还记得之前协助中大兄皇子灭掉苏我氏的中臣镰足吗？他的篇章这就要开始了。中臣镰足晚年的时候获天皇赐姓“藤原”，从此他和他的后人就被统称为“藤原氏”。藤原镰足的儿子藤原不比等在朝廷很受重用，律令的制定、记纪的编纂都有他的功劳，逐渐掌握了政治实权。从不比等开始，藤原氏在朝廷一直保持着很高的权位。按照时间顺序，在朝廷掌权的分别是藤原不比等、长屋王、藤原四子、橘诸兄、藤原仲麻吕、道镜、藤原百川，可以看出藤原氏一直都在和别家交替执政。
不比等巩固藤原氏政权最直接的途径就是和天皇家攀上血亲。第一步是把自己和后妻的女儿嫁给天皇当妃子，第二步是把外孙送上皇位。这样一来，藤原氏就成了天皇家的正统外戚。但不比等还不满足。他实施的最难的一步就是把自己的女儿弄成天皇的皇后。这在当时是破天荒的，因为在那之前，皇后一直是从正儿八经的皇族中挑选的。完全没有皇族血脉的人能够当上皇后，全凭藤原氏当时权倾朝野的实力。但很快，随着不比等去世，大权落入了长屋王手里。长屋王是正规皇族，自然对一个没有皇族血脉的皇后百般不服。直到不比等人称“藤原四子”的四个儿子以谋反的罪名诬陷长屋王，将其除掉，藤原氏这才重新回到权力中心。
除了朝廷中政治斗争严重，当时的民间也不安定。连年的疫病、歉收，737年流行的一场天花竟使当时风光无限的“藤原四子”全部毙命。在位的圣武天皇心忧天下，把佛教当作救命稻草，开始在民间推行佛法、营建大佛，想用佛教驱灾求福，沉迷几年之后更是干脆出家去做了和尚。这是日本历史上第一位出家的天皇。
在那之后继位的女天皇孝谦天皇也是位佛教迷。762年，已经退位的孝谦上皇[1]在治病时认识了一位名叫道镜的僧人，对其宠爱有加。当时在朝廷掌政的藤原仲麻吕对于两人的关系表示不满，孝谦上皇听到之后震怒，一气之下出家做了尼姑，同时还下诏令说“天皇以后管小事就可以了，国家大事以后还是由上皇来管”。感到情况不妙的仲麻吕开始准备起兵谋反，抢了天皇的御玺准备另立新王，结果被人揭发，还没起兵就被孝谦上皇的讨伐军逮捕，一家人全被诛杀。之后孝谦上皇高调复出，废去了在任的天皇，重新继位为第49代天皇称德天皇。不出所料，道镜开始得到重用。他被称德天皇提拔为法王[2]，“女帝＋法王”的统治模式就此开始。
道镜是一个野心家，当上法王之后又开始觊觎皇位。有一次，宇佐神宫[3]有人向天皇禀告，说宇佐神宫降下神谕，称“将皇位传给道镜则天下太平”。称德天皇就派了当时平定藤原清麻吕有功的和气清麻吕前去确认神谕的真假。和气清麻吕确认完毕，回来复命说神谕的实际内容刚好相反，内容说的是皇位只能传给皇族成员。这可激怒了道镜，和气清麻吕随后就被贬职流放。这么一来，道镜的篡位美梦就此破灭，称德天皇去世之后道镜也跟着失了势。
再往下数两代是桓武天皇，这位天皇不怎么喜欢佛教，于是他抛弃佛教氛围浓厚的旧都城，将皇居搬去新都城，并且严禁在新都城营建寺院。但不知道怎么回事，在新都城的建设过程中不吉利的事情频频发生。首先是负责建造事宜的造宫使被暗杀，接着桓武天皇的爱妃和生母接连去世，小皇子也病气袭身一蹶不振。再加上洪水、疫病泛滥，桓武天皇只能抛弃建设中的新都城，匆匆搬走。
之前在朝廷呼风唤雨的藤原氏到这时只剩下一个叫作藤原北家的分支。但凭借与天皇家的姻亲关系，藤原北家发展势头相当迅猛。一方面，他们还是用老法子，将女儿一个接一个送进后宫，与天皇生下皇子，拥立皇子为新天皇，再将女儿送进新天皇的后宫，以达成对皇室的控制；另一方面，跟之前的藤原氏相比，他们不再吊死在天皇皇位一棵树上，转而以天皇家外戚的身份来掌权。从第56代天皇开始，藤原北家开始长期占据摄政这一职位。摄政是一个代替女帝或者幼帝执政的官职。在之前讲推古天皇的时候就说到，圣德太子当时任摄政一职，代替推古天皇行使权力。一直以来，担任摄政一职的都是圣德太子这样的皇族成员，但因为是藤原氏，所以即便出现首位平民出身的摄政，也不算奇怪了。后来有一代天皇继位的时候已经53岁了，是完全不需要摄政的年龄，藤原氏便又生生造出“关白”这个职位，换汤不换药地继续稳固自己的政权。藤原氏独创的这种政治体系就叫作“摄关政治”。
1068年，由于藤原氏一派实在没有可继承的子嗣，皇室里终于诞生了两百年来第一位和藤原氏没有任何外戚关系的天皇。这位天皇上位之后立刻废掉了“摄关”，转而实施天皇亲政。就这样，在日本政坛活跃了几个世纪的藤原氏跌下了政治舞台。
[1] 上皇：即“太上天皇”，指的是退位之后的天皇。
[2] 法王：佛教领袖的一种称呼。
[3] 宇佐神宫：现在日本大分县宇佐市的一个神社，主祭的是八幡大神、比大神和神功皇后。