GHQ接管日本之后，在教育方面下了好几条重大的整改指令。第一条于1945年10月发布，指出军国主义、超国家主义[1]的思想必须全部扔掉，军事教育也要全部废除，同时还得保证国民享有思想、集会、言论、信仰的自由等基本人权。不过说实话，当时很多在学校教书的老师连“超国家主义”是个什么概念都不知道。
“二战”期间，如果乘坐电车经过明治神宫或者靖国神社，全车人都必须脱帽致敬；战败投降之后，很多日本学生的作文中还会出现“我坚信下次我们一定会将英美打败”之类的句子。为了应对这种情况，GHQ要求文部省把历史教科书里带军国主义色彩的内容全部删除。而文部省具体实施的办法就是在老师们的带领下，让学生们用墨水自行涂盖相应的部分……这个法子实在是简单，因此在那之后教科书里依然有不少“漏网之鱼”。
后来，文部省召集了国内的历史学者和老师，打算针对修改历史教科书一事举行座谈会。但尴尬的是，在这么多年的统一管制下，这些人基本上已经丧失了思维的自主性，对于当时使用的教科书也没有太大的意见。最后他们终于达成了统一意见，就是把教科书中日本历史的开端部分和世界史结合起来。一直以来的日本历史教科书都是直接引用记纪，说日本早在世界诞生的时候就存在了，这时大家打算把它改成“日本是在世界历史发展到某个阶段之后才建立起来的”。但即便是这点儿内容，在当时也遭到了一些年轻学生的反对。GHQ一看结果不理想，干脆强制停开修身、日本历史和地理三门课，并且把教科书通通回收了，以永绝后患。
1946年，美国向日本派出了一个由27位专家学者组成的教育使节团，使节团在日本实地考察之后提交了一份报告书。其中的内容成了此后日本教育改革的大纲，比如绪论里是这样说的：“孩子们是我们最大的希望，正因为他们肩负着未来这个重任，所以我们不应该把沉重的过去也让他们承担。”针对教师，报告书里提到：“教师只有在自由的氛围下才最能发挥能力，营造这种氛围是教师很重要的工作内容。”这份报告书代表的是当时世界上最先进的教育理念，有些日本教育工作者读到之后甚至感动得热泪盈眶。
这样一来，《教育敕语》的地位就尴尬了。报告书中给了《教育敕语》相对客观的评价，认为它“阐释了天地公道”，但一来有点儿落伍，二来也不该摆着高高在上的架子来说教。到了1948年6月，日本国会正式认定《教育敕语》失效，把推广《教育敕语》归结为行政措施不当，同时也明确表示不认可《教育敕语》所宣扬的一些国民精神。有意思的是，《教育敕语》虽然被废止了，但和它息息相关的“日之丸”国旗、《君之代》国歌却被完整保留了下来。
同样是在GHQ的建议下，日本各地学校开始建立起“PTA”（Parent-Teacher Association，家长老师委员会）。每个学校的老师和学生家长就是该学校PTA组织的天然成员。PTA负责的事很多很杂，比如组织课堂参观、周末兴趣班，甚至是在上下学路上巡逻。但其主要目的就是让学校和家庭、社会联系起来，更好地关心和培育孩子们。值得一提的是，一直以来日本家庭当中参加PTA活动的都以母亲居多，很少看到男性家庭成员出席。
另外一个有意思的变化就是学校新开了一门“社会课”。这门新课程首先在东京樱田国民学校二年级的教室里进行试验，内容是让孩子们模拟邮政工作。有的孩子负责买卖邮票和明信片，有的孩子负责配送货物。整堂课足足持续了两个小时，孩子们在活泼的氛围中对现代社会的邮政事业形成了一个基本认识。社会课的教学目的是，希望孩子们能够“拥有广阔的视野，增加对社会的关注度，在全方位了解的基础上产生对自己国家的尊重和喜爱，最终成为热爱和平和民主的国际社会公民”。
[1] 超国家主义：法西斯分子鼓吹的为某一事物效忠的精神，在日本“某一事物”指的就是天皇。