前面说到，因保元之乱，平安时代的长期和平状态被打破，日本进入了战乱的年代。战乱年代最重要的是什么？兵。在这个特殊的时代，武士集团的地位空前提高，其中最强大的要数平氏和源氏。但一山不容二虎，平氏和源氏在保元之乱三年后就大打了一仗，结果平氏大胜，源赖朝被流放到了外地。这场大战的直接结果是确立了平氏在朝廷中的地位，平清盛也捞得了官职，这是历史上武士第一次被提拔为公卿。
面对声势大涨的武士势力，好不容易铲除崇德院的后白河院不乐意了。平氏和后白河院之间的对立发展到最白热化的地步，平清盛干脆给后白河院关了禁闭，强行停止了他的院政。这么一来，平氏的政权进一步得到巩固。之后平清盛沿用经苏我氏、藤原氏实践验证的“攀亲法”，把女儿嫁给现任天皇，然后再把女儿和现任天皇生下的儿子立为下一任天皇。有平氏血缘的天皇一诞生，平清盛就成了正儿八经的皇亲国戚，平氏权力也达到了顶峰。
但好景不长，几年后平氏的老对手源氏就开始起兵造反。领头的正是之前被流放到外地潜心“打怪练级”的源赖朝。“源平合战”蓄势待发。1183年，源义仲率军先后攻破了平氏的几个要塞，一直打到京都城下，吓得平宗盛抱上当时的幼帝，带着三神器弃城而逃。之后的两年里平氏节节败退，最终被源氏军队逼到了坛之浦[1]的海上。源氏和平氏的决战最终上演。
时间: 1185 年3 月24 日
场所: 长门国 赤间关坛之浦（ 现日本下关市）
结果：源氏军胜利、平家灭亡
平家获胜
源家反攻
坛之浦之战
1185年3月24日，在坛之浦的海上，源氏利用海流的速度和方向占尽了优势。在惨烈的歼灭战中，孤注一掷的平氏武将一个个战死，平清盛的妻子抱着6岁的天皇和三神器跳海而亡。总指挥平知盛看到大势已去，抱着沉重的船锚跳海自尽，平氏就这么灭亡了。
天皇没了可以再立，但三神器没了就无法证明天皇的正统性。后来经过几番打捞，只找到了三神器里面的镜和勾玉，剑却毫无踪影。皇室先是用了一阵子替代品，20多年后从伊势神宫的神剑里挑出一把，把它作为三神器中的剑供奉了起来。
[1] 坛之浦：现在日本的山口县下关市。