新成立的政府在当时的时代背景下进行了大胆的改革。他们把年号从“庆应”改成了“明治”，并且规定以后每一任天皇只能改一次年号。在以前，天皇是想什么时候改年号就能改的。就拿上一任孝明天皇来说，虽然在位不过20年时间，前前后后一共改了6次年号，平均每三四年就改一次。同时，新政府还把阴历的明治五年12月3日这一天定为阳历明治六年1月1日，与西历接轨。1876年，新政府出台“废刀令”，禁止一般人带刀。这个政策明显是冲着武士们来的，愤怒的武士们开始造反，但都被一一镇压了下去。就这样，在政治舞台上活跃了几个世纪的武士阶级也终于开始走了下坡路。幕府“无血开城”之后，明治天皇入住江户城，同时把江户改名为东京，迁都就算是完成了。
明治天皇对于政治特别感兴趣，而且是一位思想非常开明的天皇。为了制定宪法，他派伊藤博文去欧洲考察别国制度，制定宪法草案的会议他一场都没有落下。明治天皇认为，这些都是为了让日本在最短时间内强大起来，不至于沦落为列强的殖民地。1889年，亚洲首部宪法——大日本帝国宪法诞生。宪法在一开始还是强调了天皇的特权，然后在天皇之下分设了议会、内阁、军部等机构。皇室典范也是在这个时候和宪法同时颁布的。在制定皇室典范的时候，针对天皇能否由女性继承这一点，赞成者和反对者吵得不可开交，这个争论还登上了当时的报纸。最后，女帝继位的可能性还是被永久排除了。不过看一下现在日本皇室的状况，谁还说得准呢。
为了迅速增强国力，日本决定发动一系列侵略战争来牟取暴利。为了商量这件事，他们还召开了第一次民主选举，最后决定先从朝鲜下手。甲午战争（在日本叫作“日清战争”）就这么爆发了。不过在不同的日文书籍当中，对于这场战争的描写还是有细微差别的。比如竹田恒泰的书中就说是“支援朝鲜独立，防止俄国南下”。除了竹田之外，在日本也有很多学者把这场战争称作侵略战争，对于日军的罪行大加批判。
为了筹备甲午战争，明治天皇甚至削减了宫廷费用，用来补充军事预算。开战之后，他更是移驾广岛，作为大元帅对战争进行指导，这一去就是7个多月。而同一时刻，慈禧太后正在紫禁城张罗着颐和园的修建，用来庆祝自己的六十大寿。最终清政府大败。
之后日本为了争夺中国东北的利益，又跟俄国打了一场。在双方正打得不可开交之时，明治天皇作了一句之后广为流传的诗：
四海之内皆兄弟，为何风雨乱人间。
苦战之后日本顽强取胜。这场胜利是近代史上有色人种对白色人种的第一次胜利。
1912年7月30日，明治天皇在饱受病痛之苦之后与世长辞，享年59岁。他在位期间，日本国内发生了翻天覆地的变化，从沦为殖民地的危险中逃脱出来，仅用半个世纪的时间完成了奇迹般的逆转。日本政府之后在东京建立了明治神宫，专门用来纪念这位天皇。