“二战”之前，日本的漫画只是爱好者自娱自乐的消遣，战后随着西方文化的涌入，一些漫画家开始学习欧美的动画经验，将卡通变成了产业。
那个时候的日本，经济萧条，新旧观念和体制互相冲击，集市上开始流行一种画满了故事的小人书，就是一格一格的图加上文字。1947年，一个叫手冢治虫的青年在画法上把小人书进行了改造，他使用了变焦、广角、俯视等电影手法，这么一来，卡通人物就不再是一个呆板的姿势，而是变得生动了起来。现在日本漫画经常把“啪”、“咚”这样的象声词“画”进画里，也是手冢治虫首创的。总之，当时那个只有19岁的小伙子，把所有日本人对于漫画的理解都给颠覆了：原来漫画还能画成这样！
1951年，手冢治虫开始连载他最重要的作品《铁臂阿童木》。这部漫画后来被制作成动画片，足足播了13年，手冢治虫的漫画大神地位由此奠定了下来。1953年，他又连载了日本第一部面向少女群体的漫画《蓝宝石王子》。手冢治虫提出了一种针对不同人群制作不同取向的漫画的想法，在日本漫画史上，这又是一座里程碑。从那之后，日本漫画分出了少年向、少女向、成人向、中性向、SF（科学幻想）向等细分类别，日本漫画的高度产业化也是从这时开始的。
美国的动画片在当时是最发达的，迪士尼公司的《白雪公主》大获成功之后，老板沃尔特·迪士尼确立了自己的一套设计动画片的方法：先让真人演一遍，再研究每一个人物的每一个动作。这种精细的工作虽然效果好，但花费的时间和金钱太多了，沃尔特本人在制作《匹诺曹》时甚至差点儿破产，因此除了美国，再没有别的国家有钱这么干。
手冢治虫参考了迪士尼公司的做法，也成立了自己的公司。但他知道拼技术是不可能拼过迪士尼了，于是他进行了一场动画革命，不走技术路线，而是走情节路线。为了省钱，他给特殊人物设计了特殊的动作，这样就可以在不同的背景下重复使用。另外，在迪士尼的动画片里，人物的口型和声音是完全结合的，但手冢治虫的动画里人物说话时只动三帧的嘴巴。最后，不像沃尔特·迪士尼，手冢治虫对院线没兴趣，他只看重电视媒体，希望达到有多少人看电视就有多少人看动画片的效果。
20世纪70年代以后，日本经济高速发展，物质生活富足的同时，越来越多的人有了丰富精神生活的需求，这种需求直接推动了动漫产业的发展。在手冢治虫之后，日本又出现了一批富有才华的漫画家，比如宫崎骏、藤子不二雄、永井豪等人就创作出了《哆啦A梦》、《机动战士高达》、《火影忍者》等经典之作。这些作品无论是从艺术角度还是商业角度看都非常成功，从这时刮起的动漫热潮一直影响至今。
到了八九十年代，日本动漫在故事题材上的多元化以及在商业上的成功，使各个层面的读者市场都得以开发，从前简单的少年向、少女向漫画也细分出更多类别，包括技击类（比如《圣斗士星矢》）、体育类（比如《灌篮高手》）、少女类（比如《X战记》）、儿童类（比如《樱桃小丸子》）、科幻类（比如《阿基拉》）、历史类（比如《大国主》）、言情类（比如《流星花园》）、侦探类（比如《名侦探柯南》）、政治类（比如《圣域》）以及色情类（比如《臭作》）等。
90年代后期，日本动漫出现了疲软期。一味追求商业成功，致使雷同作品不断推出，真正能感动人和有趣的作品越来越少，再加上电子游戏的冲击，连《周刊少年JUMP》和《小学馆》这样的大型杂志也难以再现全盛时期的销量。
日本动画市场主要靠电影动画、电视动画和租售录像带与DVD这几方面赚钱，从1975年的收益将近50亿日元到2002年的收益达2000多亿日元，动画产业的收入每年都成倍增长，占日本GDP的10%以上，已经是日本第三大产业了。