所谓参拜，其实从穿过鸟居的那一刻起就已经开始了。在进入神社境内之前，预先把帽子、大衣、围巾等脱下来是基本的礼仪。因为鸟居是神域和人间的分界，穿过鸟居实际上就是一个祛除污秽、净化心灵的过程。
如果身上的污秽太重，光靠鸟居无法净化，就要依靠一种叫作祓禊的仪式，就是在神明面前用清水洗净身上的污秽。伊势神宫的祓禊非常气派，五十铃川横穿过参道，人们可以在河边通过洗手洁净心灵；一般的神社里也会在手水舍专门进行祓禊。
参拜者在手水舍用水盆盛满水，首先用右手拿起勺子，舀起清水清洗左手，再换手清洗，最后再把勺子换回右手，用左手的掌心盛起一些水来漱口，漱完之后整个祓禊仪式就结束了。最忌讳的是用嘴直接去喝勺子里的水，不仅步骤不对，而且非常不雅观。
大部分神社的拜殿正面上方都会悬挂铃，因为古时候的日本人相信铃声可以招来神灵、驱散恶灵，参拜者通过摇动垂下来的布来振动铃就能起到镇魂的作用。铃的下方有一个赛钱箱，人们可以投放一些零钱，也叫作赛钱。现在很多人把赛钱当作给神社的捐款，但在最开始这其实是人们因私人目的而交给神社的财物。古人认为交赛钱是在赔偿自己的污秽曾经带来的损失，有这种心理的参拜者会自发地把各种物品献给神。
神社里还发放避除灾难的护身符以及预知未来运势的神签，这跟佛教差不多。在这之后就是俗称“二拜二拍一拜”的拜礼，也是参拜的最终步骤，就是先鞠两个躬，再拍两下手，最后再鞠一个躬。鞠躬和拍手都是古人的规矩，鞠躬表示对对方的尊敬，拍手则是在说“见到你很高兴”。一直以来，日本人就是在用这些人类社会的交流方式在和神进行着沟通。
对于虔诚的信徒来说，参拜必须定期进行，一般都是在每月的1日或者15日。即便繁忙到不能坚持每个月都去，每年新年时也必定要去进行参拜。