1274年，日本遭遇了历史上第一次外国军队的入侵。
那时，在欧亚大陆四处征战的蒙古骑兵已经征服了大半个亚洲，并且还在不断扩张领土。在正式对日本下手之前，元朝其实派遣过好几位使节，但每次都被大和朝廷给打发回去了。这种状态一直持续到1274年，忽必烈突然派了一共23000人的大军在日本南部的博多湾登陆。大战在即。当时镇守在附近的幕府军只有5000人左右，和元军在人数上差距悬殊。又因为元军的打法太过独特，日本军队完全招架不住。眼看着幕府军要溃败，一夜之间突然下起了一场暴风雨，元军损失了将近13000人的兵力，只能匆忙撤退。
但忽必烈没有死心。1279年元军攻下南宋，两年后的春天发动了第二次侵日战争。这一次的战争规模更大。元军舰队一共载了14万士兵，这几乎是当时世界上最大规模的舰队。这是日本1000多年来面临的最大威胁，也是决定日本存亡的一场战争。谁知道双方主力还没开始交锋，突然又来了一场猛烈的暴风雨，这场风暴足足持续了两天，元军舰队遭到了毁灭性的打击，传言死了将近13万人。幕府军又一次几乎不战而胜。
因为这两场暴风雨，日本逃脱了被元军灭国的危险。不少日本人通过这件事认为日本是神之国，受“神风”守护，一时之间“神国思想”在国内流行了起来。“二战”期间的“神风敢死队”的名称也来源于这个典故。
在国难当前的时候，天皇积极地在各地读经奏乐，向神明祈祷“敌国降伏”。“神风”的来临就像天皇的祈祷灵验了一样，一下子抬高了天皇在日本人心中的地位。