靖国神社原来是国家主办的，为的是祭奠为国牺牲的人，所以对很多日本军人来说，牌位进入靖国神社是一种很高的荣誉，直接证明了是为国捐躯。
美军占领日本的时候并没有允许这帮人进驻靖国神社。但在1952年日本恢复主权之后，很多军属认为该为死去的亲人讨个说法。在他们的努力下，日本法务省首先在1952年5月宣布同意恢复战犯的公民权，又在1953年把战犯的死亡认定为“因公死亡”。到了1956年，厚生省（今厚生劳动省）还与靖国神社启动了“合祭事务合作”。这一连串的动作之后，战犯们进驻靖国神社也变得越来越有望了。
1959年3月，厚生省向靖国神社送交了乙级和丙级战犯的牌位。当时靖国神社的最高神官是筑波藤麿。他是日本皇族，在“二战”后由皇族降为臣籍，从1946年起担任靖国神社宫司，一干就是32年。筑波接受了这些人的牌位。这以后，靖国神社共分4次接受了984个乙级和丙级战犯的牌位，这些战犯就算是晋级成功了。
1966年2月，厚生省又将12名甲级战犯的牌位送交靖国神社，虽然靖国神社的决策机关——靖国神社崇敬者总代会同意接受，最高神官筑波却表示拒绝，这件事就这么拖了下来。直到1978年3月，筑波去世，当年7月新的最高神官松平永芳走马上任。
松平永芳的父亲是原来的宫内大臣松平庆民，岳父醍醐忠重在“二战”时是海军中将，在荷兰的战争审判中被枪决，牌位已经进驻靖国神社。有这样家庭背景的松平永芳十分赞成接受甲级战犯，上任三个月就接受了他们的牌位。就这样，战犯们终于全部进驻了靖国神社。
因为供奉了甲级战犯，靖国神社遭到了在“二战”中被日本侵略过的国家的抵制。在1985年8月15日日本投降40周年之际，当时的日本首相中曾根康弘决定正式参拜靖国神社，遭到了周边国家的强烈抗议。虽然之后中曾根取消了参拜，但是此后一有日本首相参拜靖国神社，日本和周边国家的外交关系就会立即紧张起来。