平氏衰落，这回轮到源氏崛起了。
大败平氏的源赖朝被朝廷任命为征夷大将军[1]，成立了平氏政权之后的第二个武士政权。不过源赖朝并没有走平清盛的老路子，他没有费尽心思在朝廷里抬高地位，而是在朝廷外独自开辟了一个机构，于是“幕府”诞生了。
“幕府”这个词在中国指的是将军出征的时候住的营帐，在日本指的是征夷大将军的营帐，到后来就直接成了独立政权的象征。不过幕府不是一朝一夕建成的，因为当时掌控皇权的是一位对武士没多大好感的上皇，也就是之前被平清盛关起来的后白河院。
平氏灭亡之后，后白河院就被放了出来。很快后白河院就重操旧业，开始变本加厉地施行院政。可能是因为之前被平清盛长期关禁闭产生的影响，后白河院对武士势力特别警惕，也不乐意让源赖朝当上征夷大将军，但架不住年事已高，后白河院一驾崩，源赖朝还是上位了。源赖朝建立了镰仓幕府，直到1333年镰仓幕府灭亡，这个独立政权足足存在了150多年。
150多年间，朝廷跟幕府之间少不了明争暗斗。后白河院驾崩之后上任的后鸟羽天皇早早就宣布退位，退居幕后开始专心实施院政，想要慢慢恢复朝廷的权力。这个时候，幕府这边出了点儿事。由于内部的权力斗争，源氏的第三代将军被刺客刺杀。后鸟羽院一看形势正好，于是开始暗中盘算着倒幕计划。幕府群龙无首的状态持续了好一阵子，虽然反复派人向天皇请示新的将军人选，皇室这边却一直不表态。在没有将军的这段时间里，真正掌握幕府权力的是北条氏，追溯起来算是源赖朝的岳父家。
1221年，后鸟羽院发布了追讨公告，正式向北条氏开战。收到追讨命令的武士们犯了愁，一边是天皇，一边是上司，一时间很多人不知道该站在哪边。这个时候源赖朝的妻子北条政子站了出来，发表了稳定军心的演说，之后在短时间内结成了19万幕府军。后鸟羽院显然低估了幕府将士之间的关系，只领着不过两万的倒幕军，一个月左右就被彻底打败。
战乱结束之后，北条氏把包括后鸟羽院在内的三个上皇全部流放到各地，又逼退了在任天皇，扶植了另一位中意的天皇。但不管怎么折腾，还是没有以叛乱的名义对任何皇室成员处刑，也丝毫没有废除皇室、另起炉灶的打算。日本皇室到那时已经延续千年，皇室的正统性是一种很大的威慑力。北条氏跟许多过去的掌权者一样，还是决定把天皇当作自己的一枚棋子，借天皇之名来执政。
这次事件过后，朝廷的势力一落千丈，镰仓幕府于是一家独大了。
[1] 征夷大将军：本来是大和朝廷为了对抗虾夷族设立的军官职位，后来转化为所有武士统领的角色。