在电影、戏剧、动漫、小说和游戏之中，“新选组”这个名字经常出现，大概是人们最熟悉的幕末剑客团体。比如新选组那面“诚”字大旗，以及他们扫荡攘夷志士以换取金钱玩乐的行为。自从井伊大老不经过天皇而擅自与西方列强签订通商条约以来，各藩武士之间兴起攘夷风潮，就连“安政大狱”的镇压也压不下这股热潮。后来井伊大老被暗杀，幕府先是陆续平反“安政大狱”的受害者，接着还把“安政大狱”中入狱的武士放出来，与招募的浪人一起训练成“浪士组”，以对抗当时京都的“天诛”。而当时在江户很有名气的浪人清河八郎就被幕府聘请担任浪士组的领导人。这群浪士组成员鱼龙混杂，三教九流都有，很多人进组只是想混口饭吃，内心并没有什么政见，谁能让他们吃饱饭谁就可以是他们的主人。清河八郎管理的浪士组共有两百多人，后来成名的芹泽鸭（水户派）和近藤勇（试卫馆派）都是浪士组的成员。1863年2月，幕府第14代将军德川家茂上洛拜见天皇，准备商量联姻的事。上一次幕府将军上洛已经是两百多年前的事了。江户到京都有370公里远，护卫将军的排场自然不小。清河八郎的浪士组也是护卫成员，只不过想要以浪士组的身份拜见将军几乎不可能。
新选组
创立：1863 年
废止：1869 年
所属：江户幕府
人员：最开始24 名，最多时达到
200 多名
工资：
（根据《新选组永仓新八》）
局长50 两、副长40 两、副长
助勤30 两、平队士10 两
所在地：
京都
主要战历：
池田屋事件
禁门之变
三条制札事件
油小路事件
天满屋事件
戊辰战争
到达京都后，浪士组分居在三个不同的地方。不过待了没几天，清河八郎带领的部队就回江户了。实际上那时清河八郎已经有反悔的意思了，他在到达京都当晚就对同伴说：“我们浪士组虽然是被幕府招募的，但我们终究是浪人，不能光靠幕府养活。我们要做‘尊皇攘夷’的急先锋。”不过幕府可没打算放过他。清河回江户不久就被幕府派人暗杀，他带回去的浪士组也形同瓦解，当初的浪士组只剩下留在京都的芹泽鸭和近藤勇两伙人了。
当时在京都的浪人大致上可以分为两类：一类以芹泽鸭、近藤勇为首，想为幕府效命；一类就是以“天诛”恐怖手段造成京都人心惶惶的浪人。最后京都官方采取了“以浪人制浪人”的办法。也就是说，收编芹泽鸭、近藤勇这些人来压制一天到晚想着“天诛”的另一群浪人。1863年3月，浪士组经过收编、扩编后正式开始担任京都的治安维持工作，而芹泽、近藤就成了组内的老大。
不过这时的浪士组还不足以让搞“天诛”的那帮浪人害怕，主要是因为内部有严重的对立。芹泽鸭的水户派仗着剑术高强，经常向京都商家勒索保护费，纪律败坏；而近藤勇的试卫馆派早就想对水户派下手，取得组内的领导权。双方虽然没有正式决裂，但是冲突一触即发。终于，在芹泽鸭等人又一次向商家打劫后喝得不省人事时，近藤带着几个兄弟上前发动突然袭击，芹泽当场死亡。
于是浪士组正式更名为“新选组”（或“新撰组”），近藤也就顺理成章成了新选组的领导人。
新选组扬名立万靠的是1864年6月5日发生的池田屋事件。当天晚上，近藤带着两队新选组成员在一个叫池田屋的旅馆内和20多个攘夷志士发生战斗。最后攘夷志士们不是当场战死就是伤重而死，再不然就是后来被捕并遭到处决，几乎没有漏网之鱼。乱战中新选组虽也有伤亡，但相较于对方来说损失极小，可以说是一场完全胜利的突袭战。池田屋事件之后，新选组的“诚”字大旗和浅葱色队服让攘夷派闻之色变，而以近藤勇为总长、土方岁三为副长的组内领导结构也在这场战役之后确定下来。
新选组的风头还没出完，一个多月之后的一场“禁门之变”再次把新选组推上声望的高峰。当时长州的攘夷派与幕府军在京都打巷战，新选组虽然由浪人和农民组成，但是在捕杀战败落单的攘夷派时表现出了非凡的战斗力，战役一结束就接连得到幕府的巨额赏金。1864年可以说是新选组最为风光的一年，组员在这一年狂增到250名左右。
近藤勇虽然是浪人出身，但是有很远大的抱负。他希望把新选组训练成一支正规军队，然后用这支军队为幕府建功立业，自己也能成为武士，甚至是大名。为了达成这个目标，近藤和土方制定了非常严苛的制度：
一、不可违背武士道。
二、不可擅自脱离组织。
三、不可私下筹款受贿。
四、不可擅自诉讼调停。
五、不可无故私斗。
凡违反上述规定者，一律切腹谢罪。
但是对于新选组中出身浪人和农民的多数成员而言，进组其实只是为了吃饱饭甚至赚笔钱，然后在家乡父老面前炫耀一番而已。也就是说，对他们来说，跟成为武士相比，过得自在才是重点。所以在制度制定后不少成员脱队，这恐怕是近藤、土方等人始料未及的。
1866年萨摩和长州结盟，政局对幕府更加不利了。而在新选组内，尽管制度上规定脱队者杀无赦，仍有不少人脱队。到了这个时候，组内成员多半也都知道幕府的灭亡只是时间问题了，他们并非将军的世袭家臣，并没有与幕府共存亡的义务。1867年萨长同盟正式开始讨伐幕府，近藤决定将所剩的队员一起投入到与萨长军的决战中。但事与愿违，在幕府军大败之后，新选组跟着撤退到了江户，一部分成员在这时也选择了脱队，新选组可以说已经名存实亡了。但近藤等人还是决心贯彻自己的意志，希望能以武士的身份光荣战死。
在那之后，近藤又以新选组总长的身份与萨长军交战了两次，可惜两次都遭到败北，最后被萨长军斩首。值得一提的是，近藤勇之所以被斩首，倒不完全是因为新选组的关系，而是因为当时的萨长军认定他是暗杀坂本龙马的幕后主使人。
近藤死后，土方继续率领新选组的残部一路往北去，途中经历宇都宫、会津两次惨烈的战役，不肯服输的土方在会津战役结束后继续随着幕府的舰船前往北海道，他已经打算战死在那里。若纯以海军战力来看，刚抵达北海道的幕府原本实力在萨长军之上，但是后来萨长军向西方列强购买了新舰船，形势很快发生逆转。1869年5月，陆海军皆占优势的萨长军进行了最后的总攻，土方岁三战死，日本的内战就此宣告全面结束。
土方岁三之死不仅是新选组一个暗杀组织的结束，更是用刀、用剑、用暗杀手段解决一切纷争的时代的结束。