6世纪初，佛教传入日本。
当时朝鲜半岛的百济和日本国交不错，于是送了天皇一些佛像、佛具和佛经，从此佛教在日本的发展一发不可收拾。当时朝廷中的苏我氏和物部氏围绕佛教产生了很大冲突。苏我氏是一个很强势的派系，代代都出大臣，他们主张接受佛教；物部氏也是有权势的氏族，历代掌有军权，他们反对佛教的推广。最后天皇站在了苏我氏这边，佛教也从此在日本盛行了起来。事实上，历代天皇对于外来宗教都非常包容。在这之后，基督教、印度教相继传入，也都在同一片土地上相安无事。日本宗教中主管幸福的“七福神”中只有一位是日本本土的神，其余六位全是外来的菩萨，但日本人照信不误。现在的日本人出生的时候举办神道教的仪式，结婚的时候向耶稣宣誓，死的时候又走佛教的流程，也都是从那个时候开始的习俗。
但好景不长，佛教推广若干年后，全国范围内爆发了大疫病。之前一直对苏我氏虎视眈眈的物部氏瞅准时机，把疫病全推到佛教身上。天皇听信之后下令销毁佛像、烧毁寺庙，苏我氏在朝廷的势力也跟着佛教风潮一时减弱了。
苏我氏再次抬头是下一任用明天皇继位的时候。用明天皇的特别之处在于，他的母亲就来自苏我氏。这是历史上苏我氏第一次搭上天皇血脉。用明天皇在位两年便得了天花离世，在这段时间里苏我氏终于拔去了物部氏这颗眼中钉。之后同为苏我系的崇峻天皇继位，苏我氏因此迎来了全盛期。
那时苏我氏掌权的人是苏我马子，由于政治权力达到顶点，马子对崇峻天皇也不算客气。崇峻天皇心怀不满，一天有人进献了一只猪，崇峻天皇放言“总有一天，我会像砍下这颗猪头一样砍掉我憎恨之人的脑袋”。马子听到后很快采取行动，派人暗杀了天皇。这场暗杀从主谋者到下手人在史料中全有记载，但当时朝野之中没人敢说“不”字。崇峻天皇就这样成为历史上第一位被这么明目张胆地暗杀的天皇。
接替崇峻天皇的推古天皇，是苏我系的第三位天皇，同时还是东亚第一位女性君王。说来也巧，在推古天皇之后，当时的朝鲜和中国也都出现了历史上第一位女性君王，中国的女皇就是武则天。和日韩两国的女皇帝相比，武则天的手腕和性格都要强势不少。她14岁入了唐太宗的后宫，太宗死后又跟太宗的儿子，也就是之后的唐高宗建立了感情。最后更是用计害死了当时的皇后，自己爬到了皇后的位置上。她在位期间重科举、兴佛教，做了很多实事。到后来这些举措还被日本的光明皇后模仿。
相比之下，推古天皇的上位就被动多了。她在当时能够登上天皇宝座，主要有两个原因：一是崇峻天皇死后，皇室中有不少有力的男性天皇候选人，但由于背后势力各不相同，一时间很难权衡，推古天皇的上任可以起到缓冲带的作用；另一个原因是为了将皇位顺利继承给圣德太子。圣德太子是当时的天皇候选人之一，从小就展露出过人的才智，特别受苏我马子和推古天皇喜欢。推古天皇继位4个月就把圣德太子立为皇太子，同时给了他摄政的权力，也就是说圣德太子可以代替天皇行使权力。
圣德太子这位“天之骄子”不负众望，先后颁布了好几条重要法律，改善了国家制度，同时继续推广佛教。607年，圣德太子派第一批遣隋使小野妹子等前往中国面见当时的隋炀帝，一同带去的国书里面开篇第一句就写道：“日出之处的天子，致日落之处的天子……”隋炀帝看完当下勃然大怒。因为当时中国周边的小国都受中国册封，对隋炀帝俯首称臣，而小野妹子带来的国书里第一句就用两个“天子”将天皇和隋炀帝摆在了一个位子上。但离奇的是，有“千古暴君”恶名的隋炀帝最后还接受了日本的这套说辞，次年更是派人组团回访。为什么呢？因为当时隋朝正和朝鲜半岛的高句丽交战，为了防止日本和高句丽联手，隋炀帝只能采取远交近攻的方式，继续和日本保持友好关系。
可惜天资聪颖的圣德太子在622年患病死去，一生都没能名正言顺地坐上皇位。几近圣人化的形象和悲情的结局，这种“高配置”让圣德太子在后世积累了很高的口碑和人气。他的肖像画也因此好几次出现在日元纸币上，累计出场次数位居所有日本历史人物之首。
推古天皇去世之后，苏我氏又操控了之后几任天皇的人选。这期间，圣德太子的独子曾经成为热门候选人，当时苏我氏的掌权者苏我入鹿就一不做二不休把他杀了，算是灭了圣德太子的门。而这时朝中对苏我氏心存不满的人也越来越多，其中就包括中大兄皇子和中臣镰足。前者在668年登基为天皇，后者的故事稍后再细说。
七福神
（1）惠比寿神
（2）辩财天
（3）毗沙门天
（4）福禄寿神
（5）大黑天
（6）寿老神
（7）布袋神
目标一致的这两个人一直在伺机打倒苏我氏。有一次，“三韩”[1]的使者来日本进贡。进贡仪式举行到一半，中大兄皇子突然跳出来，持剑朝入鹿的脑袋和肩膀劈过去。入鹿中剑后倒在天皇的御座旁边，朝天皇申辩“臣不知罪，还请天皇明察”。这时中大兄皇子向天皇讲述了入鹿妄想夺取皇位的野心，天皇听完后默默退回内殿，算是默许了。之后入鹿被中大兄皇子一剑穿喉，尸体被扔在庭院中任大雨淋洗。
就这样，苏我氏被安上逆臣的罪名，家族从此完全没落。大和朝廷也终于从苏我氏的长期控制中解脱了出来。
[1] 三韩：当时朝鲜半岛的三个政权高句丽、百济、新罗。