天皇亲政的局面没有维持多久，另一股政治势力又开始向皇权伸出魔爪。这一次是来自天皇家内部。
第72代天皇白河天皇退位之后招募了一批官员和军队，在自己家里建了“白河院”这个独立机构。白河院仗着资历对朝廷指手画脚，这就是“院政”的开始。摄关政治下的每一任天皇人选都由藤原氏控制，而院政之下就由退位的上皇直接决定了。退休的上皇在天皇家相当于大家长，被叫作“治天之君”，这是当初的藤原氏所无法比拟的政治权力。《平家物语》[1]中有“天下三不如意”的说法，就是说全天下白河院控制不了的只有三样东西：加茂川[2]的水、双六的骰子和延历寺的僧兵[3]。白河院的势力之大可见一斑。
白河院在成立之后连续决定了之后的三代天皇人选，白河上皇去世之后，院政由孙子鸟羽法皇[4]接手。那时在任的崇德天皇和鸟羽法皇对于下一任天皇的人选意见不统一，结果鸟羽法皇仗着院政力量强逼崇德天皇退位，然后又断了天皇子嗣上任的后路，让自己中意的候选人后白河天皇上位。
之后，鸟羽法皇突然病死，坊间开始出现一些崇德院准备在这个时候趁机行动的流言。听到流言之后的后白河天皇率军先发制人，将崇德院活捉并流放到了外地。这场战乱叫作“保元之乱”，保元之乱打破了300多年间的和平氛围，也开启了之后动荡的战乱期。
崇德院到底有没有被冤枉，民间众说纷纭，但流放却是货真价实的。为了“赎罪”，崇德院在流放地足足花了三年时间，手抄了五部大乘经，想要送到鸟羽院的墓地以示凭吊，结果直接被打回，对方的理由是“你的罪孽太深重了，哪怕是手抄经都不能放在都城里”。这下可激怒了崇德院。他在收到回复之后厉声说道：“不甘心！在印度和中国围绕皇位的兄弟之争也不少见，为什么单单我要为此忏悔，还要怀着赎罪的心情完成海量的手抄经。如果做到这个份上还遭受这种待遇，那我不如把这经文扔进地狱，自己化身魔王，以泄余恨！”随后崇德院便咬断自己的手指，用鲜血在自己手抄的大乘经上写下“天下灭亡”四个大字。从此之后，崇德院指甲也不剪，毛发也不剃，看起来活脱脱一只大天狗[5]，最终愤懑死去。
崇德院去世后不久，延历寺的僧兵就开始暴动，紧接着又是连年的饥荒与洪水，社会一时动荡不安。民间纷纷传言这是崇德院的“怨灵”在作祟，朝廷听到之后大惊，先是给崇德院追封院号，为了镇魂又接连修了两座神宫。不过混乱还是一点儿都没有停息的意思。一直到后来后白河天皇被平清盛幽禁起来，院政被迫停止，崇德天皇的“怨灵”仍然在兴风作浪。崇德天皇化身成的大天狗也在后世名列在“日本三大妖怪”[6]之中，在日本民间有着非常高的知名度。
日本三大妖怪
（1）酒吞童子
（2）玉藻前
（3）大天狗
[1] 《平家物语》：成书于镰仓时代，作者不详，记录了平家繁荣与没落的一部军记物语。
[2] 加茂川：又名鸭川，位于日本京都，是古时常年闹洪灾的一条河流。
[3] 延历寺的僧兵：平安时代末年的武力集团，经常互相争夺势力，专横暴力。
[4] 法皇：对出家为僧的上皇的称呼。
[5] 大天狗：日本传说中的一种怪物，赤面高鼻，生有翅膀。
[6] 日本三大妖怪：酒吞童子、九尾狐玉藻前和崇德天皇化身的大天狗。