《古事记》和《日本书纪》是日本古代的两部正史，统称“记纪”。这里面记录了与天皇相关的神话和历史，可以简单地理解成日本的《史记》。
记纪里是这么描述宇宙的诞生的：
太古时代，阴阳未分，天地一片混沌。突然一阵自然之息飘来，混沌当中轻的部分上升为天，重的部分下降为地，天地之间神便诞生了。
在欧洲的神话中，是先有了神，再由神创造天地。而在日本的记纪里，顺序刚好相反。
后来有一个叫作天照大神的神族命令子孙平定天下，于是就有一群人带着三神器从天而降，从现在日本的九州地区出发，从西边一路打到东边，从南边打到北边，最终征服了整个日本列岛。这群人组成了最初的大和朝廷，朝廷的第一任君王就是现在日本第一代天皇神武天皇。
记纪里面说，神武天皇活到了137岁，但这显然不可能；记纪里还说，一行人碰上敌人的时候，“天降灵剑，灵剑自动向敌人攻去”……其实不只是神武天皇，他后面连续8代天皇都没有任何确凿的史实可以证明他们真的存在过，所以这8个人也被叫作“欠史八代”。一直到第九代崇神天皇才有可信的考古资料出现，所以也有说法认为崇神天皇才是日本第一代天皇。
中国的史料第一次提到日本是在《汉书·地理志》里，书里面把日本叫作“倭”，由百来个小国组合而成，每年会定期向中国朝廷进贡。再后来日本还分别出现在《后汉书·东夷传》和《三国志·魏书》里面。《后汉书》中记载了2世纪末的倭国大乱，结合当时的一些部落遗迹，有人认为这说的就是神武天皇的东征。
而《三国志》里面有关日本的记载就让人无从考证了，至今还没有在日本找到任何对应的史实。《三国志》里说，3世纪前后倭国大乱，乱世中有一名女子被拥立为邪马台国的女王，名字叫卑弥呼。卑弥呼会使蛊惑人心的咒术，有1000多位侍从，却几乎没有人见过她的真面目。当时中国正好是魏、蜀、吴三国打得不可开交的时候。卑弥呼向魏国派遣了使者，魏国册封卑弥呼为“亲魏倭王”，就当是在吴国背后安置了一枚棋子。约247年末卑弥呼去世，在那之后的史料里，邪马台国和卑弥呼的名字就再也没有出现过了。
邪马台国和天皇所属的大和朝廷到底是什么关系呢？根据推算，卑弥呼去世的时间差不多是大和朝廷的建立时间。中国的语言学家郑张尚芳还指出，“邪马台”在汉语里的读音和日语中“大和”（yamato）的读音十分接近，所以这两者也有可能就是一回事。
到第25代武烈天皇时，日本皇室出了大问题。当时的几个皇子全都想要当天皇，结果最后窝里斗，只剩下武烈天皇一个人。这个武烈天皇也不是个省油的灯。记纪里面记载，武烈天皇曾经剖开孕妇的肚子、看胎儿长什么样；还曾经命令女人裸体和马交配，如果阴部沾湿就格杀勿论。结果这样一位暴君在18岁就暴毙了，没留下一个子孙。这下皇室可急了，让谁来继位呢？一直以来继位的人都是从天皇的直系血亲当中选的，现在直系的血脉断了，只能从旁系里挑了。于是在一片混乱之中，和武烈天皇隔了五代血缘的继体天皇上任了。由于坏了传统，继体天皇在上任前遭到了强烈的反对，从宣布继位到最后堂堂正正地搬进王都，总共历经了20多年。