镰仓幕府还在主掌大权的时候，天皇家内部闹起了分裂。这也是因为天皇家的血缘关系实在是太复杂，导致同一时间有两个派系都坚称应该从自己这边选出天皇。最后双方商量的结果是把幕府喊来当仲裁，从此由两家轮流推出天皇人选。
从表面上看这是一个挺不错的折中办法，天皇换代也还算平稳地进行了好几代，但一切都终止在了后醍醐天皇这一代。后醍醐天皇跟前几代的天皇不一样，他非常热衷于恢复朝权，并且看不惯幕府把天皇当作傀儡一样使用，决心打倒幕府。
1324年，后醍醐天皇开始筹备攻陷镰仓幕府位于京都的据点，但消息不慎走漏，一时就不了了之了。朝廷为此还专门派人去向幕府说明，洗清了后醍醐天皇的嫌疑。不过后醍醐天皇并没有放弃，在暗处默默盘算着新一轮倒幕计划。结果计划又一次被泄露。这回幕府再也坐不住了，派了大军直接朝京都进发。察觉到危险的后醍醐天皇抱着三神器逃离了京都，紧接着又在南部的笠置城建立了新据点，号召各地势力加入倒幕运动。
虽然后醍醐天皇很努力，但笠置城最后还是被攻陷了。他被幕府活捉，又被废掉皇位流放到了一个海岛上。在流放期间，后醍醐天皇依然没有放弃倒幕的执念，某天趁着看守士兵不注意，他乘着小船偷偷溜了出来。这时，全国各地的倒幕运动已经进行得轰轰烈烈了，幕府的势力也早就一落千丈。后醍醐天皇一上岸就在附近再次发诏讨伐幕府。当时的幕府家臣[1]足利尊氏响应了诏书，反叛镰仓幕府，率兵一举攻下了京都。十几天后，镰仓也被其他幕府家臣攻陷，持续100多年的镰仓幕府就这么被自家人剿灭了。
镰仓幕府一灭亡，后醍醐天皇风风光光地重新入主京都，复辟了皇权。这个时候，在倒幕运动中立下大功的足利尊氏开始向天皇讨要“征夷大将军”的称号，后醍醐天皇却不给。这个举动激怒了武士们，足利尊氏从此便和朝廷结下了梁子。几年之后，足利尊氏领着大军浩浩荡荡地攻入京都，后醍醐天皇在京都陷落的前一天抱着三神器逃了出去。足利尊氏在京都拥立了新的天皇，但因为没有三神器，无法证明正统性，于是又想办法把后醍醐天皇请了回来。
后醍醐天皇返回京都，交出了神器，然后被软禁起来。但乖乖就范一直就不是他的风格。在被软禁一个月之后，后醍醐天皇在某个夜晚男扮女装，乘车再次逃离了京都。紧接着，他在南部的吉野[2]建立了另外一个朝廷，对外宣称自己之前交出去的神器都是假的，真货还在自己手上。这样一来，同一时间就存在两个朝廷，历史上就叫作“南北朝”。
[1] 家臣：一般指的是效忠某个贵族家族并为其下属的高级武士阶层。
[2] 吉野：现在日本的奈良县南部一带。