“幕末”特指德川幕府的统治末期。几乎与中国同时锁国的日本，也几乎在同一时间开国。那个时候流行一句话叫“上喜撰唤醒太平梦，喝上四杯便再难眠”。“上喜撰”是一种高等茶叶，刚好和日语中的“蒸汽船”同音，这句话是说美国的蒸汽船开来之后日本人的太平梦就碎了。
有了中国战败的前车之鉴，日本不敢与美国开战，对美国恫吓性的要求照单全收。结果美国尝到了甜头，紧接着要日本开港。幕府面对开港的要求不敢擅自答应，于是向外国使节推托，说要得到天皇的同意才能批准。一时之间天皇的地位突然变得重要起来，幕府希望天皇能够点头答应对外开港，而讨厌外国人的藩[1]又想方设法阻止幕府和朝廷接触，就这样，两百多年来被晾在一旁的天皇和朝廷突然变成了抢手货。
当时的孝明天皇自然不愿意西方“蛮夷”进入日本神国，迟迟不肯点头，而幕府外有西方列强的逼迫、内有天皇的不配合，内外交逼、左右为难。眼见列强规定的期限日日逼近，天皇的敕令仍不见下来，怎么办呢？迫于无奈的幕府于是指定了藩主井伊直弼担任“大老”这个职位。大老是幕府的一个临时性官职，在紧急情况下选出一人担任，可总揽大权进行独裁。井伊大老虽然是藩主，但其实是亲幕府派的，他上台之后不等天皇的敕令下来就与美、英等5个国家签下了通商条约，从此日本正式对外开放通商口岸。
这下子井伊大老可不只得罪了天皇，就连幕府及各藩也有不少人不待见他。井伊觉得要是继续让这帮人说自己的坏话肯定会有损幕府的威信，于是决定下令镇压，这就出现了整个幕府时代规模最大的文字狱“安政大狱”。这场文字狱上自皇族，下迄平民百姓，谁敢批评幕府是软柿子，一律予以处分。表面上看幕府通过“安政大狱”镇住了那些想造反的人，但实际上，好多藩借此找到了反对幕府的口实，之后他们就打着“尊皇攘夷”的旗号，名义上是为了反对西方各国的入侵，暗地里却跟朝廷合谋准备推翻幕府。
在这之后就发生了著名的暗杀事件“樱田门事变”，井伊大老作为首要目标被“尊皇攘夷”派的志士[2]们暗杀了。在那之后幕府就真正开始为自己的存亡担心了。为了维护统治，他们沿用了老祖宗的老招儿——跟皇室攀亲。具体说来，就是让年轻的第14代幕府将军德川家茂迎娶孝明天皇的妹妹，不过后来证明这是一个损招儿。因为将军与皇室通婚在日本历史上是头一遭，所以当时反对的声浪相当大，幕府的声望反而降低了。
当时长州藩对待外国人特别偏激，极端到连天皇也有点儿无法忍受。后来天皇干脆命令皇居里长州的守卫全都离开京都，结果不甘心的长州藩在第二年打算率军反扑，这么一来，公然作对的长州藩就算得上是朝廷的敌人了，也就是“朝敌”。
而幕府正等待着这个大展身手的机会。很快，幕府就号召全国各藩来讨伐沦为“朝敌”的长州。最终长州在节节败退中向幕府军投降了，这便是第一次长州征讨的经过。
打赢长州之后幕府相当得意，又渐渐恢复了荣光，一些藩又看不顺眼了，其中就有在第一次长州征讨中加入幕府一方的萨摩。1865年，长州成立了以倒幕为目的的新政权，这逼得德川家茂进行了第二次长州征讨。而这一次，萨摩站在了长州这边。因为第一次征讨，这两个藩当时结下了很大的梁子。而在鼎鼎有名的倒幕派志士坂本龙马的斡旋下，萨摩和长州终于在幕府进军之前正式结成同盟。这时，长州通过萨摩向英国购买了最先进的武器，尽管在兵力上落后很多，却已经能够痛击幕府军了。不巧德川家茂在战争中病逝，幕府军只能悻悻地退兵。
家茂病逝后没过几个月，天皇也跟着驾崩了。这样一来，幕府失去了最后一道护身符，这也正是倒幕派起军的最佳时机。但这时，坂本龙马又出现在了众人面前。他认为武力倒幕会让日本陷入长期内战，最终受惠的只会是外国列强，应该通过别的方式来倒幕。在这之后就是“大政奉还”，也就是让幕府将军本人主动将政权奉还给天皇，这么一来，倒幕派也就没理由发起内战了。
即便如此，到底是用武力倒幕还是采取更温和的手段，争论一直存在。1867年11月15日，一个北风呼啸的晚上，坂本龙马在京都被刺客暗杀。有人说是萨摩藩干的，有人说是见回组、新选组干的，也有人说是英国干的。不管怎样，阻止内战的龙马终究是死了。
龙马被暗杀后，萨摩、长州很快否定了“大政奉还”，开始通过武力倒幕。1868年初，内战在京都南边掀开序幕，幕府军一战即溃。接着萨长盟军兵分三路追击到江户，为保全江户众多平民的性命，幕府方面和萨长军谈判，完成了不流血的和平交接。
这时，在“大政奉还”中得到政权的天皇正在京都接受文武百官的朝贺，领导日本全国上下全面向西方先进国家学习，“明治维新”就此全面启动，幕末的故事到此也就结束了。
[1] 藩：德川幕府下的一级行政级别，相当于战国大名各自的领地，藩主也就相当于战国的大名。
[2] 志士：一般来说指的是幕末的在野人士，很多情况下都直接用来表示那些有“尊皇攘夷”思想的民间人士。