室町幕府在统治期间，在各地设立了“守护”官职，专门用来替幕府管理各地的土地。后来有的守护领地越来越大，还开始拥兵自重，他们叫“守护大名”，简称“大名”。再到后来，只要是有地有兵的都能成为大名。这些大名无视幕府，开始互相打起来。这时候的幕府已经基本上失去了权威，除了大名之外，各地的农民起义又接连发生，日本几乎是一片大乱。日本历史上的战国时代就这么开始了。
战国时代，因为财政亏空，朝廷的大量例行仪式都被迫取消，皇居的建筑损坏了，也出不起维修费，天皇甚至在登基10年之后才拿着大名的献金举办继位仪式。
在战国时代中期最抢风头的大名是织田信长。在信长呼风唤雨的年头里，天皇和他之间的关系非常微妙。对于信长来说，他只在天皇一人之下，可是要征服全国又必须借着天皇的名；对于天皇来说，信长是平定局势的棋子，但他的我行我素又是一种威胁。
信长势力大涨，天下人都知道信长的下一步就是建立自己的幕府，天皇也自觉政权岌岌可危。结果就在征夷大将军的诏令发布之前，“本能寺之变”爆发，信长在大火中自杀身亡。
在信长之后活跃在天皇身边的是信长的旧部下丰臣秀吉。借着替信长复仇的名义，秀吉在短期之内占据了广阔的势力范围，成为信长之后第二位手握大权的人。天皇对于秀吉相当认可，先是把他任命为关白，后来又赐了他“丰臣”姓。秀吉完完全全是农民出身，这种待遇在当时的日本是破天荒的。不过对于秀吉来说，征夷大将军才是他的夙愿。但阻碍他实现这个愿望的是“战国三杰”的另外一人德川家康。征夷大将军这个职位最初是朝廷为了对抗东北部的虾夷族所设立的军事职位，后来虽然性质发生变化，但征服关东地区也成了一直以来上任的不成文条件。不巧的是，秀吉在平定关东地区的战役中恰恰输给了德川家康。
这件事情给了秀吉很大打击，同时也让秀吉转换思路，不再一门心思死磕大将军，而开始作为朝廷的高官掌握政权。比起之前的信长，秀吉要更讨天皇喜欢，他表里如一地忠于天皇。几年后，德川家康归顺朝廷，秀吉几轮征战下来，天下总算是统一了。
三大幕府
幕府是古时日本一种权力一度凌驾于天皇之上的中央政府机构。常以“挟天子以令诸侯”的方式来对国家进行统治，其最高权力者为征夷大将军，亦称幕府将军。日本历史上共经历了镰仓幕府、室町幕府、江户幕府三个幕府历史时期。始于1185 年终于1867 年，共682 年，幕府本指将领的军帐，但在日本的特殊状况下，演变成一种特殊国情的政治体制。
三大幕府
日本虽然统一了，秀吉却还是没有满足。很快他又制订了新的出征计划。这次，他打算出兵征服朝鲜半岛，然后再迁都北京，让天皇在北京继位。这个惊天动地的大计划在当时的皇室看来过于冒险，秀吉却完全听不进去，执意要进行。结果在秀吉正准备渡海的时候，从京都传来一条噩耗，说是秀吉的母亲去世了。秀吉只好临时中断渡海，返回京都参加葬礼。而这个时候，天皇和上皇就抓住机会向秀吉发出了中止出征计划的诏令。面对这样的诏令，秀吉最后还是顺从了，攻占朝鲜半岛、迁都北京的计划也从此不了了之。
在秀吉死后上位的便是蛰伏已久的德川家康。这次，家康走到了信长和秀吉都梦寐以求却没能如愿的一步——1603年，他被天皇任命为征夷大将军，由此开辟了江户幕府（因为是德川家建的，所以也有人把它叫德川幕府）。一直到1867年幕府把政权还到天皇手中为止，江户幕府足足延续了265年。同时，相比信长和秀吉，家康对待天皇也是最不留情面的。他制定了一部法律，里面就规定了天皇的主要任务是搞学问。从古时候开始，天皇都是超越法律的存在，把天皇约束在法律之下这还是头一回。把“搞学问”定为天皇的第一要务，言下之意就是说：“政治和军事您就不必过问了。”
就这样，为战国时代画上句点的德川家康和历史上的诸多掌权者一样，把天皇当作统治的辅助工具，巩固了江户幕府之后的漫长统治。