学者们开始尝试把神道纳入朱子学的体系里面，用朱子学的手法对神道进行了全面的解释。
到了17世纪末，为了对抗成为德川幕府思想支配工具的朱子学，另一股思想开始萌芽了，那就是“国学”，这是指在中国的各种思想进入日本之前就存在于日本社会的思想观念。国学学者们提倡弃读《论语》这样的儒教经典，而是把日本本土的《古事记》当作经典来研究。有的学者主张把包括朱子学在内的这些外来影响消除，还原出最原始的神道思想。有的干脆对佛教进行了彻头彻尾的批判，认为这个外来宗教和日本自古以来的精神不合。
国学的研究者们最终精炼出的两个观点就是“皇国尊严论”和“日本本源论”。前者把天皇看作最尊贵的存在，后者则认为日本是世界各国中最伟大的国家；前者可以简化为“尊皇”，后者可以理解成“攘夷”——这不就是“尊皇攘夷”嘛。这两个观点也的确在明治维新时期成了“尊皇攘夷”运动的思想来源。
国学中“尊皇攘夷”的思想发展到最鼎盛的时候，日本迎来了德川幕府的倒台和明治维新的开始。但明治政府对国学中的观点持保留意见，虽然借着“尊皇攘夷”运动成立了新政权，却并不打算实行国学中所提到的日本古代的天皇亲政。他们在政府机构中起用了很多了解外国学问的人，利用欧美先进技术来实现富国强兵。除此之外，明治政府也做了不少顺应民意的举措，神佛分离就是其中很重要的一项。
从平安时代开始的“神佛习合”让神道和佛教之间的边界变得模糊不清。有的神社在神的面前念经，有的僧人还会在神社举办神道的仪式。“神佛分离令”（即“神佛判然令”）发布之后，日本民间很快掀起了废佛毁释的运动，就是烧毁寺院、佛经、佛像等一系列行动。在这期间，全日本大概有一半的寺院遭到破坏而变成了废寺。
1871年，明治政府宣告“神社必须举办国家祭祀”。之后各种相关政策陆续颁布，神道就这样一步步走上了国家宗教的神坛。这时期，全日本的神社都依照县社、乡社、村社等序列进行统一管理，神职人员的工作内容被限定为只能举办祭祀，不可以私自布道。所有的神社都为国家举办祭祀活动，指导国民尊敬天皇、端正行为。
这种对全国神社进行统一管理的体制直到1945年“二战”结束才真正告一段落。神道就是这样被当权者选择性地阐释、利用，在不同时代呈现出了不同的面貌。