日本料理中最有名的有4种，其背后也有相应的群体文化和历史背景。
先说说日本的皇宫菜系。和中国皇家的御膳房一样，天皇周围也有专门的厨师团队，这个团队的负责人叫“大膳职”，他负责管理各地进献给天皇的珍馐美味，并且全权掌管皇宫内的膳食供应。在“大膳职”下面，有负责做饭的“膳部”、负责捉鱼的“杂户”、负责酿酒的“造酒司”、负责种菜养鱼的“园池司”……“膳部”以下的内膳司中，掌勺的是高桥家族。日本野史文章《高桥氏文》中说，高桥氏的始祖磐鹿六雁命为景行天皇献上了鲣鱼和白鱼，然后用凉拌、蒸煮等方式做了料理，天皇吃后心情大好，还赐姓他“膳臣”；《日本书纪》里也有类似的记载。于是高桥家被奉为日本料理的始祖，这大概是日本平安时代初期的事情。后来，由于政治稳定、国力强大，上层贵族越来越富足，就开始在宴席上大讲排场。在保元元年（1156年）的一场贵族宴席上，为了给贵宾制作高级料理，据说厨师提前9天就开始了准备工作。当时的日本料理就已经非常注重刀工，日本古书《古事谈》上说，一个叫藤原家长的贵族为了招待客人，专门把精通刀工的厨师从厨房叫到厅堂之上，让他当着客人的面做菜。
制作精美的食物当然要配上精致的餐具，比如平安时代就开发出了金、银、铜、漆、瓷等各种材质的餐具，还会在餐具上做出复杂的造型，总之就是极尽奢华。在这个阶段，重视刀工和食物的摆放、使用讲究的餐具等日本料理的特点就已经基本定型了。皇宫菜系奠定了日本料理的基础气质，即精美的食物、优雅的餐具，还有注重色彩搭配和摆放方式，无怪乎有人说日本料理是“用眼睛吃的食物”。
第二种是寺院料理。在平安时代之后的镰仓时代，佛教作为庇护国家的宗教已经在日本定型，寺院遍布日本，很多有影响力的寺院经常做法事。无论是向众神和佛祖献上祭品，还是用素斋招待香客，寺庙里都少不了做饭这项功课。日本本土宗教神道教相信“万物皆有神”，原本就有祭神的传统，把祭祀神仙的料理叫作“神馔”，所以在祭祀之前，要先把食物摆上，把各路神仙引出来，然后才方便进行祭祀活动。制作神馔的是沐浴更衣后的神职人员，他们怀着敬意细心地加工各种新鲜美味的食材，力求用色彩鲜艳的食物吸引神的注意。后来佛教传入后，神道教不但没有消失，反而与佛教和谐共存。不过在祭祀这方面，佛教和神道教很不一样：神馔的材料里有肉类，而佛教是倡导吃素的，佛事的祭品和斋饭都是素菜。由于佛家倡导“远离肉食，精进洁齐”的饮食，在日本也把佛教的料理叫作“精进料理”，把素菜、谷物和海藻之类的食材叫作“精进物”。日本和中国围绕着佛教的交流很频繁，比如鉴真东渡、遣唐使入唐等，中国僧人素斋素饭的做法也传到了日本，这对习惯了生鱼片、保持食材原汁原味的日本料理是个巨大的冲击，也是对日本料理技术的重大补充。总之，精进料理与之前的传统日本料理截然不同，它传入日本并稳定之后，日本料理中才有了比较复杂的料理方法。
第三种料理是日本武士的饭菜，叫作本膳料理，也出现在镰仓时代。在平安时代后期，贵族之间征战不休，将军和他们手下的武士显得越来越重要。到后来，武士阶层甚至掌握了实权，代替天皇进行统治，这就是日本的幕府时期。因为幕府设立在镰仓，所以前面提到的镰仓时代其实就是日本武士当政的时代，算是古代的军政府。武士原来都是士兵，吃的饭菜也极为简单。据日本文献记载，镰仓幕府第五代掌门人北条时赖去拜访他手下的重臣足利义氏，主人足利家只拿出了鲍鱼干、虾和豆沙团子三道菜，配上清酒就是一顿简单的酒宴，参加宴会的也只有足利夫妇和一位陪同的僧人，可见当时武士的饮食还是非常简朴的。不过，武士阶层渐渐上位，一方面获得了越来越大的权力和越来越多的财富，另一方面为了把国家治理得有模有样，也不得不向贵族们学习政治、文化的方方面面，于是武士们曾经清贫简朴的菜单，就逐步向贵族们靠拢了。1528年写成的日本古籍《宗五大草纸》中，记录了本膳料理的成熟形态，一共有15或17道菜，食材主要是鸡鸭鱼肉。本膳料理从皇宫料理中继承了丰富的食材，又从精进料理中吸收了其精细的料理方法，算是日本料理发展历史上一个小小的里程碑。即便在今天的日本，本膳料理也是非常高级和正式的菜肴，一般只在婚丧嫁娶等重要的场合才会出现。
日本菜的最后一种完整保留到了今天，也是传统日本料理的典型，这就是怀石料理。“怀石”这个名字是有来历的。古代日本僧人在进行清修时，如果肚子饿了，就拿一块加热了的石头放在怀里，以减轻饥饿感。怀石料理的特点也是饭菜量很小，只够垫垫肚子而已。有意思的是，怀石料理的出现，与日本茶道有着千丝万缕的联系。茶最早是中国人发明的，在镰仓时代，荣西禅师把茶树种子从中国带到了日本。荣西是日本佛教的著名流派临济宗的开山始祖，影响力很大，茶就借助佛教的巨大力量，迅速成为大和民族眼中的上等饮料，备受追捧。茶叶变成了寺院的必需品，寺院也开始举行茶会，这就是日本茶道的开始。
日本茶道的宗师名叫千利休，他出生于1522年，这时饮茶已经成为日本人的习惯，社会上也出现了各种门派的茶道。千利休从小出家为僧，一直对茶道很有兴趣，17岁时开始拜师学习茶道技法，后来得到了一个流派“寂茶”的真传。千利休先是做了织田信长的首席茶艺师，在织田信长死后转而侍奉丰臣秀吉。1585年，千利休63岁时，丰臣秀吉在皇宫开设茶会，准备向正亲町天皇献茶，然后就任关白并接受天皇赐姓“丰臣”。同样是在这场茶会上，天皇赐给了千利休“利休居士”的称号。受到了天皇的官方认可，千利休所倡导的茶道自然超越了其他流派，成为日本茶道的正宗。从“寂茶”这个名字不难判断，这是一种讲求质朴、反对铺张浪费的品茶方式。日本茶道今天也是一样，一般是两位身着素色和服的茶师安静地制茶，茶室朴素典雅，茶具也都古朴简单，这些标准都是从千利休那时开始形成的。
在千利休之前的茶会上，喝茶是次要的，大家聚在一起主要目的是吃大餐，茶只是酒足饭饱之后的消遣；而千利休主张茶会回归品茶本身，为了使品茶成为主角，料理应该是茶的补充，而且要符合茶道朴素的风格。千利休把茶会的奢侈饭菜变得十分简单，一般就是两菜一汤或三菜一汤，怀石料理就此诞生。
怀石料理分量是少，品质可一点儿也不含糊。为了让远道而来的客人先垫垫肚子，又不能喧宾夺主抢了之后茶会的风头，怀石料理的讲究很多。第一是要在适当的时候把热菜端上来，要求不凉不热正好吃；第二是要在有限的菜肴里尽到待客的礼数，一定要选取最应时应季的食材；第三是味道要清淡，不能过甜过咸，因为这会破坏客人的味觉，毁掉之后的茶会；第四是要注重餐具的色泽，应该质朴大方，符合茶道的一贯风格。
直到现在，茶道在日本社会都很流行。茶道和华道是很多日本女校的必修课，也有大户人家的小姐专门拜师学习这两种传统技艺，因为这很能培养和体现一个人的修养和性格。伴随着茶道诞生的怀石料理也同样完整地流传到了今天，并且奠定了传统日本料理中的很多基本原则，比如清淡质朴的口感、重视使用应季的新鲜食材等。别看怀石料理分量小，在日本作为高级料理可是一点儿也不便宜。在东京一家坚持传统做法的怀石料理店——京柿传，一份盒饭就要5 000日元（合282元人民币），迷你怀石料理要8 000日元（合451元人民币），一整套有小菜、抹茶、水果和怀石料理的套餐则要20 000日元（合1 128元人民币），而且有的人可能还吃不饱。