日本的医疗制度比较完善，但日本国民和医生也有怨言。日本媒体就曾讽刺日本的医院“排队三小时，看病三分钟”。在日本的大医院，排队也是司空见惯的事，只是不会出现患者通宵排队等待挂号的现象。日本人生病之后大都先到附近的个人诊所就诊，如果确属大病需要综合检查或住院治疗，诊所会向患者推荐合适的大医院。
关于医疗费，日本舆论也存在各种争议。此前日本国内曾出现过“医疗费亡国”论，意思是说政府为国民的医疗费支出得太多，长此以往将导致国家灭亡。日本政府也意识到了这一问题，于是在2003年将普通国民医疗费的自付比例从过去的20%提高到了现在的30%。对此日本医疗界强烈反对，认为这么做并不能节约国家的医疗开支，因为这样一来，人们在生病之后为了省钱往往不会马上去医院，导致病情恶化，结果需要花更多的医药费。不过日本政府还是坚持提高了个人自付医疗费的比例，还相应提高了老年人的自付比例，这也受到了一定程度的批评。
日本医疗体制目前面临的最大问题应该是医生不足，尤其是妇产科和儿科的医生缺乏。由于早年间行医在日本是收入很高的工作，所以20世纪70年代出现了医科大学或医学院激增的现象，为了防止医生过多导致医疗机构间竞争激烈，从80年代中期开始，日本政府大幅减少医学专业的学生规模，导致目前日本某些地区医生大量缺乏。与大城市相比，偏远的山村和小的岛屿由于交通不便等原因，医生数量也往往不足。而在外科、妇产科和儿科等领域，由于工作压力大、容易出纠纷等原因，医生也很缺乏。